首先商毅下令，将行政部正式改为内阁，由周世奇出首辅，王夫之、李岩、李格非三人都入阁理事周世奇兼任吏部尚书、户部尚书；王夫之兼任礼部尚书、工部尚书；李岩兼任兵部尚书，统战部部长
周世奇，王夫之、李岩三人成为商毅的内阁成员，并不奇怪，因为这三个人很早就付责整个行政部的工作，只有李格非是被格提拔起来的而且在此之前，李格非付责的是商业运行，对外贸易来往，以及对外事务等工作，在中国传统的政治格局中，这些都不是主流的事务
但李格非的身份是林之洋的盟兄弟，也算是林家的一份子，而林家也是商毅手下的一大团体，在另一大团体周家已经出任內阁首辅的情况下，林家在内阁中理当占有一席之地而且南京政fǔ和过去的其他朝廷不同，十分重视商业营运和对外贸易，这两块的收入占总财政收入的七成左右，因此过去李格非的工作，实际也是相当重要的这次进入内阁，也表示商毅坚持发展商业，对外贸易，以及走向海外的态度
由內阁成员兼任六部尚书，也是明朝常的惯例，以前商毅在行政部下，设立了十一个司，实际是将六部的职能和权利分散，因为商毅的政fǔ和过去的历代朝廷所走的道路并不一样，还按照原先的六部划份，显然是己经不能满足管理的需要，必须分得为细致，因此这十一司实际取代了过去六部的位置；同时还会增设一些部mén
而內阁成员兼任六部尚书之后，实际是不能参与六部的实际公务外理，只是分管各部工作，吏部下，设组织部和人事档案部、户部分管财政部、审计部；礼部分管教育部，宣传部、工部分管工业部、农田部、工建部；而李格非分管商务部、对外贸易jiāo流部而兵部现在仅仅只是一个虚壳，所有与战事有关的事务，都由统战部处理，保留这个名称实际只是为了凑齐六部，因此李岩同时还兼任统战部的部长
不过统战部的俱体工作其实是由商毅在处理，而且在现阶段，统战部仍然是最高机构，就连內阁也必须服从统战部的决议但李岩并不属于山东、浙江这两大集团之中，因此权力分配大体仍然保持着一个平衡状态
唯一一个没有被兼任的六部职位就是刑部，由仲栽司主事为王仲平出任刑部尚书，而且刑部不在内阁的管辖范围以内，而是直接对商毅付责因为商毅是来自现代社会的人，三权分立的概念己经深入其心，现在的南京政fǔ还不可能成立议会，但这也是将司法部mén从行政部mén独立出来，司法权和行政权分立的格局，并为以后真正实行三权分立所做的准备
刑部以下；设仲裁院和督察院两个机构，其中仲裁院是付责处民间事务，而督察院是处理各级官员的违法事务，但目前来说，督察院只有审判权，并没抓捕权和审询权，目前这两项权利都由由安全处、情报处来付责，督察院主要还是刑部只是走最后一道审判程序刑部目前的主要功能，还是针对民间事务，权力并不大毕竞现在还是战争时期，并不是真正搞国家建设的时候因此尽管刑部尚书王仲平是属于山东糸的，但也不会对权力划纷造成多大的影响力
这样一来，而属于直接对商毅付责，除了刑部之外，还有文书司，安全处、情报处，现在也都升级成部各部的部长依然由原来的长官出任这样一来，南京政fǔ实际有十八个部mén，分属内阁管理的有十二个，直接对商毅付责的有六个
中央机构的组成等级就这样确定下来，而地方机构基本还是保持原样，按省、市、县、乡镇四级不变其实也就是对应巡抚、知府、知州、知县等官职而各官员的品级，还是沿用明朝旧制同时各级官员的奉禄以及补贴也都在以前的标准上，又增加一成左右
明朝的官员奉禄是中国历代最低的，如果尽靠奉禄，一般的官员根本养活不了自己，因为商毅集团的财政状况一向很好，因此政fǔ官员和官兵的饷奉都很好，要比明朝时侯高得多毕竟想要别人干活，总得让人家过得好一些
不过商毅当然清楚，官员贪不贪污，并不在于官俸的高低，宋朝是历代官俸最高的，但照样贪污成风，而明朝这样的低俸，也同样有两袖清风，清廉守节的官员，因此所谓高薪养廉，所起的作用其实十分有限治理贪污其实是一个世界xìng的难题，必须从道德、法制、完善的监督制度和财政管珪制度等几方面一齐努力才能完成，单靠某一方面，是洠в杏玫纳桃慵拍壳袄此担谡夥矫孀鞯没共淮恚堑靡嬗谕晟频牟普贫群图喽教弭�
另外商毅决定现在暂时还不设立勋位、爵位，以及荫恩亲属等制度，毕竟现在还没有到真实坐享其成的时候因此行政系统的官员构成基本就这样确定下来，以后再根据实际的需要，再增设其他部mén、官员
阅读最最全的小说
第一九四章 整编军队（上）
文官系统确定下来之后，接着就是军队糸统。~~而首先改变的，是军队的名称。
由于以前商毅只是一方的割据势力，为了增加军队的归属感，保障自已对军队的绝对控制力，因此才叫做商家军。但现在商毅己经正式称王，并且己经形成一个独立的政权机构，说是国家，也不为过，如果还叫商家军，仍然脫离不了军阀的味道。
商毅决定将军队正式分为陆军部和海军部两个编制，统一称为中华军，而陆军也称为中华虎贲军，海军则称为中华伏bō军。
这二个名称也得到众人的一致赞同，因为中华是中国、华夏的合称，自古可以代表中国以及汉族。因此取“中华”两字，就意味南京zhèngfǔ的目标是夺取天下，并非偏安一隅。也能体现商毅己经实质是一个一方君主的事实。
虎贲在中国古代，是是守卫王宫、护卫君主的专职军人，也可以指军中的勇士、猛将。而伏bō的本意就有降伏bō涛的意思，伏bō将军则是古代对将军个人勇武能力的一种封号，用这两个词分别称呼陆军和海军，不仅十分贴功，而且也可以充份说明出中华军强悍无敌的一面。
军队的名称确实之后，商毅也正式下令，将中华虎贲军按照湖北军区的模式，在全军內部设立军区，做为中华虎贲军的最高军队组织，在目前的势力范围中，成立山东、中原、江西、湖广、南京五大军区。各军区的最官员为军区司令员，司令部中可设副司令员一到两名，参谋长一到两名，副官六到八名，警卫队一到两个连。
各军区下设军编制，每个军的额定编制将分两个师、两个师、一个旅或一个师、两个旅三种，各军过去的番号依然保留在各军区中，其余将加设新的番号。另外每个军区都要编制一个骑兵师、旅和特种师、旅。
各军区的设制是
山东军区司令部设在青州，由原来的第四、五军组成，司令员周少恒，副司令员童大勇、、蒋义渠；参谋长唐镇、鲍铜钢。下设四个军总兵力十万七千人。
第四军军长滕胤yù，辖第二师、第十一师、第二旅。~~
第五军军长乔克裕，辖第八师，第十师、第七旅。
第九军军长冯进，辖第十四师，特种兵旅、第四旅。
第十军军长章一平，辖骑兵师、第十二旅、第二十七旅。
山东是商毅最初起家的地方，在占领浙江之后，一直都没有放弃，到现在己经逐步发展成总兵力超过十万的大部队，由其是山东军区的主将周少桓，不仅能够领军，而且在內政方面也做得同样出sè，山东军区己经形成一个初步能够自己自足的地区，而且尽管过去山东军区一直相对独立存在于商家军的系统内，但军区几名首领对商毅仍然保持着相当高的忠诚度，对商毅一直敬服不己，在山东地区也处处模枋商毅的行事作风，因此也赢得了一个“小督师”的外号。
虽然在清军南征时，山东军区并没有打什么大仗，尽管一直主要担任的牵制、吸引清军力的作用，但对商毅的命令执行却十分坚决，从来洠в斜ㄔ固籼薰Ｕ庖埠椭苌倩傅哪托娜八怠⒔馐头植豢６以谏碳揖绾Ｍ幌啥氖焙颍蕉堑Ｍ幌⒍拥那磐繁ず痛蠛蠓降乃刈饔茫⑶乙才汕脖Σ斡肓苏獯瓮幌挝瘢部梢运担绻麤＇有山东军区的协助和配合，这次突袭作战也无法取得成功的。
随着现在南京zhèngfǔ的势力己经扩大到了中原地区，而且和山东战区也重新打通了陆地的联络，在未来对清军的作战中，山东军区仍然是一支不可缺少的力量。
淮南军区，司令部设在凤阳，由原来的第一军组成，司令员成进，副司令员赵英杰；参谋长尤洪亮。下设四个军总兵力九万八千人。
第一军军长苏建林，辖第一师、第五师、第二十九旅。
第十一军军长程培经，辖第七师，第二十师。
第十五军军长程培经，辖第二十四师，特种兵旅、第一旅。
第十八军军长黄绳武，辖骑兵师、第五旅、第十九旅。
在两次清军南侵的战役中，淮南军区都是担任着主力部队，打了不少的大仗硬仗，也立下了不少功劳，司令员成进，己经成长为一各出sè的指挥者，可以算是商毅手下的头号猛将，在下一步对清廷的作战中，淮南军区仍然是中华军的绝对主力。
江西军区，司令部设在赣州，由原来的第二军组成，司令员罗远斌，副司令员王信；参谋长刘伯涛。下设三个军总兵力七万二千人。
第二军军长吴礼林，辖第三师、第三旅、第八旅；
第十二军军长刘远报，辖第四师、骑兵师；
第十六军军长郑广明，辖第六师第九旅、特种兵旅
江西军区的实际范围并不仅仅只是江西一省，南京zhèngfǔ的南部地区，使南京zhèngfǔ在与清军作战时，洠в泻蠊酥恰６绻蕉吮狈街螅骶步晌ツ戏降南韧凡慷印�
湖广军区，是由湖北军区加上驻守湖南的第三军合并而成，司令员李定国，副司令员杨武丞；参谋长李牟。下设四个军总兵力十一万二千人。
第六军军长李汉军、辖第九师、第十八师、第十六旅；
第八军军长黄庆文，辖第十师、第十五师、二十二旅；
第十三军军长黄向东，辖骑兵师、十九师，二十八旅；
第十七军军长李元胤，辖特种师、第六旅、第十七旅，
在新的军区编制中，湖广军区的兵力最多，这是因为湖广军区同时于清廷、吴三桂、永历朝三方接壤，因此面临的局面也最复杂，不过经历了独守黄州的历练之后，李定国也显示出了自己的名将潜质，因此商毅也十分放心的将湖北地区防守任务jiāo给他。
南京军区也是五个军区中最小的一个，是由从过去的湖北军区中，分离出的第七军为主组成，司令部就设在南京，主要的任务就是保卫南京、杭州两地。司令员段鹏，副司令员何冲；参谋长张达江。总兵力为五万人。下设二个军
第七军军长田楚，辖特种师、三旅、二十一旅；
第十七军军长张立东，辖二十五师、骑兵旅、三十三旅；
这样五个军区总计下来，中华虎贲军的总兵力为四十五万左右。而商毅计划，在扩充二到三个军，使总兵力超过五十万，另外再扩充十到十五的后备年，那么以后对清廷和南方作战，也就基本足够了。
而海军的编制就相对简单一些，中华伏bō军的司令部设在杭州，另外在山东登州、苏州南通和台湾基隆也都设有海军基地。司令员成钢、副司令员黄震、以下仍是五个海军分舰队，一个西班牙雇佣兵舰队，和三个长江分舰队。
目前海军部共计拥有各种舰船三百零七艘，主力战舰有一百七十七艘，分别为一级战列舰一艘，二级战列舰六艘，三级巡洋舰四十七艘，四级称为驱逐舰七十八艘，五级护卫舰五十五艘；辅助战舰一百一十二艘，其中包括有五艘二千料的大型战舰；另外还有飞剪船十八艘。
海军部的总兵力为五万七千人，其中包括基地后勤人员有一万四千，海军战斗人员有二万八千、水手、技术人负一万五千。
不过各舰队的最高长官将称为分舰队司令员。如果海军有出战任务，由多个舰队联合组成作战部队，将临时任命以联合舰队司令官，指挥作战。
由于跨海突袭作战取得完美的成功，因此人们的观念也在逐渐转变过来，这才完全理解商毅当初坚持要大力发展海军是多么有先见之明，对海军的作用也日益和重祀起来。
以目前海军部的规模来说，保护现在的中国沿海，以及威助震慑清廷的沿海、周边的曰本、琉球、仍致菲律宾地区也是基本足够了，但想将�