十一月，农民起义军“剽掠十余州，至于淮南，多者千余人，少者数百人”③。面对起义军的迅速发展，僖宗慌忙下诏，命淮南、忠武、宣武、义成、天平等五军节度使和监军，对义军采用软硬兼施的两面手法，既实行军事镇压，也兼及招抚。十二月，王仙芝进攻沂州（治所在今山东临沂），平卢节度使宋威主动要求讨伐王仙芝，僖宗当然同意，遂命他为诸道行营招讨草贼使，并赐禁军三千人，甲骑五百名，同时指挥河南地区藩镇参加镇压起义军的军队。
乾符三年（876）七月，宋威与王仙芝战于沂州城下，王仙芝因作战失利而远离沂州，宋威找不到王仙芝，遂向皇帝奏称王仙芝已死，并遣散各地军队，自己回到青州（治所在今山东益都西北）。正当朝廷庆贺胜利的时候，王仙芝又突然出现，一如既往地在各地活动。八月，王仙芝攻陷阳翟（今河南禹县）、郏城（今河南郏县），直接威胁东都洛阳。接着，王仙芝又进逼汝州（治所在今河南临汝），更接近洛阳。统治集团惊恐万状，僖宗急忙调忠武节度使崔安潜发兵镇压，并命昭义节度使曹翔保卫东都宫、左散骑常侍曾元裕守东都，还命山南东道节度使李福守汝、邓要路，又调邠宁节度使李侃、凤翔节度使令狐绹守陕州、潼关。可见，京师长安也受到震动了。
九月，王仙芝攻陷汝州，生俘刺史王镣。“东都大震，百官脱身出奔”③。有产之家也都“挈家逃出城”。僖宗感到形势严重，遂下诏“赦王仙芝、尚君长罪，除官，以招谕之”①。但王仙芝不如理睬，很快又攻陷阳武，继攻郑州。因在中牟遭昭义监军判官雷殷符的袭击，遂又南攻唐州、邓州。十一月，又攻陷郢州、复州。十二月，又先后攻克申州、光州、寿州、庐州、舒州、蕲州等地。淮南节度使刘邺束手无策，请求救兵，僖宗命感化节度使薛能选精兵数千人前往增援。在短短半年时间里，王仙芝起义军在今山东、河南、湖北、安徽等广大地区，所向无敌，使唐朝统治者上下不安，惶惶不可终日。最初自告奋勇与起义军为敌的宋威，也失去昔日的勇气，他总结康承训镇压庞勋的教训说：“昔庞勋灭，康承训即得罪。吾属虽成功，其免祸乎？不如留贼，不幸为天子，我不失作功臣。”②这种对起义军的观望态度，遭到宰相郑畋的猛烈抨击，僖宗不得不罢了他的官。
王仙芝进攻蕲州时，朝廷内部经过激烈争论，僖宗最后批准蕲州刺史裴偓的建议，对王仙芝实行招降。王仙芝率黄巢等三十余人入城，朝廷派宦官授王仙芝以左神策军押牙兼监察御史，并赠予大量财货。在王仙芝甚为喜悦的时候，黄巢等人却甚为不满。黄巢怒不可遏地说：“始者共立大誓，横行天下，今独取官赴左军，使此五千余众安所归乎！”同时还打伤王仙芝，“其众喧噪不已”①。王仙芝感到众怒难犯，未敢受命，但从此王仙芝与黄巢分道扬镳，各自行动了。
乾符四年（877）正月，王仙芝攻破鄂州。七月，王仙芝、黄巢共攻宋州，因作战失利而撤围远去。八月，王仙芝又先后攻下安州、随州，生俘随州刺③ 《资治通鉴》卷二五二，僖宗乾符元年。
① 《新唐书》卷二二五下《黄巢传》。
② 《资治通鉴》卷二五二，僖宗乾符三年。
① 《新唐书》卷二二五下《黄巢传》。
史崔休徵。接着，又转战于复州、郢州等地。十一月，驻兵于邓州的唐招讨副使、都监杨复光对王仙芝再次招降，王仙芝遣尚君长前往接洽，又被唐朝廷起用的宋威于中途劫取了尚君长。十二月，宋威向僖宗奏称是在颍州作战时生俘的尚君长，杨复光又揭穿了宋威的谎言。二人争功求赏心切，互不相让，僖宗派人查处，也难明真相，结果尚君长被杀，迫使王仙芝继续与唐军进行战斗。
乾符五年（878）二月，唐招讨使曾元裕于黄梅和王仙芝义军进行决战，结果王仙芝战败被杀，余众在尚让率领下参加了黄巢的队伍。
王仙芝是唐末大规模农民战争的发起人，他主张“均平”，对动员群众反抗唐朝的黑暗统治起了推动作用，他是唐末农民战争初期的领袖人物。但由于他受封建思想的影响，经不起高官厚禄的引诱，一再动摇，影响内部的团结，致使起义军分裂，最后战败牺牲，延缓了起义军的发展和壮大，推迟了唐朝统治的灭亡。
黄巢起义乾符三年（876）十二月，黄巢与王仙芝分兵行动以后，第二年二月即攻克郓州，杀天平节度使薛崇。三月，攻陷沂州。七月，又与王仙芝共攻宋州，在作战失利后，又单独南进蕲州、黄州，因受唐军阻击，于十一月又北进匡城、濮州，僖宗命颍州刺史张自勉率诸道兵镇压起义军。
乾符五年（878）二月，尚让率王仙芝余部归附黄巢后，称黄巢为冲天大将军，废唐僖宗年号，改元王霸，设置官署，建立了农民政权。这时，僖宗又用招降的办法，以黄巢为右卫将军，令就郓州解甲，黄巢置之不理。三月，黄巢自滑州进攻宋州、汴州，继又攻卫南，接着，又攻叶、阳翟，使东都受到威胁。僖宗急忙调河阳兵千人赶赴东都，又调驻兵荆、襄的曾元裕速到东都，还命左神武大将军刘景仁为东都应援防遏使，统率河阳、宣武、昭义三镇兵守卫洛阳。同时，还加强洛阳外围重要据点的守备。
黄巢没有强攻洛阳，使统治者出乎意料地突然挥戈南下，横渡长江，相继攻下虔州（治所在今江西赣州）、吉州（治所在今江西吉安）、饶州（治所在今江西波阳）、信州（治所在今江西上饶）等地。八月，黄巢兵向宣州（治所在今安徽宣州），受阻后转进浙东，开辟了七百里山路，进入福建。十二月，巢军攻下福州，观察使韦岫弃城逃走。乾符六年九月，黄巢攻克广州，俘虏广州节度使李迢。在广州期间，因起义军多是北方人，不能适应广州的气候，因病而死者不少。黄巢根据部下建议，转进桂州，然后沿湘江而上。在取得潭州全歼守敌的胜利以后，尚让乘胜进逼江陵。面对号称五十万众的起义大军，江陵的唐军不满万人。荆南节度使王铎不敢交战，留其将刘汉宏守江陵，自己率众走襄阳。王铎去后，“汉宏大掠江陵，焚荡殆尽，士民逃窜山谷，会大雪，僵尸满野”②。十几天后，起义军才到江陵。由此可见，唐军在镇压起义军的同时，还在继续残害百姓，激化阶级矛盾。
乾符六年（879）十一月，起义军兵向襄阳，山南东道节度使刘巨容与江西招讨使曹全晸联兵于荆门阻击。刘巨容伏兵于林中，曹全晸出兵迎战，佯败而退，诱起义军至伏兵处，起义军突然遭到袭击，损失惨重。黄巢与尚让② 《资治通鉴》卷二五二，僖宗乾符三年。
整顿队伍，渡江东走。有人劝刘巨容穷追黄巢，刘巨容则认为起义军被镇压后他就无处发挥作用，从而不被重用；若使起义军继续存在，他还可以有用武之地，有求富贵的机会。于是，黄巢军从容东去。由此可见，在阶级矛盾全面爆发的时候，统治集团内部的矛盾仍然有增无减。
黄巢过江后，先后转战于鄂州、饶州、信州、池州、宣州、歙州、杭州等15 州之地，众至二十万人。
广明元年（880）五月，黄巢屯兵信州，淮南节度使高骈又用招降的办法，表示愿为黄巢求请节钺，欲使黄巢归附于他。这时，昭义、感化、义武等军都已到达淮南，高骈不愿他们分享其功，遂向朝廷反映，他很快即可平定起义军，请求其他各军返回原地。僖宗同意他的意见。黄巢知道各军离开淮南后，立即和高骈开战，高骈大败，黄巢又一次声势大振。七月，黄巢自采石北渡长江，进击天长、六合。高骈自认为势单力薄，不敢出战。故在严加防备的同时，又上表朝廷告急。十月，巢军攻陷申州，又相继转战颍州、宋州、徐州、兖州等地。所到之处，官僚地主四处逃亡。十一月，黄巢破汝州，自称“天补大将军”，并向官军宣称：“各宜守垒，勿犯吾锋！吾将入东都，即至京邑，自欲问罪，无预众人。”①显然这是把进攻的矛头直接指向了僖宗，意欲分化瓦解唐朝廷与地方的力量。
面对黄巢逼近东都，僖宗急忙召宰相商讨对策，当有人提起要重视安禄山入关，迫使玄宗入川的教训时，僖宗极不愉快，但又无可奈何，只得命观军容使田令孜、左军马军将军张承范、右军步军将军王师会、左军兵马使赵珂等人，负责防守潼关。黄巢很快攻陷东都，挥戈西向。
张承范等人所率的神策军，多是平时募集起来的长安富豪子弟，他们往往贿赂宦官，取得军籍，以求厚赐。现在出征打仗，都与家人相聚哭泣，许多人以金帛雇贫人代行。这样的军队，当然没有战斗力。十二月初，张承范率二千人赶赴潼关，黄巢军也已抵关下。张承范与汝郑把截制置都指挥使齐克让共守潼关。齐克让初战失利，败退关内。黄巢乘胜破关，兵向长安。巢军逼近长安，僖宗在田令孜所率五百神策兵的保护下，惶惶如丧家之犬逃离长安。
金吾大将军张直方帅文武数十人迎黄巢于霸上，起义军浩浩荡荡进入长安，市民夹道聚观。尚让向市民宣布“黄王起兵，本为百姓，非如李氏不爱汝曹，汝曹但安居无恐”①。起义军碰到贫者，往往赠与财物；对唐朝的官吏则多杀之，特别是唐宗室更是得之者皆杀。
黄巢在长安建立大齐政权，改元金统。黄巢下令，“百官诣赵璋第投衔者，复其官”②。但宰相豆卢瑑、崔沆，左仆射于琮，右仆射刘邺，太子少师裴谂，御史中丞赵濛，刑部侍郎李溥，京兆尹李汤等人，拒不从命，均被义军捕杀。将作监郑綦、库部郎中郑綦，仇视起义军又无可奈何，只得举家自杀。张直方表面投降，暗中又与唐官吏过从甚密，也被黄巢杀死。
中和元年（881）正月，僖宗到达成都。二月就任命凤翔节度使郑畋为宰相兼京城四面诸军行营都统。郑畋是坚决与起义军为敌的死硬派，僖宗南逃后，关中各地还有唐军数万人，他派人到处联络，想把这些军队组织起来，对抗黄巢。他还约朔方节度使唐弘夫、泾原节度使程宗楚共同讨伐黄巢军。① 《资治通鉴》卷二五三，僖宗乾符六年。
① 《资治通鉴》卷二五四，僖宗广明元年。
当黄巢派人对他进行招降的时候，他又杀了黄巢的使者，以示决不投降。四月，唐各路大军逼近长安，黄巢主动放弃长安，移军霸上。唐军入城后，肆意抢掠，秩序混乱，黄巢乘机反攻入城，唐军溃不成军，死者十之八九，程宗楚、唐弘夫均被义军所杀。这次胜利，又大长了起义军的声威。黄巢再克长安后，并没有继续扩大战果，彻底消灭唐军残余势力，而是仍然仅据有以长安为中心的部分地区。这样，势必不能持久下去。
中和二年（882）四月，以中书令兼诸道行营都统王铎为首的各路唐军又逼近长安，起义军所辖地区仅只长安到同州（治所在今陕西大荔）、华州（治所在今陕西华县）一带。由于人口增多，生产也受战争的影响，粮价大幅度上涨，斗米值三十缗钱。九月，黄巢的同州防御使朱温向唐投降，更增加了大齐政权的困难。十二月，沙陀首领李克用率军四万人自河中渡河，到关中同州。中和三年（883）二月，李克用与其他唐军和起义军将领尚让十五万之众大战于乾阬、梁田陂一带，结果起义军失利，损失数万人。在东西两面受敌的情况下，李克用又不断派人潜入长安在暗中捣乱。黄巢感到形势颇为不利，遂发兵三万人，扼守蓝田通往中原的交通要道。
中和三年（883）四月，黄巢与李克用等唐军在长安激战以后，撤出长安，经蓝田、商州东去。五月，黄巢军名将孟楷进攻蔡州，蔡州节度使秦宗权投降。接着，又攻陈州。由于陈州刺史赵犨早有准备，加强城防，存积粮草，多募勇士，大大提高了陈州的防御能力，故而起义军初战不利，孟楷牺牲。十二月，赵犨求援于邻道，许州节度使周岌、武宁节度使时溥、宣武节度使朱全忠（即朱温，他降唐后，僖宗赐名全忠），都出兵增援。这些援军仍然不及黄巢军力强大，他们又共求救于河东节度使李克用。中和四年（884）二月，李克用率蕃、汉兵五万人自陕、河中渡河而东，向陈州进发。
李克用会许、汴、徐、兖各路唐军，于四月攻克黄巢在陈州以北的据点太康，又攻陷黄巢在陈州以西的据点西华，黄巢被迫退军故阳里。陈州也就解围了。五月，黄巢向大梁转进，朱全忠向李克用求援，在中牟北一战，起义军战败，尚