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洪武十五年（1382）四月，朱元璋出于打击元勋功臣的需要，他把自己身边负责警卫事务的亲军都督府的仪鸾卫改为锦衣卫，授以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯等大权。这是一个正式的军事特务机构，有指挥、佥事、镇抚、千户、百户，所统率的人员有将军、力士、校卫，直接由皇帝控制。它下设镇抚司，掌本卫刑名，兼理军匠，有它自己的法庭和监狱，也就是民间所称的“诏狱”。朱元璋把重大案件交给锦衣卫处理，由自己亲自掌握，锦衣卫也只对皇帝负责。朱元璋让锦衣卫在朝廷上执行廷杖的刑法，使不少大臣惨死杖下。
在地方上，各府县的关津要冲之地，朱元璋还设置了巡检司，有巡检和副巡检，都是从九品官，带领差役、弓兵，警备意外，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘奸伪。但是即使这样，似乎对广大民众仍不能达到约束的目的。于是里甲便被赋予执行检查的任务。里甲内的百姓不能随便外出，如果到百里之外，必须事先向地方政府领取路引（通行证），倘无文引，必须擒拿送官，而且里甲有责任了解所属百姓，对无正当理由外出的要报告官府，不报者以连坐处置。
这样，朱元璋通过这些机构布下了一张监视网络，从城市到乡村，从官僚到百姓，都处于严密的监视和控制之下。明初几起大狱的兴起，多与这些机构有关系，因此，不少达官重臣也难逃厄运。朱元璋尝说：“譬如人家养了恶犬，则人怕。”这就充分暴露了他专制帝王的嘴脸。
朱元璋利用特务手段，实行恐怖统治，对强化皇权一时颇有成效，然而他却同样不希望后人效法。洪武二十年（1387），处理胡案罪犯已近尾声时，朱元璋下令焚毁锦衣卫刑具，把犯人移交给刑部。又过了六年，待蓝玉案犯处理完后，他又再一次申明，以后一切案件交由朝廷三法司审理，内外刑狱① 叶盛：《水东日记》摘抄二。
② 《明史》卷一三七《宋讷传》。
③ 《明史》卷一三八《吴琳传》。
公事不再由锦衣卫处理。
朱元璋试图以一个开国皇帝的能力，为子孙后代创造条件，以保证他们将权力的接力棒永久地传下去。可惜没过几年，他的四子朱棣以“靖难”成功，登上帝座，又重新利用锦衣卫来镇压建文帝的臣下，并且还设置了提督东厂，开了明代厂卫一起制造恐怖气氛的先河，对明朝政治造成极坏的影响，并且一直延续到明朝灭亡。
取士与文字狱朱元璋出身贫寒，早年读书不多，但他很注意访贤纳士，吸纳知识分子，并虚心向他们请教，如李善长、陶安、宋濂、刘基等。他们给他讲经读书，参与军事密议，成为他的智囊谋士，这对建立明朝起了极大作用。
明朝建立后，朱元璋仍沿袭战争年代的做法，非常重视人才，洪武年间，他几次下诏访求贤才，如洪武六年（1373）朱元璋命令各级官吏荐举人才，其科目有许多种：聪明正直、贤良方正、孝弟力田、儒士、孝廉、秀才、人才、耆民等等。荐举来的人许多被授以大官，如尚书、侍郎、副都御史，地方上的布政使和府尹等官就更多了。
与荐举并行，还建立了科举取士制度，以进一步延揽人才。洪武三年（1370），朱元璋下诏设科取士，但到六年一度停止，十七年（1384）复设，后遂为永制。规定以八股文取士，以“四书”、“五经”为题，行文必须根据古人的思想来阐释，不许有自己的见解。考试分三级进行。规定每三年在省城举行乡试，中式的成为举人。乡试的第二年二月举人会考于京师，称作会试。会试后再经皇帝亲自复试，叫做殿试，取中的成为进士。进士分为一、二、三甲，一甲三人，称作状元、榜眼、探花，赐进士及第；二甲若干人，赐进士出身；三甲若干人，赐同进士出身。凡考中进士的，就可授以官职了。另外，为了进一步培养新的统治人才，朱元璋还特别重视学校教育。早在至正二十五年（1365），朱元璋就在应天创办了国子学。洪武十五年（1382）改名国子监，这是朝廷的学校。在地方上，还设府、州、县学，洪武八年（1375）又在各地农村设学。国子监的学生，在学校结业的，可以直接做官，或者再通过考试做官。有些甚至被授以地方大员或朝廷官吏，至于州县地方官，更是大批任用。另外，在学的监生还常奉命巡行、监督水利、清丈田亩、在各衙门实习办事等等。由于明廷对兴办教育的重视，并且又从中大批选拔人才，充实朝廷机构，入学就可入仕，因此士人入学读书的积极性都很高，可以说，明初的学校比以往任何时代都更兴盛发达。
朱元璋出于统治的需要而延纳人才，扩大新皇朝的社会基础，但却仍有一部分地主文人不愿和朱元璋的新皇朝合作。他们认为朱元璋出身卑微，发迹于红巾军，不甘做他的忠臣。有的甚至采取自杀、自残肢体、逃往漠北、隐居深山等办法，躲避朱元璋的征调。典型的如贵溪儒士夏伯启叔侄俩，斩断手指，誓不出仕。朱元璋把他们逮到南京审问，他们还口口声声称红巾军为“红寇”，引起朱元璋大怒，下令把叔侄俩押回原籍，处以死刑。当时许多不愿和朱元璋合作的地主文人都落了个杀头没产的下场。
朱元璋对付这些不肯合作的地主文人，多采用严刑峻法，而这些人更不满意朱元璋的统治，这样双方的对立越来越显著。朱元璋痛恨这些人胆敢抗拒，用尽一切方法镇压，而且随着时间的推移，朱元璋的疑忌心越来越大。因为他曾经当过和尚，所以忌讳“光”、“秃”这些字眼，就连“僧”字也很刺眼，推而广之，连和“僧”同音的“生”字，也不喜欢了。他早年投身红巾军起义，最恨人说“贼”、“寇”，连和“贼”字形音相近的“则”字，看到也生气。明初地方官逢年过节、皇帝生日及皇家喜庆日子所上的表笺，都是歌功颂德的言辞，照例由学校教官代作，然而这小小的表笺，却使朱元璋屡次发怒，下令处死作者。如浙江府学教授林元亮替海门卫官作《谢增俸表》，中有“作则垂宪”一语，杭州府学教授徐一夔表文中有“光天之下”、“天生圣人，为世作则”等语，朱元璋牵强附会，硬说文中的“则”是骂他做过贼，“光”是光头，“生”是“僧”意，是骂他当过和尚。怀庆府学训导吕睿为本府作《谢赐马表》，有“遥瞻帝扉”，“帝扉”被读成“帝非”。尉氏县教谕许元为本府作万寿贺表，有“体乾法坤，藻饰太平”八字，就更严重了，“法坤”是“发髡”，“藻饰太平”是“早失太平”。翰林院编修高启曾经作了一首名叫《题宫女图》的诗，其中有“小犬隔花空吠影，夜深宫禁有谁来”二句，被朱元璋认为是讥讽他的，从此怀恨在心。后来苏州知府魏观把知府衙门修在张士诚的宫殿遗址上，犯了忌讳，被人告发。正巧新房子的上梁文是高启写的“龙蟠虎踞”，朱元璋大怒，把高启和魏观均腰斩。文字狱从洪武十七年（1384）闹到二十九年（1396），前后达十三年。
其间，造成了朝野文人提笔怕文字狱，人人自危的恐怖局面。据说，有一年元旦之夜，朱元璋微服出巡。他忽然发现一个灯谜上画了一个女人，手里抱着一个大西瓜，安然地坐在马背上，马蹄故意画得特别大。朱元璋见了大怒。回宫后即命察缉，结果将做灯谜的杖死了。刑官执刑后，还莫名其妙，后来才明白，原来马皇后是淮西人，是个大脚，朱元璋怀疑灯谜是在暗讽马皇后，就这样一条小小灯谜，竟送了一条人命。
这些未必可信，据陈学霖先生考证，朱元璋极可能因个人好恶，或以政治关系需要铲除异己，故意断章取义，而罗织成狱，罪名虽谓干忤圣旨，事实或非如此。①尽管这样，恐怕多多少少也能反映出朱元璋的专横和残暴。① 陈学霖：《明太祖文字狱案考疑》，《明史研究论丛》第五辑。
第三节经济政策朱元璋即位伊始，几近二十年战乱的中华大地，却是遍地荆棘、满目疮痍。特别是山东、河南地区，受战争破坏最重，“多是无人之地”，②而河北州县，有的地方“道路皆榛塞，人烟断绝”，有的地方“积骸成丘，居民鲜少”③。面对严峻的现实，朱元璋采取了发展生产，与民休息的政策。洪武元年正月，各地州县官来朝，朱元璋对他们说：天下才定，百姓财力都很困乏，像刚学飞的鸟不可拔它的羽毛，新栽的树不可摇它的根一样，现在必须休养生息、搞好生产。同年十二月，朱元璋任命宋免为开封府知府，上任前要求他到开封后，务在安辑人民，劝课农桑，以求实效。他还要求各级官吏把“田野辟，户口增”①作为头等大事来抓，并规定官吏的考核都要上报农桑的治绩，违者降罚。
为了安定社会，恢复生产，朱元璋鼓励开垦荒地。洪武三年（1370）下令：北方郡县荒芜田地，不限亩数，全部免三年租税。同时还规定战争中抛荒的田地，被他人耕垦成熟的，就成为耕垦者的产业，如果旧业主复业，只能依丁拨田，这就承认了自耕农开发熟地的产权，也鼓励了农民垦荒的积极性。直到洪武二十八年（1395）还在大力推行。并规定洪武二十七年（1394）以后新垦荒田，不论多少，俱不征税，若地方官有去征税危害百姓的，要以法治罪。
为了加速荒地的开发，朱元璋还采取了移民屯种的办法，把农民从人多田少的地方迁到人少地广的地方。凡移民垦田的，都由朝廷给予耕牛、种子和路费，还免去赋税三年。在定额之外多开垦的荒地，永不起科。洪武三年（1370）六月，迁苏州、松江、嘉兴、湖州、杭州无业农民四千多户到濠州种田，又移江南民十四万户于凤阳。以后朝廷多次组织太湖流域和山西无地的农民，迁到淮河下游和淮河流域垦荒。
这些措施大大刺激了农民垦荒的积极性，也使大量土地得到开发和利用。据户部统计，从洪武元年到十三年，垦田数目逐年增加，十三年中增加的垦田数字为一百八十三万三千一百七十一顷。这个数目是巨大的。
明初除了民屯外，还有军屯和商屯。军屯由卫所来管理，以屯为单位，以每军受田五十亩作一分，官府提供耕牛和农具，开头几年免纳租税，到成为熟地后，每亩收税一斗。军士屯守比例是，边地军队三分守城，七分屯种，内地军队二分守城，八分屯种。明初六七十年间，由于军屯的发展，全国各地共有军屯田六七十万顷，相当于全国垦田总数的十分之一左右，可以说军屯规模是很大的，军粮基本上做到了自给。商屯是为了解决边地军粮，朝廷用开中法，鼓励商人运粮到边防粮仓，向官府换取盐引（贩盐凭证），然后贩卖，从中获取厚利，后来有的商人就索性雇人在边境开立屯田，就地交粮，以省去运费。商屯的推行，解决了边储，也开发了边疆。
为了恢复和发展生产，朱元璋十分重视水利建设。在他即位当年，他就下令，凡是百姓提出有关水利的建议，地方官吏必须及时奏报，对那些不重② 顾炎武：《日知录》卷十《开垦荒地》。
③ 《明太祖实录》卷二九、卷一七六。
① 《明太祖实录》卷三七。
视水利的官吏，则要加以处罚。洪武元年，修和州铜城堰闸，“周围二百余里”。四年修治广西兴安灵渠，可以灌田万顷。八年开山东登州蓬莱阁河，浚陕西泾阳洪渠堰。九年修四川彭州都江堰。十四年浚扬州府官河。洪武年间，明廷在各地组织修建了许多大型水利工程，有的投工达数十万人，可灌地数十万顷以上，另外，还修建了许多中小型的水利设施。洪武二十七年（1394），朱元璋还特谕工部，凡是陂塘湖堰，可以蓄水泄水防备旱涝的，都须根据地势加以修治。到洪武二十八年统计，全国共开塘堰四万零九百八十七处，疏通河流四千一百六十二道，修治陂渠堤岸五千多处，成绩卓然。朱元璋特别重视经济作物的种植。早在至正二十五年（1365），他在江南统治区就鼓励多种植经济作物。他下令：凡农民有田五至十亩的，必须栽桑、麻、棉花各半亩，十亩以上的加倍，田多的按这个比例递加，并且要地方官亲自督促，违反命令的处罚。洪武元年以后，他又把这个命令推广到各地，并定出科征之额，麻每亩科八两，木棉每亩四两，栽桑的四年以后再征租。洪武二十七年（1394）还令户部教全国百姓多种桑、枣、柿和棉