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在忏悔时，已找到了具强大力量的依止对境后，接着就要将自己的罪业在依止对境前毫不隐瞒地呈白出来，就象要给病人动手术，必须先把病人抬到手术台上、无影灯下一样，不然遮遮掩掩，或只是口头上轻描淡写地敷衍一下，轻飘飘地念几句心咒，便不能取得预期的效果。
下面是三，恢复力。
恢复力又名律仪力，即发誓今后纵遇命难，也不更作先前的罪业。如《三十五佛忏悔文》说：“后当永断禁”，《极乐愿文》也说：“若无禁心不清净，纵遇命难不善业，从今不作心誓守。”
今后纵遇命难时 亦绝不造诸恶业
我们已认识到了过去造下恶业的严重后果，在上师金刚萨垛前忏悔了以往的一切罪业后，今后再也不敢去做任何的恶业。在发下这样的誓愿后，过去一切的恶业都可清净，一切的善根都将恢复。真正认识到了恶业所要感到的无穷后患的人，如果给他一个选择，要么吃毒药，要么造恶业的话，他会毫不迟疑地选择吃毒药，因为吃毒药只有一时尚堪忍受的痛苦，而造业所带来的痛苦无边无际而又难以忍受。我们也应该具有这样的认识和决心，谨慎守护身口意三业。
下面是第四、对治力。对治力是上述三力之外一切对治业障的力量，包括祈请、发愿、念咒、回向、随喜、吉祥偈、安住胜义本性等。
祈汝悲眼视吾等 柔和之手赐解脱
这偈是祈请，即请上师您以大悲之眼慈祥地注视我们，请伸出您柔和圣洁的手，赐予加持，使我们跳出这个轮回苦海，获得永久的解脱。
这时并可观想从上师金刚萨垛的身体以及月垫莲花上象瀑布一样源源不断地降下白色的甘露，从头到脚灌满一切众生的身体，把一切众生的罪业化成黑水、脓血、蛇，蝎等逐渐排出体外，经过一遍又一遍的冲洗后，渐渐地一切众生都充满了白色的甘露，身体转变成了透明莹彻的金刚萨垛圆满报身。众生的罪业确实以黑水、脓血等方式存在着，一个人在忏悔后，罪业逐渐减轻，黑水、脓血等减少，身心相续转成金刚萨垛的洁白色，这些显现成就者们都可现量见到。
我与一切诸有情 失坏誓言皆令净一切胜共诸悉地 愿今悉皆得成办
这是发愿偈，即愿我与一切众生以此念修上师金刚萨垛忏悔罪业的功德，令过去所失坏的三乘戒律和自性罪都得以清净，并进而愿获得一切的殊胜悉地（成就）和共同悉地。殊胜悉地指出世间的成就，在大乘而言，即获证佛果；共同悉地指世间的成就，即八种世间悉地以及获得暂时善趣的果报等等。在以上如理观修后，再以这金刚句发愿，便能使这善愿极快成熟。
这以上正行念诵一遍，以下是仪轨中的小字（小字不念）：
“如是祈祷，若具足四对治力而诵念四十万遍‘嗡巴札尔萨垛轰’心咒后，则破根本誓言罪，亦能清净也。萨玛雅！最后回向及诵吉祥偈也。”
密咒的本体，即是本尊的究竟智慧，它具有外、内、密、极密等无量功德和含义，在准确地念诵咒音时，外、内、密、极密的一切功德都已同时获得。金刚萨垛本尊的六字心咒“嗡巴札萨垛轰！”是“百字明”的精华归纳，在它的外义上，意为“祈请金刚萨垛加持”，但念时仍应念诵咒音。
诵金刚萨垛心咒要符合三个要求，方能如理产生功德。一、具足四对治力。即先前按仪轨观修后，相续中的依止力、破恶力、恢复力都要具足，即对金刚萨垛强烈的皈依心，对众生的大菩提心，对恶业的追悔，今后不再造恶业的决心，都要能忆念并保持，同时还观想金刚萨垛身上不断降下洁白的瀑布一般的甘露，把自己与一切众生身上的疾病、魔障、罪业，相续中的贪、嗔、痴、慢、疑、吝啬、尖酸刻薄、损人利己、幸灾乐祸、爱占便宜、自私自利等一切的丑陋心态全都化成黑水、脓血、蛇、蝎等等，从毛孔中、从脚下排出了体外。开始时若不熟练，可以逐步分别进行，如专以皈依心念诵，或安住于菩提心之中念诵，或观想甘露沐浴身心等等，熟练后可试着练习同时进行。
二、每个咒语在念诵中间不能中断，也不能夹杂闲谈，如密宗《本续》中说：“如是净秽为千倍”，净即专一诵持，秽即念诵时夹杂闲聊，两者的效果有千倍之差。莲花生大师也说：“一年精进杂诵持，不如一月专诵佳。”莲师意为一年中夹杂言谈，泛泛而念，尚不如专心致志念诵一月的功德大。
三、念诵以出声念为主，上师法王如意宝教诫：对初学者来说，出声念最易与本尊相应。在出声念诵时，应断除六种过失：1、声音太高（特殊情况下除外）；2、声音太低；3、速度太快；4、速度太慢；5、吞音；6、加音。在相续上应除昏沉、掉举。并且应注意念诵时要保证质量，争取句句念得踏实，念一句有一句的收获，在此基础上，再追求更多的数量，如此将获得很大的法益。
下面是回向偈：
轰此善为主三世善 回向为利无边众愿诸一切能速得 金刚萨垛之果位
在回向之前，为了在解脱道上获得更多的功德，我们最好还加上随喜这一修法。随喜极易做到而利益又极大，是佛陀以及上师法王如意宝等高僧大德一再强调的修法。佛曾在《教诫胜光王经》中说：一切以贪著现世之心或因世间八法而发心所造的善业，不如以清净之心，随喜他人所作善业并回向无上菩提后所获的功德殊胜。《般若摄颂》中说：“三千须弥秤称可量取，随喜善法无能量取者。”佛世时波斯匿王发心供佛，有一贫女见后连续三天诚心随喜，故佛在这三天中都以贫女为首回向功德，因为其功德已超过了亲自供养的波斯匿王。恰美仁波切也说：“闻他人行善法时，当断嫉妒不善心，至心欣乐随喜者，当得福德与彼等。”弥勒菩萨的《现证庄严论》第二品中也讲述了随喜的修法。
我们每次在回向善根之前，应消除嫉妒与傲慢，对十方三世从佛到菩萨、罗汉直至凡夫的一切善根都诚心诚意地随喜，以此殊胜方便迅速积累福报。
回向是在完成善事之后，愿善事的功德如何成熟的一种发愿（与发愿的区别在于发愿是在作善事之前，回向则是在作善事之后），回向与不回向有很大的区别，比如为父母健康而诵咒后，若作回向，父母能得到这一功德，否则，父母并不能得到这一功德。而且在以后生起严重的嗔心和邪见之时，这些善根都会因此而长时不能感果，另外，回向的对象不同，所感的果也会有极大的差异。如果只为现世的一些利益如健康长寿、消灾免难、升官发财等回向，则所感的果极小，而且也只会成熟一次，要想所作的善根能恒久不灭，也有个殊胜的方法，即把功德回向无上菩提，这样所作的善根便会永远不灭，而且还会逐渐增上。若仍执著于世间利益的一些人可以这么观想：我在获得出世的功德甚至是无上佛果之后，何愁还得不到这些世间小利呢？诸佛菩萨的福报即已极好地说明了这一点。因此回向时发心应尽量广大。
佛陀与祖师们关于回向的开示极多，如在小乘的戒律中，经常遇到佛陀亲口宣说的这个回向偈：“此布施善根，皆随逐饿鬼，消饿鬼恶身，得生善乐趣。”佛在《慧海请问经》中说：“譬如水滴落大海，大海未竭彼不尽，如是回向菩提善，未得菩提亦不尽。”至尊弥拉日巴也说：“山林禅修大修士，与彼给养功德主，同获成佛之缘起，缘起精华为回向。”即山林中闭关的修行人，与为其供养的施主，只要他们诚心回向，都会同等获得成佛的缘起。噶举派的觉巴仁波切说：“二种资粮犹如摩尼珠，若不发愿亦即不拭净，所求之果最终不得成，故于回向当励力修持。”意即摩尼（如意）宝珠若不擦拭清净，人们便不可能从中求到财物，同样在积累福慧二种资粮时若不发愿回向，则佛果也不可能得到，因此应励力修持回向。《般若摄颂》与《现证庄严论》第二品也都强调了回向的重要性，在上面所举的贫女随喜获福的公案中，贫女因没有将随喜的功德回向，而在以后生起了嗔心而失坏了善根。
这个仪轨的回向是：以这个诵修上师金刚萨垛仪轨所获得的三千亿心咒的功德为主的三世中所造的一切善根，回向给普天下一切有情，愿他们能迅速忏除罪障，出离轮回，获得具德上师金刚萨垛的究竟果位。在回向的同时，观想金刚萨垛微笑着对自己说：“善男子，你失坏的一切誓言，都已经清净”，说完之后融入到自己与一切众生的身中，自己与一切众生都变成了金刚萨垛清净佛身。
上师法王如意宝说，在回向时，也可以加念其余的回向文，如《普贤行愿品》等经文，或已证圣位的祖师所作的回向文。我们发愿往生西方极乐世界的人，这时就可再加上往生西方极乐世界的发愿文。
下面是金刚吉祥偈：
嗡 诸现清净身庄严 诸声圆满密咒性诸念成熟智慧中 盛德圆满愿吉祥
这吉祥偈同时也是极深的修法。包含身、口、意的三个方面，即一切山河大地等色法的显现本来都极清净，都是上师金刚萨垛本尊的庄严身相；风声、水声、铃声等一切的声音都本自圆满为金刚萨垛心咒的咒音；一切的六识、八识都本来就成熟为上师金刚萨垛的无漏智慧。愿世界上的一切灾难恼害全部消除，佛法兴盛，人民幸福，并愿地狱等的天下无量无边众生都能往生西方极乐世界，得到上师圆满的果位。
如果按仪轨如理修持后，净除业障的验相便会很快生起。验相大致有两种：一是外在的，如梦见自己澡浴、吐黑水、喝清净的甘露、穿着白衣等等的瑞相；二是内在的，如相续中的烦恼日渐减轻，以前遏制不住的贪心、嗔心、嫉妒、傲慢等也日渐淡薄，自私等恶劣心理很少再生起，人际关系变得融洽，对上师三宝的信心和对众生的大悲心自然增长，对听法、修法的兴趣也不断提高，在修其余法时，也能很快地真实感受到修法的功德等等。
在娑婆世界中，尤其是在末法时代，我们很容易造下恶业，对已皈依三宝的人来说，最大的恶业有以下三类，应引起我们极大的注意。
一、对于传戒的上师（包括传授别解脱戒、菩萨戒及密乘戒）和传法的上师都应非常恭敬尊重，但在依止、求戒、求法之前，应先对传戒、传法的人作详细谨慎的观察。传授别解脱戒的上师至少应具有出离心，传菩萨戒的上师至少应具有菩提心，而传密法尤其是传大圆满法、灌大圆满顶的上师不但应具有上述的出离心和菩提心，而且应已有证悟的智慧。因此不管依止谁，向谁求法、求戒，即使他是释迦牟尼佛、宗喀巴大师、麦彭仁波切或是上师法王如意宝，事先都应做谨慎观察，这样才不会事后懊悔不已。只要是圣者，就经得起观察，而且我们越观察就越能了解他们的殊胜功德，生起的信心也就越不同寻常。在末法时代，诸佛菩萨化身的上师很多，但恶魔化身为上师形象的也不少，这些邪师在形象上跟上师、活佛、高僧大德一样，言谈举止迎合大众的口味，为了便于搞世间法，往往还自称或暗示自己是某某佛菩萨、祖师的化身，也有的打着法王等高僧大德的旗号，自称是受法王之命去那里传法，但实际上，他们以贪心做了许多非法行为，以至最后败坏了佛法的形象，并且依止他们的人在生活、修行上也产生了很大的障碍。还有的虽然显现上极象一位高僧大德，讲法时口若悬河、头头是道，但却认为释迦牟尼佛、龙树菩萨等讲法有误，而执着他们自己的分别念头才是正确，这种人只能葬送自他的善根，不能依止。
二、三宝中的法宝分教法与证法，涵盖从小乘直至无上密乘的八万四千法门。我们在皈依法宝时并不是皈依其中一部分，而是皈依一切法宝。佛法包含了世出世间法，其中有不少我们无法了达的深奥内容，对此我们应该高推圣境，而不能轻易评论，更不能动辄诽谤。有人对高深莫测的禅宗、密法不能理解，但至少有两条根据可以消除这些疑惑。一、禅宗、密法都是建立在第二转般若法轮以及第三转了义唯识法轮的基础上。在出离心、大悲心、菩提心、智慧上与显宗一脉相承，差异在于禅宗、密法在见解与修行上更为直接明了，具有更殊胜的方便。二、印度、汉地、藏地的历代的祖师都同时弘扬小乘、大乘乃至密乘的法，著名的如龙树菩萨、弥勒菩萨、无著菩萨、月称论师、一行和尚、莲池大师、宗喀巴大师、无垢光尊者、萨迦