唯识宗将一切法归之于阿赖耶识转变形式，认为一切法唯识，一切法不在识外，这也就意味着否定了外部世界的实在性。按唯识宗的说法，宇宙间一切法都是由阿赖耶识变现的，而阿赖耶识为各各有情各各有之，因此，现象世界都是由各各阿赖耶识变现而成。这就是说，每个有情都生存于各自阿赖耶识变现的世界。而每人的阿赖耶识所摄业力（有支熏习种子）不同，所以各人识所变的世界也就各不相同，比如：“如饿鬼傍生及诸天人世间于一事，见彼所识有差别故。”既然一切皆是识变，所以一切现象的存在物，皆是识的转变形式，本质是识，并不存在所谓的外在的实在物。这就否定了小乘一切有部的七十五种元素的法体实有说。而经部师所说的色、心的刹那的实在，由于也是离识（阿赖耶识）而有，所以也在被唯识宗的否定之列。这是从本源沦上来辨破小乘自性实有说。另外，唯识宗还从认识论上辩破小乘的自性实有说。如小乘一切有部就主张认识中的能与所、识与境，皆是有实体性的存在。而唯识宗则认为，识（前六识）作为存在，是如幻的缘起法，由第八识所摄种子为因相待而起，所以并非实体性存在。而识所对境，也只是识自身所现之影相，并非识之外的实在。因此，境亦无实体性。而小乘所说的识境实有，实际上是对识所现的似能所相执取的结果，并不真是实有。
唯识宗也依万法唯识、识外无境说，反对外道人我实有说（灵魂实有），认为外道所谓的实有我（灵魂），实际上也是执阿赖耶识所变现五取蕴为我。如《成唯识论》说：“世间沙门婆罗门等所有我见，一切皆缘五取蕴起。”既然五取蕴也是由识所变的假有，所以于五取蕴上并不存在如外道所说的灵魂实体。在唯识宗看来，外道（如婆罗门等）既坚持灵魂实我常住论，又讲轮回与涅槃，这是自相矛盾的说法。《成唯识论》说：“所执实我既无生灭，如何可说生死轮回。常如虚空，非苦所恼，何为厌苦求趣涅槃？故彼所言常为自害。”因此，并不存在所谓的常住实我（灵魂我），而只有识所变的五取蕴构成生死轮回的世间。而五取蕴的断灭，即超脱生死，获得涅槃。
唯识宗认为，阿赖耶识缘起论与传统上的十二有支缘起相比，具有更广泛的对治性，是彻底地贯彻佛陀无我宗旨的完善的缘起说。十二有支缘起主要是针对外道执著我的偏见而成立的缘起说，但它不能破除诸法自性实有说，也即只能成立人无我而不能成立法无我。而阿赖耶识缘起对治的范围非常广泛，它要破除的错误观点包括“或有计执自性为因，若有计执宿作为因，若有计执自在为因，或有计执实我为因”等等。总之，包括一切人有我及法有我见。只有阿赖耶识缘起论，才能真正建立人、法二无我论。这里有必要强调的是，唯识宗唯识无境说，只否定识外之境，并不否定境的存在。唯识宗认为境是内识所变，不在识外，虽是假有但不是绝对的空无。唯识宗所要破除的是对假有之识境的执取，并不否定假有的存在。
唯识宗认为万法产生的根源在于阿赖耶识，并且还将阿赖耶识视作生死轮回的主体，这在形式上有着灵魂论的倾向。俄国学者舍尔巴斯基就认为，“唯识论者认为各别的所有观念都只是藏识的转变形式。这代表了那种关于思想的相续之流的理论向某种实体灵魂的教义的显明回归。’’英国学者A．B．凯思也持有类似的观点，他说：“这样的观念实际上也就许可藏识有很大程度的实在性和普遍性，我们不妨将它看做类似吠檀多那样的绝对的东西，藏识的受染和变现万有，也就像受无明影响的绝对者的活—动；…．．·由是而言，藏识也就同数论的神我没有多大区别了。”我们认为，唯识宗的阿赖耶识与外道实有的灵魂有着原则上的不同。在唯识宗看来，阿赖耶识只是生死轮回世界中暂时的主体，而不是实体性的灵魂。也就是说，阿赖耶识并不是实有，它并不比它所变现的对象具有更多的实有性。实际上，它自身也是假有的无常法，以虚妄分别为性。《辨法法性论》说：“由不知真如，起虚妄分别，名曰一切种，为现二取因，依此起异识；故彼因及果，虽现而实无。”一切种者，即是指阿赖耶识，它的本性即虚妄分别，所以不是实有。另外，阿赖耶识与其他心法一样，也由自种子生起。如《成唯识论》卷四说：“如是八识及诸心所定各别有种子所依。”可见，阿赖耶识必然仍是现象界的假有，它虽然形式上类似于灵魂实有论，但是在本质上却与灵魂实有论有着原则的差别。这一点，我们可从上面唯识宗对外道灵魂实有论的批评中看出来。
同龙树中观学一味破斥小乘法相实有而少有正面建树不同，唯识宗不仅对宇宙的存有论结构作了层次分明的描述，而且还进一步明确了缘起世界的产生根源，这是唯识宗的一个理沦特色之处。而龙树中观学理论重心在于用般若智慧荡相遣执，开显宇宙实相，而对于缘起法的构成，未作出存有论根源的说明。唯识宗对现象法结构与根源的说明，目的在于保留住现象事物作为假有的存在地位，同时也从根源上说明现象法的假有性，藉此在其背后探寻真实的存在根基。因为，按唯识宗的“假必依真”的说法，现象界的假法必然有其真实的存在根基，否则的话，现象界就失去了存在的本体依据。而现象界是人的识变世界，这是一个人赋予之的意义世界。人与其现象界必然要有真实的存在依据，以作为人超越现象界并改变其生存意义的本体依据。寻找并构建人识变世界存在的真实根据，才是唯识宗成立万法唯识说的真正目的。唯识宗以万法唯识说对小乘自性实有论的破斥，其目的即在于让人认识到现象世界是假有的，不能在变幻不定的经验世界中，寻找人的生存的永恒价值，而只能在现象世界之上，寻求超越的本体根基，来安顿人的精神生命。人只有超越有限的现象界，证得现象背后真实的本体，才能从有限的范围内解放出来，而体验到无限，从经验的时间中解放出来而体验到永恒。如果说一切宗教与哲学的境界是至乐、自由与不死的话，那么在唯识宗看来，证本体的境界即是这至乐、自由与不死的境界，这也就是佛教所追求的涅槃境界。
二，诸法真如：本来自性清净涅槃
唯识宗所说作为人及现象界的存在根基，就是指真如。何谓真如？《解深密经》说：“由此真如胜义法无我法，不名有因，非因所生，亦非有为，是胜义谛。得此胜义，更不寻求余胜义谛。唯有常常时、恒恒时，如来出世、或不出世，诸法法性安立，法界安住。……由此道理，当知胜义谛是遍一切味相。”《成唯识论》说：“此诸法胜义亦即是真如。真谓真实，显非虚妄，如谓如常，表无变易，谓此真实于一切位常如其性，故曰真如，即是湛然不虚妄义。”这就是说，真如是恒常的、遍在的，非因缘非待他的绝对实在，是不生不灭、清净湛然的如如实在。这体现了真如作为绝对实在的超越性，根本不同于生死无常的现象界的假有。
经验现象的存在对应于人的认识，可分为两大类，即自相与共相。自相，即经验界刹那显现的缘起自性；共相，即是指全体经验界事物可言诠的共性理则（如无常、空、无我等），或者是某类经验界事物的共同属性（如火是一切火的同共属性）。前者是人感觉现量所得，后者则是人的比量（知性的判断、推理等）所得。按唯识宗的说法，经验现象的缘起自性（自相），是阿赖耶识变现结果，又是依他待缘的相对性的存在，所以是虚幻不实的假有。作为指称经验现象事物的共性理则的共相，则是抽象的理则，是知性对经验事物的共性加以言诠的结果，并非实有。而作为同类事物的共同属性的共相，如火等，虽不是抽象的理则，但也是识变的缘起法，也是虚幻不实的假有。唯识宗所说超验的真如实在，显然不能说是经验现象界的事物自相，也不可说是共相。《成唯识论》释真如曰：“二空所显圆满成就诸法实性，名圆成实，显此体遍常非虚谬，简自共相虚空我等。”真如之所以不同于事物自相，是因为事物自相“局法体故，不通于余”，而真如则是遍在的超验实在，贯通宇宙一切森罗万象。真如之所以不同于事物共相，是因为第一种空、无我的抽象的共相理则，“虽遍诸法，体非实有”；而第二种作为识变的同类事物共同属性的共相，也是唯局同类，不通于余，不具有真如超验本体的遍在性。所以，唯识宗才说真如不同于事物共相。
从唯识宗对真如与自、共相的简别可得出这样的结论：真如既是实有，而且也遍在于宇宙一切法。作为一种遍在的绝对实在，真如是个具有本体性质的概念。我们对本体一词的规定是指现象世界的超越的存在基体。它的特点是：首先，本体具有超越性，它是超越于经验世界之上，是绝对真实的形上实在；其次，本体具有内在性，它并非脱离经验世界，而是内在于现象世界，是现象世界的存在真性。唯识宗的真如，就是这样一个本体的概念。首先，唯识宗也是认为真如具有超越性，它不生不灭，常寂无为；其次，真如并非在识变的世界之外的存在，而是内在于识变世界，是识变世界的本性，如《成唯识论》说：“此诸法胜义，亦即是真如，常如其性故，即唯识实性。”唯识宗所说的既超越又内在的真如本体，其实是一切现象事物存在的超越依据，是现象世界背后的真实存在，以作为现象世界存在之价值所依。显然，这是一个价值论意义上的本体概念。
唯识宗的真如本体接近于西方康德哲学所讲的本体概念。康德哲学中的本体，是指“noumenon”。它的基本含义是指现象世界超感触的基体，主要是指物自身（也包括睿智存在者、灵魂等）。在康德哲学中存在着两个世界的划分，即超越的本体世界与经验的现象世界。其中，现象世界是由人的理性运用先验范畴统合感觉材料而成的表相世界，并不是事物自身。而本体世界则是物自身的世界，物自身是超验的本体，人的理性能力只能运用于经验表相世界而不能认知本体。本体并不是在现象世界之外，而就在其中以作为现象世界存在的基体（基础）。这种基体是指存在的真实根据、超越的所依，是一个具有价值论意义上的本体概念，而不是指客观意义上的现实物质。唯识宗的真如本体概念同康德哲学物自身概念相似，也是指价值论意义上的本体、存在的真实根据的意思。
正如康德由成立物自身引入直观（创现）物自身的睿智存在者（上帝），并最终导人在实践领域对上帝的信仰一样，唯识宗成立真如本体，也是为了确立对宇宙绝对的宗教信仰与实践。在唯识宗那里，也存在着真如本体与唯识现象两个世界的划分，唯识的现象世界被认为是非真实的存在，而真如本体世界则被认为是真实的存在。人类生存于现象世界，然经验世界是变幻不定的，不能给予我们生存的永恒的价值与精神上的至乐。故人类必然要超越于经验世界，寻求超验的实在，来安顿人的精神生命。唯识宗的真如本体，即是这样的一种超验实在，它是一宗教信仰与实践的理论设定，不是人的知性认知对象。唯识宗认为，真如本体即不能用理性认知、语言概念来表达，它“名言道断，寻思路绝”，唯圣者自内所证。在唯识宗那里，真如本体起到了对世人宗教修行的目的性规范作用，它是众生修行解脱的终极目标。众生若以真如本体为所缘境，则可净化现实的生命，使识变的现实世界超升到本体世界，而获得解脱证得涅槃。
唯识宗所讲的真如本体不同于小乘及外道的绝对实在论。小乘及外道的绝对实在，就其超验性而言也可称本体。比如，小乘一切有部认为多元的法性自体是恒常的实在，是不变的超验实在，也即本体，而现象界则是由法体所起现的刹那无常的作用聚合而成。本体与现象之间虽然属于不同的存在层次，但二者并非没有联系。如小乘有部所说，恒常的法体在业力的影响下能起现无常的现象。可见，在小乘看来，本体虽是恒常但并非不动。本体之动，即成现象界无常的存在。而本体即动即静，在无常的现象中，本体又保持其不变的实有。这在唯识宗看来是一种错误的见解。唯识宗认为，本体作为超越的形上实在，必然是如如不动的恒常实在，任何现象界的无常变化都不会影响本体界的如如的寂止状态。如《成唯识论》说：“真谓真实，