是佛理或佛的功德神圣化的结果，也是出于宗教信仰需要的终极设定。毫无疑问，唯识宗所说的法身，是一种神秘的实在。这种神秘的实在，并不是有意志的人格化的神。如果说这类似于泛神论，也只是具有理神论的形式，绝不是真正意义上的泛神论。它只是借用了泛神论的形式来表达对无处不在的宇宙本体（神秘实在）的崇敬与景仰而已。至于唯识宗所说受用身与变化身，则显然具有有神论的色彩。唯识宗就明确规定自受用身具备无边的妙相功德，而变化身则是自受用身所起现的神通。然而受用身与变化身是由大乘菩萨转识成智后，由无垢识所摄清净无漏种变现而成，属于缘起有为法，所以不同于作为无为法的自性身的实在。
值得一提的是，唯识宗说菩萨修得的受用、变化身虽是有为，但也可说是常住法，《摄大乘论释》说：“经说如来其身常住，佛受用身及变化身皆是无常，云何身常？故次成立二身常义。谓此二身依法身住，法身常故亦说为常。又受用身，受用无废故说为常。其变化身恒现等觉般涅槃等，相续不断故亦名常。复以譬喻显此二身是常住义，犹如世间言常受乐，虽所受乐非唯无间，而得说言此常受乐。又如世间言常施食，非此施食恒无间断，而得说言此常施食，应知二身常义亦尔。”这就是说，受用、变化佛身虽是无常，然也可称作常，此常是不断相续常；，不是真正的常住义（自性常）。此不断相续常之佛身，实是出于度脱众生的要求而相续不断，是本愿力作用的结果。因众生无边，故相续不断。然而这不同于外道婆罗门梵神永恒义，故不能将此视作唯识宗追求的最终目的。唯识宗认为修证佛法的最终目的，是通过转识成智而证得宇宙本质法身，超升现实的生命境界。这是一种追求智慧解脱的宗教实践，既不同于小乘佛教追求永恒的死，也不同于外道婆罗门追求灵魂我永恒的生。同龙树中观学一样，唯识宗追求的最终解脱状态，是证得超越生死的生命价值与意义的永恒。
四、一乘体极与教乘有别
唯识宗所依据的基本经典《解深密经》，提出三时教的说法，认为佛先后说有、空、中道三种教。第一时有教，为初成道后在鹿野苑说《阿含》等，立人我空之理；第二时空教，是释迦为破声闻、缘觉等根机的对诸法实有的执著，而于灵鹫山说《般若》等，开诸法皆空之理；第三时中道教，是释迦为破空执而于《解深密》等，说一切法唯识，立离有无二边之中道理。关于三时说，唯识宗是从时间的先后，与了义不了义两种次第来解说的，认为，释迦在不同时期所说的教法有义理层次上的深浅差别。而佛之所以于先后三时说了义、不了义教，其原因在于众生根性不统一，只能接受不同的教说。即根性较低的众生只能接受小乘教，而根性较高的众生就能接受空性教，至于利根众生则能接受唯识教理。
然而，在三时教之间，并非没有联系。唯识宗认为，唯识教是根本了义教；而前二时教则是枝末不了义教，是佛密意说。但佛密意说不可能违背唯识教理，佛说教理不可能前后矛盾，实际上佛说教理是一，只是众生根性不同而取教有异而已。窥基在《法华玄赞》中说：“从圣劣教，佛乘第一，独觉第二，声闻第三。无第二独觉，无第三声闻，非无三乘之中大乘体极。”所谓“无第二独觉，无第三声闻”，是说声闻、独觉教并非独立于大乘唯识教理之外而另有真实言教，三乘教表面上有异，其实都在宣说大乘体极之理。而“大乘体极”之理，指的就是作为宇宙本性的真如性净理。《摄大乘论释》就说：“法谓真如，诸声闻等同所归趣，故说一乘。”《成唯识论述记》也说：“依实真如说三乘无别。”这就是说，佛于一切时皆说大乘体极之理（真如性净之理），只是由于“三乘取教有偏”，“教同而机有异”，所以造成三乘之间的差异。这实际上说的是《法华经》会三归一的大乘思想。窥基在《法华经玄赞》中还引经教所说“佛以一音演说法众生各各随其解”，“一雨普润三草二木生长不同”，来说明大乘体极之理与三乘取教之机的关系：一乘教由根性不同的众生取受则成三乘教之不同，但三乘教之差异不碍一乘教体极的相同。这就是说，三乘教的差别是三乘人各取所需的取执结果，并不是佛理本身有三乘的不同。我们还可以从能证、所证方面来说明三乘的不同而同，如窥基在《法华玄赞》说：“如兔、马、象三兽度河，河性无差，得有浅深，又下经云：譬于高原穿凿须水，若见干土，知水尚远；若见湿土，知水不远；若见于泥，知水极近。水性无差，得之有异。此会理同而证有异，三乘证理有圆缺故。”大乘体极理同，是三乘之所证；而众生根机不同，成大乘之能证。大乘体极理同，故成一乘教；而众生根机不同，取证有异，得理有浅深，故成三乘教。三乘教虽对应不同根性的众生，但同显一乘体极之理，所以三乘教皆是佛说真实言教。
三乘同具大乘体极之理，同以性净之理为所缘，所以三乘教的目标相同，都是以证真如性净理为解脱。《摄大乘论释》说：“法谓真如，诸声闻等同所归趣，所趣平等故说一乘。”《瑜伽师地论》亦说：“诸声闻乘种性有情，亦由此道此行迹故，证得无上安隐涅槃。诸独觉乘种性有情，诸如来乘种性有情，亦由此道此行迹故，证得无上安隐涅槃，一切声闻、独觉、菩萨，皆共此一清净妙道，皆同此一究竟清净，更无第二。”甚至在方法论上，三乘教也具有相同性，即都是以转依（转识成智，转迷真如为悟真如）为实现解脱证得涅槃的方法。如《瑜伽师地论》说：“云何成办修？谓或声闻乘，或独觉乘，或复大乘，已得一切所有转依，及得一切诸法自在，此所有修名成办修。”
唯识宗主张五种姓说，根据众生无漏种的有无以及种类而把众生分为五类：声闻种、独觉种、佛种姓、五种姓和不定种姓。五种姓众生，都由其本识中具有的种子所决定。其中无种姓者，即是指先天即不具备般涅槃性者，不存在转依修证解脱的可能性。而声闻种姓、独觉种姓、佛种姓，则是修三乘转依得解脱的定性众生，分别具有成就声闻、独觉佛的种子。而最后一种姓，即不定种性，则是指或修二乘，或修大乘而不决定者。唯识宗认为，三乘定性众生经过佛法的修证实践所得的转依果，也是各自决定而互不相同，而不定种姓则随所修教乘，故得转依果也不定。《佛地沦》卷五说：“决定种姓各依自乘而得出离；不定种姓或依大乘，或依余乘而得出离。言出离者，即是涅槃。诸三乘人各自种姓以为因缘，……随其所应各证涅槃。”这就是说，每一种姓根据各自的种姓为因缘，各依自乘而取证涅槃。对于定性种姓来说，则随各自取证，所得涅槃并不相同。唯识宗将大、小乘所得涅槃分为三种，即：有余涅槃、无余涅槃和无住处涅槃。至于不定种姓，则或随小乘得有余、无余涅槃，或回心向大，随大乘得无住处涅槃。至于五种姓者，则不能证得任何涅槃。大、小乘涅槃虽有异，但由于大、小乘共同具有大乘体极之理，即真如性净之理，所以所得涅槃实际上都是指证得性净本体而获得的真如显现状态。《成唯识论》卷十说：“此虽本来自性清净，而由客尘令不显，真圣道生断彼障故，令其相显，名得涅槃。此依真如离障施设，体即是清净法界。”由此看来，唯识宗所说大、小乘涅槃又具有体性上的相同之处。唯识宗明确规定，真如离障而施设涅槃，大、小乘都是如此。唯识宗把诸法真如理称作本来自性清净涅槃，所谓真如离障施设涅槃，其实就是指真如自性清净体的显现状态。
五、小乘涅槃：真如离烦恼障
唯识宗以真如离障来施设涅槃之名，并依此来解释小乘佛教的有余涅槃、无余涅槃。
《成唯识论》说：“有余依涅槃：谓且p真如出烦恼障，虽有微苦所依未灭，而障永寂，故名涅槃”；“无余依涅槃，谓即真如出生死苦，烦恼既尽，余依亦灭，众苦永寂，故名涅槃”。
唯识宗对这两种涅槃的理解，坚持了小乘佛教两种涅槃概念的基本含义，即把断烦恼已尽但所依未灭称作有余涅槃；把所依亦灭，众苦永寂称作无余涅槃。但唯识宗对有余涅槃、无余涅槃的理解还不仅止于此，它进一步将有余涅槃、无余涅槃规定为真如性寂理出烦恼障的显现状态，即：真如出烦恼障，若苦依尚存，则为有余涅槃；若苦依永尽，则为无余涅槃。这就是说，所谓有余涅槃、无余涅槃，都是指真如理离烦恼障所显现的状态，其体性即真如法界，都可称作依真（如）理涅槃。如《成唯识论》卷十说：
谓有二乘深乐圆寂得生空观，亲证真如，永灭感生烦
恼障，尽显依真理有余涅槃。彼能感生烦恼尽故，后有异
熟无由更生，现苦所依任运灭位，余有为法既无所依，与
彼苦仍同时顿舍，显依真理无余涅槃。
意即，真理即真如理，其性本寂，即是自性清净涅槃。真如理在不同情况下显现，即成不同称谓的涅槃。小乘圣者断烦恼因而尚有苦依，真如理显则称有余依涅槃；若苦依亦灭，一切有为法随之皆灭，真如理显则称无余依涅槃。这说明，小乘佛教酌解脱也是以真如为本体依据，以证真如本体为得涅槃（有余，无余涅槃）。我们可以用“体用”范畴来表示二者的关系，即真如理是体，有余、无余涅槃是用。真如遍在于一切诸法，而有余涅槃、无余涅槃则是断烦恼所显真如，其体性即是真如，依离（烦恼）障而施设涅槃名。
唯识宗以真如离（烦恼）障施设小乘佛教的有余涅槃、无余涅槃，显然是依唯识宗的理论所作的创造性的阐释，具有唯识学的理论特色，不同于传统意义上小乘佛教的有余涅槃、无余涅槃。小乘一切有部主张元素的多元实在论，认为法体恒有，而法体所起的刹那作用形成生死世间的相续之流，所渭解脱，即是指消除业的聚合力，止灭刹那的相续作用，人于唯有法性的无余涅槃界。经部师则否认本体的实在，认为实有的只是刹那的性相，解脱只是断灭烦恼的状态而假名曰涅槃，也就是说，涅槃并非实有自体。而唯识宗却以本宗理论，将小乘的有余涅槃、无余涅槃的概念，解释成真如离烦恼障的显现状态，这样一来，对最终的涅槃状态的看法，就产生了本质的差别。这主要体现在人无余涅槃之后的存在状态的不同。唯识宗也是主张小乘圣者灰身灭智为人无余依涅槃，如《成唯识论》说：“尔时虽无二乘身智，而由彼证可说彼有。”但这种灰身灭智并不等于断灭一切的虚无，因为真如本体遍在常住，作为个体的修证者，虽然身智断灭（人无余涅槃），但本有的清净（寂灭）涅槃体性（真如）却常住不灭。小乘圣者（阿罗汉）人无余涅槃，身智的断灭只意味着超脱了一切生死，而消融于离相湛然、寂灭安乐的真如清净法界。如《成唯识论》说：
此位（作者注：指无余涅槃界）唯有清净真如，离相湛
然，寂灭安乐。
《瑜伽师地论》说：
唯余清净无为离垢真法界在。于此界中般涅槃已，
不得堕于天龙药叉。
这就是说，小乘圣者的最终解脱，是永远弃舍烦恼结业生身，超脱生死轮回，不堕众数而消融人于离相湛然的真如法界，此即小乘圣者所得无余涅槃界。这不是断灭一切的虚无，也不是假名，而是实有自性的存在。这也可称作实有涅槃说，它在形式上与一切有部的唯有法性的涅槃观相似。但是唯识宗与一切有部对法性（法体）的理解是完全不同的，一个是指一元的真如本体，一个是指多元的元素法体，所以导致了二者对小乘无余涅槃界的理解也有本质的不同。
对于唯识宗所说小乘无余涅槃界的实有性，《瑜伽师地论》中说得更为清楚：
问：于无余涅槃界中，般涅槃已所得转依，当言是有，
当言非有？答：当言是有。问：当言何相？答：无戏论相，
又善清净法界为相。问：何因缘故当言是有？答：于有余
依及无余依涅槃中，此转依性皆无动法。无动法故，先有
后无不应道理。又此法性非众缘生，无生无灭。然譬如
水澄清之性，譬如真金调柔之性，譬如虚空离云雾性，是
故转依当言是有。
这表明了无余涅槃界是实有自性的，在唯识宗那里，小乘圣者阿罗汉人无余涅槃并不是断灭一切的虚无。
关于有余涅槃与无余涅槃之间的差别