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景崧既驻台北，以逢甲率所部戍附近，备策应。提督张兆连驻基隆，总兵陈永隆驻沪尾，道员林朝栋率栋军驻台中，帮办防务总兵刘永福驻台南。别设团练、筹防两局，以绅士理之。以同知黎景嵩为台湾知府，俞鸿为台北知府，温培华为埔里社通判，史济道知台湾县，罗树勋知彰化，罗汝泽知云林，李烇知苗栗，凌汝曾知淡水，王国瑞知新竹，卢自■知凤山，孙育万知嘉义，欧阳萱知恒春。又以代理安平知县忠满兼护府道之印。惟台东直隶州胡传、南雅同知宋维钊仍旧，余悉先去矣。全台岁入正杂各项，计银三百七十余万两，而藩库尚存六十余万两。然自军兴以来，糈饷浩大，旋奉部拨五十万两。
南洋大臣张之洞奏请续拨百万两，划交驻沪援台转运局，以资接济。犹恐不足用，林维源首捐壹百万两，息借民间公款二十万两，而富商巨室倾资助军者，为数亦多。苍头特起，各备饷械。于是花翎侍卫许肇清起于鹿港，附生吴汤兴起于苗栗，徐骧、姜绍祖起于新竹，简精华起于云林。所部或千人，或数百人，皆乡里子弟愍不畏死者。而粤人吴国华、庞大斌各致其党，分乘小艇入援。部署甫定，而日军至矣。
烟台换约之后，日廷以海军大将桦山资纪为台湾总督，而清廷亦以李经芳为委员，至台授受，闻独立，不敢登。是日会于基隆舟次，立约二条：一曰，台湾全岛及澎湖列岛各通商口岸并在府、厅、县之城垒军库及官业，概让日本。二曰，台湾至福建之海底电线，他日两国政府别行商议管理。而台湾划归矣。当是时，日廷以近卫师团长能久亲王率师伐台，次中城湾，以少将东乡平八郎为海军司令官，大佐福岛安正为陆军参谋，率浪速、高千穗两舰赴淡水，就英舰询台事。炮台击之，乃驶去，游弋基隆。初六日，攻金包里，以缀台军，而第一旅团长川村景明潜出鼎底澳上陆。总兵曾喜照戍此，未战而溃。初七日，越三貂岭。景崧闻警，命吴国华率粤勇七百趣援。初八日亭午，遇于瑞芳，接战小胜。景崧复命胡连胜、陈柱波、包幹臣各率军助战。诸弁不和，退走基隆，而日军又进矣。基隆为山海险要，炮台在焉，提督张兆连率四营，通判孙道义领二营辅之。日军以度岭之艰，持粮步行，初九夜至基隆。两军互战，各死伤，国华不能支，拔队退。兆连冒雨至，黎明吹角，列阵再战，而日舰松岛千代田、浪速、高千穗开炮击岸上，兆连被困，亲兵死伤略尽。陈得胜、曾喜照陷阵救之，得胜战死，喜照亦殊伤，炮台遂陷。
十三日，日军以一大队迫狮球岭，台人请景崧驻八堵，为死守计。不从。
营官李文魁驰入署，大呼曰：“狮球岭亡在旦夕，非大帅督战，诸将不用命。”
景崧见其来，悚然立，举案上令架掷地曰：“军令俱在，好自为之！”文魁侧其首以拾，则景崧已不见矣。景崧既入，携巡抚印，奔沪尾，乘德商轮船逃。将出口，炮台开炮击之。适德兵舰泊附近，以其击己船也，亦开炮击。
当是时，溃兵四出，劫藩库，焚抚署，土匪亦乘发，斗死者五百余人，哭声满巷，如是两昼夜，林维源、林朝栋、丘逢甲相率去。艋钾绅士李秉钧、吴联元、陈舜臣等议弹压，而无力可制，往商大稻埕李春生，请赴日军求镇抚，无敢往者。鹿港辜显荣在台北，见事急，自赴基隆，谒总督，请定乱。许之，日兵遂进。十四日夜半，至城外，城兵犹守战，黎明乃陷。十五日，川村景明入台北，以骑兵略淡水。十八日，能久亲王至。二十一日，总督桦山资纪亦至，遂开府于此，以理军民之政。
台南既闻台北之报，议奉永福为大总统，不从。请移驻郡治，强之乃许。
设议院于府学，以举人许献琛为议长，彛慌袅垺⒊路锊任樵保芍谐旅衔锓谰殖ぁＪ棵裆鲜槁壅秸呦畋诚嗤艘榉朗刂摺Ｒ灾萘醭闪纪掣＞て旌笈谔ǎ岫匠侣尥绸窗簿杆牟莺芯位骼钣⑼痴蚝＞赴咨扯眨苊鞅辍⒄耪伎接は彩髯妓究氯晒锿臣峙诙樱现３ⅰ⒅艿闷簟⒖紫苡骶腊财剑俏？谥馈Ｒ愿苯型痴蚝：缶け澳希谓馐捞硗沉肪たこ牵俏诘刂馈Ｆ溆掠蜃鼙飞僮谥Ｗ智熬鼙钗逯鲁苯钽艉橹蚝Ｖ芯苯夤庵抑易址谰妓鞠羧⒅＞暗校妓厩鹌舯曛戏谰乇竿醯卤曛咝瞧於樱刂衣揖赣亓豕饷髦笥揖Ｆ湟迕裨蚪啃砟嫌⒅贤帕罚馓佬酥轮褚寰值们吮ひ寰Ｓ谑蓖练似姆ⅲ懈е８飨缇毂＜祝睾Ｒ嗔酚嫱牛赝�
日军既得台北，徇属邑，以一军取宜兰，一军攻新竹。二十日，陷南雅，余得胜率隘勇降。夜半，义军猝至，伏险以击。坊城队退据娘仔坑，而围之愈急，弹尽粮罄，死者过半，得援始免。其取宜兰者，以二十一日至头围，二十九日入县治。
闰月朔，日军至凤山溪，义军要击之，战至暮，新竹遂陷。大小凡二十余战，北埔富民姜绍祖死焉。
初三日薄暮，日舰二艘窥安平，傍英、德兵船停泊，炮台击之，乃北去。
十二日，桦山资纪介英人移书永福解兵，书曰：“自从客岁搆兵以来，我军疊战疊胜，贵国简使议和，订约数款，台湾及澎湖列岛，皆为贵国所割让。授受之后，本总督开府台北，抚绥民庶，整理庶务，凡百就绪。迩闻阁下尚踞台南，慢弄兵戈，适会全局莫定之运，独以无援之孤军，防守边陬之危城，大势之不可为，不待知者而知矣。阁下雄才大略，精通公法，然而背戾大清国皇帝之圣旨，徒学愚顽之所为，窃为阁下不取也。阁下若解廷谕，速戢兵戈，俾民乐业，当以将礼送归，麾下士卒亦应宥遇。现在台北等处，收容降败残兵，付船送还原籍者，计有八千人。本总督素闻声名，不嫌直告，顺逆之理，维阁下审计之。”永福得书不从，复曰：“中、日两国同隶亚洲之土，讲信修睦，载在盟府。不意贵国弃好寻仇，侵我疆域。中国宿将雄师，亦昭忠义，而兵机有失者，李鸿章之误尔。自古兴国之人，必先施仁布泽，而后可以得民心，而后可以感天意。刻下台北时疫大作，贵国兵队病故者多，民情不附，天灾流行，已可概见。而阁下犹不及时省悟，余甚惑之。余奉命驻守台湾，义当与台存亡。来书谓余背戾圣旨，又何见理不明也。夫将在外君命有所不受，况台南百姓遮道攀辕，涕泣请命，余既不敢忘效死勿去之语，又何忍视黎庶沈沦之惨，爰整甲兵，以保疆土。台南虽属边陬，然部下数十营，皆经战敢死之士，兼之义民数万，粮饷既足，军械亦精，窃以天之不亡台湾，虽妇孺亦知之。阁下总督全师，为国大将，雄才卓识，超迈寻常，何不上体天心，下揆民意，撤回军旅，归我台北，不唯台湾百姓感戴不忘，而阁下大义昭然千古矣。”资纪知不可说，遂进兵。
初，吴汤兴起兵苗栗，因饷事与知县李烇龃龉，飞电告急，彼此各执一辞。永福惶惑，令幕僚吴彭年率七星旗兵七百往，李维义副之。至彰化，台湾府知府黎景嵩请以维义援头份，彭年亦趣赴苗栗。六月二十日，日军攻头份，新楚军副将杨紫云战殁，维义败回。日军攻苗栗，前敌诸军请济师，永福苦无以应。初，台南独立之时，道库仅存银七万余两，府库亦六万余两，乃设官票局，权发钞票，以庄明德理之，一时市上流衍。南北洋大臣各派员视师，谋接济，且有俄人愿任保护之语，四川举人张罗澄寓书永福，请力守，将借韩藩外兵以援。然迫于盟约不成，而饷匮械绌，唯闽粤总督各贻旧枪一二千杆弹药数万粒而已。税务司麦嘉林请设邮政局，未旬日而征银五千余两。
二十日，责议院筹饷，咸束手无策，而前敌乞援急，乃搜括八千两与之。再令幕僚罗绮章渡厦，吁援各省，辞甚哀痛。
二十八日，日舰三艘窥台南，向午一舰近安平，开两炮而去。七月朔，复窥枋藔，已而至布袋嘴，以斥候上陆，诘永福所在。总兵谭少宗戍此，未敢战。旬日以来，游弋台南，沿海戒备，盖欲以牵制永福而力扑大甲溪也。
先是，彭年援苗，急就地召募，未成。二十日，日军破苗栗，李烇奔梧栖港，走福州。维义败回，猝率所部拒战，吴汤兴、徐骧助之，稍胜。初四日，日军以山根支队进攻，大队继之。管带袁锦清、林鸿贵皆战死，吴、徐退守府治。彭年驻兵牛骂头，将扼大甲溪，而募勇夜哗，撤回彰化，电告永福济师。
彰化为中路重邑，举人施菼、贡生吴德功设筹防局，谋战事。永福檄安平知县忠满援之，满不可，遣人说永福出战，而己居守。永福怒，以郑文海知县事，乃率四营往，逗留不进。吴汤兴所部索饷，环府门而哗，知府黎景嵩不能制，请彭年兼统之。再电济师，永福疑其规避，不听，而日军已迫大肚溪矣。城僚议弃城，彭年止之。再电闻，令曰：“兵来御之，死守无恐。”乃移驻城外。次日，遇日军结筏渡溪，徐骧拒之，伏莽丛中狙击。日军将济，而李邦华亦率乡勇数千至，然日军野炮甚厉，死者千余人。吴汤兴、沈仲安来援，截日军为二，击退之。次日，再战于李厝庄，小胜，将夺大甲，而谍报葫芦墩危，提督陈尚志战死。彭年调彰化知县罗树勋援之，会于头家厝庄。
庄豪林大春、赖宽豫设国姓会，连络数十社，率子弟千人助战，相持一日夜，终不敌。初五日，府城陷，树勋收兵回，而日军亦绕过北投，分两队，以川村为左翼，山根为右翼，进攻彰化。彰城小如斗，八卦山在其东，俯瞰城中，山破即城亦破，故建垒其上。晚，旱雷兵二百自南至，欲布雷于溪畔，而旱雷自海运鹿港，缓且不及。翌日，彭年誓师，以王得标率七星旗兵三百守中藔，刘得胜率先锋营守中庄，孔宪盈守茄疲牛钍勘⑸蚋Ｉ礁髀仕渴匕素陨健３蹙湃绽杳鳎站砸恢卸由嫦群谄煊忠砸恢卸踊髌浔场�
彭年开壁出，而别队已直捣八卦山。吴汤兴、徐骧拒战，力竭弹罄，汤兴死焉。彭年回军救，率众夺山，中弹死，李士炳、沈福山、汤人贵皆殁，死者几五百人，景嵩、树勋各微服逃，日军入城。
初十日，日军陷云林，进据大莆林，别以一军略埔里社，锋锐甚。永福赴曾文溪筹防，黄荣邦、林义成、简成功及子精华均受抚，愿效死。十一日，副将杨泗洪率镇海中军及吉林炮队取大莆林，义成、精华各以所部数千助战。
日军北，泗洪追之，中炮死。管带朱乃昌力战，夺尸归，反身再斗，而日军山炮队至，声震山谷。台军伏蔗林中以战，左右奋击，日军退。乃昌麾兵径取大莆林，遥见火光烛天，声喧甚，询之，则荣邦、义成来援也。乘势入大莆林，杀伤过当，乃昌亦血战死。永福令都司萧三发率福军前敌代泗洪，以银三千两犒军。十三日，檄成功统义军。守备王得标、嘉义知县孙育万会师，与精华之兵合克云林。日军入山，遇覆歼焉，又败之于芦竹塘。十六日，三发趣诸军取彰化，自辰战至日中，阻于日炮不能进，据险以守。当是时，军声颇起，中北各路约期俱举，而台南饷械已绝，永福又命吴桐林渡厦乞助，遍走沿海，无一应者。二十五日，精华、荣邦连战俱捷，献馘请饷。八月初二日，再电请，语悲痛，仅括千五百两以济之，附近庄民多椎牛食军，故不馁。方彰化之陷，徐骧率二十人走后山，间道至南，永福慰之，令入卑南募悍卒，得七百人，皆矫健有力者，驰赴前敌。彰化诸军攻围久，弹药将罄。
初六日，荣邦誓师决战，中弹死。初七日，义成再攻城，亦殊伤。十三日，日军大举猛扑三发之营，徐骧、精华援之。相战数日，骧死，诸皆受伤莫能起，云林复陷。永福叹曰：“内地诸公误我，我误台人。”
十九日，日军攻嘉义，王德标初营郊外，至是走入城。日军驻营，夜半地雷发，轰死者七百余人。翌日，以炮攻城，陷东门，总兵柏正材、营官陈开檍、同知冯练芳、武举�