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光绪二年六月，江南道御史林拱枢奏言：“琅■之役，沈葆桢暂任其事，议移巡抚驻扎台湾，俾善其后。以现在情形而论，区处台湾，非善后之谋，实创始之事。”十二月，刑部左侍郎袁葆恒亦奏言：“台湾之地，虽僻海滨，而物产丰富，各国垂涎。倘为外人盘踞，则南北洋各处，出没窥伺，防不胜防，而以民番杂处，区划尤难。非专驻大臣，镇以重兵，举其地之民风、吏治、营制、乡团，事事实力整顿，洽以德意，孚以威信，未易为功。查直隶、四川、甘肃各省，皆以总督兼办巡抚，可否改福建巡抚为台湾巡抚，常川驻守，经理全台。其福建全省事宜，专归总督办理，庶事任各有攸司，责成即有所属，似于台湾目前情形，不无裨益。”而巡抚丁日昌亦以分驻两地，往来不便，奏请简驻重臣，督办数年，而后建省。部议不可。七年春，巡抚岑毓英巡视台湾，以台湾孤悬海外，幅员辽阔，筹备防务，必须南北声气相通，方易措手。查彰化县治居南北之中，应将台湾道、府二缺，权其轻重难易，移一于此，俾可居中控制。兵备道刘璈以彰化之下桥仔头庄，可为都会之地，议移道缺，而以埔里社之中路同知为台湾直隶州，与巡道北路副将均移于此。划大肚、八卦两山之地，归州管辖。移彰化县于鹿港，改为州属。而猫雾拺巡检为州吏目，南投县丞为州判，驻埔里社。分凤山县学官一员为州学正。改台湾府为台南府，专辖台、凤、嘉、恒四县，以与台北对立。毓英以为可。将入奏，会越南事起，视师广东，台湾亦戒严，诏以直隶陆路提督刘铭传驻台治军。及平，以铭传为福建巡抚。十一年五月，奏请专驻台湾，办理要政，又陈设防、练兵、清赋、抚番四事。七月，钦差大臣左宗棠奏言：“今日之事势，以海防为要图，而闽省之筹防，以台湾为重地。台虽设有镇道，一切政事，必禀承督抚，重洋悬隔，文报往来，平时且不免稽迟，有事则更虞梗塞。如前次法人之变，海道不通，诸多阻碍，其已事也。臣查同、光之交，前办理台防大臣沈葆桢躬历全台，深维利害，曾有移驻巡抚十二便之疏，比经吏部议准在案。嗣与督臣李鹤年、巡抚王凯泰仍以巡抚兼顾两地覆奏。光绪二年，侍郎袁葆恒请将福建巡抚改为台湾巡抚，其福建全省事宜，专归总督办理。部议以沈葆桢原奏，台湾别建一省，苦于器局未成，彼此相依，不能离而为二，未克奉旨允行。厥后抚臣丁日昌以冬春驻台，夏秋驻省，往来不便，因有专简重臣督办数年之请。臣合观前后奏摺，督抚大臣谋虑虽周，未免各存意见。盖王凯泰因该地瘴疠时行，心怀畏却，故沈葆桢循其意，而改为分驻之议。丁日昌所请重臣督办，亦非久远之图，皆不如袁葆恒事外旁观，识议较为切当。夫台虽系岛屿，绵亘亦一千余里，旧制设官之地，只海滨三分之一，每年物产关税，较之广西、贵州等省，有盈无绌。倘抚番之政，果能切实推行，自然之利，不为因循废弃，居然海外一大都会也。且以形势言，孤峙大洋，为七省门户，关系全局，甚非浅鲜。其中如讲求军备，整顿吏治，培养风气，疏浚利源，在在均关紧要，非有重臣以专驻之，则办理必有棘手。以臣愚见，惟有如袁葆恒所请，将福建巡抚改为台湾巡抚，所有台、澎一切应办事宜，概归该抚经理，庶事有专责，于台防善后大有裨益。至该地产米甚富，内地本属相需，若协济饷项，各省尚通有无，亦万无不为筹解之理。委用官员，请照江苏成例，各官到闽之后，量缺多少，签分发往。学政事宜，并归巡抚兼管。勘转命案，即归台湾道就近办理。其余一切建置分隶各部之政，从前已有成议，毋庸更张，专候谕旨定案，即饬次第举行。”当是时，内外臣工条陈台湾善后者，凡十数起。而贵州按察使司李元度亦请以福建巡抚专驻台湾，兼理学政，且言军中所需军火炮械，均须在台设局，制造存储，不得如前仰给福建，致有隔绝之患。夫日本距台甚迩，日本疆圉略如台湾，而历朝以来，倔强自立，近且并琉球，乱朝鲜，改从西洋制度，俨然自居于列强之间。夫日本之财力，皆取之国中，非别有转输也，而游刃有余，可以富庶。台湾地大物博，百利未兴，若能经理得人，需以岁月，何遽不如日本哉。夫强弱无异民，不善用之则弱，能善用之则强。应请简任巡抚，镇道久任而责成之，辟土地，课农桑，征赋税，修武备，则七省之藩篱永固，而台湾可无害矣。旨下军机大臣、总理各国事务王大臣、六部、九卿会同各省督抚议奏。九月初五日，军机大臣臣醇亲王奕譞、总理各国事务大臣臣庆亲王奕劻、大学士臣世铎、臣额抑和布、臣阎敬铭、臣张之万、北洋通商大臣臣李鸿章等奏言：“臣等查台湾为南洋枢要，延袤千余里，民物繁富。通商以后，今昔情形，迥然不同，宜有大员驻扎控制。若以福建巡抚改为台湾巡抚，以专责成，似属相宜，恭候钦定。如蒙俞允，所有一切事宜，应由该督抚详细酌议，奏明办理。”诏曰可。于是设台湾巡抚，建省会于下桥仔头庄，以控制南北。设台湾府，领县四，附郭曰台湾，新设云林、苗栗二县，改台湾府为台南府，台湾县为安平县。升台东厅为直隶州，凡三府、一州、三厅、十一县，以铭传为巡抚。廷议以台湾南北袤延甚远，拟设台北道以分管理。铭传奏复：“添设台北道，不如添设藩司。”诏曰可，于是以沈应奎为台湾布政使，而兵备道仍兼按察使，又以澎湖为闽、台门户，非设重镇，不足以资控制，诏以澎湖副将与海坛镇对调，台湾镇总兵销去挂印二字，均归巡抚节制。十二年，设督办台湾抚垦大臣，以在籍太仆寺正卿林维源为帮办，兼团练大臣。铭传具干才，大兴新政，筑铁路，通航运，办清赋，辟山林，建学堂，讨军实，开矿产，振工商，计日度月，次第举行，将置台湾于富强之域。而士夫不谂其意，政府亦多掣肘，遂称病以去。继之者邵友濂，文吏也，诸皆废止。
二十一年，日本据辽东，诏割台湾以和，下旨撤回官吏。五月，台人自立为民主国，举前巡抚唐景崧为大总统，以李秉瑞为军务大臣，俞明震为内务大臣，陈季同为外务大臣，姚文栋为游说使，余如旧，而府县多缄印去。已而大总统亦逃，遂至于亡。
郑氏中央职官表
吏官 永历八年设六官，分理国事。
户官
礼官
兵宫
刑官
工官
学院 永历二十年设，以勇卫陈永华任之。
国子助教 永历二十年设，以叶亨任之。
行人 永历八年设。
给事中 此下二官，均明旧制。
各科主事
各科内都事
郑氏台湾职官表
承天府尹 永历十六年设，掌一府政事。
天兴知县 永历十六年设，驻府治，十八年改州。
万年知县 永历十六年设，驻兴隆里，十八年改州。
澎湖安抚司 永历十六年设。
北路安抚司 永历三十六年设。
清代职官表
福建台湾巡抚一员 光绪十一年奏改福建巡抚为台湾巡抚，暂驻台北。
十三年照甘肃、新疆例，改为福建台湾巡抚。
台湾布政使司一员 光绪十三年设，综核全台钱粮、饷项、考核大计，并设布库大使一员，兼理经历事。台湾按察使司一员 乾隆五十三年奉旨，嗣后补放台湾道员者，俱加按察使衔，俾得奏事。光绪十三年部议，台湾道向兼按察使衔，毋庸特设，一切刑名，由道管理，即设司狱一员。
提督学政一员 旧例以按察使副使或按察司佥事为提学道，每省一员。
雍正四年改为提督学政。台湾向以兵备道兼理，雍正五年改归汉御史。乾隆十七年复归道。光绪元年，奏由巡抚主政。四年，归道。十三年，仍归巡抚。
巡视台湾监察御史满汉各一员 康熙六十年设驻府治。乾隆十七年定例，自后三年巡视一次，不必留驻。三十年奉旨，嗣后随时派往。五十二年罢，命闽浙总督、福建巡抚、水陆提督，每年轮值一人前往巡视。
督办台湾抚垦大臣一员 光绪十二年设，巡抚兼理。
帮办台湾抚垦大臣一员 光绪十二年设，驻台北大嵙崁。
分巡台湾兵备道一员 康熙二十三年设，为台厦兵备道，驻府治。六十年，去兵备。雍正六年，改为分巡台湾道。乾隆五十一年，加兵备衔。五十二年，加按察使衔。
台南知府一员 康熙二十三年设，为台湾府，总汇各县刑名钱谷，支放兵饷。光绪十三年，改今名，移台湾府于台中。
台北知府一员 光绪元年设。
台湾知府一员 光绪十三年设。
台东直隶州知州一员 光绪十三年设，驻卑南。
台湾海防同知一员 康熙二十三年设，驻府治。乾隆三十一年，改为南路理番同知，兼海防。光绪元年，移驻卑南，本缺裁。
南路理番同知一员 光绪元年设，驻卑南。十三年，升为州，本缺裁。
北路抚民理番同知一员 乾隆三十二年设，驻彰化县治，办理淡、防、彰化诸罗民番交涉事务。四十九年，鹿港开港，兼理海防。五十年，兼理捕务。五十三年，移驻鹿港。光绪元年，改为中路抚民理番同知，本缺裁。
中路抚民理番同知一员 光绪元年设，驻埔里社。十年，奏仍驻鹿港。十三年裁。
淡水捕务同知一员 雍正元年设，驻彰化。七年改为抚民同知，移竹堑。光绪元年设县，本缺裁。
澎湖海防同知一员 雍正五年设海防通判，驻妈宫城。光绪十一年，升为同知。
基隆抚民理番同知一员 光绪元年设海防通判。十三年，升为同知。
南雅抚民理番通判一员 光绪二十年设，驻大嵙崁。
噶玛兰抚民理番通判一员 嘉庆十五年设，驻五围。光绪元年改县，本缺裁。
卑南州同一员 光绪十三年设，隶台东州。
花莲港州判一员 光绪十三年设，隶台东州。
安平知县一员 康熙二十三年设，原为台湾县附郭。光绪十三年，改今名，移台湾县于台中。
凤山知县一员 康熙二十三年设，驻旧城，后移今治。
嘉义知县一员 康熙二十三年设，驻佳里兴，为诸罗县，嗣移今治。乾隆五十三年，奉旨改今名。
恒春知县一员 光绪元年设，驻琅■。
淡水知县一员 光绪元年设，附郭。
新竹知县一员 光绪元年设。
宜兰知县一员 光绪元年设。
台湾知县一员 光绪十三年设，附郭。
彰化知县一员 雍正元年设，驻半线。
云林知县一员 光绪十三年设。
苗栗知县一员 光绪十三年设。
台湾县丞一员 康熙二十三年设，驻城。雍正九年，移驻罗汉门。乾隆五十四年，改巡检，本缺裁。凤山县丞一员 雍正九年设，驻万丹。乾隆二十六年，移驻阿里港。
诸罗县丞一员 雍正九年设，驻笨港。
彰化县丞一员 乾隆二十三年设，驻南投。光绪元年，奏移鹿港。十年，仍驻南投。十八年，复移鹿港，本缺裁。
下淡水县丞一员 光绪元年设，驻阿猴林。
头园县丞一员 嘉庆十七年设，隶噶玛兰厅。
新庄县丞一员 乾隆三十二年设巡检，隶淡防厅。五十�