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二年，太鲁阁番乱，讨之。太鲁阁为台东野番，负其险阻，辄出杀人。大春进兵破其社。番伏山上。下巨石，幸少死伤。乃戍兵于三栈溪畔，曰顺安城，为久住计。番无可归，介通事乞降，许之。获凶首三人，戮于台北。
三年，奇密社番杀总通事林东涯以叛。八月，统领吴光亮檄林福喜往讨，不克。乃自将，合孙开华、罗魁、林新吉之兵伐之，番降，约以明春各献米一担。至期果至，光亮命闭门，屠之，溅血声喧，死者百六十有五人，仅余五人幸免，自是遂弱。红头屿在恒春海中，距县东八十里。土番居之，性驯良，牧羊山中，剪耳为志，无相争诈。地沃，多椰树，莳杂谷，渔畜为生。周可六十余里，山高至五六十丈。有社七，错居四隅，男女不及千人，语言略似西洋，实莫测其所由。前时汉人曾与互市，然未隶版图。是年知县周有基率船政学生游学诗、汪乔年始至其地，抚之。又有火烧屿者，横直二十余里，与红头屿并峙，距卑南六十里，居民五百余人。商船避风，间有至者。四年春正月，商人陈文礼至加福宛垦田，为番所杀。营官命赎罪，不从，且杀兵丁，与竹篙宛番谋叛，报至。六月，陈得胜率新城之兵讨，不利。光亮自将，以张兆连自花莲港，列风顺自吴全城，吴乾初自六合庄，吴孝禄自农兵庄，刘国志自浊水营进兵合剿。七月二十六日，攻竹篙宛，破之。乘势捣加礼宛，番不能支，窜于东角山。会大风雨，多饿死，老番乞降，许之。以酒布贾其地。东至加礼宛溪，西至山，南至豆兰，北至加礼宛山，凡豆兰溪以北为官地，南为番地，各事开垦，毋相侵凌。改加礼宛为佳落，竹篙宛为归化。番乃服命。十年，率芒社番乱，讨之。
法人之役，刘铭传视师台湾，及平，经划善后，奏言办防、练兵、清赋、抚番四事，语在其传。铭传以经划台湾，必须开疆拓土，广徕人民，庶足自为一省。诏设台湾府于台中，改台湾县为安平，置云林、苗栗两县，升台东厅为直隶州，基隆通判为北路抚民理番同知。十二年四月，铭传任巡抚，奏设台湾抚垦大臣，巡抚兼任，以在籍太仆寺正卿林维源为帮办，驻大嵙崁。分全台番地为三路，自埔里社以北至宜兰为北路，以南至恒春为南路，台东一带为东路。置抚垦局及其分局，设番市司事，以理贸易，振兴茶脑，充其经费。以是拓地日多，租税骤增，台湾局面为之一新。初开山之后，台东埔里社、恒春、凤山各开义塾，教番童，颁训番俚言，俾之诵读，将以陶熔其蛮性。而吴光亮亦撰化番俚言三十二条，缕缕数千言，饬通事时为讲解。俾之同化。至是又颁教条，五教：一曰正朔，二曰恒亲，三曰体制，四曰法度，五曰善行。五禁：一做飨，二仇杀，三争占，四佩带，五迁避。设番学堂于台北府治，择土目之子弟而教之。一道同风，渐革顽陋。其不服者则移师讨之。剿抚并用，可谓能得其宜矣。
当开垦罩兰之时，移民日至，伐木治田，每遭番害。十一年四月，统领林朝栋率栋军三营，以郑以金为副。统领柳泰和亦率所部二营，进驻罩兰，遣人说苏鲁、马腊邦两社归顺。不从，且结东势角大湖各番以抗。五月，分兵三路而入，相持数月，地险不可攻。翌年七月，朝栋进兵陷围。报至，铭传自将麾下百名及兵勇屯丁九千五百人，大举以剿，番惧而窜。驻大营于埋伏坪，大隙、什只屋两山各建炮台，为合围计。然番每匿林中，以时狙击，死伤颇多。九月，进兵，捣其社，不见一人，归途遇伏，又损数百。于是戍兵三百五十名，以绝其道。番困无所得食，介老屋峨社土目请款。十月，始撤兵归。铭传以土目有功，授六品衔，改名白麻凤。先是，屈尺番污来社亦每出杀人。十一年九月，统领刘朝佑率铭军三营讨之，番降。
十二年春正月，大嵙崁番乱。铭传自将三营，至甘指坪，讨之。番惧乞降，颁以衣食而镇抚之。已而盍文坪之番叛。八月，甘指坪亦动，颇不受约束。乃议剿之。分兵两路，一自水流东以攻盍文坪，一自甘指坪而进竹头角。
宜兴社土目纠合各社，竭力以抗。山路危峻，瘴毒盛，未易进兵，官军战病而没者数百人。相持四月，乃谕番约和，撤兵归。十月，巡道陈鸣志、统带镇海后军副将张兆连先后禀请，后山番社尚多未抚，南至卑南、恒春，北抵苏澳、奇莱，若由水尾适中之地，与前山彰化开通道路，联络声气，先抚后山中路，则南北望风向化。否则一抚之后，仍然隔绝，徒糜经费，难求实效。铭传从之，檄署台湾镇总兵章高元率炮队，并镇海中军前营定字左营及练兵七百，附以人工，由集集开山而东。兆连由水尾而西，克期会办。高元乃自拔埔社而至丹社岭，计程一百二十有二里，兆连亦至，计程六十里。自冬徂春，一律开辟。当是时，兆连以管带黄定国、毕宝印招抚水尾、南北川、丁仔老二十有四社，次由花莲港至苏奇沿山一带，又抚他良等十有二社。兆连以太鲁阁、木瓜等势最强，若得内附，余番可服，乃率兵三营，进社山口，劝其纳款，否则开炮以攻。土目惧，乞抚，而大马鞍、大巴垄等五十有三社亦就抚。移军卑南，以次而进。平埔之南，以吕家旺为最强，恃其丁众，抗不奉命，附近各社多观望。兆连进兵山麓，命通事米清吉让之。土目知不敌，乃就抚，并约附近巴六凡等二十有六社归化，而八栲等十有三社亦来。卑南与凤恒地相毗连，危峰叠嶂，人迹不通，野番盘踞其间，其在凤山者以三条仑为大，在恒春者以牡丹湾为雄。兆连督凤山营都司蓝凤春、管带林维桢分道而进，招抚六仪等十有五社，阿眉等二十有二社，中心仑等四十有二社。管带黄定国、毕宝印亦抚大兰、大打腊等十有二社，地极深密，皆处山上，素不与人往来，至是乃出。先是，铭传檄统带镇海前军副将陶茂森招抚凤山、前山各番，于是沙摩溪等六社、柏叶等十八社、粪箕等四社均内附。当高元开山之时，自水底藔至埔里社，沿途招抚北港、万雾等五大社，眉加腊、吻吻等四十有四小社。又自拔埔至丹社之时，亦抚卓大、意东等六十有一社。嘉彰之交有番据焉，斗六门县丞陈世烈设抚垦局于云林坪，郡番、峦番、丹番等五十有三社，均内附，剃发输诚。此为最悍之族，而跳梁于中路山谷者也。巡道陈鸣志檄镇标中军易豫俊以抚大喃等二十有四社，又以游击刘智坤续抚大武垄、内攸等四社。唯新竹、五指山番凭其险阻，颇不受约束，叠戕垦户，众请讨。十二月，铭传檄统领林朝栋自十八孩儿社以攻石加碌之南，营官郑有勤率副营攻其北，各以化番为道，深入七十余里，开路筑卡，以压迫之。石加碌五社及哇西熬等十有七社皆乞降，并抚密拿楮等二十有四社而归。
十三年，铭传奏言：“臣自上年十月，亲督大队，剿抚中北两路生番。归化后，现在数月之间，所有后山各路生番二百十八社，番丁五万余人，一律归化。前山各路续抚生番至二百六十余社，番丁剃发者三万八千余人。水尾、花莲港、云林、东势角等处，可垦水旱田数十万亩。不独开疆辟地，且可免民番仇杀之祸。此皆朝廷威灵，远播遐荒，遂使深山幽谷茹毛饮血之类，咸知向化归仁，化狉榛而登衽席，实非臣所敢逆料。唯抚招愈多，经费愈巨，现已捐输截止，支绌异常。经饬各军仍回防所。筹划设官分治。俟有经费，再行续抚，以期全台生番一律归化。”初，北港溪番就抚后，人民多往开垦，而林朝栋亦给垦内国姓乾溪湾、抽藤坑等处，锄耰并进，可辟田园数百甲。然阿冷、白毛两社番辄出杀人，朝栋止之，不听，请讨。八月，以兵二千五百，分四道而入，扼要之地，各建炮台。番不敢出，伏丛莽以狙，颇多死伤。稍来社土目乃为斡旋，愿受约。十月，撤兵归，设隘于险，驻勇守之。是年埔里社熟番水社田头、猫兰、沈鹿与卓大社合以叛。戍兵不支，退焉。中路之山，往来暂绝。十四年六月，台东平埔番大社以有司暴敛，愤而谋叛，水尾溪南北各社俱起，大巴垄、马太鞍各番应之，势颇猖獗，遂迫花莲港营。李得胜邀击之，番败走，依其族七脚川、薄薄二社。二社已归顺，佯许之，醉以酒而戮之，以其头来献。越二日，平埔番合亚米士之族，可数千人，大举至卑南，环攻州署。统领张兆连督兵战，防守半月，不退。适兵舰自台北来，开炮击，以兵上陆助战。番不敌，始解围去。八月，统领刘朝祐率兵四百，自宜兰小坡塘坑入山，至冻死人坑，为南澳番老狗社所袭，力战免。十五年，铭传议讨，调福建兵舰来援，以同安水师副将傅德高为先锋，舣舟苏澳，大军继之。游击王冠英率镇海前营自小南澳上陆，以拊老狗社之背。总兵窦如田以铭字各营扼其前，定海、永保两舰为运船，靖远护之，游弋海上，备策应。铭传自督全军，驻苏澳，德高以数人侦察，为番所杀。如田率兵二千，深入其地，番惧而窜，匿荒谷，不敢出。相持两月，颇为瘴毒所苦，乃班师，以镇海前营驻苏澳。是时吕家望社亦乱，张兆连讨之。九月，大嵙崁马速社杀隘勇二十余人，铭传派讨兵，乃降。
十六年三月，牡丹社上目率番丁数人至田中央庄，狙杀庄民三人，庄民亦杀其番，烹之。牡丹番怒，合高士、滑加、芝来等社可五六百人，以攻柴城、田中央二庄。庄民御之，激战数日。恒春知县吕兆璜接报，命柴城把总以兵弹压，番不从，且杀兵，乃请讨。十二月，总兵万国本率两营至，声言大举，而按兵不动。嗣派通事，与番和，各毋相仇杀。十七年春正月，兵退。番复跋扈，再请讨。国本以兵千余，驻牡丹山下，不敢进。数月再派通事，申前约，撤兵而去。
十八年六月，射不力社番杀枫港庄民，民亦杀之。番遂夜袭，有众千余。庄民闻警，并力拒战，赴县请救。知县高晋翰与恒春营游击张世香率兵至，命和，不从。晋翰病归，未几而没。世香请讨，总兵万国本以兵千余至，分戍各地，命通事入山说降。又不从，乃先攻老佛、巴士墨二社，破之，毁其屋。又募枫港庄民六十为道，进攻他社。汛官汪斌素有力，率壮士数人入其内，猝禽土目出，斩之以徇。八月，大风雨，山水暴发，�