改革工作一直是由刘少奇主持的。
毛泽东、刘少奇等人充分认识到继续进行土地改革的重要性和必要性，是为了继续完成新民主主义革命的任务，并且为此充分交换意见，吸取苏联方面在建国后进行土改的经验。根据中国的实际情况，根据国内不同地区的情况，拟定了建国后土地改革的一系列方针、政策。
在毛泽东访问苏联期间，刘少奇就新解放区的土地改革问题同他进行电报往来，交换意见。并且，刘少奇对新解放区土地改革的督促工作得到了毛泽东的有力支持，在土地改革的政策方面也是一致的。
1950年1月4日，刘少奇为中共中央起草关于新解放区土地改革、减租减息和征收公粮的长电指示，提出了对新解放区土地改革的部署：“江苏、浙江、安徽、福建、江西、湖北、湖南、广东、广西、陕西、甘肃十一省应该准备在1950年秋后分配土地。在宁夏、青海两省完全汉人居住的地区亦须准备秋收后进行土地改革，在少数民族居住的地区及汉人与少数民族杂居地区则不进行。在贵州、云南、四川、西康则在1950年还不能进行土地改革，1951年秋后来进行。”另外，刘少奇还明确指出：“必须规定并宣布在没有进行土地改革以前的土地关系。即是说：在土地改革以前地主及旧式富农的土地，仍归地主及旧式富农所有，农民租种他们的土地在二五减租后仍应交租给他们，他们在依法实行二五减租后向农民收租仍是合法的。这种关系，在土地改革以前，即在上述十三省在今年冬季以前、在西南各省在1951年冬季以前确定地不变更，对生产是有好处的。”
1月29日，刘少奇为中共中央起草关于征收公粮问题的指示，由于民主党派人士陈叔通对家乡政府对他家征粮一事提出了异议，批评了某些地区对地主征粮过重的缺点，指出：“对地主征粮应比农民重一些，但不能将地主之租谷全部征完。必须留一部分给地主，如此，推迟土改时间，才有理由，才可能推迟下去，否则，地主暂时保留土地，我们推迟土改时间，毫无实际意义。”
2月12日，刘少奇又起草了《关于新解放区土地改革和征收公粮的指示》，提出了在新解放区分阶段、分地区实行土地改革的步骤和政策：1950年秋收以后，在江苏、浙江、安徽、福建、江西、湖北、湖南、广东、陕西、广西、甘肃十一省和宁夏、青海两省的汉人地区，凡是准备工作已经充足、群众的觉悟及组织已达应有水平的地区，由各省人民政府决定开始实行分配土地的改革；广西、云南、贵州、四川、西康、绥远六省，在1951年秋收以后由各省人民政府决定实行；新疆和全国各少数民族居住的地区以及少数民族与汉人杂居的地区，则在1951年秋收以后另行决定；所有新解放区，在实行分配土地以前，应一律实行减租。
同日，刘少奇将这个文件用电报抄送在莫斯科的毛泽东、周恩来审阅修改。
17日，毛泽东、周恩来对刘少奇的这一系列指示发回电报，肯定了他的措施。这一指示发出后，新解放区的土地改革进程就很明了了。各地纷纷掀起减租减息，肃清土匪，打击恶霸地主，建立农会，改造基层政权的运动，镇压反革命的运动也同时进行，对农村中的反革命势力给予了毁灭性的打击，有力地保障了后来的土地改革的顺利进行。
但是，随着全国范围内的土地改革日程的日益临近，已经在解放前就实行了土地改革的老解放区出现了一些新的问题，比较突出的是东北等地区的富农问题。
实际上，在建国初期，许多富农都是在各地区得到解放后出现的，就是原来的贫雇农分配到土地后依靠辛勤劳作和经营有方，逐步地发展了生产并有所节余，实际上开始将其一部分土地出租或雇人来为他劳动。这也就是农村中的农业工人和农业资本家的雏形。实际上，这种现象是农业发展过程中必然出现的，是一种资本主义的因素和倾向。在当时，新中国实行的是新民主主义的经济政策，对有利于生产发展的资本主义是有条件的发展的，是有限制的，但并不是说禁止这种农村中的资本主义的倾向和因素。否则，就是与新民主主义经济的政策和现状相违背的。
因此，刘少奇对这一现象是支持的，是持一种开明态度的，是从有利于新民主主义经济发展的角度赞成富农经济的发展的。也因之，在刘少奇这里，发展富农经济的政策是整个新民主主义阶段的政策，是长期的政策，而非权宜之计。
毛泽东并没有对刘少奇的观点提出异议甚至反对，他更注重于慎重对待富农问题是有利于土地改革的顺利进行这一角度，是一个暂时的政策，是着眼于一个时期的政策，解决具体问题，而不是长期的政策，不是长期的考虑。因之，毛泽东在认为农村中的贫雇农力量发展起来后，就开始向富农经济进攻了，目的是打击和消灭富农经济，进而助长农村的社会主义因素，使中国的农业尽快地进入社会主义。这也是后来毛泽东为什么很快提出向社会主义过渡的历史课题的原因之一，也是后来为什么毛泽东不赞成刘少奇关于山西批示的观点，是后来毛泽东批评“巩固新民主主义制度”的观点的原因之一。
因为，富农经济是农村中的资本主义因素，毛泽东更为高瞻远瞩的是，他认为应当在富农经济得到一定程度的发展后，在其还没有形成大的规模和政治力量时，就将其扼杀在萌芽状态之中，以利社会主义因素的增长。刘少奇之所以主张发展富农经济是从中国的国民经济恢复和发展的角度来看的，是从当时中国的农业状况十分落后出发的，是从中国还没有具备农业社会主义化的必备条件——工业化这一实际情况出发的。
最初的关于富农问题的争论出现在毛泽东访苏期间，比较集中于在1948年就已完成土地改革的东北地区。
东北地区在土改后的经济状况总的来讲是上升的：土改后农民经济生活大部分上升，上升的比例，松江占60％—70％，吉林约占2／3，黑龙江的显著上升户占54％。上升户中一小部分添了车马，有的雇了长工，买进或租进了土地。另有一部分人因缺乏劳动力或疾病灾害，或因缺乏生产资料或好吃懒做，经济生活下降，其中一小部分人开始向前一部分人出卖土地或出租土地，或借粮借款。
问题也就出现了。东北地区有些农村党员开始雇佣长工；许多党员不了解许不许群众雇工，许不许党员雇工；还有些党员听了党员不应剥削雇工的党课后，出卖牲口，解雇长工。也有些村干部不让上升户购买车马拴独犁，怕他们单干；有的认为组织起来是“国策”，单干不合法；甚至发展到有些村强迫农民参加互助组，而且认为参加三马组不算组织起来，只有参加六马组、八马组才算组织起来。
对出现的新情况，不少区县干部迷惑不解，甚至彷徨徘徊，也提出一些实质性的问题：新民主主义的农村究竟是什么样子？农民应该经由什么样的道路走向富裕？什么叫提高一步？除了组织起来以外，农村还要干什么？
对这些出现的新情况、新现象、新问题，东北局书记高岗的回答是：“我们农村经济发展的方向是使绝大多数农民上升为丰衣足食的农民。而要做到这一点则又必须使绝大多数农民‘由个体逐步地向集体方面发展’。组织起来发展生产，乃是我们农村生产领导的基本方向。”
高岗在1949年12月召开的东北农村工作座谈会上讲话批评了农业社会主义思想，但其重点是批评各种各样的“要求单干，对单干、对旧式富农感兴趣，对组织起来感苦恼”的思想；虽然也提到允许单干、雇工，但重点强调了加强领导，组织起来。他提出：现在的互助合作，“在获得生产工具的改进之后，还可以进一步提高与发展”，以小型为主的变工互助组，根据当地农业和副业生产的需要，根据群众要求与干部强弱等条件，“逐步地提高为联组”。
这次会议后，《东北日报》发表了关于互助合作的宣传报道，把高岗的这些讲话概括为“把互助合作组织提高一步”。接着，1950年1月4日，《东北日报》发表了高岗在会议上的总结发言。
而这些，在后来山西省委向中共中央的报告中也提出来了。刘少奇两次都予以反对和批评，这说明他对农村中的互助合作还是非常慎重的，认为不能超越新民主主义的阶段，而把互助合作组织提高一步，就实际上过早地开始向社会主义过渡，超越了新民主主义的阶段。
1949年12月31日，中共中央东北局组织部作出了“农村支部工作指示”，并报送中组部请求答复意见，提出了富农中的党员问题，实际上与富农经济问题密切相关。在此之前，东北已经出现了这一问题。
由于东北大部分农村是在1948年前后完成土地改革的。相对而言，东北地区农村经济的恢复和发展比其他地区就早，经过东北农民的几年努力，不同程度地扩大了生产规模，生活也逐步得到改善，农村经济逐步上升。其中一部分农民为进一步扩大生产规模，已经拥有少量雇工并新购买了少量土地，存在着新富农的发展倾向。这样，中共中央东北局就向中共中央提出了党员成为富农后，其党籍怎么办的问题。1949年7月，中组部答复说，“暂保留其党籍。”
解放后，东北局再次提出了这一问题。中组部按照刘少奇的指示，在给东北地区的党组织的指示中，指出：
加强党员对农村经济发展的教育，以便提高党员个人与领导群众生产的积极性。教育党员懂得我们今后农村经济发展的方向，是奖励农民生产发家，勤劳致富，使绝大多数农民上升为富裕的农民。而达到富裕的办法，则提倡“以个体经济为基础，在自愿两利原则下组织起来，逐渐地由个体经济逐步地向着集体经济方向发展。”这样才更能促进绝大多数农民富裕起来，不受或少受商人的剥削。因此应当教育党员，积极参加变工组，大量在合作社入股，搞好变工组与合作社，是农村党员的基本任务。批评某些党员只想个人发财，不管多数群众贫困，甚至想剥削别人的富农思想。
这次关于富农党员的争论，实际上就是关于富农经济问题的争论。这在建国后还是第一次。如何处理，将关系到全党能否正确处理正在或即将出现的新富农问题。因此，刘少奇对此非常重视。
1950年1月23日，刘少奇批发了中组部《关于“农村支部工作指示”的意见》，答复东北局的请示。信中指出：
我们的意见是党员雇工与否、参加变工与否，应有完全的自由，党不得加以强制，其党籍亦不得因此停止或开除。如果在今天
过分强调党员不准剥削别人，以及党员必须参加变工组织，并须起带头作用等则势必使部分党员，对生产消极。
各地的经验，均已证明党员不雇工，群众即不敢雇工，党员对生产消极，群众中的生产热情，就绝不可能发动起来。因此，对农民党员进行教育时，固须指出组织起来的好处，但同时更须明确提出“单干”与“雇工”是党的政策所允许的。
在今天农村的各阶级基础上，农村资本主义的一定限度的发展是不可避免的，一部分党员向富农发展，并不是可怕的事情，党员变成富农怎么办的提法，是过早的，因而也是错误的。
当天晚上，刘少奇同中共中央组织部副部长安子文等人谈话，谈关于农村工作的问题，主要就东北提出的富农党员问题进行进一步的阐述。
刘少奇在这次谈话中提出了著名的“三马，一犁，一车”模式，认为有这三种生产工具的农民，他的性质不是富农，而是中农。虽然这种农民在东北还未超过10％，“现在东北，应该使这种中农得到大量的发展。”很明显，刘少奇赞成这种农民得到充分的发展，以保证农村经济的尽快恢复和发展。而这种农民之所以发展到这种状况，实际上与他的个人努力劳作分不开的，实际上是建立在个体经济的基础之上的。
因此，刘少奇认为，东北局所主张的通过“变工组与合作社”向集体经济的方向发展是错误的，“今天东北的变工互助是建筑在破产、贫苦的个体经济基础上的，这是一个不好的基础。”东北之所以有70％的农户参加了互助组，刘少奇认为是个体经济的破产，“将来的发展，个体经济都能独立的生产，变工互助势必要缩小”。
在这次谈话中，刘少奇认为只有在“单干”发展到一定基础上时，才能使个体经济在参加变工互助时是“真