，但许多大臣表示反对，理由有二：一是如立朱棣为太子，对朱棣的兄弟则无法交待，一是不合正统习惯。朱元璋经过再三考虑，终于决定立朱标之子——皇孙朱允炆为继承人，为此，朱棣一直耿耿于怀。
朱棣在就藩燕京以前，朱元璋还为他完了婚，妻子就是明王朝第一功臣中山王徐达的长女。朱元璋听说她“贞静，好读书”，被人称为“女诸生”，就把徐达找来说：“你我是布衣之交。古代君臣相契的常结为婚姻，你的长女就嫁给我的四子朱棣吧。”徐达自然是满口答应。徐氏于洪武九年（1376）被册封为燕王妃，第二年就成了亲。这时朱棣18岁，徐妃16岁。就是这位看来贤淑贞静的徐妃，后来成了朱棣夺天下、治天下的得力内助。这种婚姻实质上是一种政治行为，在这点上其他诸子也是比不上的。这对朱棣以后的发展都是很重要的因素。
忍辱装疯
朱棣进入北京的时候，当时元朝的势力虽然已经被赶到了大草原上，但还具有相当强大的军事实力，并不断骚扰明朝的北部边境。因此北京并不安宁，它是作为一个军事重镇而存在的。
另一方面，朱棣入住北京的时候，元朝灭亡不久，皇宫尽管已经烧毁了，但当年世界之都的繁华还在。在这个国际都市生活了20年，朱棣的胸襟与气魄更像一百多年前入主中原的蒙古大汗。蒙古大汗残酷勇敢，富有世界野心，他们的帝国不仅是汉语的故乡中原，还包括了世界上所有有人居住的地方。可以说是北京成就了朱棣。
1390年对蒙古乃儿不花的初战告捷，使他树立了威名，成为通往皇权宝座的良好开端。这一年元旦刚过，朱棣就接到太祖朱元璋的命令，让他和晋王分别统帅兵马合击蒙元丞相咬
住和平章乃儿不花。而立之年的朱棣异常兴奋，因为这是他第一次经历如此规模的大仗。素有野心的朱棣知道，这是他磨练的大好时机，也是展现自己的一次难得的机会，因此精心准备，志在必得。
朱棣首先派出几股哨兵四出侦查，摸清了乃儿不花的确切位置。时值三月，没想到天不作美，竟然下起了大雪，气温也随之下降。有些人请求燕王停止行军，暂避风雪。朱棣却有另一番见解，认为这正是出奇制胜的大好时机，因此大军冒雪而进。当大军出现在乃儿不花面前时，他十分惊讶，毫无准备。朱棣没有贸然进攻，而是派已降明的乃儿不花旧交观童前去劝降。乃儿不花知道无法抵抗，只好前往朱棣军中请降。朱棣摆酒设宴，对他非常热情，令乃儿不花很感动，遂主动要求前去劝降咬住。就这样，朱棣第一次大规模出征就兵不血刃地大获全胜。而另一路的晋王生性怯懦，不敢深入蒙古腹地，结果一无所获，倒是陪衬出燕王的智勇双全。朱元璋非常高兴，赏赐宝钞100万锭，对他更加信赖。这次胜利，令朱棣声名鹊起，也是他在政治舞台上的完美亮相。
朱元璋死后，朱允炆继了皇位，改元建文。这位年轻的皇帝和他的父亲一样抱着以仁治国之心治理天下。建文初年，社会稳定，政治开明，百姓称颂，洪武时期的高压政策被结束，阴深恐怖的南京宫殿一下变得光明起来。不过建文帝朱允炆更适合作一个文人，由于他在残酷的政治斗争上优柔寡断，历史无情地剥夺了他做个太平天子的想法。
由于建文帝年龄既小，又生性仁慈懦弱，他的叔叔们各霸一方，并不把他看在眼里。这样一来，建文帝的皇权受到了严重的威胁，在一些大臣的鼓动之下，建文帝开始削藩。在削藩的过程中，杀了许多亲王，其中当然也有冤杀者，燕王朱棣听了，十分着急。好在燕王朱棣封在燕地，离当时的都城金陵很远，又兼地广兵多，一时尚可无虞。
僧人道衍是朱棣的谋士，他对朱棣说：“我一见殿下，便知当为天子。”相士袁珙也对朱棣说：“殿下已年近四十了，一过四十，长须过脐，必为天子，如有不准，愿剜双目。”在这些人的怂恿下，朱棣便积极操练兵马。
道衍惟恐练兵走漏消息，就在殿中挖了一个地道，通往后苑，修筑地下室，围绕重墙，在内督造兵器，又在墙外的室中养了无数的鹅鸭，日夕鸣叫，声浪如潮，以不使外人听到里面的声音。但消息还是走漏了出去，不久就传到朝廷，大臣齐泰、黄子澄两人十分重视此事，黄子澄主张立即讨燕，齐泰以为应先密布兵马，翦除党羽，然后再兴兵讨之。
建文帝听从了齐泰的建议，便命工部侍郎张籨为北平布政使，都指挥谢贵、张信，掌北平都司事，又命都督宋忠屯兵开平，再命其他各路兵马守山海关、保卫金陵。部署已定，建文帝便又分封诸王。朱棣知道建文帝已对他十分怀疑，为了打消他的疑忌，便派自己的三个儿子高炽、高煦、高燧前往金陵，祭奠太祖朱元璋，建文帝正在疑惑不定，忽报三人前来，就立即召见，言谈之下，建文帝觉得除朱高煦有骄矜之色外，其他两人执礼甚恭，便稍稍安心。等祭奠完了朱元璋，建文帝便想把这三人留下，作为人质。正在迟疑不觉之际，朱棣早已料到这一着，飞马来报，说朱棣病危，要三子速归。建文帝无奈，只得放三人归去。魏国公徐辉祖听说了，连忙来见，要建文帝留下朱高煦。原来，徐辉祖是徐达之子，是朱棣三子的亲舅舅。他对建文帝说：“臣的三个外甥之中，惟有高煦最为勇悍无赖，不但不忠，还将叛父，他日必为后患，不如留在京中，以免日后胡行。”建文帝仍迟疑不决，再问别的人，别人都替朱高煦担保，于是，建文帝决定放行。朱高煦深恐建文帝后悔，临行时偷了徐辉祖的一匹名马，加鞭而去。一路上杀了许多驿丞官吏，返见朱棣。朱棣见高煦归来，十分高兴，对他们说：“我们父子四人今又重逢，真是天助我也！”
过了几天，建文帝降旨，对朱高煦沿路杀人痛加斥责，责令朱棣拿问，朱棣当然置之不理。又过了几天，朱棣的得力校尉于谅、周铎两人被建文帝派来监视朱棣的北平都司事谢贵等人设计骗去，送往京师处斩了。两人被斩以后，建文帝又发朝旨，严厉责备朱棣，说朱棣私练兵马，图谋不轨。朱棣见事已紧迫，起事的准备又未就绪，就想出了一条缓兵之计：装疯。
朱棣披散着头发，在街道上奔跑发狂，大喊大叫，不知所云。有时在街头上夺取别人的食物，狼吞虎咽，有时又昏昏沉沉地躺在街边的沟渠之中，数日不起。
谢贵等人听说朱棣病了，就前往探视。当时正值盛夏时节，烈日炎炎，酷热难耐，但见燕王府内摆着一座火炉，烈火熊熊，朱棣坐在旁边，身穿羊羔皮袄，还冻得瑟瑟发抖，连声呼冷。两人与他交谈时，朱棣更是满口胡言，让人不知所云。谢贵等人见状，就告辞了。
谢贵把这些情况暗暗地报告给了朝廷，建文帝有些相信，便不再成天琢磨着该怎样对付燕国了。但朱棣的长史葛诚与张、谢二人关系极好，告诉他们燕王是诈疯，要小心在意，谢贵二人还不大相信。过了许久，燕王派一个叫邓庸的百户到朝廷去汇报一些事情，大臣齐泰便把他抓了起来，严加拷问，邓庸熬不住酷刑，就把朱棣谋反的事从头至尾说了一遍，建文帝知道后大惊，便立即发符遣使，去逮捕燕王的官吏，并密令谢贵等人设法图燕，再命原为朱棣亲信的北平都指挥张信设法逮捕朱棣。
张信犹豫不决，回家告诉母亲，母亲说：“万万不可，我听说燕王应当据有天下，王者不死，难道是你一人所能逮捕的吗？”张信便不再想法逮捕朱棣，可朝廷的密旨又到了，催他行事，张信举棋不定，就来见朱棣，想看个究竟。
但朱棣托病不见，三请三辞，张信无奈，就便服前往，说有密事求见，朱棣才召见了他。进了燕王府，但见朱棣躺在床上，他就拜倒在床下。朱棣以手指口，荷荷而言，不知所云。张信便说：“殿下不必如此，有事尽可以告诉我。”朱棣问道：“你说什么？”张信说：“臣有心归服殿下，殿下却瞒着我，令臣不解。我实话告诉你，朝廷密旨让我逮你入京，如果你确实有病，我就把你逮送入京，皇上也不会把你怎么样；如果你是无病装病，还要极早打算。”
朱棣听了此话，猛然起床下拜道：“恩张恩张！生我一家，全仗足下。”张信见朱棣果然是装病，大喜过望，便密与商议。朱棣又召来道衍王拱等人，一同谋划，觉得事不宜迟，可以起事了。这时，天忽然刮起了大风，下起了暴雨，殿檐上的一片瓦被吹落下来，朱棣显得很不高兴。道衍进言说：“这是上天示瑞，殿下为何不高兴呢？”朱棣谩骂道：“秃奴纯系胡说，疾风暴雨，还说是祥瑞吗？”道衍笑道：“飞龙在天，哪得不有风雨？檐瓦交堕，就是将易黄屋的预兆，为什么说不祥呢？”朱棣听了，转怒为喜。于是，朱棣设计杀死了张、谢两人，冲散了指挥使彭二的军马，安定了北平城，以“清君侧”、“诛奸臣”为名，自称“奉天靖难”，公然造反了。
宋忠将兵3万，驻军开平，是防备燕王的重要军事力量。燕王举事后，宋忠未敢贸然进军，而是移军怀来。朱棣控制了北京城，招降守备通州的通州卫指挥佥事房胜，攻取蓟州。居庸关被朱棣攻破，守将率败军归附宋忠。宋忠为调动士气，谎称原来燕王府守卫的家属被燕王杀害了。燕王知道这一情况后，特意让那些士兵的亲属打前锋。原燕王府守卫看到家人没有死，恼怒宋忠欺骗他们，就临阵倒戈。宋忠顿时阵脚大乱，燕王趁机麾军过河，直扑过来。宋忠由是大败，逃回城内，结果城破被捉于厕所内。
怀来击败宋忠，是朱棣起兵后第一次大规模的战斗。这次战斗，斩首数千人，缴获战马八千余匹和大量的军械。更为重要的是，怀来之战解除了北平周围的军事威胁，提高了军威。不久开平、龙门、上谷、云中、永平等处守军纷纷投降，壮大了朱棣的力量。
八月，建文帝命老将耿炳文率兵13万征讨燕王。由于朱元璋几次借故大杀功臣后，
朝廷中已经没有几个能征惯战的武将了，所以尽管耿炳文当时已经65岁了，也只能披挂出征。耿炳文驻军真定，派前锋9000人据守雄县。朱棣探知清楚后，于八月十五日悄然来到雄县。
正值中秋之夜，守城士兵饮酒赏月，放松了警惕。当发现燕兵时，朱棣的军队已经攀上了城墙，守军仓促应战。这支部队是南军的精锐，战斗力很强，直到第二天破晓之时，朱棣才攻占县城，南军全部力战而死。
离雄县50里的莫州，由潘忠、杨松率军驻守。朱棣料定二人会来援救，命千余勇士埋伏在必经之路的月漾桥下的水中。潘忠果然带兵来援，见雄县已失，想退回莫州，不料燕兵突然从水中冒出来，占据了月漾桥。这样前后夹击，南军大败，许多人掉进河里淹死了，潘忠被俘。朱棣乘胜追击，招降了莫州留守的万余人。一天之内，南军损失了3万人马。
这时南军尚有10万人马，驻兵真定，分为两营，列于河两岸，互相声援。耿炳文担心燕军势盛，下令移营合兵。朱棣趁机率军猛攻，南军仓促应战。战斗十分惨烈，最终南军不敌燕军铁骑，退守真定城，不再出战。耿炳文长于固守，而所率军兵多步兵；燕军多骑兵，擅长野战。朱棣认为耿炳文是富有作战经验的老将，不好对付，担心时间一长，士气低落，遂围城三日后退回北平。
真定一战，南军损失数万人马，但主力尚存。如果坚持固守策略，朱棣还真没有什么好办法。然而建文帝对战事甚不满意，命李景隆接替耿炳文，意图从速歼灭燕王朱棣。临阵换将，本是兵法大忌，何况李景隆然而缺乏作战经验，是一个纸上谈兵的纨绔子弟。
李景隆放弃了耿炳文稳健的策略，率军直扑北平，分兵三处：一军攻打北平九门；一军攻打通州；自己驻扎郑村坝（北平东20里）。当时朱棣赴大宁寻求救兵，北平守备空虚。攻打北平的战斗十分激烈，正阳门情势岌岌可危。燕王妃徐氏亲率妇女登城，投掷石块，帮助守卫城门。主攻彰义门的瞿能父子骁勇善战，率领精骑一度攻入城内，然而李景隆却命令等待大队人马，结果贻误战机，守军以水泼城，一夜成冰，第二天已经难以攀爬了。守军并没有一味死守，而是在夜里不断派遣小股部队骚扰南军，弄得南军精疲力竭，人心不宁。
十一月，朱棣已经收编了宁王的部队归来，包括能征惯战的朵颜三卫骑兵，实力大为增加。李景隆派陈晖率一万骑兵东行，寻找机会迎击燕军，不期