诏令一下，吴三桂果然暴跳如雷。他自以为是清朝开国老臣，现在年纪轻轻的皇帝居然撤他的权，就非反不可了。
1673年，吴三桂在云南起兵，自称“天下都招讨兵马大元帅”。为了笼络民心，他脱下清朝王爵的穿戴，换上明朝将军的盔甲，在永历帝的墓前假惺惺地痛哭一番，说是要替明王朝报仇雪恨。但是，人们都记得很清楚，把清兵请进中原来的是吴三桂；最后杀死永历帝的，还是吴三桂。现在他居然打起恢复明朝的旗号来，还能欺骗谁呢？
叛乱的形势正如康熙当初估计的一样，吴三桂在西南一带势力大，一开始，叛军打得很顺利，一直打到湖南。他又派人跟广东的尚之信和福建的耿精忠联系，约他们一起叛变。这两个藩王有吴三桂撑腰，也反了。历史上把这件事称做“三藩之乱”。
一石激起千层浪。三藩一乱，“东南西北，在在鼎沸”，京城里有杨起隆举事，察哈尔有阿尔尼叛乱，四川、广西一带的文、武官员也附合响应，半个中国都燃起了叛乱的战火。而且，先后发生京师大地震、太和殿火灾，康熙帝爱后赫舍里氏也崩逝。朝里与朝外，外叛与内变，雷火与地震，天灾与人祸，连连击到年轻的康熙皇帝身上。一时间人心惶惶，京师不少官员甚至把家眷送归江南乡里。
青年天子玄烨在危急时刻，持心坚定，气静不慌。原来主张不可撤藩的大学士索额图、户部侍郎魏象枢等，提出要处斩建议撤藩的大臣。康熙帝义正词严：撤藩出自朕意，他们何罪之有？这就坚定了主张平叛的大臣的决心。他下诏削夺吴三桂的官爵，公布其罪状。不久又将留居京师的吴三桂之子应熊、孙世霖等逮捕处死。这样，朝廷官员知道，朝廷再也没有退路，只有同吴三桂等叛军决一死战，清廷因此统一了思想，坚定了信念。
消息传到吴军，吴三桂正在吃饭，闻讯大惊。后西藏五世达赖喇嘛为吴三桂说情，请求朝廷“裂土罢兵”，遭到康熙帝的坚决驳斥。他为了安定惊恐的军心、慌乱的民心，每天游景山，观骑射，以示胸有成竹。有人进行讽谏，康熙置若罔闻。事后他说：“当时我要是表现出一丝惊恐来，就会人心动摇，说不定会出现意外的情况！”他的坚定决心和平静心态，对于稳定大局和安定人心，起了很大的作用。
吴三桂开始打了一些胜仗，但康熙帝并没有被吓倒，而是首先确定正确策略，认为“三藩”之乱以吴三桂为首，其余多是胁从，若能击败吴三桂，其余叛军不难攻破或是收服。于是一面调兵遣将，集中兵力讨伐吴二桂；一面停止撤销尚之信、耿精忠的藩王称号，把他们稳住。尚之信、耿精忠一看形势对吴三桂不利，又投降了。因此，清兵越来越多，越打越强，吴三桂的力量渐渐削弱，被分化瓦解，困在了湖南，处境十分孤立。
1678年，康熙收复了浏阳等湘地的许多城池，吴三桂知形势不好，想赶快过一过皇帝瘾，就马上撕下“复明”的假面具，于三月二十三日在衡山祭天，自称皇帝，改元昭武，改衡州为定天府。
同年八月，吴三桂连悔带恨，生了一场大病断气身亡。随后，其孙吴世Ъ次唬司菰颇稀�1681年，清军分三路攻进云南昆明，吴世Х咀陨保渫仿桓钕滤屯┏牵馊鸨痪蚍卣酃恰９⒕摇⑸锌尚诺热艘苍缫驯簧保ㄉ碌鹊匾惨哑蕉āＵ庋伊税四曛茫厶诹耸喔鍪》莸摹叭敝抑沼诒怀沟灼蕉恕！�
群臣请上尊号，康熙帝严辞拒绝。他认为，八年战火，生民涂炭，应该务实，切戒虚名。
在平乱之中，康熙的英勇睿智表现在三个方面：一是坚决平叛，临乱不惊；二是方针正确，先攻吴三桂，分化收服其余；三是调兵遣将，指挥得当。平叛过后，这位少年天子已经二十八岁了，到这时，他已是一位成熟的政治家了。
随后，他开始着手统一台湾。明天启四年（1624年），荷兰人侵占台湾。1661年，民族英雄郑成功从荷兰人手中成功收复台湾后不久病逝。其子郑经继位，继续治理台湾，与大陆上的清王朝分庭抗礼。康熙帝多次招抚不成，便下决心武力解决台湾问题。
1681年郑经突然病故，他的儿子郑克塽继任王位，台湾内部发生内讧，康熙帝决定起用施琅攻台。施琅原为郑成功的得意爱将，后来背郑降清。1663年，康熙帝曾命其出任福建水师提督，征讨台湾。他两次出海，均遇台风，无功而返。朝内一些大臣对他产生怀疑，但康熙帝力排众议，仍然对施琅委以军政全权。施琅于1683年取得海战大捷，台湾收归清朝。
康熙设台湾府，隶属于福建。台湾府下设三县——台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），派总兵官一员、率官兵八千，驻防台湾。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。
清王朝在中国的统治稳定下来了。但是，还有一点叫康熙帝不大放心，这就是怕有些明朝留下来的文人心里不服。于是，他采用了一个办法：开“博学鸿词科”，命令各地官员和朝廷大臣，把有学问的文人推荐给朝廷，马上封他做官。这一招果然很灵，不少全国著名的学者、文人应召到京城，做起官来了。
雅克萨的胜利
正在朝廷庆祝平定叛乱胜利的时候，在我国东北边境又传来沙皇俄国侵犯边境的消息，这就使康熙帝不得不把注意力放到北方边境上面去。
沙皇俄国是怎样侵略我国东北的呢？原来在明朝末年，清朝正忙着进关，把北方边境的防备放松了。沙皇俄国趁机向我国黑龙江地区进犯。他们在我国掠夺财物，杀害人民，遭到我国各族居民的反抗。清朝进关后，派兵打击沙俄侵略军，收复了被俄国占领的黑龙江北岸的雅克萨（在今黑龙江呼玛西北，漠河以东的黑龙江北岸）。
当康熙帝为了平定三藩，把大批兵力调到西南去的时候，有个俄国逃犯带了八十四名匪徒窜到我国雅克萨，在那里筑起堡垒，四出抢掠。他们把抢来的貂皮献给沙皇。沙皇不但赦免了逃犯的罪，还派他当了雅克萨长官，想永远霸占我国土地。
康熙帝刚刚平定了三藩之乱，听到东北边境遭到侵犯，怎么不气愤？为了弄清敌情，他亲自到盛京，一面派将军彭春、郎谈借打猎为名到边境侦察；一面要当地官员修造战船，建立城堡，准备征讨敌人。
康熙帝作好一切准备之后，派人送信给雅克萨的俄军头目，命令他趁早退出雅克萨，沙俄军不但不肯退出，反而向雅克萨增兵，跟清朝对抗。眼看和平解决已经不可能了，康熙帝就发布进军的命令。
1685年，康熙帝派彭春为都统，率领陆军水军一万五千人，浩浩荡荡开到雅克萨城下，把雅克萨围了起来。
沙俄军队经过几年的准备，把城堡修得十分牢固。彭春观察了地形之后，在城南筑起土山，让兵士站在土山上往城里放弩箭。城里的俄军以为清兵要在城南进攻，就把兵力拉到城南。哪儿知道清军却在城北隐蔽地方放了火炮，乘城北敌人防守空虚，突然轰起炮来。炮弹在城头呼啸着飞向城里，敌人的城楼被炮弹击中了，熊熊燃烧起来。
天色渐渐发白，清军又在城下堆起柴草，准备放火烧城。俄军头目这才吓慌了神，在城头上扯起白旗投降。
按照康熙帝的事前嘱咐，彭春把投降的俄军全部释放，勒令他们撤回本土。俄军头目托尔布津哭丧着脸，带着残兵败将走了。
俄军撤走后，彭春命令兵士把雅克萨城堡全部拆毁，让百姓耕种；接着，带着军队回到瑷珲城。但是，遭到惨败的俄军头目并没有死心，他们打听到清军撤出的消息，过了不久，又带兵溜回雅克萨，把城堡修筑得更加坚固。
边境的警报传到了北京，康熙帝决定把侵略军彻底消灭。第二年夏天，黑龙江将军萨布素再一次进军雅克萨。清军将士想到从他们手里放走的敌人又来了，恨不得马上把他们消灭。这一次，清军的炮火更加猛烈，俄兵几次出城反扑，都被清军打了回去。守城头目托尔布津中弹死去；留下一批侵略军不得不躲到处窖里，但是没几天，病的病，死的死，最后只剩下了一百五十个人。
沙俄政府慌忙派使者赶到北京，要求谈判。康熙帝这才下令停止攻城。
1689年，中国政府派出代表索额图，沙俄政府也派出戈洛文做代表，在尼布楚举行和谈，规定了中俄两国的东段边界，从法律上划定了以额尔古纳河、格尔毕齐河和外兴安岭为界，整个外兴安岭以南、黑龙江和乌苏里江流域（包括库页岛）都是中国的领土。这就是著名的《尼布楚条约》。这是中国历史上同外国签订的第一个平等条约，表明康熙帝独立自主外交的胜利。
三征噶尔丹
沙俄政府在雅克萨失败以后，并不甘心，就在尼布楚条约签订的第二年，又唆使准噶尔部（蒙古族的一支）的首领噶尔丹进攻漠北蒙古。
那时候，蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三个部分。除了漠南蒙古早已归属清朝外，其他两部也都臣服了清朝。准噶尔是漠西蒙古的一支，本来在伊犁一带过游牧生活。自从噶尔丹统治准噶尔部以后，他野心勃勃，先兼并了漠西蒙古的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。漠北蒙古抵抗一阵失败了，几十万的漠北蒙古人逃到漠南，请求清朝政府保护。康熙帝派使者到噶尔丹那里，叫他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹自以为有沙俄撑腰，十分骄横，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，大举进犯漠南。
康熙帝召集大臣宣布他决定亲征噶尔丹。他认为噶尔丹气势汹汹，野心不小，既然打进来，非反击不可。1690年，康熙帝分兵两路：左路由抚远大将军福全率领，出古北口；右路由安北大将军常宁率领，出喜峰口，康熙帝亲自带兵在后面指挥。
右路清军先接触噶尔丹军，打了败仗。噶尔丹长驱直入，一直打到离开北京只有七百里的乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗）。噶尔丹得意扬扬，还派使者向清军要求交出他们的仇人。
康熙帝命令福全反击。噶尔丹把几万骑兵集中在大红山下，后面有树林掩护，前面又有河流阻挡。他把上万只骆驼，缚住四脚躺在地上，驼背上加上箱子，用湿毡毯裹住，摆成长长的一个驼城。叛军就在那箱垛中间射箭放枪，阻止清军进攻。
清军用火炮火枪对准驼城的一段集中轰击，炮声隆隆，响得震天动地。驼城被打开了缺口。清军的步兵骑兵一起冲杀过去，福全又派兵绕出山后夹击，把叛军杀得七零八落，纷纷丢了营寨逃走。
噶尔丹一看形势不利，赶快派个喇嘛到清营求和。福全一面停止追击，一面派人向康熙帝请示。康熙帝下令说：“快进军追击！别中了贼人的诡计。”果然，噶尔丹求和只是缓兵之计，等清军奉命追击的时候，噶尔丹已经带了残兵逃到漠北去了。
噶尔丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地里重新招兵买马。1694年，康熙帝约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱。他扬言他们已经向沙俄政府借到鸟枪兵六万，将大举进攻。内蒙古各部亲王纷纷向康熙帝告发。
1696年，康熙帝第二次亲征，分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军费杨古率陕西，甘肃的兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；康熙帝亲自带中路军，从独石口出发。三路大军约定时期夹攻。
康熙帝的中路军到了科图，遇到了敌军前锋，但东西两路还没有到达，这时候，有人传说沙俄将要出兵帮助噶尔丹。随行的一些大臣就有点害怕起来，劝康熙帝班师回北京。康熙帝气愤地说：“我这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代；再说，我中路一退，叛军全力对付西路，西路不是危险了吗？”
当下，康熙帝决定继续进兵克鲁伦河，并且派使者去见噶尔丹，告诉他康熙帝亲征的消息。噶尔丹在山头一望，见到康熙帝黄旗飘扬，军容整齐，连夜拔营撤退。
康熙帝一面派兵追击，一面赶快通知西路军大将费扬古，要他们在半路上截击。
噶尔丹带兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和国乌兰巴托东南）正好遇到费扬古军。昭莫多原是一座大树林，前面有一个开阔地带，历来是漠北的战场。费扬古按照康熙帝的部署，在小山的树林茂密地方设下埋伏，先派先锋四百人诱战，边战边退，把叛军引到预先埋伏的