屋子中心的地方，旁边有为律师和法庭速记员准备的桌子和长凳。修缮班为首席检察官和首席辩护律师搭了高高的讲台，还为拍摄审判全过程的同盟国的摄像师和摄影师搭建了平台。另外，还为国内外的新闻社、广播电台的记者以及约30位将用两种正式审判语言工作的日语和英语翻译预备了特别席位。后部上层的楼座能容纳660名旁听者，加上第一层的座席，共有旁听席近1000个。法庭书记员拿着移动式麦克风在庭内跑来跑去，悬挂在天花板上的巨大的强弧光灯将整个场景照得雪亮。
3天后召开了第三次公审，上午9点15分，被告、法官、律师、头戴白色头盔的宪兵（MP）以及为了旁听被告的抗辩从世界各地赶来的几百名外交官和记者挤满了法庭。开庭后，首先对辩护律师进行了介绍，随后，围绕起诉书中的误译发生了一阵争论。误译问题解决后，从荒木贞夫开始按字母顺序点名，被告听到自己的名字被点到时起立。所有被告对每一项指控都主张自己无罪。最具有教育意义的公审秀——即对主要战犯的审判将从积极的方面教育人们认识战争的犯罪性，而不是像斯大林的公审秀那样教给人们谎言——即将开场。法庭上挤满了旁听者，仍处于食物危机中的日本国民也在观看。
以6月4日基南戏剧性的开庭陈述为开端，检察当局在近8个月的期间里分阶段对各案件进行了立证。基南指出，东京法庭即将审判的是“对文明宣战”的一些人，因此应将审判视为“为了保护整个世界免遭毁灭的文明之战”的一部分。接下来，基南对检察方面的立论概要作了说明。为了使人们理解美国和日本的外交政策的实况，随后几天中，检察官们每天在法庭上介绍一些条约、协定和其他的文件。检察方传唤了109名证人进行口头作证，另外让561名证人留下了书面证词（以书面证词、宣誓口供和询问调查书的形式进行）。对被指控人不利的证据扎实有效地积累起来。最初显现出来的情节是日本为战争所作的准备工作，通过宣传、审查制度和中央集权化的教育教化手段。然后是对侵略战争实况的叙述结构，以帝国军队在各国犯下的战争罪行为焦点。
早在开庭的第2周，美国律师本·布鲁斯·布莱克尼少佐就对苏联法官的参加提出了质疑，因为苏联政府早些时候因对芬兰发动的局部战争而被驱逐出国际联盟。辩护方则提出了同盟国在刚刚被定性的世界再分割时代（1938－1945年）的行为问题作为争辩。从而引起了彼此彼此（“你也一样”）的争论，其目的是要削弱检察方的指控，并不是实际上的反证。每一次法庭都驳回了辩护方的论辩——事实上是在告诉辩护方，什么样的暴力行为是“侵略”和战争犯罪，什么样的行为不是。
6月13日，澳大利亚的副检察官艾伦·曼斯菲尔德向法庭提交文件，证明了日本是海牙诸条约的签约国，并详细阐明了日本的政治和官僚体制。每位被告的个人经历都被当庭宣读，检察官对日本如何为战争作准备进行了概述。日本证人当中，特别是币原喜重郎和若槻礼次郎描述了陆军实质上的独立、“警察国家”体制和1930年代的政治精神状况。他们的证言加深了人们对“军国主义者”的印象，他们策划“事件”，挑战历届内阁的权威，并逐渐巩固了他们的权力。但是每当关于谁应当为军统帅部担负宪法上和道义上的责任这类问题出现时，便没人回答，因为裕仁一直被“隐藏在幛子的后面”。
在短短的夏季休庭期间，法庭安装了空调设备。法庭再次开庭后，开始听取满洲事变后开始的日本侵略中国的证言。6月27日，被暗杀的犬养义首相的儿子犬养健作为检察方证人出庭。作证时，他直接地、意想不到地提到了天皇，称他的父亲在拜谒天皇时，曾直接要求天皇命令陆军退出满洲，那时他是他父亲的秘书。犬养健没有直说天皇拒绝了他父亲的请求，只是声明总理大臣“想把军队从满洲撤出的目的没有达到”。在后来对犬养的交互讯问中，被告木户和东条的律师穗积重威问他为什么天皇没有批准总理大臣犬养的请求，下诏命令军队撤出。穗积说，无论是英文的还是日文的，证人犬养的“证词都可以被理解为天皇对满洲事变的扩大负有责任。”犬养试图更正他的证词，但是这种戏剧性且意想不到的将责任归咎于天皇的方式，已经在法官中引起了骚动。
第2天，韦布告知法庭，因为一些法官“认为关于陛下地位……有矛盾之处，所以希望证人今天对这一点作明确说明。”犬养部分地收回了他前一天的证词，只是说他和他父亲说“从满洲撤退”时，所指的是命令朝鲜部队退回朝鲜，以及铁道守备队退回铁路地区。然而，最终犬养也没能澄清他证言中的矛盾之处。7个月后，检察方写下了共同谋划的评语并结案。关于裕仁在各种事件中所起的作用问题就像一块乌云笼罩着审判过程。没有一位被告敢于谈论天皇的战争责任问题。
第四部分：东京审判东条与天皇置换责任
律师团花了11个月来证明各被告无罪——其中大部分是在1947年进行的，所用时间比纽伦堡审判的整个期间还要长。除了被告外，有310名证人出庭作证，另有214人提交了书面证词。在解释日本发动对美英战争的原因时，辩护方大体上采用了日本的战时宣传，并大量使用了战后批判罗斯福外交政策的文献。当辩护方集中为日本在中国和太平洋地区的行为开释时，检察方指出辩护方存在许多事实上的严重错误，影响了辩护的表达。法庭一次次地裁定大部分的辩护材料不相关或无关紧要。被驳回的文件包括日本在亚洲为对抗苏联的共产主义所作的努力的细节和美国国会对珍珠港袭击的调查。当律师布莱克尼试图向法庭提交一份前陆军军官斯廷森关于决定向日本投掷原子弹的记述概要时，法庭也以多数意见予以驳回。1948年冬天到春天进行的是检察和辩护双方的反证和最终陈述。
从一开始，美国和日本的辩护律师们就表现得很糟糕。用主辩护律师和前众议院议员清濑一郎的话来说，他们本应努力“否定所有对被告起诉的事实”，但是最终也没能达成统一的辩护方针。清濑在他长长的开庭陈述中指出，关于战争中的残暴行为：“我国从未有过类似所谓德国迫害犹太人那样的故意违反人道的行为”，并且“我们要证明（被告被指控的行为）与德国的战争犯罪有很大区别。”随之，辩护律师高柳贤三站起来开始攻击法庭宪章的合法性。一些作为战犯嫌疑人正在接受调查的日本陆军将校，接二连三地被传唤到庭为辩护方作证。许多辩护律师声称他们的委托人是在遵照上级的命令行事，或者是为了阻止共产主义在亚洲的扩散而战斗。许多律师提到了审判期间被引入日本词汇的“赫尔照会”，从那时起，就对它进行了恶意的指控。他们坚持认为，真正的罪魁祸首是迫使日本卷入“自卫战争”的美国。辩护律师还采用了拖延战术，希望美国和苏联之间逐渐恶化的思想意识上的冲突会对为日本军国主义者的辩护产生有利影响。
辩护阶段最突出的部分是前内大臣木户、前外相东乡和东条大将的法庭证言。在首席检察官的交互讯问中，他们3个人都在无意间将不在场的天皇牵扯了进来。
木户站在证人席上的最初两天，即1947年10月14至16日，尽管基南指责说陈述书不过是法庭文件的复制而已，木户的辩护律师威廉姆·洛根还是毫无遗漏地宣读了长达297页、冗长的英文文本。洛根读完后，10名律师用了近5天的时间轮流向木户提问。然后基南开始了数天的交互讯问，目的是为了证实“从（木户）的政治生涯开始直到日本投降为止”，他（用基南的话说）“在天皇试图采取实际手段……完全确立治安……彻底阻止暴力行为时……一直都是反对的。”基南用原田熊雄的日记记录质问木户日记中的主张，表明了木户在中国战争期间一直与军国主义者同流合污，而不是与其对抗。尽管木户声称自己与政治无关，但在幕后却行使了巨大的政治权力。
首席检察官还指控木户经常将责任转嫁给他的朋友：原田和近卫——两个人都在适当的时候死去了——以及高龄的牧野伸显。23日，基南与木户之间进行了几个回合的紧张问答：问题集中在珍珠港袭击的前夕，裕仁在军事与外交上的权力；木户给天皇的建议咨询；其中包括他在三国同盟缔结时所起的作用；他推荐东条为首相；他对罗斯福总统写给天皇的最后的信件的处理。等木户走下证人席的时候，天皇的战争责任问题再次成为焦点问题。
1947年12月下旬，前外相东乡站到了证人席上。他宣称东条、岛田繁太郎、铃木贞一是1941年宣战的主要倡导者，引起了全国的关注。更为重要的是，12月26日，东乡还称，赫尔国务卿曾命令所有日本军队和警察力量立即并全部撤出中国和法属印度尼西亚。
不仅如此……（如果执行）赫尔照会……日本将面临着还不得不从满洲撤出的局面。这种政治形势也会自然而然地影响到朝鲜……换句话说，我可以不过分地讲，在对外形势上，日本的状况仍会同现在一样……总而言之，（赫尔照会）就是要求日本退回到日俄战争前的状况。这等于是日本作为东亚大国的自杀。如果这样做了，日本在经济上基本是无法存立。
东乡暗示了日本政府是在仔细研究了“赫尔照会”后被迫选择了开战。可是，事实上，有关这种研究的记录当时及现在一直都没有人见过。除了日本驻华盛顿外交官职业性的无能外，东乡试图隐藏的还有赫尔从未对日本继续控制满洲提出过异议一点；而他东乡，在那时本可以坚持把赫尔的照会作为协商的焦点，推迟与美国的战争，可事实上他并没有这么做。
1947年12月26日，当东条将军出庭作证时，ＧＨＱ和日本政府为了保护裕仁而进行的游说活动达到了高潮。《朝日新闻》将头版的大部分都用来登载东条的证言。当天的大标题是“天皇没有责任 彻底主张‘自卫战’”。4天后，12月30日，在美国律师读完东条事先准备的供词的摘要后，东条不仅为天皇还为导致1941年12月决定开战的整个日本政治过程作了辩护。他坚持认为，日本政治没有向反动性发生任何转变，仍是从来的明治宪法体制下的政府。所有的日本战争暴行都是偶然发生的，无论是思想意识上的教化还是给陆军灌输的民族精神都与战争暴行无任何关系。主要是面对日本公众而不是法庭的听众，东条将自己描述成一个受到不公正待遇的受害者。他否认侵略战争是犯罪并宣称：
直到最后我都坚持这场战争是自卫战，是不违反现公认的国际法的战争。直到现在我都未曾想到，我国因为进行了这场战争，会作为国际犯罪受到战胜国的追诉，还有战败国的合法官吏个人会作为国际法的犯人、条约的违反者而受到追究。
东条巧妙地将他和天皇的开战责任与完全不同的战败责任进行了置换。战败是在两年前发生的，而且战争进行了一半的时候，东条就离开了政权。站在证人席上的东条显得心地高尚：“第二个问题，即关于战败的责任，是当时的总理大臣我的责任。从这个意义上讲，我不但接受这个责任，而且衷心希望承担这份责任。”
东条的表现激起了强烈的反响，借此，在那些对审判有敌意、希望看到哪怕有一个被告站出来表现得很忠臣的人们中间，东条的名誉得到了恢复。而基南的对应却没有产生什么效果。可是第2天，在木户的美国辩护律师威廉姆·洛根的质询下，东条无意间、间接地牵连了天皇，引起了法庭的轰动。
洛根：你能否记起哪怕是一个事例，木户违反天皇的和平愿望，采取了什么行动？或者是提了什么建议？
东条：当然不会有这种事例。据我所知，没有。不仅如此，日本国的臣民，违反陛下的意思干这干那是不可能的。更不要说，日本的高官了。
东条的失口破坏了裕仁对开战决定不承担责任的论点，法庭审判长韦布立即向检察方指出了这一点。这是无法忽视的问题。裕仁的一个亲信侍从立即向巢鸭监狱的木户传话，让东条更正他的错误。在首席检察官基南的帮助下，东条在1948年1月6日的下一次作证时就此做了订正。尽管如此，还是带来了负面影响：检察方的证据和东条的证言再一次将没有出现在法庭上的天皇牵扯了进去。
第四部分