没有及时赶回南京而已。
杨秀清在世时，非常猜忌石达开。他曾怕石达开在安徽独大，屡次调人以分其权。石达开日后所写的《自述》中，其实有三大问题与“天京事变”真实情况不符：其一，他把“天京事变”提前了一年（也可能是误写）；其二，本来是石达开兴兵以大军逼洪秀全杀韦昌辉，《自述》中却说是洪秀全主动杀韦昌辉；其三，杨秀清是在“逼封万岁”后被杀，而《自述》中讲洪秀全故意加封杨秀清，韦昌辉不服气，杀杨秀清——所有这些，都是石达开故意编造，以证明他本人完全没有参加“洪杨内讧”。其实，种种史料证明，在洪秀全诛杀杨秀清的行动早期，石达开本人也是密谋者之一。
杨秀清有勇有智，自不必说，但他为人也是“阴忍而残刻”，严刑峻法，果于杀戮，威风跋扈，不知自抑。他对洪秀全本人假装“天父”下凡予以折辱不说，对天王的二哥、族弟，皆敢责辱呵斥。英明神武如石达开，每见杨秀清也要跪禀听命，还特别怕他“下凡”时杀掉自己。杨秀清本人和韦昌辉、秦日纲等人最大的直接冲突，源于1854年夏初的一件小事：燕王秦日纲手下有个牧马人，路遇杨秀清一个族叔，没认出人来，所以没有立即下跪行礼。杨大叔怒了，立即让从人把这个牧马人揪下马，鞭打二百后，送往刑部黄玉琨处要求“严加惩处”。黄玉琨也是个侯爷（卫国侯），觉得杨秀清族叔太过嚣张，不买他的账。杨大叔更怒，一脚蹬翻黄玉琨桌案，转身跑去族侄杨秀清处告状。
杨秀清闻言大怒——不给叔叔面子，就是看不起自己，于是他立刻下令当时主管刑部的石达开逮捕黄玉琨。相关部门的首长秦日纲和陈承瑢很生气，上书辞职，杨秀清雷霆大发，下令韦昌辉杖责秦日纲和陈承瑢，最后，把那位倒霉的牧马人五马分尸，以清族叔怒火。
杨秀清和杨大叔气平了，但其余诸人胸中的怒火勃勃燃烧。杨秀清为如此小事得罪那么多人，可见他当时多么猖狂。
作为北王的韦昌辉，日受挫辱，却也不敢发作，只能对东王跪迎跪送，常常脸带笑容低三下四地讲：“非王兄教导，小弟肚肠嫩（客家话，指自己见识短），几不知此。”杨秀清不傻，一直暗防这位北王，所以，北伐关键时刻派援军，他就没有让韦昌辉前去，生怕他出外“另立山头”。后来，他屡夺韦昌辉兵权，并因水营之败杖责过北王。
上帝死了！天王万岁！（7）
怨恨日深的情况下，身在江西前线的韦昌辉接到洪秀全密诏，自然把此事当作头等大事，即刻率三千军马火速赶回“天京”。当时，虽然清军江南、江北大营被太平军击溃，但局势仍处于高度紧张状态，“天京”城防守森然，各个城门皆由杨秀清嫡系把守，如果韦昌辉手中没有洪秀全的令牌，他那三千人马根本没有入城的可能。而且，“东贼（杨秀清）军令，凡伪官率众出而败回者，不准入城，必待寇他处获利乃许入（城）”，韦昌辉本人恰恰在江西连吃败仗，如果不受洪天王密诏，有八个脑袋他也不敢在不知南京城内虚实的情况下回来。
9月2日上午，洪秀全亲眼看见了韦昌辉送来的杨秀清首级后，仍不放心，与这位北王再合演双簧，佯称韦昌辉擅杀有罪，下诏说要当众鞭打北王四百，诱使东王杨秀清属下数千人临观。
慌乱之际，听说有天王诏旨，东王手下的人皆放松警惕，这些人大多是广西出来的太平军骨干分子，哀痛之余，响应号召入天王府去观看杀掉自己老首长的韦昌辉受刑。
进入天王府之前，肯定要去掉兵器。结果，这些人就被乖乖缴了械，进去后皆被赶入几间大库房内，大门紧关。大概来讲，这些人都是东王属下的中下级军官，约五六千人之多。大伙正纳闷，窗户忽然被打开，炸药包一个又一个扔进来，轰隆巨响之下，东王属下血肉狼藉，当场就被炸死不少。大门复大开，趁硝烟未尽，北王韦昌辉手下冲入，对这些手无寸铁的老同志加以集体屠杀。
杀掉这些人，洪秀全、韦昌辉仍旧不放心，两个多月内在“天京”城内四处搜杀杨秀清族人、部下及他们的所有亲属，共杀二万多人，可谓是斩尽杀绝。韦昌辉作为执行命令者，他手下三千人也干不了这件事。当时“天京”城内共有军士近三万人，这些人在洪秀全的命令下，也配合韦昌辉杀人，所以才有这么大的“成果”。
杨秀清被杀后，尸体仍被洪秀全下诏分尸，然后投入大铁锅煮成肉糜，集合众将士来啖此“大奸贼”。吃着“革命”老同志，不知当事人作何感想？
９月中旬，同样受密诏诛杀杨秀清的石达开赶回“天京”，见天王、北王滥杀这么多人，又有自己的属下乱中被杀，石达开很生气，责斥韦昌辉。
韦昌辉告之洪秀全，深宫中的天王又大动杀心。幸亏石达开并非愚忠之人，见形势不妙，入城仅仅数小时，便率手下由小南门斩门而逃。
在洪天王授意下，韦昌辉残杀了石达开全家。同时，为了不留后患，燕王秦日纲受诏，率一万多人出城追杀石达开。
石达开不是吃素的，他在军中威望很高。武昌的洪山军闻调而动，约四万人齐集石达开手下，自安庆渡江至泾县，声言要回城杀讨韦昌辉。
老奸巨猾的洪秀全接报，心中着实害怕石达开手下的精兵良将。他忙派人当众谴责韦昌辉：“尔我非东王不至此，我本无杀他之意，而今已拿戮之（东王），其下属何辜，又尽杀之，应念天父好生之心，以宽纵为宜。”这样一来，洪天王把自己伪装成不知情的大好人。
韦昌辉此时气得头发昏，深知自己被洪秀全利用，怒言道：“我为渠除大害，今反责我，欲沽名耶！”
洪秀全忽然变脸，下诏诛杀韦昌辉。从前被人当枪使，现在又要被杀，气急败坏的韦昌辉两眼冒火，率手下三千人就扑向天王府。天王府的府墙比当时南京城墙还要厚坚，即使手中有火炮，韦昌辉一时也攻不下来。关键时刻，天王府中的大脚客家女兵突显神威，这些被洗过脑的女性们为了誓死捍卫伟大的天王，在被围攻的第二天，突然大开天王府，持枪举刀，主动冲杀。如此出奇不意地遭到一群不要命的女兵攻击，韦昌辉及其手下不知所措，惊溃而去。其中，有一部分北王士兵趋朝阳门，斩关而去。韦昌辉本人带着一些残兵，返回北王府抵拒，这样一来，北王成了瓮中游鱼。
洪秀全亲自布置，严令在城内各街设栅，派军围攻北王府。见势不支，韦昌辉仅率两三从人偷溜出来，想从内桥栅口逃往城外。其间，恰好遇上巡逻队，北王答不出口令，被人当场抓获，押送天王府。
上帝死了！天王万岁！（8）
洪秀全并不见他，立刻下令把北王“五马分尸”，算是对大众有个交待。然后，他又派人逮捕了率兵追击石达开的燕王秦日纲，斩首示众。再后，洪秀全把二人首级装匣，派人送至率大军自泾县到宁国的石达开军中。于是，石达开便于11月28日回到了天京。
洪秀全见石达开，放声大哭，泣诉自己被韦昌辉“挟持”的委屈，显得特别无辜。石达开信以为真，泪如雨下。
但是，对于这种内讧残杀，太平天国上层讳言，并不敢对外宣布杨秀清是篡权被诛，声称东王是“赎罪期至，被世人陷害”，和耶稣一样，“升天”了，所以，日后太平天国就把杨秀清被杀的那一天定为“东王升天节”。即使对韦昌辉，也不敢“显诛”，称其“死”为“丧”。
“天京事变”之后，对太平军最大的影响，就是“太平天国”从精神上丧失了昔日的“神灵性”和“正统性”。所以，百姓们私下传说：“天父杀东王，江山打不通。长毛非正主，依旧让咸丰。”
太平军士兵很迷惘，“上帝”咋会容许这种事情发生？“天父杀天兄，总归一场空。打包回家转，还是做长工。”
再笃信“拜上帝教”的人，也会产生疑问：代“天父”传言的东王，怎会被“天父”另一个儿子北王杀掉？而“真主”天王，又怎能把北王五马分尸？
信仰出现了裂痕，对于军国来讲，是最致命的一件事情。
船到江心补漏迟
为了挽救信仰危机，洪秀全对东王杨秀清作了一系列“追封”工作，不仅把北王韦昌辉的“雷帅”、“后师”爵位转给东王，还封东王为“传天父上主皇上帝真神真圣旨”的“高大全”东王，并作歪诗“深情”呼唤：
“七月念七东升节，天国代代莫相忘！”
由于杨秀清两个儿子均被杀掉，洪秀全把自己的第五个儿子洪天佑过继给东王当嗣子，封之为“幼东王”。日后好多人不明就里，以为洪天王对东王多好，替他留一支血脉，其实，这个“幼东王”，也是洪天王自己的儿子。
随着日后太平天国在各地的节节失利，洪秀全本人倒有百分百真心怀念帮他打江山的杨秀清。1858年，洪天王作诗：“九重天上一东王，辅佐江山耐久长。”1859年，他下诏称：“天历三重识东王，降托东王是父皇。”1861年，“天京”上游的关键门户安庆将要失陷时，洪秀全连睡梦中都想得东王之力，写诗道：“东王奏兵交妹夫，杀妖灭鬼有伊当。”真是临急抱佛脚，希望杨秀清活着，他自可以在深宫中作诗纵欲拜耶稣，根本用不着忧心忡忡亲问军国大事。
“天京事变”，自己人杀自己人，对于“太平天国”来讲，贻祸无穷。
首先，洪秀全、韦昌辉对东王及其属下的大屠杀，加上后来洪秀全对韦昌辉及其属下的杀戮，刨去老弱妇孺不算，也有两万人左右的太平军中坚被杀。这些人，绝大多数是从广西走来，劳苦功高，久经考验，是那种三千顶十万的人才。杀了这些人，太平军绝对是自毁长城。第二，如果“天京事变”没有发生，太平军挟破“江南大营”之胜势，大可攻下苏常富庶地区，还很可能一举击溃正在成长中的湘军。而且，当时的湘军被切分在湖北武昌和江西南昌两个地方，岌岌可危。假使太平军乘锐而进，几乎百分百可一举攻破之。第三，“天京事变”直接导致了军事重镇武昌的失守。因为武昌当时的太平军守将是韦昌辉之弟韦志俊，石达开本人也在距武昌城十里以外的洪山督师。洪山大军应石达开之命回师南京杀韦昌辉，武昌的敌我均势被打破，迫使太平军不得不放弃武昌。武昌扼金陵上游，可固荆襄门户，可通两广、四川饷道，如此坚城一失，造成太平军日后被动挨打的局面。
话又说回来，“太平天国”定都南京后，腐化堕落速度之快，令人瞠目结舌。从天王、东王两个人大修府第的情况，就可见出一斑：
伪天王洪秀全改两江总督署为伪天朝宫殿，毁行宫及寺观，取其砖石木植，自督署直至西华门一带，所坏官廨民居不可胜记。以广基址，日驱男妇万人，并力兴筑，半载方成，穷极壮丽。以金陵文弱之人逼令挑砖运土，稍不遂意，则鞭棰立下，妇孺惨遭凌虐，亘古罕闻，茹苦含冤，天地惨变，是以工甫成即毁于火。讵虫蝎之心，冥顽不灵。四年正月，复兴土木，于原址重建伪宫，曰“宫禁”，城周围十余里，墙高数丈，内外两重，外曰“太阳城”，内曰“金龙城”，殿曰“金龙殿”，苑曰“后林苑”，雕琢精巧，金碧辉煌，如大兰若状。唯外面纯用黄色涂饰，向南开门，曰“天朝门”，门扇以黄缎裱糊，绘双龙双凤，金沤兽环，五色缤纷，侈丽无匹。其宫殿堂庑，下及厢簃庖煏，无不如是。且以黄绸十余丈挂诸门外，朱书大字，字径五尺，其文曰：“大小众臣工，到此止行踪，有诏方准进，否则雪云中。”贼中呼刀曰“云中雪”，忽作歇后隐语，言外必杀也。门之两傍设东西朝房二所，内外各三层，亦皆宽敞高广。门外用红黄绸绉扎成彩棚，风雨任其淋漓，月余即更换一次。门前丈余开河一道，宽深二丈，谓之御沟，上横三桥以通往来。过桥一里，砌大照壁，高数丈，宽十余丈，照壁适中搭造高台，名曰“天台”，为洪逆十二月初十日生日登台谢天之所。台傍数丈，外建木牌楼二，左书“天子万年”，右书“太平一统”。牌楼外有下马牌，东西各一。此洪逆伪宫之大概也。
上帝死了！天王万岁！（9）
伪东王杨秀清至江宁，初据藩署，因有金甲神到处呵叱，不获安居。三日后移至内城将军署，又以逼近东门，唯城外炮子飞入，复移至旱西门黄泥冈，改前山东盐运使何其兴住宅为伪府，尽毁附近民居阛阓开拓地基。