后东山再起，派人四处寻找。大太监郑和自永乐三年起（公元1405年）数次下西洋，表面上是宣示大明国威，一路挥霍金银无数，实际上最重要的目的只有一个，就是为了探访建文帝下落。当然，七下西洋，诚为我中华征服海洋的壮举，据说美洲也是三宝太监首先发现，比哥伦布还要早。2005年是郑和下西洋600周年，估计朱棣和臣下谁也没想到为了寻访一个小皇帝下落的“壮举”会带出日后那么多大动静来）。
建文帝嫡孙袭统，居正朔之位，竟败于起兵反叛的藩王之手，实是中国历史上一个非常出人意料的结局。总结起来，建文帝失败原因不外如下：
第一，建文柔仁。燕兵将皆勇战骁勇之辈，建文帝竟于大战前下明诏“莫伤害朕之叔父”，不明之至，致使朱棣多次绝处逢生，假使明军在战场上能“擒贼先杀王”，燕军早就冰销败亡。
第二，黄子澄、齐泰、方孝孺皆书生，苍猝行削藩之计，不知兵事，没有什么大的战略眼光，以致于误已误国，最后招致灭族惨祸。
第三，单用一将统师军队。耿炳文一人统三十万军；李景隆两次败北，一战统五十万，一战统三十万；盛庸一人统二十万。明军“合天下之兵，握一人之手”，而反观朱棣，单旅孤城，利于战不利于守，利于合不利于分。如果当初下令山东、河北诸将各拥众数万，凭城坚守，年深日久，以叛臣贼子起兵的朱棣胜一仗败两仗，又一直逡巡在河北、山西狭窄地带，熬过一阵熬不过两阵，军队人心最终会轰然瓦解。
第四，建文帝彷徨不决，总在关键时刻犯致命错误。如果当时朝廷不招徐辉祖回金陵，而是让他留在原地与徐福合击燕军，很可能挽转整个战场形势，给已经是强弩之末的燕军以致命的最后打击。
另外，纵观整个龙虎斗过程，建文帝一方除盛庸、平安外有些智勇外，似乎没有什么特别突出的大师之才。这也要“归功”于朱元璋，因为所有有智有勇有力的名将早已连子孙都被株除干净，留下的全是三、四流将领，自然不是燕王朱棣的对手。
壬申殉难——朱棣残杀建文臣子的倒行逆施
朱棣入京后，立即揭榜（悬赏捉拿）黄子澄、齐秦、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只留下一帮曾向他通过风报过信的没老二太监。他又迁建文帝母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝三个兄弟。建文帝七岁太子朱文奎于乱中“不知所终”，肯定是被朱棣杀掉。另外的小儿子朱文圭当时才两岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，后来不知所终，想必也是被朱棣派人弄死以绝后患。（也有记载说朱文圭一直幽禁在凤阳，至明英宗时才放出，已经五十七岁，尚不能分辩马牛，完全被禁锢成一个痴呆）。
朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书（朱棣的谋士姚广孝曾在北平时对他讲，方孝孺是天下“读书种子，”绝不可杀）。
方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，身穿衰桎白衣大哭于阙下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施礼，依旧嚎哭不已。
朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”
方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在？”
“他自焚而死！”朱棣答道。
方孝孺又问：“何不立成王之子？”
朱棣回答：“国赖长君”（意指他自己）
方孝孺咄咄逼人，“何不立成王之弟？”（意思是建文帝几个弟弟都已成年），朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”
左右递过纸笔，朱棣说：“诏天下，非先生不可。”
方孝孺夺过诏纸，在上乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草！”
朱棣怒急，大声叫道：“怎能让你痛快一死，即死，难道你不怕我诛你九族吗？”
方孝孺大喝：“便诛十族又奈我何！”
此时，朱棣已皇位在座，顿呈残暴本性。他命卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，凑成十族，共八百七十三人，依次碎剐杀戮于方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年四十六。
孝孺临刑前做绝命诗，曰：“天降乱离兮孰知其尤，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉，庶不我尤！”
建文帝兵部尚书铁铉被逮至京。朱棣坐于御座，铁铉背立殿廷，至死不转身面对朱棣。朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞入这位忠臣口中，问：“此肉甘甜否？”铁铉历声回答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”于是朱棣下令寸磔铁铉，这位忠臣至死骂不绝口。怨恨之下，朱棣又把铁铉八十多岁的老父老母投放海南做苦役，虐杀其十来岁的两个儿子，并硬逼铁铉妻子杨氏和两个女儿入教坊司充当妓女，任由兵士蹂躏。
对建文帝刑部尚书暴昭，由于陛见抗骂，朱棣先去其齿，次断手足，以刀慢割脖项而死。
对礼部尚书陈迪，由于责问不屈，朱棣命卫士绑送他及其六个儿子一起至刑场凌迟。朱棣又先派人割下陈迪儿子陈凤山的鼻子和舌头，塞进这位忠臣嘴里逼他下咽。陈迪虽为文士，至死不屈，怒骂而死。
对建文帝右副御史练子宁，也因殿上怒骂，朱棣命人先割掉其舌，此后寸磔而死，其宗族被杀者一百五十一人。
对建文帝兵部尚书齐秦，也是因其不屈，送刑场凌迟；对太常卿黄子澄，也赤其三族，凌迟处死。
对建文帝监察御史高翔，因其丧服入见，朱棣命卫士杀之于殿上，没产诛族，又掘发高氏宗族墓地，焚骨抛尸，交杂狗骨马骨四散丢弃。
对建文帝监察御史王度，宗人府经历宋征、监察御史丁志、监察御史巨敬，朱棣皆施以族诛之刑。
建文帝大理寺丞刘端弃官逃去，被抓入殿。朱棣问：“练子宁、方孝孺是什么样的人？”
刘端笑答：“忠臣也！”
朱棣问：“汝逃，忠乎？”
刘端回答：“存身以图报耳！”
朱棣狼性大发，命人用刀割去刘端耳鼻，狞笑着问满头血污的刘端：“作如此面目，还成人否？”
刘端骂道：“我犹有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去见皇祖！”
朱棣狂怒，亲手用棍棒把刘端捶击而死。
除了多位建文帝忠臣自己或全家自杀外，朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。历朝历代异姓相伐相杀，从未有这样惨屠对方官吏臣下的举动。因此，清初史家谷应秦这样叹道：
“嗟乎！暴秦之法，罪止三族；强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！”
话说回来，对建文忠臣杀则杀耳，杀之可成其千秋万世之名。王朝皇族更迭，诛杀前臣也不算太过份的罪行。“古者但有刑诛，从无玷染。”而朱棣秉承朱元璋老混蛋血脉中淫暴凶残的因子，把多位忠臣孝子的大好清白妻女送入教坊司（公家妓院）做性奴，每天受二十多精壮汉子轮奸，生下男丁当家奴，生下女孩长大后接着做妓女，死后便“着抬出城门喂狗吃了”……—— “此忠臣义士尤所为直发冲冠，椎胸而雪涕者也！”（谷应秦语）
直到二十二年后，朱棣儿子明仁宗朱高炽继位，才下诏称：“建文诸臣家属在教坊司、锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民。”
建文帝忠臣惟一善终者，只有魏国公徐辉祖一人。朱棣召见，徐辉祖不出一语。由于他是功臣徐达之子，家有免死的誓书铁券，其弟徐增寿又因想投降朱棣被建文帝杀掉，朱棣才免其一死，革其禄米，把他一直软禁在家。
残暴如此，坐稳龙椅后的朱棣很想又换张脸皮以“仁德”形象留诸后世。特别可笑的是，永乐二十二年的甲辰科举考试，本来第一名状元是孙日恭。考试官员最后把录取名单呈给朱棣过目，这位流氓皇帝一反常态，细细研读，竟咬文嚼字起来：“孙日恭第一名，不行！日恭两字合起来就是‘暴’。（古文是竖版，所以两个字看上去就是“暴”字）朕一向以仁心为本，平生最恶残暴苛刑，隐暴于名的人断断不能为我大明状元。”老混蛋批来批去，从三甲之中点了一个名叫邢宽的人为状元。邢宽，乃“刑宽”的谐音，以此来显示永乐皇帝治下轻刑薄赋、仁德四海的“太平景象”。动辄诛臣下“十族”、杀人过万眼都不眨、处心积虑把忠臣妻女送入窑子每日定量供人轮奸的凶戾变态之人，临老又忽然变得似乎连只蚂蚁都不愿踩死，连一“暴”字都堵心碍眼“仁德”之人，不得又让人佩服职业统治者的演戏才能，已臻乎炉火纯青之境。
盖棺论未定——明成祖朱棣一生功业得失
后世讲起朱棣，大多褒大于贬。对外方面，特别是他五征漠北，先后击败瓦刺和鞑靼诸部（元朝灭亡后分裂为鞑靼、瓦刺和兀良哈三部。兀良哈早已归顺明朝，大宁的朵颜三卫即是兀良哈部）。同时，他又在西北设“关西七卫”，增设贵州布政司，在安南设交趾布政司。对内方面，他发展经济，休养生息，使国家岁粮收入大幅增加；同时剥夺藩王实权，进一步加强中央集权。文化方面，他授命臣下编篡《永乐大典》（当然主要目的是为了他自己歌功颂德和篡改史实），对文化典籍进行系统整理。因此，《明史》中对他赞扬道：“文皇少长习兵，据幽燕形胜之地，乘建文孱弱，长驱内向，奄有四海。即位以后，慕行节俭，水旱朝告夕振，无有壅蔽。知人善任，表里洞达，雄武之略，同符高祖。六师屡出，漠北尘清。至其季年，威德遐被，四方宾服，明命而入贡者殆三十国。幅员之广，远迈汉、唐。成功骏烈，卓乎盛矣！”
然而，深入细致地研究明代历史，却可得出这样一个惊人结论——虽然明朝之亡追根溯源是亡之于万历，但一切深祸至忧其皆肇自这位“启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝”的文皇朱棣。
对内，明朝正是从朱棣起开始大用宦官。因为正是建文帝的宦官向朱棣报告金陵空虚的实情，朱棣才一反一直在河北、山西诸地兜圈子的常态，直捣京师，得登帝位。篡弑成功之后，朱棣大用太监，其间有郑和下西洋（这倒不是什么大坏事），李兴充当前往暹罗的国使，马靖镇甘肃，马骐镇交趾。特别是永乐十八年，明祖又开设专由太监负责的东厂（朱棣又恢复朱元璋本已废除的锦衣卫，厂卫之祸，流毒深远）——由此，宦官拥有了出使、专征、监军、坐镇、刺探等诸多大权。明太祖本来有祖制：“内臣不许读书识字”。朱棣却一反其制，听凭太监们“学文化”，到了明宣宗更是在内廷设内书堂，派大学士教小内侍们书写。这些太监们时间充裕又无青春期烦扰，明古今、通文墨，如狗添冀，更能在关键时刻运用筹算智诈，欺君作奸。所以，明朝太监之祸日烈，如王振、刘瑾、魏忠贤等，积重难返，直至明亡。
对外，朱棣主要防备蒙古，尽坏朱元璋边疆政策的成制。本来谷王在宣府，宁王在大宁，韩王在开原，辽王在广宁，沈王在沈阳。朱棣自己篡位后，深恐兄弟蹈习自己前路，尽迁五王于内地，致使东北无边备强兵，边疆严重内缩，山西等地也逐渐失去屏依。虽然朱棣在朱元璋所设辽东都司的基础上又设奴儿干都司，但却用女真族太监亦失哈掌管大权。太监贪财重货，每每骚扰女真各部，种下矛盾多多，又激使女真各部相互联合重组。至明朝中后期，奴儿干都司仅是一空名机构，满洲日益强大，而建州附近又无重镇，致使连连败绩，直至于亡。明朝最终未败于蒙古，而亡于明初不知名的满洲，细究原由，正是基祸于这位明成祖朱棣。
当然，“涂金”工作一直有条不紊地进行。朱棣生前就一直很注意“宣传”工作。建文四年六月他攻入南京，同年十月他就下诏第二次重修《太祖实录》（建文帝修过一次）。他任命两个降臣李景隆和茹瑺为正、副监修官，以大才子解缙为总裁。同时，朱棣对修史官员奖罚分明。对听话有意袒护朱棣篡改史实的，如胡广、黄淮等人，升官；对直书无隐不避朱棣忌讳的，如叶惠仲，族诛。仅仅花了九个月时间，这些“深体朕意”的奴才们就献上了篡改完毕的《太祖实录》。
后来，解缙因储君事得罪了朱棣，心态多疑的朱棣又三修《太祖实录》，派心腹姚广孝主管监修事宜。�