太平军当时的第一目标是上海，如能攻占上海，则不但海关的洋税，大堪润泽，而且有了通外洋的海口，购旧船二十艘，水陆并进攻湖北的计划可以实现，同时军械粮食，亦可犹得源源接济。因此，嘉兴的一支兵，为攻上海的后备，自然不肯用于无用之地的杭州。
但是，东北面的压力虽不重，西北面却又吃紧，广德失守，总兵米兴朝退至孝丰。接着，陈玉成佯攻扬州，牵制官军的任务，由于李秀成席卷吴中而完成，回金陵休养数日，于六月初五日由宜兴入浙江，连占长兴、于潜、临安，13天攻到余杭，离杭州只有几十里的路了。
其时浙江的兵力，以不受徐有壬欢迎的张玉良一军为主，正在嘉兴一带防守，浙江除了湖州附近以外，就数嘉兴到杭州这一段最富庶，为保饷源，这一路不能不着力防守，所以张玉良一军不能撤回相救。此外，福建的援兵未到，江西有援兵三千人，却远在玉山，只有守门的三千余人，可以调遣，带兵官叫刘季三，是个总兵，受命拦截，在杭州城北的拱宸桥遭遇，王有龄亦带队上城墙助战，刘季三总算打得不错，身先士卒，亲以洋枪毙敌。太平军暂时退走，但大队有十几万人之多，而官军总数只得一万三千，就在这众寡悬殊，形势危殆之际，陈玉成忽然得了重病，不能指挥。
于是陈玉成全军撤退，余杭、临安、于潜、富阳、新城等地，相继克复，杭州暂时转危为安。但是，军饷却成了大问题。
浙江全省军饷，每月需四十几万。当时筹饷的方法，各地大同小异，大同者，取之于商民的厘捐，小异者，税源因地因时而有差别。浙江的厘捐，以丝茶为大宗，皖南一途，兵连祸结，茶商裹足，此外行销江西徽州的所谓“饷盐”，亦由于烽烟处处，道路艰难而无法运销，厘捐收入，大不如前。
除本省自筹以外，又有所谓“协饷”，靠比较平靖而富庶的省分协助，浙江每月的协饷是：江西6万、湖南3万、四川5万。此时都自顾不暇，根本不解，只偶尔福建有所接济。
这样通扯计算，每月要差半数，王有龄虽以善于筹饷著名，但差额过大，亦有难于弥补之苦。
幸好，李秀成对上海发动的攻势，受到了有力的打击，所以整个东南大局，犹有可为。
＊＃＃江苏膏腴之地，其时只剩下冯子材一军苦守镇江，以及上海与浦东三县而已。但上海由于租界的关系，造成了畸形的繁荣，所以关税百金，数倍于往昔。在何桂清未失苏常以前，上海的官商就有自保的计划，官则苏松太道吴煦作主，商则四明公所的董事杨坊为首。同时，英法领事为了维护其在上海侨民的生命财产及商业利益，亦支持吴煦与杨坊的计划。
这个计划是招募洋人编练洋枪队。有个美国纽约人，叫做弗立克·华尔，军校出身，在国内犯了法，亡命到上海，本来是想投效太平军的，为人所劝而中止。结果为吴煦所物色——一说华尔为美国领事署所逮捕，预备押解回国，归案审判，经吴煦代为向美国领事说项，得获解放，华尔受惠感恩，是自愿投效的。
华尔所编组的洋枪队，以菲律宾人为主，总数只一百，另外招募了几百中国人，一半改穿西服，冒充外国人，一半仍着常服，跟在队伍后面，聊壮声势。就凭这一支怪队伍，经过一个半月的训练，居然大败太平军于松江。
主要的原因，中国人当时虽已会用洋枪，但由洋枪而来的“兵法”，却茫然无知。当华尔率队出发之前，他就下了严厉的命令：“有进无止，止者斩！”等到两军相接，李秀成的所属陆顺德的部卒，枪炮齐发，火网甚密，华尔只是下令“卧倒”，太平军的枪炮完全虚发。等打过一阵，华尔下令还击，120人的排面，打了一排枪，第二批接着来，然后第一批趁此空隙装子弹，接着第二批再打。一共只打了3排枪，太平军就死了几百人，败退入城，华尔领先冲锋，跟着到了城里，展开巷战，太平军四散溃逃，松江城就这样轻易地克复了。
当华尔出发以前，吴煦曾经禀明已升为江苏巡抚的薛焕，只要攻入松江，太平军的一切，以及官府库藏，都归洋枪队所有。因此，太平军一退，华尔首先就清查战利品，谁知打开府库一看，空空如也，太平军早已席卷而去。华尔跟吴煦提出交涉，结果另外送了他五千银子，作为补偿。
于是华尔以松江为根据地，扩充洋枪队，六月间曾一度进攻青浦，未曾得手，上海得此犄角之势，总算稳住了。
＊＃＃在浙江的战事，始终紧张。张玉良攻嘉兴狠打了几场胜仗，七月下旬，李秀成亲自领军对敌，血战五昼夜，相持不下。于是李秀成出奇兵自间道攻石门，此地为张玉良的粮台所在，一把火烧了军粮，前线士气，大受影响。张玉良负伤败退，太平军跟踪而下，从海宁分兵两路，一路向石门，有进犯湖州的模样，一路直扑杭州。王有龄与将军瑞昌、提督饶廷选，分守西北两城，同时因为各地都有官兵通敌的事情发生，所以王有龄下令，将散兵游勇，尽皆驱逐出城，杭州城内的治安，相当良好，但粮饷不足的困难，却愈来愈甚。
不久，进犯杭州的两路太平军，不战自退，这是因为李秀成攻上海不利，收兵回苏州，预备重新整顿补充，检讨局势，另作部署的缘故。
可是皖南一路，依然吃紧。由广德过来的大股太平军，目标是在湖州。湖州的防务，完全得力于赵景贤，当时各地纷纷举办团练，自保地方，而功效卓著，则首推湖州。此亦不能不归功于王有龄当湖州知府时，慧眼识英雄，能够支持赵景贤。
湖州是水乡，太湖在北，苕溪在西，汊港纷歧，一苇可航，所以在防务上，到处都是漏洞。赵景贤跟王有龄商量，添筑外城一道，紧靠龙溪大河，城墙上下，多筑炮眼，外城左右亦安设炮位，只要敌人一过河，火力压制，便无立足余地。
当时攻城最通行的战术是挖地道，填火药，轰坍墙，一拥而进。湖州由是利用地形，添筑这道外城，大为得力，始终不虞敌人挖掘地道，此为湖州得以久守的一个主要原因。
到了十月初旬，严州一路失利，新城、临安相继不守，富阳随即失守，前敌两员主将，总兵刘芳贵，副将刘季三、双双阵亡。这一下，不但省城吃紧，而且由富阳渡江，可以威胁宁绍，浙东在此时是全省主要的粮源，不能不保，因而王有龄作了一次奇袭。
他在富阳失守的第2天，抽拨马队500人，步兵1000人，下令已在傍晚，限定二更拔队，五更到达富阳，调集最精良的火器，由东南两面集中攻击，大声呐喊，声势甚壮，太平军不知有多少人马，望西北两门败退，王有龄亲自领兵拦截，斩获甚多。到了第二天上午8点钟，收复富阳。这一仗打得相当漂亮。
在此由七月到十月的100天中，中国的国际关系，有了极大的变化，英法联军，终于内犯，七月初七攻占天津，接着侵入北京，火烧圆明园。文宗仓皇出奔，逃到热河行宫避难，九月十一日，恭亲王签订了北京条约十条，成就所谓“抚局”。这自是丧权辱国的条约，但对平定太平天国，却大有帮助。
在清朝与太平军之间，英国最初严守中立，其后由于两广总督叶名琛的颟顸，换约问题，引起轩然大波，英国改变策略，有意利用太平军来威胁清朝，与江宁方面的接触，不绝如缕，清朝是希望洋将“助顺”，则出入之际，关系太大。
这只是恭亲王与英法议和时，不能不委曲求全的苦衷。及至北京条约成立，尘埃落地，英国因为有条约的关系，不论是保护他们自己的利益也好、遵守国际公法、尽其应尽的义务也好，都不能不支持清朝。且不说以后李鸿章的“用沪平吴”，得力于此“正常化”的中英关系，即就当时而论，上海的局面便立刻发生了极深刻的影响。
李秀成是极有政治头脑的人，他并不以攻城略地，耀武扬威满足，而是要取得膏腴之地来支持他“北征”的计划，因此攻取苏州时，仅派270人入城，一面严申军纪，一面极力安平，务求促使地方士气。上海在短短三数年间，一跃而为东南的精华，当然更不肯轻加兵火，所以他以运动会党及官军起义与联络洋人，双管齐下，打算和平接收上海，此中的关键，当然系于英法公使的态度，李秀成早于五月间递送了一件“照会”，申明占领上海、松江的必要，自以为已取得谅解及默契，而其实不然。
在北京条约没有签订以前，英法公使虽循薛焕之请，以武力保护租界，并派兵协守上海县城，但对外仍表中立，这就等于间接答覆李秀成，太平军攻上海，英法将出以“默成”的态度。等到北京条约一成立，英国人公使布鲁斯对太平军的表面如旧，暗底下却已准备“助顺”。这一转变，李秀成自然不知道，同时当时中国人对国际事务的缺乏了解，他亦看不出北京条约对他会发生这样迅速而严重的影响，因此在上海吃了个大亏。
李秀成只带了3000人到上海，先在南市九亩地与清军遭遇，打了个胜仗，便分西南两面推进，以为预先有接洽的会党和官军会开城迎接，而助守的洋人，一定袖手旁观。哪知一到城下，城上的一千二百英法联军，随即开火，太平军死了好几百。其时风雨大作，李秀成以为视界不明，引起了误会，不愿还击——事实上在英法联军强烈的火力，且是居高临下的优势压制之下，亦无法还击，急急下令退兵。
其实，误会的是李秀成，他的整个和平接收上海的计划，已经完全破灭，除了洋人态度的转变以外，所联络起义的会党及官军，亦为薛焕事先防范无法动手。
这些情形，李秀成不知道，第二天又迫近城下，由南门转往西门，英法联军，水陆并攻，开炮轰击，以致李秀成亦受了轻伤。这时他才恍然大悟，外援内应，皆不可恃，只能撤退。临走时留下一封长信，痛责英法公使，无非出气而已。
上海一撤退，浙江方面的压力便重了。嘉兴、石门的攻防战告一段落，李秀成先回苏州部署防务，然后到“天京”参加军事会议，与洪秀全族中的兄弟“干王”洪仁？，商定了五路进兵援安庆的策略。
安庆是当时整个战局的焦点。湘军攻下安庆，便可再度进围江宁；而在太平军，则安庆围解，不独对“天京”的直接威胁，可以消除，而且进窥两湖，打通长江，东南与西南联成一气，这局面自然非局处东南一隅所可同日而语。
当曾国藩受命总督两江时，原有东援的任务，但他迟迟不进。这因为曾国藩的用兵，有他与众不同的一套——清朝的皇帝以明为鉴，而有见识的大臣，亦无不如此，曾国藩熟读明史，练兵学戚继光，用兵则学杨嗣昌，以静制动，稳扎稳打，他的整个战略，乃是以高屋建瓴之势，从长江上游，打到长江下游。自东晋开发江东，长江代替了黄河的地位以来，欲保长江下游的金陵，必守住长江上游的武昌，武昌、九江既为湘军所掌握，那么，下一步就必攻安庆，舍此而东援，则气势不贯，且可能腹背受敌，所以尽管上海、杭州吃紧，薛焕、王有龄乞援的公文，雪片飞来，曾国藩始终不肯撤安庆这围。围安庆的是他的幼弟，“老九”曾国荃。
当然，要稳住长江上游，克复安庆，必先控制整个安徽，因此，他除了以曾国荃围安庆，派多隆阿攻桐城，并请胡林翼经营霍山、舒城一路以外，自统鲍超的霆军六千人，以及其他部队总计一万人，移镇祁门，接替江西巡抚张萧，主持皖南军务。
其时江浙两会的官军，奔走不暇，为李秀成摆布得团团转，薛焕、王有龄则都寄望于曾国藩，而主张不同。王有龄巴望援军，薛焕则希望曾军能直捣“天京”，则太平军“回顾根本”，压力便可减轻。这些意见不但诉之于曾国藩，亦上达于朝廷，那时文宗在热河，恭亲王留守在京，肃顺与恭亲王不和，各行其是，根本拿不出整套的办法，只是将薛焕、王有龄的原奏，照样转给曾国藩而已。
曾国藩当时很不怕得罪人，首先就指责张芾，奏折中说：“徽宁两处防军，历年取用浙饷，约计千万，浙中恃为长城。
本省别无防守之师，一旦藩篱尽撤，任贼长驱，杭人惨遭浩劫，张萧不能不任其咎。皖南地方辽阔，处处与江浙毗连，一片逆氛，几无完土，惟系臣兼辖地方，自应力筹兼顾。断不能更顾浙江。“另外有一道奏折，则更说得老实：”臣由皖南进兵，以急援宁国，急攻广德为要，力不能兼顾，则以专救宁国为要。“
又说：“徽宁等属，一片贼氛