令长官丰田海军大将也突然阵亡的话，日本海军的前景就更加黯淡了。昭和19年4 月底，日本联合舰队司令部离开了海面。
古贺司令长官之死对战局的影响的确相当大。那时，古贺坐镇旗舰“武藏”号，统帅联合舰队。当时，他拟定的作战计划（ 昭和19年2…3 月） 是这样的：缩小日本的海上防御圈，在马里亚纳群岛、帕劳群岛、菲律宾群岛内侧一线设防，并将其称之为“内防御圈”。为此，他精心准备，计划飞到达沃指挥所，在该地建立联合舰队司令部。然而，就在从帕劳飞往达沃的途中，古贺因飞机坠毁而身亡，因此，建立内防御圈的准备工作整整拖延了1 个月，从而为美军进行反攻提供了大好机会。
就在这个时候，日本海军内部爆发了一场“旗舰临阵指挥”是否妥当的争论。
战争至此，海战的作战方式已经发生了很大的变化，在一个固定不变的海面上决定胜负的时代已经过去了。海上战斗在多方面展开，其作战范围直径可达3000海里以上。其间，重大的战斗不仅仅局限于海上，陆地和空中都可能是发生激战的战场，因此，面临这样的战争，单单在一支舰队的旗舰上坐镇指挥，显然已经鞭长莫及了。
例如，当发现美海军主力舰队出现在马绍尔群岛方面，日本联合舰队立即出击的时候，敌人的大队人马或在莱特湾登陆，或在马尼拉湾登陆，在这种情况下，如果仅仅由在马绍尔方面活动的旗舰来指挥，肯定是不可想象的。更何况，舰队在作战中是必须严格实行无线电静默的，如果不使用无线电，则完全不可能进行指挥。
换言之，全军总指挥官乘坐舰队中的某一艘战舰，一边不断地移动，一边进行战役指挥，这是极不高明的。司令官必须置身于能够总揽全局的中心点，能够分析、理解来自各方面的情报，着眼全局，发出指令，实行统一的、连贯的指挥。另外，自昭和19年以来，联合舰队的指挥范围又进一步扩大了，由以前的只是指挥外战，改变成现在的指挥内外战的全部部队（ 例如各镇守机关、警备机关乃至陆军航空部队的一部分都列入了联合舰队的指挥之下） ，随着战局的复杂化更加繁忙起来了。
鉴于海战方式业已发生了变化，同时，指挥的对象以及范围也在逐渐扩大，用一句话来形容，就是手忙脚乱接应不暇。因此，旗舰在海面上飘荡不定是不可能成功地完成指挥战争的使命的，这好比一台机器，轴子转动了但机器不转。所以，联合舰队司令部这个“轴”必须位于一个不动的点上，才能目光远大，胸怀全局，更好地指导战争。面临战争中急剧变化的形势，若依然采用旧的指挥方法，就如同坐等失败一样。
上述这些见解确实是非常出色的。然而，反对派的意见也非常强烈。其理由是：既然联合舰队存在，旗舰就是舰队的中心，司令长官若不在舰上指挥全军，非但不能鼓舞士气，关键时刻也无法直接指挥决战。这样，关系到帝国生死存亡的决定性一战将有谁来负指挥之责呢？
以往，联合舰队司令长官直接率领第一舰队，就象使用自己的手脚一样，一边向全军发布命令，一边观察着瞬息万变的战场形势，不失时机地下令前进或后退——这才是一位名副其实的司令长官应该采取的姿态。假若司令长官置身在1000海里、2000海里的远方，依靠电讯下达作战命令，这岂不是愚蠢可笑？如果海上决战的一切行动都由参战舰队的司令官来指挥，那么，联合舰队司令部岂不成了无用之物了吗？如果这样的话，单有军令部不就足够了吗？联合舰队司令长官弃瞬间变化的战局于不顾，也不分析现实战场的状态和动向，却频繁地从远方发出各种指令，不仅会给战斗增添累赘，还将给舰队带来损失。一句话，联合舰队司令长官应该在舰队中，应该成为整个舰队可以信赖的核心。这种主张的呼声越来越强烈。
追溯起来，这种观点早在昭和12年即1937年。联合舰队作图上演习的时候就产生了。当时，赞成与反对各半，后来就不了了之了，因为海军将领们作梦也没有想到会真的爆发日美战争。所以，也就没有认真地去研究这个问题，就这样，“旗舰临阵指挥论的是与非”作为一个尚待解决的悬案被锁进抽屉里。直到昭和19年4 月，才成为一个极需解决的问题。
（三）为何不在战场就近指挥——从“大淀”到“日吉台”
在“旗舰临阵指挥”论和“指挥中心固定”之说争论的同时，又冒出了一个东京湾内“旗舰孤立主义”。昭和19年4 月30日晨，“大淀”号巡洋舰在千叶县木更津海面抛锚了，舰桅杆上升起了联合舰队司令长官的将旗。
“大淀”号作为日本联合舰队的旗舰锚泊下来了。虽然它没有一艘护卫的驱逐舰，但它却肩负着重大的使命——通过作战室指挥全军。“大淀”浮在海面上，置身舰群中，然而，这只不过是登上陆地的一个阶梯而已。“大淀”作战室的设备同前旗舰“武藏”号相比，相差甚远，无线电收发报力量也孱弱不堪，因此，无力指挥舰队在远方决战。事实也确实如此，正因为有上述弱点，所以，在马里亚纳海战前后，联合舰队司令部从东京湾出发到广岛湾，在广岛湾临时指挥。
假若丰田司令长官、草鹿参谋长等人把“大和”作为旗舰，活跃在塞班近海的第一线，那么，关系到日本生死存亡的马里亚纳海面海战将会出现一个什么样的结果呢？这可以作为读者们带着兴趣去想象的一个问题。
不管怎样，从那时开始，第一舰队的名字就消失了，因为这个舰队原本就有联合舰队司令长官直接率领的传统，而当司令长官撤到东京湾，这个舰队便成了无主舰队，所属各军舰归属了第二舰队，其实体也就不复存在了。马里亚纳海战、莱特湾海战、菊水作战之所以没有出现第一舰队的名字，其原因就在这里。
联合舰队司令部设在巡洋舰“大淀”上仅仅才5 个月。当年9 月中旬，又无视反对意见，将司令部移到了日吉台的庆应大学校舍，从此，舰队指挥机关完全回到了陆地，并在高岗上构筑了房屋。这个高岗的地下防空壕和庞大的作战室直到昭和30年（1955 年） 还保持着原状，其设施恐怕连原子弹也难以摧毁。
问题是，在这样的地下设施中能否成功地指挥海上战斗？正如孩子们批评打雪仗的指挥者一样——钻在温暖的被窝里是无法指挥打雪仗的，主将必须站在野外的雪地上亲自指挥。
当然，司令长官丰田副武大将为了指挥台湾海面的空战也曾经飞到台湾。这一空战（ 昭和19年10月12日…15 日） 是美国机动部队的主力为彻底击毁日本驻台湾的航空兵基地而发动的，但另一方面，也是日本海军联合舰队歼灭美舰队主力的大好时机。因此，丰田大将投入了日本海军航空兵力的全部力量并亲临前线指挥。然而，激战结果，不仅一无所获，反而丧失了大量的航空兵力，只得狼狈不堪地回到日吉台。
不久，更严重的事情又发生了。这就是在防空壕内指挥莱特湾作战。莱特湾决战是联合舰队司令部制定的“捷一号作战”的中心战斗。关于这次战斗的前因后果，笔者已经在前面叙述过。总之，为了这次战斗，当时动员了日本海军所拥有的全部兵力，决心一举将麦克阿瑟的登陆部队歼灭于莱特湾滩头。为实现这一极其重要的作战目的，在兵力安排方面，水上部队出动“大和”、“武藏”自不必说，小泽的机动部队也全力参战。另外，还投进了西村舰队、志摩舰队以及潜艇部队的大部分，进而，基地航空兵部队还动员了大西中将的第五军、福留繁中将的第六军等精锐部队出击。因此，以其作战规模而言，是开战以来最大的一次战斗。
这次海上战斗是在三个不同的海面上展开的，它不但要求各舰队之间要有密切的配合，还迫切地期望能够得到基地航空兵和潜艇部队的协助。因此，要做到统一指挥是一件很不容易的事情。当然，最理想的是根据不断发展变化的战况来决定各舰队和各部队如何前进或后撤，如果指挥官们能够依靠肉眼观察战局，迅速下达命令，自然是美不胜言。然而，由于战场广阔，肉眼实际上是无能为力的，但是，若能及时进行电讯联系，抓住时机果断行动，肯定能够奏效。而实际上，各支舰队在根本不掌握友军行动的情况下，盲目行进在数天前所制定的作战路线上，这样，怎么会取得理想的战果呢？
再说，当时小泽的机动部队已经巧妙地把敌机动部队诱至北方海域——完全实现了预订的作战目的——以减轻栗田舰队的压力，协助栗田突进莱特湾。遗憾的是，栗田舰队对此一无所知。昭和19年10月24日至25日，在这两天的激战中，如果栗田得知小泽舰队诱敌成功的消息，他也许会采取更加理想的作战行动。结果，正因为小泽的旗舰“瑞鹤”号的桅杆过低，通讯能力薄弱，关于“诱饵”已经成功地吸引了哈尔西舰队的重要情报没有到达神奈川的日吉台，因而，日吉台方面没有通报给栗田舰队，这也是很自然的。同时，栗田在两天的苦战中也没有从驻菲律宾的日本航空兵基地那里得到任何情报和支援，它完全是一支孤立无援的舰队，只好自行其事，因而导致一败涂地的结局。
（四）美军指挥官坐镇陆地——海上指挥还是陆地指挥
鉴于上述战况，加之一般的军事常识，专家们极力申述，认为在马尼拉或达沃建立司令部直接指挥海战才是正确的途径。于是，联合舰队司令长官准备飞往菲律宾群岛。
当时，海上有4 位中将，陆地有两位中将，他们作为司令长官肩负着指挥莱特湾决战的重任。10月25日战斗进入白热化的那一天，这些司令长官都位于直径为200海里的圆内各点，但他们相互之间却无任何联络，各自为战。而作为战斗指挥中心的联合舰队司令部却在离开战场2000海里以上的日吉台发布作战命令。在这种情况下，要想进行统一的指挥，不失时机地发布切实可行的命令，是完全不可能的。据闻，丰田大将曾一度准备亲自飞往菲律宾指挥战斗，但是，参谋们苦口婆心地向丰田说明日吉台拥有有利的通讯条件（ 此事发生在丰田从台湾回来不久） 。就这样，丰田被劝阻了。从丰田本人的斗志来看，这也是完全可能的。
另外，莱特湾作战采取的方式是驱使整个舰队“杀入港湾”，实施史无前例的鲁莽作战。为此，在栗田舰队官兵中发生了强烈的反响。当时，司令部把剩余的全部力量——战列舰9 艘、航空母舰4 艘、重型巡洋舰11艘、轻型巡洋舰6 艘，驱逐舰35艘、潜艇9 艘——拼凑起来，以“沉没”为前提下达了这一道最后的战斗命令，企图使负有盛名的日本舰队“光荣地去死”。因此，舰队司令长官说，如果是那样，就应该让将旗高高地飘扬在全舰队的旗舰上，做好果断地战死沙场的思想准备。
虽说这种说法不无道理，但在当时，官兵们的认识还没有达到那种程度，作为全军的指挥，不论是乘坐第二舰队的“大和”还是第三舰队的“瑞鹤”都将是片面的。大多数主张还是以进抵马尼拉，掌握全面战况为最佳方案。然而，到昭和20年4月的“菊水作战”时，情况则完全不同了。尚能称作“舰队”的仅有第二舰队，其阵容是：战列舰1 艘，轻型巡洋舰1 艘，驱逐舰8 艘——可谓衰败不堪，这就是“联合舰队现有的全部作战实力”。他们奉司令部之命参加冲绳之战，而这一战实际上就是最后的自杀。以军事常识来判断，只供给单程燃料，要想到达冲绳之后再返回是绝对不可能的，即使一旦到达了冲绳，“大和”必定陷入与数十艘敌舰作战的困境，“大和”除被击沉之外，别无他途。实际上，这一战只不过是为帝国海军的最后覆灭举行葬礼。只有海军将官们乘坐“大和”光荣地战死于第一线，这才是粉饰帝国海军覆灭的最好途径。象这样的议论当时在海军中几乎沸腾了，至今尚有余音。“正成未抵凑川”的讽刺之语至今还在流传着。
起初，丰田、草鹿（ 参谋长） 并没有同意这一自杀作战。之后，鉴于冲绳一战具有举足轻重的作用，加上那些强调冲绳之战重要意义的主要参谋们持强硬态度，这才不得不点头同意。而且，丰田一再主张亲临战场指挥作战，但是，由于参谋们的劝阻，终于作罢，最后，丰田决定在九州指挥——这就是当时的内幕。而战场的现实情况是，被称之为“菊水作战”的“菊水”之旗没有飘扬在“凑川”的战场上