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会议根据第一期抗战的经验教训和当前敌我态势及其发展趋向，策定第二期抗战的指导方针为：“连续发动有限度之攻势与反击，以牵制消耗敌人。策应敌后方之游击部队，加强敌后方之控制与袭扰，化敌后方为前方，迫敌局于前线，阻止其全面统制与物资掠夺，粉碎其‘以华制华’‘以战养战’之企图。同时抽出部队，轮流整训，强化战力，准备总反攻。”〔９〕总的战略仍然是持久战，但第二期抗战指导方针较之第一期有了更为积极的内容，其侧重点不再是“以空间换取时间”，而是以有限攻势和反击，与广泛的敌后游击战相结合，牵制消耗敌人，打破敌人的企图，并准备反攻。
中共中央代表、军事委员会政治部副主任周恩来参加了长沙军事会议和南岳军事会议，八路军参谋长叶剑英也参加了南岳军事会议。他们都对新的战略方针发表了重要意见，强调游击战的战略作用。蒋介石采纳了这些意见。在南岳军事会议上，他还曾提出“游击战重于正规战”的原则，〔１０〕并决定举办西南游击干部训练班，为大力开展游击战争培训骨干。
２． 重划战区调整部署简化指挥系统
根据武汉会战的敌我态势和新的作战方针，军事委员会重新划分战区和兵力配备。正面８个战区是：
第一战区，司令长官卫立煌，辖区为河南及皖北一部，兵力１２个步兵师、１个骑兵师、１个步兵旅、１个骑兵旅及其他特种部队。
第二战区，司令长官阎锡山，辖区为山西及陕西一部，兵力３２个步兵师、５个骑兵师、１４个步兵旅、３个骑兵旅及其他特种部队。
第三战区，司令长官顾祝同，辖区为苏南、皖南、赣东及浙江、福建，兵力２２个步兵师、２个步兵旅及特种部队。
第四战区，司令长官张发奎，辖区为广东、广西，兵力１８个步兵师、２个步兵旅及特种部队。
第五战区，司令长官李宗仁，辖区为皖西、鄂北、豫南，兵力３４个步兵师、１个骑兵师、１个骑兵旅及特种部队。
第八战区，司令长官朱绍良，辖区为甘肃、宁夏、青海，兵力６个步兵师、４个骑兵师、９个步兵旅、４个骑兵旅及特种部队。
第九战区，司令长官陈诚（薛岳代理），辖区为赣西北、鄂南及湖南，兵力５２个步兵师及特种部队、游击部队等。
第十战区，司令长官蒋鼎文，辖区陕西，兵力９个步兵师、１个骑兵师、１个步兵旅、１个骑兵旅。
新设的两个敌后战区是：
鲁苏战区，总司令于学忠，辖区为山东及苏北，兵力７个步兵师及游击部队。
冀察战区，总司令鹿钟麟，防区为河北、察哈尔，兵力５个步兵师、１个骑兵师、河北民军等。
另有９个步兵师、１个步兵旅担任川、滇、康大后方之警备；２３个步兵师直属军事委员会，为战略机动部队。
以上中国军队全部兵力为２４２个师又４０个旅（至１９３８年底），海、空军及炮兵等未计。
为改进指挥，提高效率，使统帅部和战区命令能迅速下达，军事委员会认为原有的军事委员会、战区、兵团、集团军、军团、军到作为基本战略单位的师，共有７级指挥机构，层次太多，传达指挥不灵便，往往贻误战机，因此决定取消兵团和军团两级，以军为基本战略单位；同时还撤销师编成内的旅级机构，由师直接指挥团。此外，还撤消了军事委员会湘、桂、陕、甘各地行营。改设桂林、天水两个行营，分别指挥南北战场的作战。
第七部分：相持阶段前期的作战国民政府调整抗战方针 2
３． 整建部队增强战力
抗战以来，中国军队与优势日军作战迭经重大战役，兵员装备损失严重，多数部队因伤亡过重而缺额甚多，战斗力普遍下降，亟待整理补充，以利再战。蒋介石在南岳军事会议上说：会议的“最大目的，就是要整理军队、建立军队……确立第二期抗战胜利的基础。”“全国部队今后拟分三期轮流整训，限期完成。其办法即将全国现有部队之三分之一配备在游击区域——敌军的后方担任游击；以三分之一布置在前方，对敌抗战；而抽调三分之一到后方整训。等到第一批整训完成，仍调回前方作战，或担任游击。乃调换第二批到后方继续整训……每期整训期间，暂定为四个月，一年之内即须将全国军队一律整训完成。”〔１１〕
根据南岳军事会议研讨情况，军事委员会制定了《国防军整理总方案》，提出了具体整训计划，并决定在全国征调１００万新兵，经训练后补充部队。整训以军官为重心，要求加强政治教育，提高技术、战术，增强战斗意志。军队整理则要求精简机关，减少非战斗单位，充实作战部队，提高整体素质。但这项整军计划因主观的和客观的原因并没有如期完成，１９３９年只完成两期。到１９４１年，经过整理的部队共有７４个军计１９８个师，约占全国部队的三分之二。
４． 开办游击干部训练班
武汉失守前夕，八路军总司令朱德由延安飞抵武汉与蒋介石晤谈。他在汇报八路军华北敌后抗战的情况时就提出了国共合作举办游击干部训练班的建议。国民党高级将领如白崇禧等有感于八路军坚持敌后游击战的成就，曾说“中共可以打游击战，国军当亦能打游击”。〔１２〕在南岳军事会议期间，蒋介石正式决定举办游击干部训练班，要求中共派员讲授课程。中共方面经过研究，派出了以八路军（第１８集团军）参谋长叶剑英为首的阵容强大的教授团到训练班执教。这是贯彻第二期抗战指导方针的一项重要措施。
训练班的正式名称为“西南游击干部训练班”，因地点设在著名的五岳之一的衡山，所以一般称之为“南岳游击干部训练班”。国民政府军事委员会起初任命第３１集团军总司令汤恩伯为训练班主任、叶剑英为副主任，后来改由蒋介石亲自兼主任，白崇禧、陈诚兼副主任，汤恩伯为教育长，叶剑英为副教育长，周恩来则被聘为国际问题讲师，以示重视。
训练班于１９３９年２月１５日正式开学。第一期学员１０４６人，来自军事委员会机关、中央军校、各战区及地方党政机关。其中有不少人是从黄埔军校、南京军校以及云南讲武堂、东北讲武堂毕业，又在军队服役多年的中、高级军官。训练班教学工作主要由叶剑英主持，每期３个月，内容包括军事教育和政治教育。军事教育主要讲授游击战的战略、战术和技术，政治教育主要讲授民众运动和游击战政治工作。叶剑英亲自讲授《游击战概论》，每周讲课两次。其他课程由教官分担。周恩来也向学员作了《中日战争之政略与战略问题》的长篇报告。除课堂教学外，叶剑英还经常带领学员到附近乡间实地演习游击战的战术技术以及宣传群众、组织群众的方法，提高学员从事游击战争的实际能力。不少学员毕业后怀着持久抗战必胜的信心投入抗日战争。〔１３〕
南岳游击干部训练班共办了３期。
第七部分：相持阶段前期的作战国共关系的新发展及对抗战的影响
从“七七”事变到武汉保卫战，是国共合作最好的时期。截至１９３８年１０月，八路军、新四军已在敌后广大地区建立了晋察冀、晋冀豫、冀西南、晋西北、山东、皖南、皖东、苏南等抗日根据地，积极开展游击战争，有力地配合了正面作战。
武汉失守前后，国共两党都认识到抗日战争即将进入一个新阶段，先后分别召开中央全会，研讨新形势下所应取的政略和战略。
中共六届六中全会于１９３８年９月２９日至１１月６日在延安举行。毛泽东在会上作了《论新阶段》的政治报告。关于抗日战争的形势和前途，毛泽东指出：“中日战争的长期性将表现于在敌则进攻，相持，退却；在我则防御，相持，反攻，这样三个阶段之中。由于敌强我弱……故出现了敌方进攻，我方防御的第一阶段。不说退却而说防御，是说以战略的运动防御即节节抵抗的姿态而表现其退却，不是一下子干脆退却。但又由于在敌则小国、退步、寡助，在我则大国、进步、多助这些特殊的条件，我之英勇抗战又使敌在进攻中受到分散的困难与消耗的损失，而不得不于一定时机结束其战略上的进攻，转入军事上保守其占领地而从政治上与经济封锁上向我进攻的阶段。此时敌虽消耗，但一时尚未消耗到使之转入失败的程度；我虽坚决抗战，与各方面向前进步，但一时也难进步到足以转入反攻驱敌出国的程度。依上诸因，一个双方相持的第二阶段或中间阶段，就形成了。由于第二阶段中敌之困难与我之进步俱日增，又配合着国际有利于我不利于敌之形势，就能使敌强我弱敌优我劣的原来状态逐渐发生变化，进到在全局看来日益于敌不利而有利于我之局面，先到敌我平衡，再到我优敌劣，彼时，就可转入我之反攻、敌之退却的第三阶段了。”毛泽东认为，日本占领武汉之后，它可能用于中国方面的力量用得差不多了，其兵力不足与兵力分散的弱点将更形暴露，也就达到了其进攻阶段的最高度，相持局面就要到来了。〔１４〕
中共六届六中全会经过充分讨论，通过了决议，发表了《告全国同胞、全体将士和国共两党同志书》。全会制定了巩固和扩大以国共两党为基础的抗日民族统一战线，以长期合作、支持长期抗战为基本方针。全会认为：全国人民和军队的任务应是坚持抗战、坚持持久战、艰苦奋斗、积蓄力量、停止敌之进攻、准备我之反攻；八路军、新四军的任务应是坚持和扩大敌后游击战争，粉碎日军的残酷进攻，巩固华北，发展华中、华南，建立更多的抗日根据地，缩小敌之占领区，并配合主力军作战。〔１５〕毛泽东于１１月５日、６日在全会上作了结论。关于国共分工，毛泽东指出：“抗日战争中国共两党的分工，就目前和一般的条件说来，国民党担任正面的正规战，共产党担任敌后的游击战，是必须的，恰当的，是互相需要、互相配合、互相协助的。”关于处理统一战线中的党派关系问题，毛泽东指出：“我们的方针是统一战线中的独立自主，既统一，又独立。”〔１６〕
中国国民党五届五中全会于１９３９年１月２１日至３０日在重庆举行，主要议题是抗战和党务。蒋介石在会上作了《以事实证明敌国必败我国必胜》的开幕词和《唤醒党魂发扬党德与巩固党基》、《整顿党务之要点》的演讲。蒋介石在回顾了第一期抗战的得失和面临的新形势后表示：“我们一定要持久抗战，奋斗到底，不但使敌人过去‘速战速决’的目的不能达到，而且要使他现在‘速和速结’的狡谋成为粉碎。这就是我们今日惟一的方略，这就是敌之失败、也就是我国胜利的基础。”针对日本从政治上诱降的谋略，蒋介石指出：“我们目前如果妄想妥协，希求侥幸的和平，就无异自投罗网、自取灭亡。”〔１７〕根据蒋介石的提议，五届五中全会决定设立国防最高委员会，为抗战期间党、政、军最高领导机关。蒋介石为委员长。全会还通过了党务问题决议案，发表了宣言。
国民党五届五中全会的主要方针仍是继续抗战和联共抗战，在提高抗战信心、打击悲观情绪，以及企图使国民党本身进步、发展与强化等方面作了相当的努力。这些都是五中全会主要的、积极的方面。〔１８〕但蒋介石在会上一再宣称抗战到底的“底”就是恢复卢沟桥事变以前的状况，一再提出防共、限共、溶共的政策，对改革政治、实行民主民权避而不谈等等，则是五中全会的消极方面。会后，国民党中央连续秘密下发《防止异党活动办法