灭出城突袭的三营明军，后连破郑州、荥阳、上蔡，扫清开封周围明军据点。明督师丁启睿、总兵左良玉率师十余万挺进朱仙镇。李自成以部分兵力继续围城，率主力占领朱仙镇有利地形迎击明军，获得大胜，俘虏明军数万人。崇祯十六年正月，李自成攻克襄阳，提出了“三年不征，一民不杀”？口号，李自成被拥为奉天倡义文武大元帅。随后，李自成采纳谋士顾君恩计策，制定先取关中、再攻山西、后取北京的作战方略。亲自率大军北上河南，在汝州之战中歼灭明军4万余人，迫使孙传庭败逃陕西。乘势追击，尽歼镇守潼关的明军，击杀孙传庭，占领潼关、西安等地。随即分兵追歼明军残部，连下延安、汉中、榆林诸重镇。
崇祯十七年正月，李自成建立大顺政权，年号永昌，李自成称大顺王，改西安为西京。随后李自成率军强渡黄河，攻进山西境内，攻克太原。然后，李自成兵分两路，一部由大将刘芳亮率领攻河北，自己同大将刘宗敏率主力部队北上宁武关，从北面迂回围攻北京，李自成率领大军顺利攻下大同、宣府、昌平。于三月十七日攻到北京城下，此时，明朝的崇祯皇帝已经无军可调，守城的都是一些老弱病残的兵士。崇祯急调山海关总兵吴三桂和江南明军率兵勤王。但是已经为时已晚，三月十九日，李自成率军攻破了北京城，崇祯帝朱由检在万念俱灰，自缢于煤山之上。
李自成在攻陷北京之后，开始被胜利冲昏了头脑。这些农民出身的起义军将领以为攻陷了北京，除掉了明朝的皇帝，就是大功告成，可以坐享天下了。李自成和刘宗敏等人也都开始忙于修建宫室，搜罗美女，对明朝的官员进行追赃。他们没有及时的追剿依然据有江南的几十万明军，也忽视了重兵在握的山海关总兵吴三桂。起初的时候，李自成还想招降吴三桂。但是，由于义军将领在追赃的过程中，致使吴三桂的父亲吴襄自杀殉国，更让他不能忍受的是，自己心爱的宠妾陈圆圆也被义军大将刘宗敏抢了过去。吴三桂一怒之下投降了清朝的多尔衮，打开城门引兵入关。四月十三日，李自成率军十万讨伐吴三桂。两军在山海关前的一片石接战，这真是一场恶战！只见狂风大作，飞沙走石遮蔽天日。李自成的大顺军和吴三桂的军队在风沙之中展开一场不辨敌手的血战。霎时间，金鼓之声，呐喊之声传到百里之外。在农民军层层包围之下，吴三桂率军左冲右突，拼命死战。双方苦战了大半日，到下午时分，吴三桂几乎要支撑不住了。就在他精疲力竭，即将崩溃的时候。多尔衮的八旗铁骑突然从乱石之间杀了出来，大顺军虽然奋勇拼杀，与清军苦战半日。但最终还是在两军的围攻之下落败。大将军刘宗敏中箭负伤，损兵数万。李自成被迫急令撤退，清军乘胜追击，一直追出四十多里开外，获得许粮草骡马无数。
山海关之战后，李自成退回北京。由于主力遭到重大伤亡，李自成不得不作出放弃北京退守关中的战略决策。二十九日，李自成在太和殿称帝，第二天便率军撤出了北京，挥师西进，据关中以抗清军。十月，多尔衮率军入关，顺治帝定鼎燕京之后，马上抽调八旗劲旅攻剿李自成。为了彻底消灭李自成的几十万大军，多尔衮命英亲王阿济格为靖远大将军，率军八万西讨李自成。旋即又命豫亲王多铎率部下精兵与之合剿。
在清军和明朝降兵的合击之下，李自成的大顺军节节败退。一直退到了陕西潼关，潼关之战，大顺军再次失利，被迫退出陕西，转战河南、湖北。准备夺取东南作为抗清基地，但是清军却对大顺军紧逼不放。派出重兵节节阻击，南明政权的明军也顺势攻击大顺军。导致李自成在湖北武昌、阳新、江西九江接连失利，东下的去路也被切断。
后来，李自成率军到达九宫山一带，此后便失去了踪迹。几十万的大顺军也像蒸发似的，一下子就没了。关于李自成最终的结局，后人提出了许多不同的看法。
其中一种最具代表性说法是李自成在九宫山被地主团练攻杀。提出这种说法的最主要的依据是清朝靖远大将军阿济格给朝廷的奏报和南明王朝驻湘将领兵部尚书何腾蛟给唐王的报告。阿济格的奏报中称：“李自成兵尽力尽，仅带亲信20人，窜入九宫山中，被村民围困，无法脱逃，自缢而死。他派人前去验尸，而尸体已经腐烂，无法辨认。何腾蛟给唐王的报告也称，自己的部众将李自成斩于九宫山下，只是丢了首级。但是，这两个说法似乎都存在许多可疑之处，令人难以尽信。因为李自成是一位“万金之赏莫能购，十道之师莫能征〃的军事奇才，不仅骁勇异常，而且还很有谋略。他的生死对清王朝或南明王朝统治者来说都是一个很重要的问题。但在阿济格和何腾蛟的报告都存在模糊之处。阿济格的奏报中说李自成的尸体“尸朽莫辨”，何腾蛟的报告中则称尸体无头。也就是说两位将领都没有亲自看到死得这个人就是李自成。而是根据别人的报告，臆断这就是李自成，便急忙上了折子功请赏。特别值得一提的是，李自成退居湖湘时，手下尚有40余万兵马，驻九宫山一带的至少也有数万人，绝非奏报中所称的仅带20名亲信。况且，如果李自成真的被杀，他的几十万大军岂能善罢甘休？九宫山能平静吗？然而，事实上，当时九宫山很平静，那几十万大军也很平静。也就是说，李自成遇难九宫山说，要么是两位将领为了邀功请赏而造出来的，要么是这是李自成与其部下故意施放的烟幕弹。用李自成以死作缓兵之计。这样一方面，可以打消南明王朝对这支大军的敌意；另一方面，也可以缓解清军对他的攻击。以便可以等待时机成熟时东山再起。
另外一种比较流行的说法是，李自成没有死，而是在夹山寺出家做了和尚。这一说法，最早见于《澧州志林》的记载，书中说李自成兵败之后并没有死，而是跑到了湖南的石门夹山寺出家做了和尚，法号丰天玉。后来这个人便到夹山寺探访，寺中一位七十多岁的老和尚还记的夹山寺过去的事情，告诉他奉天玉和尚是顺治初年入寺的，声音像是西北的人。他还在寺中他亲眼见过一幅李自成的画像。1981年，在石门夹山寺发现了奉天玉大和尚墓。据考查，在一个瓷坛中盛的遗骨，与李自成身材相近。墓中陪葬物与李自成家乡陕西米脂县的习俗相同。此后，考古人员又在夹山寺“敕印”的石龟和“奉天玉诏” 铜牌，“敕”字和“诏”都是皇帝的专用名词，由此可见，这个奉天玉极有可能就是做过皇帝的李自成。但对这一说法也有人持有异议。他们认为，奉天玉大和尚的墓和其他文物的发现，只能说明石门夹山寺确实有奉天玉大和尚这个人，但并不能证明奉天玉大和尚就是李自成。李自成生前左眼曾受箭伤失明，《澧州志林》中描述的李自成画像却双目炯炯有神，与事实不符。李自成在夹山寺出家一说，也还有待商榷。
近来又有人对李自成的生死提出更新的说法， 认为李自成兵败后，没有出家做和尚，也没有在九宫山遇难，而是辗转来到粤北乐昌的金城山。在这里继续从事抗清斗争，后来因叛徒出卖而受伤，死于马背之上。
当然，以上的三种说法，都各有一定道理，但都是一家之言，并非定论。事实如何，也许永远也弄不明白。
孝庄太后下嫁之谜
孝庄太后名为博尔济吉特？布木布泰，又名大玉儿，蒙古科尔沁部贝勒寨桑之次女。是清太宗皇太极的妃子，史称孝庄太后。在努尔哈赤时代，就已经定下了满蒙联姻的策略。早年孝庄的姑姑哲哲嫁给了皇太极做福晋，也就是后来的孝端文皇后，但是由于婚后很久也没有生育。于是皇太极又于天命十年二月，迎娶了孝端皇后的侄女布木布泰。只有十三岁的布木布泰，在她哥哥吴克善的伴送下来到后金，成为皇太极的侧福晋。史称孝庄年轻的时候皮肤如玉，貌美如花。被称为“玉妃”。
崇德元年（1636年），皇太极改国号为大清，在盛京称帝。在分封五宫后妃时，布木布泰被封为永福宫庄妃，为五大福晋之一，居于西宫。她的姑姑哲哲位居中宫做了皇后，而来后入宫的孝庄的姐姐海兰珠被封为宸妃，位居东宫。崇德三年正月，孝宗生下皇子福临，成为皇太极的第九个儿子。与此同时，最受皇太极宠爱的宸妃所生的皇八子夭折了。孝庄在皇太极面前并不得宠，皇太极最喜欢的是孝庄的姐姐海兰珠。但是，红颜短命，海兰珠仅仅活了二十几岁，在崇德六年就因病去世了。海兰珠死后，皇太极也变得整天闷闷不乐，两年后久郁郁而终了。皇太极死后，由于生前没有选立太子，因此出现了皇位之争。在清朝国内形成了多尔衮与皇太极长子肃亲王豪格两派。多尔衮与豪格都是手握重兵，多尔衮是努尔哈赤的第十四子，与皇太极是同父异母的兄弟。因为多尔衮长的很象努尔哈赤，而且多尔衮的生母大妃乌喇纳拉氏也在努尔哈赤面前最为得宠，因此，努尔哈赤早就有立其为汗位继承人的意思。但是，努尔哈赤去世时，多尔衮还小，母亲乌喇纳拉氏又被逼殉死。使多尔衮失去了登上汗位的机会。皇太极继位之后，多尔衮对他忠心耿耿，为了大清的基业率军英勇作战，被封为睿亲王，领正白旗，成为皇太极最为得力的助手和最为信任的心腹。皇太极死后，多尔衮在弟弟多铎的支持之下，也想觊觎皇位。此时，背后有两黄旗的拥护的肃亲王豪格，同有两白旗拥护的多尔衮形成了激烈的争夺。两派剑拔弩张，各不相让。随时都有暴发冲突的可能性。但是双方又各有顾忌，谁也没有必胜的把握。最后，为了解决这个棘手的问题。努尔哈赤的长子代善出面劝说多尔衮，要他从大清的基业着想，不要因为皇位的争夺而使太祖太宗创立的大清基业毁于一旦。最后，多尔衮审时度势，在五大臣会议上，拒绝了拥戴者对自己的推荐，提出一个折中的方案，由年幼的皇太极第九子年幼的福临继位，由他和郑亲王济尔哈朗共同辅政。这个提议平衡了各个方面的利益，从而避免了在明亡前夕的关键时刻清王朝内部的分裂和相互残杀。福临继位之后，母以子贵，孝庄也被册立为皇后，称圣母皇太后。孝庄历经三朝，两辅幼帝，一个是自己的儿子福临，福临六岁继位。继位后不久，大清王朝就在多尔衮的率领之下入主中原，成为名符其实的中原王朝。清朝初年，政局动荡，事务繁多。而且其中还夹杂着各派别之间的权力争斗。孝庄太后为了维护儿子的帝位可谓是呕心沥血，费尽心机，只希望他日后长大后能够成为一代名君，也就可以心安了。只可惜到头来福临还是辜负了母后的一片苦心，年纪轻轻就随着自己心爱的妃子神秘逝去。其孙玄烨继位，当时年仅八岁，孝庄又以太皇太后辅佐年幼的康熙。在除鳌拜，定三藩的过程中孝庄也是坐定宫中，成为康熙的主心骨。康熙二十六年十二月二十五日，这位不知历经了多少大风大浪，看过多少世间风云变幻的女中强人终于走完了她不平常的一生。享年七十五岁。
孝庄临死之前，曾经叮嘱康熙说：“太宗的山陵奉安已久了，不可为我轻动，况且我心中也舍不得你们父子，就将我在你父亲的孝陵附近择地安葬吧。”后来康熙遵照太皇太后的懿旨，将孝庄生前居住的慈宁宫拆迁移建到孝陵附近的昌瑞山下，改称“暂安奉殿”，停灵其中。就这样一停就是三十八年。直到雍正三年（1725），康熙的儿子雍正继位之后，才正式建陵安葬。谥为孝庄文皇后，徽号为昭圣慈寿恭简安懿章庆敦惠温庄康和仁宣弘靖太皇太后。但是，奇怪的孝庄的陵墓并没有像其他葬于清东陵的皇帝，后妃们一样葬在风水墙的内侧，而是被葬在了风水墙的外边。孝庄为什么不肯葬回皇太极的身边，孝庄的陵墓又为什么被葬在风水墙的外边呢？难道这里面有什么不为世人所知的隐情？
这种奇怪的葬制，也为诸多早就流传于世的有关孝庄的传言提供了依据。其中，流传最广，至今仍为史学界争论的一大热点的就是：孝庄曾经下嫁多尔衮之说。他们认为，孝庄太后之所以不愿意回关外与皇太极合葬就是因为曾经下嫁多尔衮，无颜相见于地下。还说，这次婚礼大典是由礼部等衙门操办，极为隆重，中外文武百官都上表祝贺。持这一说的学者主要是由以下几个依据：一是从当时的形势来看，多尔衮在入关之后权势极大，击败大顺，攻下南明，几乎是多尔衮一手打下了大清的万里江山。而且