改革后辅枢的主要机构有：兵、吏、刑、户、礼、工六部，太常、宗正、光禄、卫尉、太仆、大理、鸿胪、司农、太府九寺，国子、将作、军器三监。共十八个机构。在以后的几节中，将依次介绍。其中兵部、卫尉寺、军器监将在军事系统中详细介绍，刑部、大理寺将在司法系统中详细介绍。
户部
（掌全国户口、土地、钱谷、赋役之政令）
尚书，一人，正三品；例加参知政事。（掌部务，总军国用度并掌审核州县废置升降等）
侍郎，二人，分左右，从三品；（佐理尚书）
属官：郎中五人，分户部司、度支、金部、仓部四司，户部司二人，分左右，余司各一人，正五品上；员外郎，四司各一人，从六品上；四司主事各二人，从七品上……
属司：
（户部司，掌户籍，婚姻，继嗣，劳役、租赋，税务，田事诉讼等）
（度支司，掌国家财赋出入、会计筹算、逐年用度审计之事）
（金部司，掌库藏钱银出纳支出之事）
（仓部司，掌全国仓库务场统计储存之政令及保管出纳之事）
注：宋前期户部权为三司所侵占，所掌只是各地的土贡；其官多为阶官，实掌之官为判户部事、令史等。改制之后，废三司权多归户部，新制所设，则为将户部凡属榷场、市易、市场度量之政令、物价等事均以分出，改归太府，户部所掌止于户籍、财政、赋税此之类
太府寺
（太府掌财货库藏政令及商务、平淮、市易之事等）
卿，一人，正四品上；
少卿，二人，从四品上
属官：丞一人，正七品下；主簿一人，从八品上，录事二人，从九品上
属司：
库藏署：令一人，从六品上；丞一人，正八品下
（左库藏署，掌四方财物的收纳管理，包括土贡和官营商业和官营对外贸易所利）
（右库藏署，掌四方财物之出纳）
平淮署：令一人，从六品上；丞一人，正八品下
（平淮署，掌物资调节）
市舶署：令一人，从六品上；丞一人，正八品下
（市舶署，掌海外商船来邦国贸易之管理、抽解和和买等，并负责验证开关准入，及本国商人出海贸易之各项事宜等）
和市署：令一人，从六品上；丞一人，正八品下
（和市署，掌邦国对民间买各类物资及非专利的出卖物资之事）
征榷署：令一人，从六品上；丞一人，正八品下
（征榷署，掌专利之事，其包括盐酒茶等国家规定之非矿冶专卖之物的征税和政令）
盐铁署：掌国家矿冶之征税和政令
商税署：掌商税
市易署：掌公家借贷、市场物价稳定及市场度量之政令
河渡署：掌诸河流过往船支之税收之事
铸币署：令一人，从六品上；丞一人，正八品下
……
三司是一个庞大的衙门，大小房屋有数千间。一旦失火，里面尽是些档案文卷，更是不可以抑止。偏偏此时还刮起风来，一时风助火势，火借风势，大火瞬间便烧掉了千百间房子。
当赵顼与石越赶到之时，正是火势最炽的时候，石越生怕赵顼有失，骑马趋前，将赵顼远远拦住，厉声说道：“陛下与公主便可在此指挥，便臣去一看究竟。”
赵顼颔首点头，高声呼道：“狄咏何在？”
“臣在。”扈从中立时闪出一位面如冠玉的年轻人，身着铠甲，腰佩弯刀，俊逸非常。
“卿可随石学士去看看究竟，护卫学士安全。”
“臣领旨。”
石越连忙谢了恩，带着狄咏往火灾现场驰去。
赵顼望着二人远去的背影，却见远远有二人正驱使兵丁救火，便随口问道：“那二人是谁？”
李向安最是眼尖，凑前尖着眼望了一阵，跑回来禀道：“回陛下，似乎是吕参政与知军器监章惇大人。”
赵顼点点头，忽地想起一事，立时厉声问道：“曾布呢？他人在何处？”
李向安见皇帝勃然变色，吓得连气都不敢喘大了，只敢轻声答道：“这个，奴才不知道。”
石越却不知道皇帝在那里生气，他与狄咏走到现场时，便见吕惠卿与章惇亲自上阵，各据一角，指挥着救火的工作。二人脸上都被火薰得黑一块紫一块的，身上更飘满了烟灰。石越下了马，快步走到吕惠卿近前，高声问道：“吉甫，情势如何？”
吕惠卿回头见是石越，不由摇头苦笑，说道：“已经把隔火带清理出来了。三司算是彻底完了。”［·电子书下载乐园—Ｗww。Ｑisuu。Ｃom］
石越望着那火势，此时便是白痴也知道三司肯定是彻底烧光了。他正要大举改革，撤三司，权归枢密、户部、太府，不料突如其来一场大火，把三司烧了个干干净净！接来的户部，可真要白手起家了。
他抱着万一的希望问道：“三司的档案卷宗，有没有抢救出来一些？”
“哪里还有卷宗？竟是烧了个四大皆空。”石越循声望去，章惇不知什么时候到了身后，他脸上泛着青白的光，竟是抑住不住的气愤。
“曾子宣呢？”
吕惠卿袖着手，不动声色；章惇却忍不住冷笑，“嘿嘿……三司失火，倒是我这个知军器监最先发现，组织人手救火。我来之时，三司的官吏兵丁们，乱成一团，若不是吕相弹压，只怕火势会蔓延，连着禁中的中书门下一起烧个精光。”
石越的脸立时也青了，他抱了抱拳，说道：“吉甫，子厚，皇上就在那边看着。有劳二位大人再调集人手，先把火灭了。善后之事，稍后再议。在下还要先去回禀皇上。”
“这是自然。子明你请便。”二人抱拳送走石越。章惇望着石越的背影，偷觑吕惠卿神色，正要说话，却发现吕惠卿眼中，闪过稍纵即逝的冷笑，他心中也忽地一动，把要说的话全部收回了肚子中。
这场大火，整整烧了五个时辰，最后几乎把三司衙门全部烧光，一切卷宗案牍，损失殆尽。而三司使曾布，竟然大火将灭时，才匆匆忙忙赶到现场。
当天晚上，崇政殿，烛火通明。
“究竟是什么原因起火？是无意失火，还是故意纵火？”赵顼铁青着脸，恶狠狠的盯着曾布，厉声问道。
曾布腿都吓软了，这天降祸事，他又如何料得到？还想着趁着春天将逝的时光，去城外垂钓，不料发生这样塌天的事故。这时他根本无法面对皇帝的质问，嚅嚅答道：“陛下，臣有罪、臣有罪……”
“朕知道你有罪！”赵顼愤怒的站起身来，指着曾布，高声吼道。“朕要问的，是怎么起火的？”
“臣、臣不知。”曾布的声音更加小了。
“好、好！既然你不知道，那你也不必知道了！”赵顼怒气冲冲的吼道：“从现在起，你不再是三司使！你去广州做知州吧。”
贬到广州，在宋代来说，已是非常严重的重贬，但是曾布的确有过错，而皇帝又在怒气中，众人竟是皆不敢或者不愿意出声。
“陛下。”石越眼睁睁看着自己可以引为助力的未来的户部尚书变成了广州知州，心中尽是失望与无奈。但这个时候，他还是必须出来说话。
赵顼见是石越，怒气稍抑，问道：“卿有何事？”
“臣以为曾布的确有失职之辈，但是远逐广州，似乎处罚太重。请陛下三思。”石越徐徐说道。
赵顼听石越竟然敢为曾布说情，顿时悖然作色，怒道：“比起三司的损失来，这又算什么重？卿不必再说，谁敢为曾布说情，谁便随他一道去广州！”
石越微微苦笑，望了曾布一眼，见他面如死灰，当下只得在心里叹了口气，继续对赵顼说道：“陛下，当务之急，是立即善后，三司事务，牵涉全国，为防人趁机为奸，臣请陛下，立即下诏，各路州县军监，立刻封缄熙宁五年以来帐目。同时，提前将三司之事，转交户部处理，以尽可能挽回损失。”
石越的建议，立时调动了所有人的神经——如若采纳，则石越的官制草案等于事实通过，而户部尚书兼参知政事的位置，更是一个炙手可热。吕惠卿与章惇、韩维不约而同的望了石越一眼，心里都非常佩服石越利用灾祸的本事。他们自然不知道，“对任何事情的后悔不应当超过十秒钟”——这是石越的信条。
赵顼余怒未息，竭力让自己冷静下来，他把目光投向几个丞相。
韩绛以降，一相三参同时拜倒，表示同意。石越瞥了几人一眼，知道这些人每个人都有自己的主意。
“那谁来做户部尚书？”赵顼问道，“丞相，卿有人选吗？”
韩绛心里飞速的运转，老奸臣滑的他，立时认识到这是石越在给自己铺路，当下假意思忖一会，道：“臣以为，石越可当此任。”
冯京、王珪、蔡确等人更无反对的意思，立即表示同意。连吕惠卿也支持这个推荐。韩维与元绛等人心中却是明镜似的，如果让石越做户部尚书，这些相公们，根本就是松了一口气。
且不管这些相公们的如意算盘，赵顼连考虑都没有考虑，立时否决，以不庸置疑的口吻道：“不行。石越另有他任。”
赵顼完全没有意识到他这句话会给自己的臣子们多少联想，他把目光投向石越，问道：“石卿，卿以为谁人可任户部尚书？”
石越脸上突然泛出恶作剧的笑容，不过他立时便想起这里是崇政殿，严肃的朝堂，连忙收敛神态，正容答道：“陛下，以臣的资历，做户部尚书只会开倖进之门，臣自是万万不敢，臣以为，有一个人，可以当此重任。”
吕惠卿目光霍地一跳，立时垂下眼睑，他心中不住的想着石越说的话：“本以为他是嫌户部尚书官小，怎么的说出资历不足的话？石越究竟打的什么主意。”他游目四顾，却见韩绛等人皆似若有所思，便知人同此心，心同此想。当下更加留神听石越说话。
“究竟是何人？”
石越顿了顿，凝神郑重说道：“臣以为，司马光可当户部尚书兼参知政事一职！若其在位不称职，臣甘与同罪。”
“啊？！”
惊讶的声音在崇政殿内响起，不仅仅是皇帝，连吕惠卿这样城府极深之辈，也掩饰不住内心的惊异。冯京等倾向于保守派的大臣脸上，露出了难得的笑容。蔡确与王珪面面相觑，竟不知道是喜是忧！
“司马光？”赵顼下意识的反问了一句。
“是。”石越肯定的说道，此刻，没有人可以猜透他的心思。“以司马光为户部尚书，臣敢保证，国库不会有一文钱被滥用，腐败将被最大限度的抑制。”
“你打的是什么主意？石越。”吕惠卿低着头，他与司马光是不折不扣的政敌，但是他并不惧怕司马光。“想让司马光被户部繁琐的事务绑住手脚？或者竟然是想将司马光玩弄于手掌？”吕惠卿绝对不相信石越与司马光是一党的。
“陛下。”冯京激动的出列，高声说道：“臣也愿同保司马光可当此任。”
王珪小心地审度着情势，“两害相权取其轻！”他心中飞快地思考着利弊得失，“户部尚书总好过御史大夫。”终于主意拿定，朗声说道：“陛下，臣以为司马光之才，做户部尚书绰绰有余。”
赵顼从来没有怀疑过司马光的能力，但是手中的御史大夫，突然变成了户部尚书，不免会让他产生几分哭笑不得的感觉。他犹疑着，想起陈襄的回奏：“司马光这次十之八九，会答应复出。”……但是石越的推荐，也不无道理——司马光的确是户部尚书的上上之选。“反正石越已经拒绝了左右仆射的任命，他要担任的官职并不需要一个御史大夫来制衡，或许是朕多心了……”
反复思忖良久，赵顼终于点头，说道：“便召回司马光，授户部尚书兼参知政事。下诏各路封缄熙宁五年以来帐目，着蔡确彻查三司失火原因……”
曾布完全不知道自己是怎么样离开崇政殿的。
打击太过于突然与巨大，让他在朝会散了之后，都没有回过神来。“知广州军州事”并不可怕，可怕的是皇帝那恨之入骨的神态。但谁又能想到，三司重地，会发生如此可怕的火灾呢？
在仆人的搀扶下，曾布木然上了马，穿行在灯火通明的汴京街道上。京师的能工巧匠们，在州桥附近建成了一座比白水潭更加规模宏大的钟楼，巨大的钟摆撞击着，发出清脆的响声，告诉人们，现在已经是凌晨的寅时了！曾布意识中还记得，这座钟楼的拨款，还是他亲手画的押。但是现在这一切都已经没有意义了。
州桥旁边，有艺人在表演着奇能异术，有人在口吞铁剑，有人在玩着药法傀儡，有人口吐五色水……穿着各式各样衣服的男男女女，穿梭于热闹的街市中，享受这一天的乐趣，完全没有受到三司大火的影响。而他，之前还是被称为“计相”、掌握着这个庞大帝国的财政大权