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外朝三大殿之后就是内廷。内廷，以乾清、交泰、坤宁后三宫为主体，东六宫和西六宫为两翼，是皇帝及其家属居住的地方。内廷的主要建筑乾清宫、交泰殿、坤宁宫，布置在紫禁城的中轴线上，同外朝的三大殿并称为“三殿三宫”，形成紫禁城的核心。内廷的建筑，布局紧凑，分区严格，殿阁连属，堂皇富丽。每座庭院除有院墙廊庑环绕外，又用高大宫墙围成更为严谨的内部宫廷禁区，所以称作内廷。
后三宫的命名是富于哲理的，它来源于中国古代儒家经典《易经》。按照这部儒家经典的说法，皇帝居住的乾清宫，“乾”，象征天，代表男；皇后居住的坤宁宫，“坤”，象征地，代表女；位于乾清宫与坤宁宫之间的交泰殿，则取“天地交，泰”，泰为通畅、平安的意思。乾清（清为清正），坤宁（宁为宁静），交泰（交为相爱，泰为平安），表达了历代皇帝美好的愿望。所以这三座宫殿的名称始终没有改动过。
乾清宫在明代和清初，是皇帝的寝宫。这是一座阔九间深五间的重檐宫殿，也是内廷中最大的宫殿。它几经火灾，又屡经重建。明正德帝是个昏庸荒淫的皇帝，猥女色，乐嬉游，昵群小，乱朝纲。他于每岁新春，在宫中张灯为乐。正德九年（1514年）正月，宁王朱宸濠献奇巧宫灯，在乾清宫中悬挂，宫里设毡帐贮火药，不慎起火，大火弥漫。当时正德帝正往豹房去游乐，回头见宫中火光烛天，笑着说道：“是好一棚大烟火也！”乾清宫化为灰烬。同年他命用兵夫10万人，加全国田赋银100万两，重建乾清宫。正德帝无子，死后由他的堂弟继承皇位，这就是嘉靖帝。嘉靖帝大兴土木，虐待宫女，险遭杀害。有书记载，后来定制：乾清宫暖阁9间，每间分上、下两层，各设3床，共27张床，皇帝随意居寝，以防不测。
在乾清宫的正中，摆设着华贵的宝座。宝座后的五扇屏风，木质珍贵，端庄凝重，雕刻精细，群龙飞腾。每扇屏风正中，都刻着哲理格言：“功崇惟志，业广惟勤”；“知人则哲，安民则惠”。整个乾清宫的陈设和装饰有两个显著的特点：一是颜色尚黄，二是图案尚龙。这两个特点虽然在紫禁城各宫殿中都有体现，但以外朝的皇极殿（太和殿）与内廷的乾清宫最为突出。以尚黄来说，世界不同的国家和中国不同的朝代，所崇尚的颜色是不一样的。世界上有的国家崇尚蓝色，也有的国家崇尚绿色，它们分别以蓝色或绿色为最高尚的颜色。然而在中国，殷人尚白，周人尚红，秦人尚黑，它们分别以白色、红色、黑色为最高尚的颜色。至于尚黄，则要晚一些。尚黄色有一个理论根据，这就是中国儒家经典《尚书·甘誓》中的五行说。五行是指五类物质—水、火、木、金、土，土呈黄色，万物之本。金黄颜色象征富贵，所以皇帝的宫殿装饰多用金黄色，乾清宫当为佳例。乾清宫内的匾额楷书、楹额蟠龙、金柱对联、宝座屏风、皇帝宝座、台阶地毯、露台护栏、宝鼎台座等都用金黄色，坐在宝座上的皇帝穿着黄色龙袍，整个乾清宫内一片金黄，威严端庄，气派非凡。另以尚龙来说，龙是中国远古祖先的图腾崇拜之物，后来传说它为神异动物，身体很长，有须、有角、有鳞、有爪，能走、能飞、能潜水、能腾云。龙就成为中华民族的象征。不过，在中国封建社会里，龙和帝是同义词，皇帝是真龙天子，所以皇帝的宫殿图案多用蟠龙，乾清宫又为佳例。乾清宫内的匾下纹饰，屏风雕琢，宝座的靠背、扶手、底座、四腿，地毯图案，护栏望柱雕花，香炉台座雕刻，全部雕饰图案都是龙，坐在宝座上的皇帝又身着龙袍，整个乾清宫内万条蟠龙，气宇非凡。乾清宫内以金黄的颜色和蟠龙的图案，从艺术上烘托出一个主题—皇帝庄严神圣，至高无上。
交泰殿在乾清宫与坤宁宫之间，是一座方形、单檐、四角攒尖、鎏金宝顶的宫殿。它在明朝曾经做过皇后的居所。皇后生日的千秋节，官员、内眷在这里举行庆典。
坤宁宫在交泰殿的后面，与乾清宫、交泰殿同建在“工”字形的台基上。坤宁宫是阔九间深五间的重檐宫殿，形制与乾清宫相同，但建筑规模略小一些。坤宁宫在明代是皇后的正宫。
东六宫和西六宫，分布在后三宫的左右两翼，是妃嫔的宫室。每座宫室为一个庭院，由前殿、寝殿和配殿组成。各庭院之间，以纵横的街巷联系，街巷的两端设宫门和警卫值房。每座庭院除有宫门外，还有东西巷门，南北街门，规划整齐，井然有序。
养心殿和西六宫在后三宫的右翼。养心殿在西六宫的前面，是一座呈“工”字形的宫殿。它前殿后殿相连，周围廊庑环绕，前殿理政，后殿寝居，布局紧凑，环境幽静。清朝皇帝的寝宫原在乾清宫。雍正帝的父亲康熙帝死后，曾在乾清宫停灵。相传雍正帝害父、夺位，他不愿再在乾清宫居住，便搬到养心殿。雍正帝以后，相沿成习，清帝都以养心殿作为理政和住居之所。养心殿的前殿，正中设宝座，上面饰藻井，两侧陈列图书，是皇帝召见大臣、日常理政的地方。两侧为东暖阁和西暖阁。
西六宫在养心殿的后面，是妃嫔居住之所。西六宫是：东面，南为永寿宫，中为翊坤宫，北为储秀宫；西面，南为启祥宫（后改称太极殿），中为长春宫，北为咸福宫。尽管宫中房子很多，但当时还是颇为拥挤的。明初，朱元璋以唐朝宫中设立6局24司，官190人，女史50余人，共240余人为多，曾定制：设立六局一司，官75人，女史18人，共93人，比唐朝减100余人。但这只是规定，实际远非如此。据康熙帝询问故明太监后所说，明朝宫女9000人，内监10万人，饮食不能遍给，日有饿死者。这个数字或有张饰，但反映出明朝的宫女和太监是多得惊人的。太监，是皇宫中专用的一种男人，他们多因幼时家境贫寒，受阉割而步入此途。太监中大多数是终生苦役，最后悲惨地死去；只有极少数受到皇帝宠信，成为权势显赫的人物。宫女，多为10岁左右被迫入宫，做一些服侍后妃的劳动。如嘉靖帝仅四次选宫女即达1080人。有的宫女进宫时年龄很小，如成化帝万贵妃4岁入宫，天启帝张裕妃7岁入宫，泰昌帝李庄妃10岁入宫。宫女在宫中的生活极为悲惨，皇帝和后妃稍不如意，宫女就要受训斥，遭鞭笞，甚至被打死，有的不堪折磨而自杀。如嘉靖帝笞楚宫女，曾打死200余人。也有的宫女被皇帝看中，晋封为妃嫔，像嘉靖帝时宫女尚美人，13岁更衣受宠，贵幸天下。但大多数宫女被幽深宫，虚掷韶华。陈誙《宫词》云：
六宫深锁万娇娆，多半韶华怨里消。
灯影狮龙娱永夜，君王何暇伴纤腰。
即使宫女有幸升为妃嫔，有的下场也很惨。天启帝的裕妃张氏，虽有身孕，因遭天启帝的乳妪客氏和太监魏忠贤的恚恨，被幽禁于别宫，并断绝饮食。她饿了十余日后，赶上天下雨，勉强爬到屋檐下喝雨水数口，死于门外。皇帝死后，妃嫔还有殉葬。明太祖朱元璋死，妃嫔14人，俱身殉从葬。明洪熙帝仅在位一年，死后有4妃从葬。明宣德帝在位10年，死时有10妃从葬。妃嫔殉葬最为残酷的是永乐帝死后。据朝鲜官书《李朝大王实录》记载：
及帝之崩，宫人殉葬者三十余人。当死之日，皆饷之于庭。饱辍，俱引升堂，哭声震殿阁。堂上置木小床，使立其上，挂绳围于其上，以头纳其中，遂去其床，皆雉经而死。韩氏临死，顾谓金黑（丽妃韩氏乳母）曰：‘娘吾去！娘吾去！’语未竟，旁有宦者去床，乃与崔氏俱死。
这是一幅惨绝人寰的生人殉葬的黑暗图画。明初的宫人殉葬，前五朝除建文帝不得其死外，其余上述四朝，皆有宫人殉葬。至第六朝明英宗，始遗诏废除宫人殉葬之制。清朝后妃与明朝不同，后文另有叙述。
永寿宫是西六宫中东面最南的一座宫殿。在这座宫殿里，上演过一出皇妃争宠的宫廷历史剧。
明成化帝朱见深，有一个宠妃万氏。万氏4岁被选入宫中，做孙太后（朱见深的祖母）的宫女。长大后，侍奉太子朱见深于东宫，日夜厮磨，感深情密。朱见深16岁即皇位，这就是成化帝。时万氏已经35岁，但她长得丰满艳丽，为人机警，善于迎合帝意，早已博得成化帝的宠爱。皇后吴氏曾抓住万氏早先与见深有越礼的过错，打棍子处罚了她。但是，成化帝竟把吴后废掉，另立王氏为后。万氏愈益专宠，六宫鲜得进御。成化帝每次游幸，万氏均戎服前驱。成化帝登极的第二年，万氏生下皇第一子，帝大喜，遂封万氏为贵妃。但皇子未满周岁死去，万氏从此以后不再有孕。万贵妃宠冠后宫，日益骄横，为了使自己不失宠，发现哪个妃嫔御幸怀孕，就令人以治病为名，对其打胎，饮药堕胎者甚多，纪氏就是万贵妃企图用药坠其胎的一个。
纪氏本是广西贺县少数民族土官之女，成化中出兵西南，被俘入宫。纪氏有容色，通文字，做看管内库的女史。纪氏偶被成化帝看中，宠幸后，有身孕。万贵妃知道纪氏怀孕后，命宫女把胎儿钩下来。宫女假报是痞块，没有打胎。于是，纪氏被贬到安乐堂去养病。后来生下一个男孩，纪氏让守门太监张敏将孩儿溺死。敏说：“帝未有子，怎能弃之？”便用粉饵蜂蜜偷着哺育，时吴后废居西宫，密知其事，往来哺养。一天，成化帝召太监张敏梳发，照镜叹道：“老将至而无子！”张敏伏地奏道：“死罪，万岁已有子了！”帝惊愕，问所以。张敏奏道：“皇子偷着抚养在西宫，今已六岁，匿不敢报。”成化帝派人将皇子抬至阶下，皇子长发披地，投入帝怀。成化帝立皇子朱樘为太子，颁诏天下，封纪氏为妃，并移居永寿宫。万贵妃知道这事后，日夜哭泣，骂道：“这群小子骗了我！”但万贵妃并不死心。不久，纪妃暴死，史载是万贵妃谋害的。万贵妃喂太子吃饭，抚养太子。周太后嘱咐道：“孙儿去，不要吃！”万贵妃向太子赐食，太子说：“已吃饱！”进羹，又说：“疑有毒！”万贵妃计不得逞，因恚成疾，后来病死。
在西六宫的西面，有一区三组宫殿—慈宁宫、寿康宫、寿安宫，是皇太后、皇太妃居住的地方。按照规定，皇后在当朝皇帝死后，就成为太后，从所居的东西六宫迁到这里。先朝的妃、嫔，称太妃、太嫔，随皇太后同居，同嗣皇帝都要年过50，才能开始相见。每年只有元旦、冬至、万寿（皇帝生日）、圣寿（太后生日）等节日，皇帝照例到太后宫中行礼时，母子才得相见，此外则很少有机会见面。慈宁宫建于明代，明万历帝死后，曾贵幸一时的郑贵妃（前文已述）就居住在这里。她们都是老皇帝的遗孀，平日里黑夜接着白天，花开花落，年复一年，幽居深宫，欢笑无颜，所以这一片宫殿被称为寡妇世界。
寡妇宫院佛堂多。寿安宫北的英华殿，在明代就是皇太后的佛堂，清代仍把它作为皇太后礼佛的殿堂。在慈宁宫内，清代又把北边的二层大殿改为大佛堂，里面设有金漆雕花大佛龛，供奉着高大精美的三世佛。在寿康宫和寿安宫里都安设佛堂，就连清幽典雅、宁静肃穆的慈宁宫花园，也把亭馆楼阁改成佛堂，使它显出一种脱离尘世的境界。园中的主体建筑咸若馆，馆东边宝相楼，西边吉云楼，后边慈荫楼，以及园中的临溪亭等，都被用来供佛。这里常年焚香诵经，几乎是佛的世界。佛堂里香烟缭绕，经声朗朗，佛堂外草木疏寂，铎声咚咚—太后和太妃们在百无聊赖的守寡期间，只有从那虚幻的佛界中，寻求精神安慰，祈求来世幸福，捱过她们的风烛残年。
奉先殿和东六宫在后三宫的左翼。奉先殿在东六宫的前面，与养心殿相对称。奉先殿为一独立院落，前殿后殿，各为七间，清初建立，为清帝奉祀祖先的殿堂，每月朔（初一）、望（十五），岁时节礼，出征凯旋，册封大典，都遣官至�