认为布什总统说新的战争目标已超出了本·拉丹。“我们与恐怖主义的战争始于‘基地’组织，但并不终止于它，”他说，“直到全球每一个恐怖组织被找到、阻止和打败，战争才会结束。”总统向五角大楼传递一个信息，“美国行动的时刻到了，你们应使我们感到骄傲。”他还向美国之外的国家传递了一个信息，“这是文明社会之战”，他说，“我们要求每个国家都加入我们。”
在9月21日、10月2日与中央司令部弗兰克斯将军和其他顾问的会见中，布什总统同意了袭击阿富汗的军事计划。行动代号由最初的“无限正义”修改为“持久的自由”。直到现在的阿富汗行动中仍在使用，目的是避免穆斯林的敏感，因为穆斯林认为“无限正义”的权力仅仅属于上帝。
这一计划分为四个阶段：
●第一阶段，美国及其盟军将从或在其邻国，如乌兹别克斯坦和巴基斯坦，向该地区派军，并部署军事行动。该阶段是在“9·11”袭击之后的数周进行，并得到国际社会对美国的一致同情支持。
●第二阶段，以空中打击和特别行动袭击“基地”组织和塔利班的核心目标。在一种具有革新性的共同努力下，中央情报局和特别行动部队将分别与一个主要的阿富汗反塔利班势力共同工作。第二阶段的进攻和袭击于10月7日开始。经过辛勤的努力，为第一阶段计划的基础安排在当月底可得到重要保证。
●第三阶段，美国将执行“决定性军事行动”，运用国家所有的权力（包括派遣地面部队），瓦解塔利班政权和消除“基地”组织在阿富汗的庇护所。11月9日，马扎尔·萨里夫在阿富汗北部遭到阿富汗和美军的联合袭击。四天之后，塔利班从卡布尔逃走。12月上旬，所有主要据点已落入盟军手中。在12月22日，哈米德·卡尔扎伊——一个来自坎大哈的帕什图族领导人被任命为阿富汗临时政府主席。阿富汗从塔利班的统治中解放出来。
在2001年12月，阿富汗部队在美国有限的支持下，与“基地”组织成员在一个名叫托拉保拉的山洞中交战。2002年3月，在喀泽南部的萨哈伊考特山区进行了战争中最激烈的交锋，对手是“基地”组织“圣战分子”中一支强大的力量。三周的战役总体上是成功的，几乎所有“基地”组织的剩余力量都逃到了巴基斯坦的山区和缺少管理的边界省区。2004年7月，本·拉丹和扎瓦西里仍逍遥法外。
●第四阶段，民间和军事行动转化为不定期行动，即武装部队称之为“安全和稳定行动”。
在战斗开始的两个月内，数百名中央情报局特工和特别部队的士兵，在美国空中打击力量以及非常强大的情报和后勤保障支持下，与阿富汗民兵和少数其他联军士兵一起，摧毁了塔利班政权并瓦解了“基地”组织。他们打死或俘虏了敌方大约四分之一的有名的首领。穆罕默德·阿提夫——“基地”组织的军事司令、“9·11”袭击阴谋的重要人物在美军空袭中被打死。据中央情报局的一名曾经帮助策划整个战略的高级官员说，中央情报局负责提供情报、经验、资金、秘密行动人员和进入部族联盟的办法。而美国军方负责提供战斗专家、火力、后勤和通信联络。86到2002年中期，战争取得初步胜利，全球的反伊斯兰恐怖主义战斗演变成了一种不同类型的斗争。
第十一章 先见之明和后见之明“第二阶段战役”和伊拉克问题（1）
在本报告的叙事过程中，我们一直试图铭记“后见之明”给我们这篇报告的撰写带来了有利的和不利的双重影响。“后见之明”有时候可以帮助我们用正常的视角清楚敏锐地审视过去，但是已经发生的事情的来龙去脉被照射得如此透明，以至于其他的一切都被投上了更深的阴影。罗伯塔·伍尔斯泰特就“珍珠港事件”发表评论时，发现“在事件发生之后区分有关的与无关的信号更加容易。理所当然的，在事后，信号常常是显而易见的；因为灾难已经发生，我们现在可以看到事先那些信号所发出的灾难信息。但是事先它是模糊含混的并且蕴涵着各种相互冲突的含义。”
随着时间的推移，可以有更多的文件供参考，并且所发生之事实也变得更加明了。但是事情发生的图景更加难以重新想像，因为过去的世界带着种种不确定性和偏见在记忆中退却了，留下的部分会因发生的事和随后对其的描写而改观。切记这一点，我们在评判他人之前应扪心自问：考虑到当时人们所知或所为可能带有的合理的局限性，那些在目前看来明显的见识在事发当时确实有意义吗？
我们相信，“9·11”恐怖袭击揭示了四方面的失误：想像力、决策、能力和管理方面。
历史视角
“9·11”袭击是一次双方力量对比非常悬殊的事件。美国在历史上曾遭受过突袭——珍珠港是一个著名的例子……（此处删去28个字）同日本的战争行为完全不同的是，“9·11”袭击在某些方面更具毁灭性。它由一小撮人实施，这些人甚至不足以编为一个排的兵员。它所耗费的财力，如果与政府相比，是微不足道的。派遣这些人的“基地”组织位于世界上最穷困、最偏远、工业化最不发达的国家。这个组织混合招募了一些年轻的狂热宗教徒和一些受教育程度较高的狂热分子，这些人在他们本国的社会中无法找到合适的地位或者已经被驱逐出来。
为了理解这些事件，我们试图重新审视20世纪90年代的时代背景。美国人带着解脱感与满足感参半的心情庆祝冷战的结束。因为美国对国家安全的开支随着前苏联威胁的结束而削减了，美利坚合众国的民众们希望享受和平带来的“红利”。美国以称霸全球的军事强国的面貌出现在后冷战时代。但是，前苏联迅速解体所形成的真空造成了新的不稳定局势和对美新挑战的源头。乔治·赫伯特·沃克·布什总统在1990年和1991年首次处理这类事件，当时他领导了旨在打击伊拉克侵略科威特的国际联合行动。其他美国领袖处理新的威胁的例子包括解除乌克兰、白俄罗斯和哈萨克斯坦的核武器；有助于遏制新的核危机的“南—鲁格减少威胁合作项目”；在波斯尼亚和科索沃战争中的国际参与。美国成为羡慕、嫉妒和谴责的突出目标。这样就产生了一种文化不对称的现象。对我们来讲，阿富汗似乎非常遥远。对“基地”组织的成员来说，美国似乎近在咫尺。在某种意义上说，他们比我们更加全球化。
对恐怖威胁的理解
如果政府的领导者理解他们所面临的威胁的严重性，并同时明白他们所采取的消除威胁的政策不太可能在短期内取得成功，那么历史的评判将会是严厉的。但是，问题是，他们确实了解他们所面临的威胁的严重性吗？
当袭击在我国本土发生时，我国政府作出了有力的反应。1993年轰炸世贸中心大厦的组织人拉姆兹·约瑟夫和在1993年杀死两位中央情报局雇员的迈·阿迈尔·堪斯，在他们等待去弗吉尼亚的兰利工作的时候，都因其犯罪行为被无情、毫不妥协并且成功地带回美国接受审判。
在“9·11”事件之前，“基地”组织及其附属组织杀死了不到50个美国人，这其中包括了东非使馆爆炸案和美国海军“科尔”号驱逐舰爆炸案中的遇难者。美国政府虽然重视这种威胁，但是没有像在面临一等、二等或者甚至三等敌军的情况下那样采取应对措施。比如，从1995～1999年，为了遏制塞尔维亚及其在巴尔干的掠夺，美国所采取的适度努力要比对“基地”组织的反应在力度上更大一些。
如同我们所能作出的最佳决定一样，不论是在2000年，还是在2001年的头8个月中，美国的任何一家民意调查机构都不认为“恐怖主义”这个主题已经被民众所充分考虑，保证可以把它作为一次全国性的大型的民意调查的议题。本·拉丹、“基地”组织甚至恐怖主义都不是2000年总统大选的重要话题。国会和媒体都没有促使人们对其进行关注。
如果总统想要发动美国人民进行战争准备，他需要将对于“基地”组织正在增长中的危险性的评估公之于众。我们的政府可以促成一场全民性的讨论：乌萨马·本·拉丹是谁？他领导了何种组织？本·拉丹和“基地”组织意图何在？他们过去发起或怂恿了何种袭击？他们集结了多大的能量来发动未来的袭击？假如告知他们这些细节，我们相信美国和世界民众的意见会五花八门，总统的决策方案也会多种多样。近来，这类争论的例子包括呼吁武力解决诸如塞尔维亚种族清洗威胁、生物袭击、伊拉克的大规模杀伤性武器、全球气候变化和艾滋病问题。
我们现在知道，“基地”组织成立于1988年；当时处在前苏联对阿富汗占领后期，情报部门直到1999年才对此组织有所记载，至少在我们看过的文件中是如此。在1995年7月发布的一份国家情报评估就已预测到未来针对美国的恐怖袭击——并且是在美国国内。它警告说，这种危险在接下来的几年内会有增加的趋势。它还特别明确列举了那些容易遭受恐怖袭击的地方，如白宫、国会大厦、资本主义的象征如华尔街、关键性的设施如电力运输网、人们聚集的地区如运动场和民航。它警告说，1993年世贸中心大厦爆炸案只是意图杀死多人，而不是实现任何传统性政治目的。
1995年的这份评估认为，将来最大的威胁来自于那些缺乏“强有力组织而是松散联盟”的“个人的短期组合”，他们活动“在传统圈子之外但是形成了世界性的训练设施和庇护的网络”。这是一份依据当时所知的情报，对初现端倪的危险的精彩总结。
在1996年到1997年间；情报部门收到了新的信息。这些信息明确显示本·拉丹率领着他自己的恐怖主义团体，有着自己的攻击日程安排和行动指挥人员。另外还揭示了原来不为人知的事实：1992年本·拉丹领导的组织曾参与对也门一家供给美军方人员食宿的旅馆的袭击；1993年在索马里击落美军黑鹰直升飞机；并且很可能参与了1995年利雅得爆炸案，对赴沙特阿拉伯国家禁卫军的美国训练代表团进行袭击。
1997年对1995年评估的修订版没有谈论新的情报。它强调了1995年描述的恐怖威胁仍会持续存在。在修订版评估的关键论点总结中，提及本·拉丹的仅有这句话：“伊朗及其代理人，为恐怖分子提供资金的乌萨马·本·拉丹和他的追随者们加紧了他们对美国海外设施的威胁和监视，这也许是在美国可能遭受另外袭击的预兆。”在长达6页的报告中仅仅还在另外两句话中提到本·拉丹，而“基地”组织则没有被提及。1997年的修订报告是“9·11”事件前完成的最后一份关于恐怖威胁的国家评估。
第十一章 先见之明和后见之明“第二阶段战役”和伊拉克问题（2）
从1998年到2001年，发表了许多非常好的、关于不同主题的分析性论文。这些论文包括本·拉丹的政治哲学观、他对于全球网络的控制、对1999年12月在约旦被捕的恐怖分子所提供的信息的分析、“基地”组织的运作方式和伊斯兰极端运动的目标演化等。为最高级的政府官员们准备的许多晨间简报所采用的分类文章标有这样的题目：例如，“本·拉丹威胁说要袭击美国飞机（用防空导弹）”（1998年6月）；“塔利班和本·拉丹的关系浮出水面”（1999年1月）；“恐怖分子对美国在高加索的利益造成威胁”（1999年6月）；“本·拉丹将利用假日期间较松散的防守”（1999年12月）；“本·拉丹规避制裁”（2000年2月）；“本·拉丹对生物武器和放射性武器的兴趣”（2001年2月）；“塔利班永远坚定地支持本·拉丹”（2001年3月）；“恐怖分子小组称正在协力密谋绑架美国人质”（2001年5月）；“本·拉丹决定在美国发动攻击”（2001年8月）。
除了这些报告和1999年一篇有关本·拉丹的“基地”组织的指挥系统的论文以外；并没有其他的对他的作战策略或者他的组织参与过的数次恐怖袭击的描述。同样，情报部门也没有提供关于他的组织和其他政府之间联系的权威性描述，没有论及他的组织对美国构成了何种规模的威胁。
虽然中央情报局副局长约翰·麦克劳克林对我们说，反恐中心堆积的文章会“显著地使原本可能出现在新一期《国家情报评估》上的任何分析都黯然失色”，但是他也承认该中心30~40人的分析小组的大部分工作是分析收集到的文章。在2000年末；中央情报局局长乔治·特尼特承认对“基地”组织的战略性分析欠缺效率。为了在反恐中心内解决问题，他任命了一名高级干事；此人在2001年3月份向他做了有关“设立一个战略评估团队”的汇报�