魏忠贤得知杨涟的意图后，立即设法阻止天启帝上朝，连续三天免朝。等到第四天早朝，天启帝出来了，不过他身边却站着几百名武装宦官，个个身裹铠甲，手执兵器，气势汹汹，并且敕令文官不许奏事。杨涟等人一见这阵势，也不敢再说什么了。
杨涟的奏疏公开后，朝中盟友纷纷上疏声援。给事中魏大中、许誉卿等，御史刘业、杨玉珂、帅众等，京卿如太常寺卿胡世赏，祭酒蔡毅中等，勋戚如抚宁侯朱国弼，南京列卿如兵部尚书陈道亨、侍郎岳元声等等，共计70余人，猛攻魏忠贤。内阁首辅叶向高、礼部尚书翁正春等人，也奏请天启帝遣送魏忠贤卸职出宫，以平息众议。但这时的天启帝是无论如何也听不进这些话了。
文官们的这些言行惹火了魏忠贤！他要寻找机会，痛下杀手，给那些文官一点颜色看看，立马扬威。
第一个撞到魏忠贤手上的是一位名叫万燝的工部郎中。
这位耿直的南昌人，大概是觉得杨涟这些人没有把问题说清析透，否则，以皇上之英明怎么会弄不清这么简单的事情呢。因此他便上了一份奏疏，其中有这样几句名言：
“忠贤尽窃大权，生杀予夺，在其掌握。致内廷外朝，止知有忠贤，不知有陛下。岂可一日尚留左右。”
书呆子的毛病大都出在嘴上。这位万燝明知魏忠贤有生杀大权，偏偏还要讲出来，以卵击石，而不从根本上想办法解决问题。
魏忠贤正窝着一肚子火没地方出。他见小小的工部郎中竟也敢如此猖獗，骤起杀机，心想万燝你说我魏某人手握生杀大权，那么魏某人今天就拿你万燝开刀，杀给天下臣民看看！
魏忠贤随即矫旨廷杖万燝一百。他手下的厂卫爪牙立即赶到万燝的住所，不由分说，先痛打万燝一顿，然后再把万燝拖到室外，结结实实地打了一百大板，还不时踹上几脚，打得万燝气如游丝。四天后，万燝便一命呜呼，永远闭上了他爱说三道四的嘴巴。
魏忠贤此举，敲山震虎，直打得朝廷官员心惊胆战。即使在东林党人中，也只有像黄尊素这样的几位倔强刚烈之士仍敢跳出来仗义执言，痛斥魏忠贤。不过最后是不了了之。
魏忠贤至此已完全明白他手中的权力到底有多大了。他也摸到了外廷那些文官的底细。原先令他多少有点敬畏的文官们，现在看来也不过尔尔，并不可怕。他们除了气势汹汹、口诛笔伐之外，似乎也没有什么别的手段，于是，魏忠贤便肆无忌惮起来了。
恶人为恶，关键在于走出第一步。一步既出，便不会再在乎多走几步，不到头破血流，就不会回头。魏忠贤既然杖杀了万燝，便不再在乎多杀几个。杀一个与杀十个、百个，对他而言，已没有多大差别；而且事已至此，犹如箭在弓上，不得不发，不杀也不行。
不过，魏忠贤在开始时，也只敢杀一般官员，尚且不敢杀那些名大位高的大员，就像他刚刚掌权后只敢在宫中偷偷摸摸杀人而不敢公开杀朝廷命官一样。与万燝同遭厄运的另外几位官员，地位影响也差不多与万燝一样，属于魏忠贤认为的那种杀了也不会有太大麻烦的可杀之人。如中书舍人吴怀贤，在家中私读杨涟奏章，读到激愤处，情不自禁，击节称叹，忍不住在旁注上什么要学古人做法，把魏忠贤立即充军戍边之类的批示。没想到佣人告密，他立即被魏忠贤逮捕入狱，活活打死。还有几位官员，或因考试出题，或因写诗，或因酒后失言，得罪了魏忠贤，也遭其毒手。
在魏忠贤确信自己的实力已到了一手遮天的地步时，他便开始了更大的举措，即把那批执政的东林党人通通赶下台，控制朝廷，再一个一个地收拾。
擒贼先擒王！魏忠贤自然要把内阁首辅叶向高作为打击的首选目标。魏忠贤明白，只要能把叶向高赶下台，那么其他的东林党官员也就好办了。
这位叶向高，为人光明正大，忠厚有德。天启初东林党人能有这样兴盛的局面，是与叶向高主持内阁分不开的。更难得的是，叶向高做事一向老成持重，外圆内方，不像杨涟这些性情暴烈的东林激进分子那样，授人话柄。因此，魏忠贤虽恨之入骨，但一时也没有什么办法。在杖杀万燝后不久，魏忠贤终于找到了一个勉勉强强的借口。
事情出在叶向高的外甥林汝翥身上。林汝翥是御史，大概是有点仗着舅舅的牌子，做起事来便自然有些盛气凌人的味道。在万燝被杖杀后不久，这位林御史有一次率员巡视城中，正巧碰上宫中的两位宦官劫人财物，争斗于道，便令手下上去狠狠地给一顿鞭子。
第二章荒唐岁月荒唐事二十四大罪（2）
这还了得！一位小小的御史竟敢太岁头上动土，鞭笞魏忠贤的人。魏忠贤自然不会放过这位御史，便令手下去抓来，廷杖一百，而且要狠狠地打，就像前些日子杖杀万燝一样。
林御史一看情形不对，立即潜逃城外。魏忠贤的手下却认定是叶向高把这位外甥藏在了家中，便把叶向高的住宅团团围住，逼他交出人来。叶向高无人可交，群阉便大声辱骂，不断胡闹，骚扰叶向高。
叶向高是个明白人。他知道，这些群阉如不是受魏忠贤指使、纵容，就是给他们天大的胆，也不敢这样公然上门侮辱内阁首辅。于是他便给皇上上了一疏，其中写道：
“朝廷立国二百余年以来，还从来没有宦官中使围困内阁大臣住宅这样的荒唐之事。我还有什么颜面去见天下士大夫！”
叶向高话说得十分明白：像我这样的天下文官的领袖，你们也敢如此侮辱，斯文何在？
天启帝至此自然不能再不作表示。他优旨慰留叶向高，并撤回中使。不过那位林御史最终还是被抓到，一百棍也照打不误。大概是碍于叶向高的面子，下手时也略留余地，那位林御史竟然挺过了这一百棍，真是奇迹。
廷杖是明代的创造。自古以来，历朝虽视文人为走狗，但刑不上大夫的古训，也很有影响。文臣犯罪，该杀便杀，该刑便刑，但一般不侮辱人格，多少给读书人留点面子，也有些激励文人廉耻之心的意思。但到了朱元璋执政时，竟破天荒地用上了廷杖。这位大字不识几个的皇帝，大概也认为，天子管束文臣，犹如家长管教子女，不打怎行？至于文人气节、廉耻自尊之类的概念，他也无法理解。他本来就是文盲，没读过几本书，却要他能理解体会文人的心理，岂不是苛求于人？这与后来的独裁者明知读书人最爱面子，却偏偏不给面子甚至故意打人上脸、骂人揭短的做法，毕竟还是有很大差别的。
不过，明代虽有廷杖，但多数皇帝却是抱着不到非用不可时不轻易用的态度。像万历帝在位期间，除张居正时用过几次外，也不太用这种手段。因为这种做法毕竟太伤人颜面了。试想：刚刚还道貌岸然、慷慨激昂的文武大臣，转眼被当众扒下裤子，劈劈啪啪一顿板子下去，而被打者如还能爬起来，则仍要撅着屁股、跌跌爬爬地回署上班，这样的情景毕竟太不雅观！所以，上至皇帝下至大臣，一般也认为廷杖能不用则不用。
魏忠贤当然很喜欢这种方法，但也有所顾忌。不过他试探性地杖杀万燝后，却发现此法法力无边，效果奇好，而文官的反对也并不是那么可怕，所以他毫不犹豫要杖打林汝翥。他也知道，这一百大板虽打在林汝翥的屁股上，却伤在叶向高的脸上。你叶向高脸皮再厚，大概也不会无动于衷，再安坐在首辅的位子上！
魏忠贤的估计没有错！叶向高确实再无脸面安于其位，他先后给皇帝上了20余次疏，要求辞官回乡。天启帝最终同意他致仕。
叶向高的致仕，后来被证明是灾难性的。在东林党人中，叶向高属于那种政治上较为成熟的少数官员之一。他一方面要压制住魏忠贤等人的势力，但又要不露声色；另一方面，他又冒着被严厉指责的危险，顶住或缓和了东林党阵线中那些激进人物的言行，因为这些言行往往于事无补，甚至成事不足，败事有余。叶向高在复出之后，基本上是做到了局面的平衡，尽管不少事情尚不尽如人意。
但叶向高毕竟还有文人的不少禀性。在魏忠贤向他公开表示不敬后，他还是沉不住气，士可杀而不可辱的文人心理占了上风，最后坚决要求挂职而去。或许是叶向高已预计到了后来的局面，才毅然辞职，使自己与魏忠贤之间留下一点余地，免得以后遭其毒手。假如是这样的话，叶向高确实是高明之至，并也达到了目的，因为他活到了崇祯初年，在魏忠贤专权的黑暗时代能侥幸过关，未遭血光之灾。
天启四年（1624）九月叶向高的去职，使原先本已脆弱的政治平衡迅速打破。失去叶向高的东林党阵营，很快土崩瓦解，魏忠贤终于达到了目的。
或许是苍天已经预知人间即将到来的灾难，而以它特有的方式警告芸芸众生。就在这时，已过汛期高峰的黄河突然在徐州铜山县东南的奎山（魁山）决口，徐州城内水深丈余，徐州府治只能迁到云龙山办公。
不过，人间似乎并不理会这些警戒，仍一步步地滑向深渊。
同年十月，吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙被罢免。争端是因御史崔呈秀而起。御史崔呈秀巡按淮扬，一路贪赃枉法，等到还朝时，高攀龙按惯例对他进行考察，发现了他的贪秽之状。赵南星立即议处崔呈秀充军戍边。崔呈秀大急之下急忙跑到魏忠贤那边，哭诉委屈，并说：
“不去赵南星、高攀龙之流，吾辈将死无葬身之地！”
于是，魏忠贤便开始策划阴谋，最终逼赵、高下台，同时受牵连的还有魏大中、夏嘉遇。赵、高的下台，使东林党失去了对都察院、吏部这两个核心部门的控制。
天启四年十一月，吏部侍郎陈于廷、御史杨涟、佥都御史左光斗被削籍。
不久，才当了一个多月首辅的韩也被迫辞职回家。韩爌廉直自持，没有手段。他当上首辅后，大学士魏广微竟要求分享他的首辅权力，魏忠贤则公开支持魏广微。老实巴交的韩爌只有辞职。
十二月，与叶向高、韩爌、赵南星、杨涟、左光斗、魏大中等人关系密切的内阁中书汪文言，被下镇抚司狱。魏忠贤希望从这位小人物的身上打开缺口，再行株连，兴大狱，全面打击东林党人。这一招既狠又毒，后来东林党人为此吃尽了苦头。
不久，首辅朱国桢罢职。朱国桢才刚刚接替首辅之位，就被魏忠贤的人弹劾。大学士魏广微也根本不把他放在眼里。他只得辞职。不过魏忠贤觉得这位老家伙还算顺眼，放了他一马。魏忠贤对手下的人说：
“这老家伙也是邪人，但不作恶，可以让他体体面面地回去。”
有了魏忠贤这句话，朱国桢才保住了颜面，在离京前被加少傅少保，朝廷派行人护送回乡。朱国桢是这一时期被解职官员中最风光的一个。
魏忠贤也并不是无所禁忌。当时最令魏忠贤头痛的是孙承宗。当魏忠贤在京师力排东林党官员时，东林党的辽东督师孙承宗突然要求入朝祝贺皇上万寿节（十一月十四日，天启帝的生日），据说孙承宗是想借此向皇上当面揭发魏忠贤的罪行。魏广微立即向魏忠贤提出警告：
“孙承宗拥兵数万，将清君侧，兵部侍郎李邦华是其内应。”
魏忠贤非常紧张，在天启帝边上直打转，急得直哭。天启帝也担心孙承宗此举，命阁臣拟旨，商量对策。顾秉谦奋笔拟下一道十分严厉的圣旨，内称：“无旨离信地，非祖宗法，违者不宥！”并连夜打开宫门，召兵部尚书入宫，由兵部尚书连下三道命令，由飞骑连夜送出，严令孙承宗停止前进，立即返回驻地。孙承宗接到圣旨和兵部令时，虽已到通州，但他最终还是未敢再往前跨出一步。魏忠贤此时也得知，孙承宗并没有带什么人马随行，真是虚惊一场。
假如孙承宗继续向北京进发，而且也带着足够的人马的话，朝廷后来的局面是否仍会这样惨烈，就不得而知了。当然，对于像孙承宗这样的文臣，也难以想象他能做出抗旨不遵的事情来。不过，当时朝廷上下都已知道魏忠贤控制着天启帝及朝廷上下，自然也应该明白圣旨中难免掺了魏忠贤的水分，甚至有些圣旨就是魏忠贤本人的意思，但奇怪的是，东林党人中竟没有一个人对此提出过质疑，始终不敢越雷池半步。他们抱着只要是圣旨就须无条件执行的绝对信念。