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这种思想的来由，出自科学家惯于用〃范式〃（paradigm）来指引他们的研究方针。根据研究科学哲学的学者托马斯·库恩的著名模式，科学的进步与古尔德和埃尔德里奇的〃间断平衡〃进化论相似，库恩的〃常规科学〃（normal
science）经过了一段稳定时期，就被〃范式转换〃所中断，换言之，一种思考问题的方法取代了另一种。正如其他哲学理论，我认为库恩的模式要小心地应用才行。但不管这模式在描述科学原则时有什么不周到之处，它很清楚地让我们看到达尔文主义的方法论。
库恩最重要的观念就是〃范式〃，它不仅仅是一种理论或假设，而是一种兼受文化偏见及科学观察所影响的意识形态。根据库恩的看法，〃任何时期科学界共同持守的信念，总免不了包涵被个人经验和历史事件所左右的专断的成分在内。〃科学家也与常人一样，他们关于现实的观念，受到产生科学〃模式〃的假设和思想的影响。
当〃范式〃为多数科学家接受之后，便成为科学研究的全盘操作的方法。这就是说，它决定了要问什么问题和收集什么资料。当〃范式〃还没有被批判被挑战时，〃常规科学〃就可以致力于作出理论的和实践的结论，甚至也要解决一些与本身〃范式〃并不相符的困惑问题。科学于是在这期间大为进步，因为科学家都同意要做的是什么，及应如何进行去作这些研究，他们不会因一些对基本假定的悬疑而受干扰。根据库恩的看法：
我们如果细心察看，就可发现，无论以前或现在的实验室里，〃常规科学〃好像总要把自然万象装入一个事先塑造好的相当没有伸缩性的箱子里，这箱子是根据当时的〃范式〃而制成的。这时科学的目标完全不想去发掘新的现象；实际上，那些不能装入该箱子的东西，常常根本不会被注意到。科学家也不想去发明新的理论，他们也常常不能容纳别人发明的理论。因此〃常规科学〃的研究只不过是要更清晰表达当时〃范式〃所带来的现象及理论。＇着重号为引者所加＇。
有些〃困惑〃越来越难解决，因此慢慢地变成为例外或反常的事物（anomalies）。只要科学研究还能成功地解决其他的问题，这些例外并不威胁当时称霸的〃范式〃。有时一项可能使人觉得不是很适合的〃范式〃，却也可以引导一门科学前进。如此经过很悠长的时日，科学家才肯相信，目前〃范式〃所具备的观念，无法解决一些非常重要的科学难题。然而，照库恩所说的，全盘委身于某一〃范式〃虽然为科学带来成功，也带来危机：
因为〃假定〃了科学界知道宇宙是怎么一回事，就促成了科学家花费很多时间从事其〃常规科学〃的研究。科学事业很多的成功，是因为科学界花很大的代价去维护上述〃假定〃。〃常规科学〃经常压抑一些基本的新发现，因为害怕妨碍了它对某些〃范式〃的忠心。但是，只要对〃范式〃具有专注的热忱，常规科学的研究必定不让新发现被压抑得太久。
人们最后不得不承认，依照目前的常规范式去作研究，会带来很多棘手的问题。这时危机就出现了，科学研究领域好像显得很混乱而多有困惑。然而再过一段时期，当新的〃范式〃取代了旧的，常规科学又得以信心百倍地继续前进。
上文提到奥弗顿法官为科学下定义时，引用波普尔的一项原则，就是说科学理论应该可以用科学方法证伪（falsifiability），然而库恩的说法却不完全同意这一点；因为要去试验察看每一项假设或每一项理论，看它是否可以用科学证伪，是不可能的事。每一项假设或理论的背后均有其假定的大前提，库恩称之为〃范式〃的，就是这些大前提的总和，也就是当时流行的〃世界观〃（world
view）。
〃范式〃本身并非一项独立的假设，因为如果实验证明不了，假设可以抛弃掉；〃范式〃是综合性地对宇宙的看法，连那些例外的事物，科学家也通过〃范式〃的眼睛去观察。根据库恩的说法，例外的事件从来不会推翻一项〃范式〃，因为维护它的科学家会用尽巧计临时增添新的假设来解释那些例外的证据。一个〃范式〃会如此称霸科学界，一直到有新的〃范式〃代替它为止。不然的话，〃拒绝一个范式，却没有别的去取代它，就等于拒绝科学〃。美国国家科学院在联邦最高法院所援用的针对〃消极辩论〃（negative
argumentation）的规则，就是运用这套逻辑。
当一个新的〃范式〃成立，不只是能解释以前的例外事物，它甚至造成整个科学界的观点改变，使人觉得本来以为是例外的事物，实际上是不可缺少的、不需解释的〃同义反复〃，即被认为非如此不可的真理。所以我们不必奇怪，为什么有些著名的科学家会推崇达尔文主义的理论是一种高深莫测的同义反复，或者干脆宣布它是一个不需要经过实验证明、逻辑上不言自明的命题。对他们来说，该主义的学说是〃非如此不可〃的真理。既然如此，任何对达尔文主义不利的反证，他们都一概不感兴趣。
库恩接着描述一些从实验得来的证据，让我们知道一般人都按照所受的训练去看一切事物；而他们认为不应该出现的，即会视若无睹，连最好的科学家也不例外；反之，因为他们要靠推理来解释那些极其难以观察的事物，他们因此更容易受〃范式〃影响而产生错误的观念。
库恩又举出另外一些例子，有关天文界能看到的一些现象，一直到哥白尼创导的天文学〃范式〃巩固之后，才正式地被〃观察〃到而得到解释。当然，假若库恩用生物进化论作为个案，他一定被定罪为〃创造论者〃。我们已经在第四章看到，化石记录显示非常广泛持久不变的常态，而达尔文主义者却闭口不提，认为没有发表的价值。这种〃坐井观天〃的思维不会因科学越来越高明而丧失。反之，因为资助研究的经费越来越受政府的集中控制，科学家只好集中精神从事被眼下〃范式〃所左右的研究工作。
新的〃范式〃并不单单对一些科学问题提出不同的答案或不同的解释。新的〃范式〃会建议问一些完全不同的问题，寻找完全不同的资料。因此，互相冲突的〃范式〃从某方面说是〃没有共同衡量标准的〃。就是说，一种〃范式〃的信从者很难与对方作理解性的沟通。当一项〃范式〃不止是特殊的科学理论，更是非常广泛的哲学观点时，库恩的〃范式〃解释更显得真是确凿了。
我再从个人经验中举一个例子，我觉得与一个自然主义的科学家讨论新达尔文主义进化论究竟是否正确，是毫无意义的。我得到的回答多半是：既然新达尔文主义是我们唯一的科学解释，它必定与真理最为接近。自然主义者通常会承认任何理论都可以改善，总有一天我们会对自然进化论有更清楚的了解。反过来说，要追问自然主义进化论本身是真是假，他们会说这是无稽之谈，自然主义进化既是唯一可以构想的对生命的解释，而生命是显然存在的，那么理论当然正确了。
我们很容易看到为什么科学自然主义对科学家而言是一种非常有吸引力的哲学。它让科学几乎完全垄断了知识的生产，担保没有任何重要的问题是科学研究不能解决的。然而我要问的却是：这种哲学观点是否仅为科学家职业的偏见（虽然是可以理解的偏见），抑或是了解自然界最客观的有效方法？有人不断把自然主义进化论渗透到社会的各个角落，使大众成为进化论的信徒，其关键就在于此。
如果科学自然主义要在当代文化中占优势，除了提供物质世界的信息之外，它必须有别的贡献，必须说明自然〃创造〃故事在精神上及道德上有什么后果。
简言之，进化论必须成为宗教。在以下几章中我们可以看到这是如何完成的。
第十章 达尔文主义者的信仰第十章 达 尔 文 主 义 者 的 信 仰
国家科学院院长弗朗克·普雷斯为1984年出版的《科学与创造论国家科学院的意见》这本小册子所写的序言中，告慰国人说：〃认为进化论代表宗教与科学之间无法和解之冲突……是错误的。〃普雷斯博士解释说：
许多宗教领袖在科学的立场上接受进化论，而不放弃宗教信仰的原则。不论怎样，正如1981年国家科学院会议的决议案所说：〃宗教与科学是分立而互不相关的人类思想领域。将它们联系到一起便会导致对科学理论或宗教信仰的曲解。
该科学院所关心的，只不过是要证明它反对科学创造论是理所当然的，并没有解释什么是〃宗教〃，或在什么情况下宗教界可以受到保护不遭受来自科学的干涉。斯蒂芬·古尔德对这问题说得更多，他反驳厄尔文·克里斯托尔所说的，目前传授的新达尔文主义〃对宗教信仰有理念上的偏见〃。古尔德说，大多数科学家对宗教都无敌意，因为他们的课题〃并不涉及神学所关心的范围〃。
科学不能回答我们该如何生活这个问题，正如宗教不能判定地球的年龄一样。诚实明智的科学家（我相信我们大多数都是）早就知道科学能解决问题的限度，以及科学方法的力量该有的范围。达尔文自己也曾感叹科学不能干涉邪恶或类似的道德问题，所以说：〃狗也可以揣测牛顿的思想。让每个人尽力盼望与相信吧。〃
古尔德与达尔文以上的答辩中含有很严重的问题。如果科学不能告诉我们该怎样去生活，那就是说这知识可以从宗教中获得，还是说我们不知何为善恶，好像狗不知牛顿的思想呢？每个人都可尽力去希望与相信，但有些人说希望与相信只是主观感觉的表达，除非建立在科学知识稳固的根基上，希望与信仰仅为情绪上的胡闹而已。
一位达尔文主义者，康奈尔大学知名的历史教授威廉·普罗文正是这样说的。他坚持说，科学与宗教的冲突是不可避免的，有宗教信仰的人如果接受生物进化论，〃就需要在进教堂大门之前将头脑存放起来〃。尤其是：
现代科学直接表明，这世界是严格地根据机械性的原则组织而成。在自然界中根本就没有有目的的原则。没有用理智可以发现的神明或设计力量……
第二，现代科学断然认为没有与生俱来的道德伦理定律，没有引导人类社会的绝对原则。
第三，人是极度奇妙复杂的机器。人之成为有道德的人是由于两种基本的作用，即遗传与环境的影响。仅此而已。
第四，我们必须认定：当我们死的时候，我们就死了，一了百了是我们最后的终结……
最后，传统思想中的自由意志在不同可能的反应中，作出不受强迫、不能预料的自由选择根本没有这回事……就目前所了解的进化过程来说，根本不可能产生一个真的能自由选择的生物。
古尔德向克里斯托尔郑重宣告，在支持进化论的生物学家中，〃对宗教的态度有极大的幅度的差异，从每日虔诚祈祷者至坚决的无神论者都有〃。但据我个人的观察，后者远多于前者。普罗文也同意我的看法，他说，大多数的进化主义生物学家是无神论者，〃许多人因为认识了进化的机制作用及其他科学而走上这条路〃。少数认为生物学与宗教不冲突的人，〃或是思想迟钝，思想分裂，或是不自觉的无神论者〃。科学组织隐瞒这冲突是因为恐怕丧失科学研究经费，或因他们认为宗教有助于道德教育。普罗文指着科学院1984年的宣言，说：〃这些解释还可算是权宜之计，但在理智上是不诚实的。〃
当我们将混乱的名词澄清之后，协调这些言论并非难事。该科学院说〃进化〃与〃宗教〃并非无法相容，字面上是正确的。当这些名词没有确实的定义之前，任何一个词没有足够的内容当然不可能造成冲突。甚至进化与〃有神〃的宗教也可相容，因为神或许也可用使一类生物逐渐地进化到另一类的生物作为〃创造〃的方法。这样的进化并非科学家所想象的进化，但是他们不向大众坦白说明，因为对自己并无益处。
古尔德的话也同样引起错觉。许多科学自然主义者接受〃事实与表面价值之区别〃，不要求科学描述真实的知识一定直接导致必须之行动。另一方面，他们不认为一切伦理的言论都同样合理。一个理智的人会从确实知道的基础上开始推想，不会从未知或不确实的基础上出发。正如辛普森所解释的：
当然，有些以宗教为名，且有宗教情操的信仰仍然存在，但是因为显然与进化论冲突，所以�