1874年7月15日，“伏波”舰由贝珊泉管带（“万年清”首任管带贝锦泉之弟），护送曾经代理过船政大臣，此刻任台湾道的夏献纶赴苏澳登岸，前往组建地方团练，以抗御日军。16日，“伏波”舰离开苏澳，预备前往基隆补给燃煤，刚出港湾，海上顿起风暴，大浪推涌下，军舰竟然“风威火力相逆，轮泥不前”。熟悉航海的人大都明了，在遇到如此恶劣天气的情况下，倘若中途掉转航向，一旦船侧被风，后果不堪设想。面对台风前锋，贝珊泉毅然下令继续航向基隆。在距基隆港还有20多海里时，台风更大，“天色如墨”，“伏波”被风浪推得没有招架之力，根本无法进港，只得随着风势航行。入夜后，风浪益发猛增，船上前后桅杆均被折断，舱面的设备损失惨重。险境中贝珊泉指挥全舰官兵奋力与风浪搏斗，经过一昼夜的努力，被台风摧残得面目全非的“伏波”于7月19日安全抵达船政，遂立刻拖上船坞修理。（26）
与“伏波”的有惊无险不同，另外两艘船政军舰就没有如此幸运。
9月26日，运送唐定奎部淮军在台湾登陆后不久，29日“伏波”级改造商船“大雅”在台南安平港突遭台风，管驾罗昌智适有事上岸不在舰上，处于锚泊状态的“大雅”舰规避不及在狂风恶浪中不幸沉没，“十九日郡城狂飙骤起，屋瓦皆飞，‘大雅’罗昌智管带官在岸上不及开，浪淹于安平”。事后经过抢救，共救出船员59人，另有6人自行凫水脱险，10人不幸遇难。这艘船从竣工至沉没还不及半年，至为可惜。（27）
与此几乎同时，和“济安”舰一起停泊在台南旗后（位于高雄湾入口处）的“安澜”舰也在这次台风中不幸遇难沉没，这艘装备了船政局创制的第一台蒸汽机的国造军舰，就此与国永别。沈葆桢最初以为“安澜”沉没原因是锅炉炸裂，后经仔细查明，“安澜”当时遭遇大风恶浪，舰体被推涌搁浅遇难。幸亏管带吕文经处置妥当，仅有一名水兵罹难。万幸的是，当时与“安澜”同时停泊在旗后的“济安”舰没有受损。（28）
海难发生后，沈葆桢即组织相关人员设法打捞二舰。经过勘查，二舰的舰体都已严重损坏，整体打捞的可能微乎其微，于是又设法打捞蒸汽机。经过一番努力，亦无从入手。惟有的成果是将“安澜”的舰炮如数打捞出水。当时沈葆桢为了巩固台湾陆防，筹划在一些要地修建炮台，苦于火炮难得，“安澜”舰幸存的七门舰炮遂就近由“琛航”舰运至旗后炮台工地，由登陆台湾不久的唐定奎部淮军负责修建炮台，（29）“台南旗后海口，峭壁洪流，洵称天险。前经夏献纶履勘会商淮军统领唐定奎，凿山垒土，建炮台六座以固海防”。炮台入口处题写有“威震天南”四字，屹立在旗后炮台上的七门“安澜”舰钢炮，成了“安澜”最后的遗存。中法、甲午战争中，旗后炮台均曾作为抵御外敌的重要国防工事。
“安澜”、“大雅”就此成了“伏波”级中最先退场的两艘军舰，关于她们沉没的原因，史籍中语焉不详。注意到1874年发生的几次台风都相当暴烈，以及“安澜”、“大雅”当时刚好运载淮军登陆完毕，沉没地点就在淮军上岸处等迹象，这两艘军舰很可能是遇到突如其来的台风，在锚地抗风时不幸沉没的。悲剧发生后，“大雅”舰管驾罗昌智被免去职务，“安澜”舰管带吕文经因为素有声誉，曾被英国驻台湾领事评价为“著名而受尊敬的船长”，加之在台湾事件中有一些出色表现，经沈葆桢奏请而免于处分。
马江惊变
台湾事件平息后，清政府深感海上压力，在全国高层官场范围内展开了一场大型的海防政策讨论，史称海防大筹议。这次讨论中，李鸿章、沈葆桢等都提出中国必须购买铁甲舰的主张，同时对于加强学堂教育、预储大型军舰管驾人才，经李鸿章、沈葆桢共同推进，实施了船政学堂学生出国留学计划。
1877年3月31日，船政第一批留学生刘步蟾等在洋监督日意格、华监督李凤苞领队下，乘船从马尾出发。罗星塔倒影中，负责运送学生们的“伏波”级军舰“济安”号汽笛长鸣，载运着这些中国海防的种子走向大海。天意巧合的是，“济安”的名字恰好正是这批学子未来重任的最好概括。
时间转瞬，七年之后，因为长期在越南主权问题上的争执、冲突，中法之间酿成大战。虽经和谈折冲，然而突发的观音桥事件又使中方局势进一步恶化。法国遂决定以远东舰队袭取中国东南沿海的口岸重镇，以此威逼中国重新回到外交谈判桌上，接收法国方面的要求。东南重要的通商口岸，且是中国最大的近代化船厂所在地的福州马尾，成为法国舰队的当然目标。依据中法以往签署的条约，法国军舰大量开入船政之前的马尾江面，一时风云骤起。
马江之战爆发前夕，美国军官在江面拍摄到的“伏波”（右）和“扬武”舰。
1884年8月23日，中国海军史上至为惨烈的中法马江之战爆发。当时与八艘法国战舰对抗的船政蒸汽军舰计有十一艘，分别为“扬武”、“伏波”、“飞云”、“济安”、“永保”、“琛航”、“福星”、“振威”、“艺新”、“福胜”、“建胜”，家族庞大的“伏波”级军舰在其中几乎占据了半数，成为这场海战中中方的主干舰种。
“伏波”舰是参加马江海战的五艘“伏波”级同们姊妹中，唯一一艘战后倍受诟病的军舰。马江海战结束后，钦差大臣张佩纶等在首份报告中称，“伏波”舰战时“因伤退回”而搁浅。（30）但数月后，张佩纶的口径发生变动，称“伏波”舰管驾吕文经交战时“于轮船中炮辄即先退”，处以棍责四十，并申请革去其职务，清廷认为“仅予革职不足蔽辜”，加判成革职充军。（31）由这种官方结论所造成的影响，时人评论和今人的史著中，吕文经指挥下的“伏波”战时的表现大致定型，即开战后不久因并不严重的伤势而退出战场，前往上游搁浅，与那些和法舰决死作战的舰长相比，无疑显得畏缩。
近年随着海外史料的获得越来越便利，经综合中外多方面资料发现，上述关于“伏波”舰战时表现的结论，存在有根本性的错误。以往关于马江之战的各种叙述中，普遍称战斗开始时，法国舰队的“45”、“46”号两艘杆雷艇向“扬武”、“福星”两艘中国军舰发起了攻击。但据法国军方战后编撰的军史记载，实际战斗初起时，法国杆雷艇进攻的目标是中方阵型中央体型最大的两艘主力舰，即“扬武”和“伏波”。
负责进攻“伏波”的法国“45”号杆雷艇首先用杆雷重创了“伏波”，导致“伏波”舰舰体严重受损，舵叶失效。偷袭得手后，“45”号鱼雷艇因雷杆卡在了“伏波”舰体上脱身不得，“伏波”舰官兵借机用步枪等武器从甲板上猛烈射击，法方艇长拉都中弹，左眼被打瞎。此后，“伏波”因为舰内进水过于严重，在吕文经指挥下退往上游。（32）由于现代对西方史料引用的讹误，导致“伏波”与法国“45”号艇作战的激烈一幕长期被错记在另外一艘中国军舰“福星”头上。
“琛航”、“永保”两艘“伏波”级改型商船当作战时正系泊在船政船厂的拖船坞江边。由于两舰事实上并没有武备，所以根本无从参战，成了任人宰割的羔羊。两舰管带为了避免更大的损失，紧急撤退了船员（另有一说，称当时“琛航”、“永保”满载陆军和水兵，准备一旦开战后冲向法舰跳帮攻击，其可靠性待考）。最后“琛航”被击沉在江边，“永保”则被法舰射出的开花弹打得燃起大火而烧毁。
剩余的两艘“伏波”级军舰“飞云”、“济安”开战时停泊的位置可称深入敌后，并不在船政一侧，而是位于船政对岸的闽海关前，与80马力炮舰“振威”组成一队。在他们的右舷不远，并列停泊着法国巡洋舰“杜居土路因”（Duguay…Trouin，3479吨）、“维拉”（Villars，2382吨）和“德斯丹”（D’Estaing，2363吨），三艘法舰的火力大大超过三艘中国军舰。海战开始后，三艘法舰第一轮射击就将中国军舰全部打得火起。“飞云”等三舰急忙试图砍断锚链，避开法舰凶猛的炮火，而法国军舰则嚣张地在原地不动继续射击。熊熊燃烧的“济安”解脱锚链束缚后，很快向下游闽江口方向退去，在青州港江面沉没。“振威”炮舰锅炉被击中而沉。令法国人出乎意料的是，即将没入大江的一刻，还射出了最后一炮。“飞云”舰管带高腾云在己舰突遭攻击时，坚持在飞桥上指挥作战，不幸被法舰上的哈乞开斯五管机关炮击中，腿骨断裂，旋即又中一炮惨烈阵亡，大副谢润德继续指挥，不久也壮烈殉国。遭到密集炮击的“飞云”很快没入江中。（33）
美术作品，“飞云”舰在马江海战中重创起火的景象。创作：海军史研究会顾伟欣。
马江江面尽是中国军舰的残骸和落水待救的官兵，火焰中，船政舰队几乎全军覆没。
马江海战过后，整个中国朝廷都在痛思如何才能建设有效的海防，第二次海防大筹议又轰轰烈烈开始。可能现代人很难预料，主政中国的慈禧太后此时突然谕令船政，要求设法打捞沉船。从至今尚存的关于打捞马江沉船的历史档案中，我们能够惊异地看到慈禧用十分工整用力的笔法，每每都是写出上百字的朱批，其内容甚至都涉及到了打捞的具体技术层面，直接询问在今人来看尚属十分繁琐莫测的潜水工程事务。在慈禧太后一手催令下，船政立刻开始了马江沉船的探摸、打捞和修复工程。
经张佩纶主持经理，至1884年10月，通过雇用沿海善于泅水的渔民，土法上马，陆续打捞出沉没蒸汽军舰上的24门舰炮，沉没师船上的12门旧式土炮，以及包括“琛航”舰烟囱在内的一些零星船用配件。同时，各艘沉船的基本情况也探摸清楚。
“琛航”舰在马江海战中被法舰重创，这张拍摄于战后的照片中可以看到“琛航”侧沉的位置在船政拖船坞附近，岸上那座屋顶中央有两根烟囱的房子就是拖船坞的拖船机器房。
五艘“伏波”级军舰中，“琛航”侧沉约6。4米，舰首已经被泥沙掩埋。“飞云”舰也是船头被江泥湮没，但是船尾还部分露出水面，二舰沉没位置水深较浅，“不难起获”。“伏波”舰在浅水搁浅，只要修理就能恢复使用。而“济安”舰沉没位置水深将近40米，难以打捞，“永保”则被焚毁，无从恢复。对于打捞办法，船政制定了一套打捞方案，即用两艘浮力大于沉船的船只作为浮船，装水满载后停泊到沉船左右，用大铁链、缆绳等与沉船绑定。然后抽去浮船内的载水，随着浮船吃水变浅，沉船便会随之上浮。如此再将沉船带往水浅处，浮船重新注水后再与沉船绑连，而后再抽水起浮，如此往复，直到沉船的舱面露出水面，则立刻用潜水员下水补漏，再用抽水机抽去沉船内的积水，打捞的方法与现代的沉箱打捞原理完全相同。（34）
马江海战中管驾“伏波”舰的吕文经虽然此后因为完全属于诬陷的海战中的退却嫌疑而被革职，但是此时则作为熟谙洋务、精通西方语言的干员，仍被派赴香港雇用潜水员和订购潜水装备，担负了部分打捞的具体技术工作。值得一提的是，马江之战后，吕文经还曾担任过一个和他的身世一样具有传奇色彩的任务，管带雇用的英国商船来往海峡，侦察法军情况，联络两岸通信。他的商船曾有一次被法国军舰捕获，面对法军审问，铐押在法国军舰上的吕文经绝口不认，最后法军未能发现马脚遂释放了事。
1885年3月1日，新任船政大臣裴荫森上奏清廷，称“伏波”舰已经修竣，由于船政的拖船坞被法国军舰击坏，修理工程是在马尾的英商船坞完成，作为这级军舰首舰的“伏波”成为战后再生的第一艘“伏波”级军舰。（35）当时为了防御闽江口，船政紧急建造了30艘平底趸船，装备用来装石沉入江中阻塞航道。这种没有动力的趸船恰好成了打捞用浮船的最好人选。裴荫森调用了六艘趸船，首先打捞“琛航”。根据记载，最迟在当年6月前“琛航”即打捞出水，又经过一段时间的修理整饬后，恢复使用。而“飞云”舰则在“琛航”打捞时，同步招募商户包揽打捞，也予以修复。
至此，除去台湾事件中遇台风损失的“安澜”、“大雅”，以及马江之战中未能打捞修复的“济安”、“永保”外，“伏波”级八艘军舰还剩余一半，“伏波”、“飞云”、“海镜”、“琛航”。
老骥伏枥
马江海战后，“