风停雨霁，两派矛盾立时凸现。平等派认为，独立派如今一派专权，又不思改善大众处境，与昔日暴君无异，故而疾呼“打碎英国新枷锁”，鼓动军队，预谋哗变。
又有较平等派更为激进者，认为政治平等尚嫌不足，财产方面亦应均贫富、等贵贱。而今穷苦之人上无遮身片瓦，下无立锥之地，食不果腹，衣不蔽寒；富人却个个华屋广厦，美馔佳肴，富累千金，良田万顷。端的如诗所云：“朱门酒肉臭，路有冻死骨。”社会不公，莫此为甚！故应倡导以富济贫，以多补少，平均相等，天下致公。然而富人断乎不会主动解囊，捐资纾贫，须得穷人以自身苦行感而化之。于是这干人相约出走，寻得几处荒山野岭住下，结草为庐，垒石为灶，共食共耕，掘地开荒。冀以此行感动富人，让出多占田地，分与穷人耕种谋生。时人讶异其行止，称之为“掘地派”。可是事与愿违，非但没有富人因之感化，反诬掘地为“侵犯资产阶级产权”，上书政府，要求派兵镇压。
克伦威尔为首之独立派，坚决维护富有资产阶级利益，一要保得政权独占，二要保得财产安全。故视平等、掘地两派为眼中之钉、肉中之刺，必欲拔之、除之而后快。1649 年春夏之际，克伦威尔率其嫡系突袭军队驻地，将平等派领袖人物一举擒获，或当众处死，或逮捕下狱，从而制服平等派士兵哗变。又于翌春出动军队，至各处荒山驱散掘地者，掘地行动遭到禁绝。下层民众争取民主与土地的运动从此失败，资产阶级欢欣鼓舞。克伦威尔班师之时，伦敦资产者摆设盛宴，为其接风。水陆杂陈，觥筹交错，共庆心腹之患消弭。又有一等豪富，感念克伦威尔劳苦功高，特地登门赠送纯金铸就、精雕细镂之全套饮食、洗器皿，以示谢忱。
内患既除，克伦威尔马不停蹄，又发兵征讨爱尔兰。道是为何？
这爱尔兰乃大不列颠以西又一大岛。两岛隔海相望，一衣带水，自古来往密切。爱尔兰居民与苏格兰人和威尔士人同根同源，均为凯尔特后裔。不同之处，只在爱尔兰人信奉天主教。爱尔兰别称“绿岛”，盖因海洋暖流环岛而过，岛上气候四季如春，雨水充沛，林木终年葱郁，碧草青翠如茵，鸟语花香，风光旖旎，最是宜人。加之该岛民庶繁衍，物产丰饶，农耕畜牧，两业并举，颇为富足。这等洞天福地，难免一水之隔的英人时常生出些侵占、殖民的心思。早在12 世纪，金雀花朝开国之君亨利二世就曾兴兵征讨，当地居民战败之后被迫臣服。此后英人源源不断徙居岛上，占田夺地，英国君主更时时勒索搜刮，500 年来，爱尔兰不知吃过英国多少苦头！1640 年英国革命风起云涌，其派驻爱尔兰的总督和军队匆忙回国。趁此机会，爱尔兰人民揭竿而起，宣布从此脱离英国统治而独立。英国闻讯甚是气恼，却因内战正酣，一时无暇顾及。王党内战失败之后，其残部余孽多逃至爱尔兰，以“共同反对清教徒”的花言巧语，骗取爱尔兰天主教徒同情，准许他们在爱尔兰建立基地，招兵买马，伺机反攻。至1649 年，聚集绿岛的王党军队已有12000余众，对新生的英吉利共和国形成极大威胁，不予剿灭，难保无虞。再者，内战当中，新模范军所用军费少数来自捐赠，泰半来自大资产阶级贷款，如今借期将届，需得偿还。加之军队频频哗变，克伦威尔认定，此乃饷银菲薄所致，需得大笔金钱，方能平息士兵不满。据此可知，征讨爱尔兰，所为不过三者：一来弹压爱尔兰独立起义；二来剿灭王党残余；三来掠夺爱尔兰财富以补国内所需。1649 年8 月，克伦威尔提兵万余，登舟渡海，侵入爱尔兰。其时爱尔兰人及王党分守若干要塞，当中最大者，为德罗赫达、威克斯福德和克隆美尔数座。克伦威尔上得岸来，首先围攻德罗赫达。该地城墙高大坚固，守军3000，尽是骁勇慓悍的爱尔兰人。英军近万，数番攻城不果，克伦威尔气急败坏，调来9 个炮兵连队，架炮猛轰。9 月3 日，将城墙轰开一道缺口，英军自此攻入城内。克伦威尔传下命令：“不得宽恕任何人。”于是英军士兵见人便杀，手段残忍，耸人听闻。据克伦威尔自述：“仅圣彼得教堂一地，便有不下千人被诛戮，军官被砸碎颅骨，躲在钟楼上的100 人被活活烧死，德罗赫达3000 守军，幸免于死的不过30 人，他们都被押往巴巴多斯岛卖做奴隶。”岂止杀害守军，城中居民、僧侣也难逃活命，克伦威尔自己承认：“所有僧侣除2 人之外，头颅都破碎了。”“一个晚上，就有2000 余人作了刀下之鬼。”血腥屠城连续3 日，克伦威尔洋洋得意地宣称：“我们严厉的行动使敌人胆战心惊。我相信，这是上帝给予这些野蛮人应得的惩罚。”数星期后，威克斯福德城破之日，同样的兽行再次重演。
王党见势不妙，纷纷逃离爱尔兰。爱尔兰人却无处可去，他们顽强抵抗，宁死不屈。英军费时3 年，方将全岛各地一一攻取。3 年当中，爱尔兰居民死去三分之一。还有约摸此数的人被运往英国在北美的殖民地充作奴隶，昔日美丽富饶、人烟稠密的爱尔兰，如今满目疮夷，“往往走上几十英里也碰不到生物，没有人，没有牲畜，连飞鸟也没有”。以致诗人吟出这样的诗句：“爱尔兰，我为你哭泣！”
爱尔兰战火未熄，克伦威尔便赶回国内，筹备征讨苏格兰事宜。
那苏格兰长老派贵族起初支持英国革命，尤其支持英国长老派国会执掌国家权力。可是后来长老派被逐，独立派上台掌权，苏格兰人从此开始处处与英国为敌。查理一世匿居怀特岛时，他们曾与之秘密谈判，欲出兵助其复辟。查理一世被斫第五天，苏格兰就宣布尊查理一世之子查理二世为国王。此时王党在爱尔兰失败，也寄望于苏格兰人。于是双方一拍即合。查理二世仿效其父，答应事成之后在英国扶立长老派教会；苏格兰人则答应襄其登临英格兰王位，再行王政。1650 年5 月，苏格兰军队开始集结。与此同时，克伦威尔也募集操练一支15000 人的军队，向北方进发。7 月底，越过英苏边境。苏格兰军队26000 人在统帅列斯里率领下南下迎敌，双方相持于邓巴尔。情况看上去对克伦威尔不利：他在陆地上的退路以及在海上的补给线都被苏军切断，装备与粮秣渐渐耗尽，饥饿和疾病使英军迅速减员，到8 月底，他手下尚有战斗力的部队只剩1 万人。9 月3 日，双方大会战开始。面对两倍于己的苏军，连克伦威尔本人也不相信此战能胜。然而此公毕竟久经沙场，经验老到，擅长出奇制胜。麾下官兵，已知处境危殆，自忖不是阵亡，也是困死，莫若拚个鱼死网破，是以个个奋勇。当时双方摆阵，俱是传统模式：步兵居中，骑兵夹峙两翼。克伦威尔战前便已觑得敌军右翼骑兵薄弱，且背河列阵，调动不便，却故意在己方相应之左翼布些老弱病残，卖个破绽，骗得敌人大意，忽略其右翼不顾。他又将少量精壮骑兵排列于己方右翼前面，仿佛精锐主力尽在此侧，诱敌来攻。战斗打响，果然列斯里中了圈套，集中主力猛攻英军右翼。英骑却且战且退，引敌人阵形散乱。此时克伦威尔跃马挥剑，亲率后备主力骑兵自己方左翼突出，迅雷不及掩耳，直捣敌方薄弱右翼，一举将其击溃，随即转向苏军中央步兵掩杀过去。己方步兵亦自正面发起进攻。列斯里此时发现右翼不妙，火速自左翼撤回主力欲来驰援。然而河流挡路，岸上又有步兵壅塞，厮杀成一团，已是救之不及了。这一战克伦威尔以少胜多，歼敌3000，俘虏上万，实在是用兵如神。随即英军乘胜前进，直下苏格兰首都爱丁堡。苏格兰长老派贵族与查理二世仓惶出逃，躲入苏格兰西北高地。克伦威尔深知西北高地气候阴湿寒冷，地形崎岖，峻拔险恶，不利作战，于是故意围兵爱丁堡，让出西面通路，诱苏军南下英格兰平原地区决战。苏军果然中计，列斯里与查理二世率16000 名士兵南下，深入英格兰西南，克伦威尔紧随其后，一路补充兵员装备。1651 年9 月3 日，英、苏两军于伍斯特地方举行决战，苏军全军覆没，或死或俘，几乎无人幸免。查理二世爬到一棵老橡树上躲藏一天一夜，方才躲过英军追杀。此后他乔装农民，颠沛流浪6 个星期，终于找到船只，逃出英国，重新流亡欧陆。苏格兰全境早被克伦威尔荡平，此刻他又没收苏格兰大贵族土地，分给英国新贵，解散苏格兰议会，从而翦灭苏格兰长老派贵族势力，将苏格兰置于英国政府统治之下。大不列颠岛上南北两国，从此合二为一。大将蒙克奉命率军镇守爱丁堡，确保苏格兰人俯首称臣。
克伦威尔征服爱尔兰、苏格兰之后，又将注意力转向海洋，意欲为英国建立海上霸权，这一事业早在伊丽莎白时期就已开始，然而现在出现了新的敌人——荷兰。
这荷兰位于欧陆西北角上，是个滨海国家。其地势低洼，土质多盐碱，不宜农耕，居民多以养牛、捕鱼为生。资本主义兴起之后，商品贸易流通日益繁荣。荷兰人凭借地理之便，及时操起一桩赚钱营生：为各国商贾提供舟楫之利，专事海上中转运输。这营生顺势应时，极受欢迎，获利亦丰，不几年间，荷兰便拥有数千船只的庞大运输船队，劈波踏浪，来往于各洲之间，为荷兰赚回滚滚金元。时人皆以“海上马车夫”绰号称呼荷兰。英人看得眼红垂涎，想自家本是海上霸主，却只顾发展海军军备，忘了经商赚钱，倒让荷兰人抢了先！这荷兰人也恁精明！怎生变个法，抢他生意过来，方才称心遂愿。于是资产阶级业主商贩纷纷向政府进言，克伦威尔政府也自虚怀纳谏，1651 年颁布《舰海条例》，昭告天下：自今而后，凡与英国或英国殖民地有关之货物出入，产自欧洲者，只能使用生产国或英国船只运输，生产国若无运力，英国一概包揽；产自欧洲以外地区者，则必须使用英国船。显而易见，此举意在打击荷兰。兹事体大，利益攸关，荷兰人焉能束手就范？于是两国开启战端，自1652 年至1654 年。荷兰国小民寡，支撑不住，被迫求和，承认《航海条例》。从此海上运输霸权亦为英国夺得。
10 年来，克伦威尔南征北战，人不解甲，马不卸鞍，为保卫共和国，维护资产阶级利益立下汗马功劳。随着个人声望日隆，他对权势的野心也越来越膨帐，不能容忍“残阙国会”对他的制约和与他争权。况且那些议员不自检点，贪污公款，受贿行骗，以权谋私，酗酒淫乱，几乎无恶不作，民众早已不满。1653 年4 月，克伦威尔率30 名火枪手来至议会，连骂带赶，强行将议会解散。这届议会存在13 年，初期首倡义举，反抗王权，也曾经人心所向，功绩斐然。孰料后期蜕变，招惹诟怨，以致自身难保，遭人谩骂驱赶。克伦威尔此举虽有践踏议会权利之嫌，却无一人为议会喊屈鸣冤，其不得人心由此可见。克伦威尔欲建立个人独裁，但为装点门面，做些遮掩，又组成140 人的“小国会”，议员都是他亲自遴选。谁知这些“钦点”的议员不知深浅，当上议员，便要为民请愿，竟提出一个激进的社会改革方案，其主张与昔日平等派似有关联。克伦威尔深感“失算”，忙施压力，迫“小国会”“自行解散”。从此克伦威尔赤裸裸地实行独裁专权。
1653 年12 月，在克伦威尔授意之下，独立派高级军官组成的军官会议提出一份《施政文件》，宣布克伦威尔为“英格兰、苏格兰和爱尔兰护国主”，执掌立法、行政、司法、军事、外交、财政、人事诸项大权。1654 年2 月，举行隆重就职大典，克伦威尔身披黑氅，帽饰金带，欣然接受象征权力的国玺和宝剑。至此“共和”名存实亡，护国主个人权力无限，有如昔日的专制君主，只是比君主少一顶头上王冠。
正当克伦威尔高踞于荣耀与权势之巅时，一场恶性疟疾突然将他击倒。
医生百般救治，终是无力回天。1658 年9 月3 日，一代风流人物克伦威尔命赴黄泉。9 月3 日正是德罗赫达、邓巴尔、伍斯特三大战役纪念日。这天从早到晚，伦敦狂风呼啸，撼树掀屋。人人畏而变色，纷纷议论说，此乃战死者的亡灵向克伦威尔追魂讨命。
克伦威尔既殒，其子理查继任护国主。有道是“龙生龙，凤生凤”，谁知龙凤也会有谬种。这理查懦弱无能，既无乃父胆识才干，亦无乃父威望战功，是故难以服众。一年之后，被迫辞职归省。群龙无首，高级军官拉帮结派，争权夺利。眼见政局动荡，秩序混乱，资产阶级和社会各界亟盼一位孚