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正德六年（1511）正月，王守仁调任吏部验封清吏司主事，曾与王舆庵讨论朱学与陆学之异同。王舆庵和徐成之二人对朱陆之学争论不决，王守仁以书解之曰：“……今晦庵之学，天下之人，童而习之，既已入人之深，有不容于论辩者。而独惟象山之学，则以其尝与晦庵之有言，而遂藩篱之……故仆尝欲冒天下之讥，以为象山一暴其说，虽以得罪无恨。晦庵之学既已章明于天下，而象山犹蒙无实之诬，于今且四百年，莫有为之一洗者。使晦庵有知，将亦不能一日安享子庙庑之间矣。”在王守仁看来，朱熹和陆九渊，虽然其学说各有不同，但都不失为圣人之徒。因此，他决心为陆九渊辩诬，以发扬陆学为职志。二月，王守仁担任会试同考官。僚友方献夫时为吏部郎中，其官位高出守仁之上，当他一旦听到王守仁论学，深有感悟，随即执蛰于门下，虚心拜师求学。
同年十月，王守仁又升任文选清吏司员外郎，其时湛若水亦调任安南。守仁忧虑圣学难明，又深感缺少师友之苦。他在赠别湛若水的书信中说：“予之资与甘泉（湛若水）多矣。甘泉之学，务求自得者也……吾与甘泉有意之所在，不言而会，论之所及，不约而同，期于斯道，毙而后已者，今日之别，吾容无言？夫惟圣人之学，难明而易惑，习俗之降愈下而抑不可回、任重道远，虽已无俟于言，顾复于吾心，若有不容已也。”他仍以倡明圣学为己任，虽经岁月消磨而其志弥坚。
正德七年（1512）三月，王守仁升为考功清吏司郎中。这“年，有穆孔晖，顾应祥、黄绾、应良、徐爱等20位学者及门受业。十二月，又升任南京太仆寺少卿，便道归省。当时徐爱亦升任南京工部员外郎，与守仁同舟归越省亲。途中，守仁为徐爱讲授《大学》宗旨，其讲授内容由徐爱记录整理为《传习录》首卷。其中强调“格物是诚意功夫，明善是修身功夫，穷理是尽性功夫，道问学是尊德性功夫，博文是约礼功夫，惟精是唯一功夫”等等，与朱熹的学说大相径庭。徐爱开初感到“骇愕不定”，“其后思之既久，不觉手舞足蹈”，崇信守仁之学为“孔门嫡传”，而视程朱之学为“傍蹊小径”。
正德九年（1514）四月，王守仁升任南京鸿肿寺卿，五月抵达南京就职。随后徐爱亦来到南都，同志日亲，时有黄宗明、薛侃、马明衡、陆澄等24人同聚师门，朝夕讲论，互相砥砺。有的学子好谈仙佛或喜放言高论，逐渐显出背离师教的倾向，以致形成一种空虚无实、故作脱落新奇之论的不良学风。王守仁针对这种情况予以纠正，他要求学子们认真攻读先儒经典，注重“省察克治实功”，加强“事上磨炼”，力求做到“存天理，去人欲”。
次年，御史杨典举荐王守仁改任国子监祭酒，不报。当时，王守仁的“知行合一”之说被看作朱学的“异端”，以“立异好奇”而遭到朱学势力的猛烈攻击。鉴于社会舆论压力太大，王守仁必须想法为自己学说找到儒学道统正传的依据。于是，他下了一番工夫认真翻检朱熹著作，结果发现朱熹晚年似乎流露出了“心学”倾向，认定“其晚岁固已大悟旧说之非，痛悔极艾。至以为自诳诳人之罪不可胜赎。世之所传《集注》、《或问》之类，乃其中年未定之说，自咎以为旧本之误，思改正而未及。而其诸《语类》之属，又其门人挟胜心以附己见，因于朱子平日之说犹有大相缨戾者”。为此，他特意选择朱熹语录和书信文字，编成《朱子晚年定论》一书刊行于世。王守仁这一举措本意是为了掩盖他对朱学的正面冲击，以便减少其传播“知行合一”说的阻力，但由于他选编时断章取义和考证失实，以致歪曲了朱熹学说的本来面目，因而激起了朱学势力更加猛烈的攻击。
正德十一年（1516），南赣（治今江西赣州市）、汀州（治今福建长河县）、漳州（治今福建漳州市）等地农民起义异常活跃，严重威胁着明王朝的封建政权。为了解除朝廷的忧患，尚书王琼特举王守仁升任都察院左金都御史，巡抚南赣、汀、漳各处，镇压当地农民起义。次年正月，王守仁抵达赣州，首先推行“十家牌法”。其法即编十家为一牌，开列各户籍贯、姓名、年貌、行业，每日轮流指流一家值班，挨门挨户按牌审查，一旦遇到面生可疑之人，立即报告官府予以追究处理。如果有隐瞒情况不报告官府者，则以十家连坐治罪。这样做，其用心在于切断人民群众与起义军的联系。同时，王守仁又选练民兵，加紧组织地方武装。他指令江西、福建、广东、湖广四省兵备官，在每县挑选骁勇绝群、胆力出众之士八九人或十余人，充当各部属弩手、打手、执快等，主要以守城防隘为事。二月，他率兵镇压了漳州农民起义军。五月立兵符，整顿地方军事编制，并奏设平和县，移访头巡检司。九月，王守仁改授提督南赣、汀、漳等处军务，给旗牌，得便宜行事。他四处发布抚谕贼巢公告，采用“攻心”战术瓦解了乐昌、龙川等地起义军队伍。十月，他又率兵镇压了横水、左溪、桶冈诸处农民起义军，随即奏设崇义县和茶寮隘上堡、铅厂、长龙三巡检司。王守仁在横水时，曾经寄书门人杨仕德说：“破山中贼易，破心中贼难。”因此，实行军事镇压的同时，他更注重社会教化，在各地兴办学校，加强封建伦理教育，麻痹人民群众的反抗意识。这就是施行他所谓“以正人心为本”的主张。
正德十三年（1518）正月，王守仁在江西开始发兵镇压三俐农民起义。当时，他又寄书门人薛侃，再次重申“破山中贼易，破心中贼难”的观点，并勉励弟子们“扫荡心腹之寇，以收廓清平定之功”，建立“大丈夫不世之伟绩”。三月，他率兵袭击了大帽、氵利头等地农民起义军。四月班师，告谕南赣所属各县，“兴立社学，延师教子，歌诗习礼”。六月，朝廷鉴于王守仁镇压农民起义有功，提升他为都察院右副都御史，荫子锦衣卫，世袭万户，再进副千户。七月，为纠正朱熹《大学章句》割裂支离之病，继刊行《朱子晚年定论》之后，又刻印《古本大学》流传于世。八月，门人薛侃在虔州（治今江西赣州市）刻印《传习录》成书，使王守仁学说得到广泛传播，在社会上引起了强烈反响。这表明王守仁的“知行合一”论有了很大发展，他已由对朱学的批判转向正式创建自己的“心学”思想体系。
八、专主“致良知”
正德十四年（1519）六月，福州三卫军人进贵等胁迫众兵士谋叛，王守仁奉敕侯前往勘处。他马不停蹄行至丰城，知县顾亻必当即报告宁王朱宸濠举兵造反一事。眼看形势紧急，王守仁当机立断，火速返回吉安。一方面，他督派知府伍文定等人，调集军粮，组织兵力，治好器械舟揖，准备起兵讨叛；另一方面，又传檄四方，暴露宸濠罪恶，号召列郡发兵勤工。同时，王守仁又上疏告变，并规谏武宗说：
陛下在位一十四年，屡经变乱，民心骚动，尚尔巡游不已，致使宗室谋动干戈。冀窃大宝，且今天下觊觎岂特一宁王？天下之奸雄，岂特在宗室？言念及此，凛骨寒心！……伏望皇上痛自克责，易辙改弦，罢黜奸谀，以回天下豪杰之心；绝迹巡游，以杜天下奸雄之望。定立国本，励精求治，则太平尚有可图，群臣不胜幸甚。
（王守仁《奏闻宸濠伪造檄榜疏》）
疏中言辞剀切，充分体现了王守仁洞察时势的政治远见和忧国忧君的忠贞情怀。
宁王朱宸濠素怀异志，而今在南昌反叛起事，兵出鄱阳，下九江，直趋安庆，窥伺留都南京。王守仁瞄准朱宸濠后方空虚之失，于六月二十二日发兵直取南昌。朱宸濠眼看大势不好，慌忙回军救援，可是已经来不及了。七月二十日，王守仁挥师攻克南昌。二十六日，与朱宸濠接战于鄱阳湖樵舍（在今南昌市东北），以火攻大败叛军。最后生擒了朱宸濠与“其世子、郡主、将军、仪宾及伪太师、国师、元帅、参赞、尚书、都督、都指挥、千百户等官”（王守仁《擒获宸濠捷音疏》），至二十七日完全结束战斗，平定了明王朝的一场内乱。
在王守仁平乱时期，明武宗朱厚照并没有听取他的规谏而“痛自克责”，相反却以平叛作为实现南巡计划的良机，化名朱寿，自封威武大将军，于八月二十八日发兵数万，南下“亲征”。王守仁献俘北上，对武宗此举具疏谏阻，认为江西经过战乱，继以旱灾，实在不堪王师骚扰。但是，武宗哪里肯听，仍旧一意孤行。而一些幸臣对王守仁擒获朱宸濠的功劳十分忌恨，又担心他揭发诸人与朱宸濠相互勾结、狼狈为奸的罪恶行径，于是编造流言，诬蔑守仁曾与宸濠通谋，因虑事不成才迫起兵。这帮幸臣还强令守仁在鄱阳湖地区释放朱宸濠，以便让武宗亲与交战，然后奏凯擒获，守仁坚执不从。武宗因受到幸臣张忠、许泰的挑唆，亦对王守仁极为不满，幸亏有提督军务的太监张永从中调护，才使王守仁得以忍让免祸。可是，他的弟子冀元亨却被张忠、许泰非法逮捕，重加炮烙毒刑，企图逼其诬陷守仁曾与宸濠私通谋反。冀元亨坚贞不屈，后被械系京师诏狱，直到后来世宗即位，才得以昭雪其冤。
王守仁平乱成功，非但没有大受封赏，却被张忠、许泰恣意追毁，差点难以自保。他只好忍气吞声，退避九华山中，每日默坐草庵，内心极度沉闷忧伤。其后，武宗召他返江西复命，令更上捷音。守仁行至上新河，被一帮幸臣谄阻而不得人见。他夜半静坐，见水波拍岸，汩汩有声，不禁想道：“以一身蒙谤，死即死耳，如老亲何？”又对门人说：“此时若有一孔可以窃父而逃，吾亦终身长往不悔矣！”亲身经历了宁王之乱和不幸遭受幸臣谄害，王守仁深刻体验到“良知”的意义和作用，从而启发他在一年以后正式提出了“致良知”的重要哲学命题。
正德十五年（1520）三月，王守仁因奉敕巡抚江西而返回南昌。一路上看到在天灾与战乱之后，到处田园荒芜，饿殍遍地，再加之王师掠扰，实在搞得民不聊生。目睹这种社会惨状，王守仁多次上疏请求宽恤赈济灾民，但武宗却置若罔闻。他满怀忠愤，又上疏直谏曰：“……今不免租税，不息诛求，而徒曰宽恤赈济，是夺其口中之食，而曰吾将疗汝之饥；刳其腹肾之内，而日吾将救汝之死，凡有血气者，皆将不信之矣。”其言辞激烈如此，幸好武宗虽不理睬，倒还没有治守仁之罪。
六月，王守仁前往赣州巡视，途中经过泰和时，少宰罗钦顺（著名理学家）以书问学。他认真作答，在回书中透辟地阐述了自己的“心学”思想，特别强调了“学贵得之心”、“天下无性外之理，无性外之物”等学术观点，公开表明王学与朱学的分歧和对立。
九月，王守仁又回到南昌。不久，泰州“狂士”王民穿着古式衣服，戴着古式帽子，手执一块木简，携带两首诗作为进见礼物，专程前来向王守仁求教。两诗内容主要是自叙经历，表明拜师求学、立志做“一等”圣人的心愿。王守仁一见王良仪表不俗，立即走下石阶去迎接。进入客厅便请上坐，然后问道：“何冠？”王民答道：“有虞氏冠”。又问：“何眼？”王良答道；“老莱子服。”又问：“学老莱子乎？”答曰：“然。”再问：“将止学眼其服，未学上堂诈跌、掩面啼哭也？”王良一听，肃然起敬，于是俯首倾耳等待守仁赐教。随即，守仁为他讲论“致知格物”的道理，使他忽然领悟地说：“吾人之学，饰情抗节矫诸外；先生之学，精深极微，得之心者也。”王良当即拜守仁为师，正式行弟子之礼。他原名银，守仁替他改为民，取字为汝止。王艮后来成为守仁的高足，他对阳明心学起了两方面的作用：一是使之在下层人民中得到广泛传播，二是使之渐失其传统，演变成为泰州学派。
王守仁在南昌讲学，内容有所更新，其时已经明确提出“良知”之说。四方学子慕名而至者为数甚多，一些遭受贬斥的官员亦纷纷投奔阳明，拜为弟子。陈九川、夏良胜、万潮、欧阳德、魏良弼、李遂、舒芬、裘衍、王