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对于“理”这一范畴，张载未曾深论，而客观唯心主义哲学体系的代表人物如二程，则以理为世界万物的本原，理在气先，“有理则有气”，“有理而后有象，有象而后有数”（《二程粹言》卷1）；朱熹又继承了二程的观点，说：“天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。是以人、物之生，必禀此理，然后有性；必禀此气，然后有形”（《朱文公文集·答黄道夫书》）。对程、朱的理一元论，王夫之针锋相对地指出：“理、气一也”（《周易外传·系辞下》），理、气为一物；而且，“有气斯有理”（《礼记章句》卷31），“理只在气上见，……凡气皆有理在”（《读四书大全说》卷5，《论语·子罕篇》），“气外更无虚托孤立之理也”（同上书卷10，《孟子·告子上》），认为气是第一性的，理是第二性的；气决定理，而不是理决定气；气之上绝不存在一个主宰着气的理。
《周易·系辞上》说：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”道和器是一对古老的哲学命题。它们之间，究竟是一种怎样的关系？集客观唯心主义哲学之大成的朱熹认为：形而上和形而下，即道和器，是“破作两片”、截然割裂的。这里所谓“道”，亦即理，就是规律、法则，“顺”则指有形有象、有情有状的具体事物；而道是“生物之本”，器不过是“生物之具”，道器的分别就是体用、本末、上下、虚实之分——“道器之间，分际甚明，不可乱也”（《文集·答黄道夫书》）。所以，在朱熹看来，道是第一性的，是物得以生成的根据、本原；道在器先，道本器末，道决定器。这种唯心主义的道器论在宋明理学中占居统治地位达数百年之久，从无异辞。对此，王夫之进行了全面而深刻的批判，廓清迷雾，就道与器之间的关系作出了唯物主义的总结。他在《周易外传》中说：“形而上者谓之道，形而下者谓之器，统之乎一形”，道和器乃是统一在“一形”之中的；“上下者，初无定界，从乎所拟议而施之谓也”，形而上与形而下之间也不存在一个凝固不变的分界，它们之间的区别本来并且始终都是相对的，是人们观察事物、思考问题时因角度不同“从乎拟议而施”的，因此，“上下无殊畛，而道、器无易体，明矣。”（卷5《系辞上》）王夫之还进一步指出：“天下唯器而已。道者，器之道；器者，不可谓道之器也”，由此推导出必然的结论：“无其器，则无其道”（同上）。器是体，道是用，器为本，道为末；规律是从属于事物的，却不能说事物是“规律的”事物，“洪荒无揖让之道，唐虞无吊伐之道，……未有弓矢而无射道，未有车马而无御道”，在证明“无其器则无其道”，“据器而道存，离器而道毁”（卷2），因此，“君子之道，尽夫器而已”（卷5）。这就是说，充塞天下的只有具体事物（器）、规律（道）就存在于具体事物之中，离开具体事物，也就无所谓“道”了；只要“尽夫器”，把具体事物认识研究透彻，“则道在其中”，就可以掌握规律。通过以上论述，王夫之大致理清了道和器之间的关系：天下唯器，器体道用，道不离器，道在器中。他的这一认识远远高于前辈及同时学者，代表了中国古代朴素唯物主义的最高水平。
王夫之所建立的哲学体系中包含着丰富的辩证法，他在一定的程度上做到了将朴素唯物主义与朴素辩证法相结合，从而将中国古代自老子以来的辩证法思想发展到一个新的高峰。比如，他认为物质是不生不灭的，“未尝成，亦不可毁”（《正蒙注·太和篇》，下引同），一车薪之火，一烈已尽，而为焰、为烟、为烬，木者仍归木，水者仍归水，土者仍归土，特希微而人不见尔”；所以，对于物质，只能“曰往来，曰屈伸，曰聚散，曰幽明，而不曰生灭”，“器”（物质）无所谓生，也无所谓灭，有的只是其存在形态的不同，即往来、屈伸、聚散、幽明等等变化；“生灭者，释氏之陋说也”，佛家的这种说法是讲不通的、难以服人的，如果有灭，灭到哪里去了？“太极浑沦之内，何处为其翕受消归之府”？有生，那么“太虚之内亦何从得此无尽之储，以终古趋于灭而不匮耶？”王夫之还认为，一切事物都是运动变化、生生不已的。他说：“动为造化之权舆”（《正蒙注·大易篇》，下引同），运动为事物之始，“不动则不生，由屈而伸，动之机为生之始”；而且，这种运动是绝对的，“夫天之生物，其化不息”（《尚书引义·大甲》），“若欲求其不动者以为泰，是终古而无一日也”（同上书《益稷》），静止则是相对的，而且，动与静对立统一，动静互涵，“静以居动，则动者不离乎静，动以动其静，则静者亦动而灵”（《正蒙注·大易篇》），“方动即静，方静旋动；静即合动，动不舍静”（《思问录外篇》）。所以，王夫之认为运动不外乎“动动”和“静动”两种形态，静是“静动”而非“不动”：“止而行之，动动也；行而止之，静亦动也，一也”（《正蒙注·太和篇》），由是而作出结论：“动静皆动”。可以毫不夸张地说，王夫之的有关论述及结论是中国古代动静观的最高理论思维成果。在王夫之的哲学体系中，宇宙也在不断发展变化。他说：“天地之化日新。今日之风雷非昨日之风雷，是以知今日之日月非昨日之日月也”（《思问录外篇》），修正了张载的“日月之形，万古不变”的说法；并且认为这种发展是“新故相推，日生不滞”（《尚书引义·太甲》），是“荣枯相代而弥见其新”（《正蒙注·大易篇》），从而得出变化日新、“世益降，物益备”的发展观；并且由此引申，如果不顺应这一发展规律，“守其故物而不能自新，虽其未消，亦槁而死”（《思问录外篇》），这其实也是对明末腐败政治的沉痛总结。
在哲学领域，王夫之还有许多观点都是富于创见的。他的《相宗络索》从唯识宗入手，对佛教唯心主义教义和虚无的人生态度进行了批判和彻底否定；他还对佛家的“能所”概念加以改造、阐发，辩证地论述了“能”（主观）、“所”（客观）间的关系，认为“因所以发能”、“能必副其所”，为中国古代认识论的发展作出了贡献。对老、庄学说，王夫之也有深刻的研究，“入其垒，袭其辎，暴其恃，而见其瑕”（《老子衍·序》），采取批判、改造的态度。在“知”和“行”的关系问题上，王夫之指出，朱熹的“知先行后”说是“先知以废行”，王守仁的“知行合一”说是“销行以归知”，击中了理学和心学的要害；他认为“行可兼知，而知不可兼行”，强调实践的重要性，明确提出“知也者，因以行为功”，这一极为高明而精采的见解是过去的知行学说所难以企及的。他还痛斥宋明道学家的“惩忿”、“窒欲”、“灭情”等扭曲人性、伦理异化的谬论，主张天理即在人欲中，“随处见人欲，即随处见天理”。这种思想对后人也产生了直接而深远的影响。
在经学方面，王夫之也别开生面，贡献超卓。其治经的主要特色是征实，他的儿子王放说：“府君自少喜从人间问四方事，至于江山险要、士马食货、典制沿革，皆极意研究；读史、读注疏，至于书志年表，考驳同异。人之所忽，必详慎搜间之，而更以见闻证之。”（《姜斋公行述》）夫之为学的严谨态度和求实精神，于此可见。
一部《周易》，数千年来众说纷坛，穿凿附会、纠结不清。王夫之的《周易稗疏》在很大程度上廓清了笼罩在《周易》上的重重迷雾，其“大旨不信陈抟之学，亦不信京房之术，于先天清图、纬书杂说，皆排之甚力，而亦不空谈玄妙附合老、庄之旨。故言必征实，事必切理，于近时说《易》诸家为最有根据”（《四库全书总目提要》，下引同），产生了巨大的影响。他的《书经稗疏》针对宋人苏轼《东坡书传》和蔡沈《书集传》中的空疏玄虚之说，一一加以订正，“驳苏轼《传》及蔡《传》之失，则大抵辞有根据，不同游谈；虽醇疵疵互见，而可取者较多焉”。《诗经稗疏》则考订草木鱼虫山川器服以及制度，“辨正名物训诂，以补《传》、《笺》诸说之遗，……皆确有依据，不为臆断”；《春秋稗疏》致力于地理的考索，在许多地方弥补订正了杜预的阙失……清同治间，曾国藩刻《船山遗书》，在《序》中说：“先生殁后，巨儒迭兴，或改良知捷获之说，或辨易图之凿，或详考名物、训诂音韵，正《诗集传》之疏，或修补三礼时享之仪，号为卓绝。先生皆已发之于前，与后贤若合符契”，可见王夫之博大精深的学术成就对有清一代学术界的深远影响。
船山史学的立足点，仍在经世致用，他说：“所贵乎史者，述往以为来者师也。为史者记载徒繁而经世之大略不著，后人欲得其得失之枢机以效法无由也，则恶用史为？”（《资治通鉴·光武（十）》）王夫之的史学思想，内容十分丰富，在《读四书大全说》、《尚书引义》、《春秋世论》以及上文曾征引的著述中随处可见其对历史的评说，而成书于晚年的《读通鉴论》31卷和《宋论》15卷，更是系统的史论巨著。在这些著作中，夫之运用唯物主义自然观和朴素辩证法思想观察和解释社会历史现象，显现出超越前人的理性主义光辉。
王夫之对传统的历史观进行了总结式的大清理。邹衍的“五德终始”说以“五行”解释历史，认为每个朝代都代表五行中的某一德，由于五行相胜，历史就按土、木、金、水、火的顺序，五德“相次转用事”，并不断循环往复。夫之对这一遗毒既广且深的谬说深恶痛绝，他抨击道：“五德者，邹行之邪说，以惑天下，而诬古帝王以征之，秦汉因而袭之。大抵皆方士之言，非君子之所齿也”（《读通鉴论》卷16），一针见血地揭破其蒙昧主义本质。董仲舒承袭邹行之说，略加改头换面，提出“三统循环”论，认为黑统、白统、赤统分别代表某一朝代的特性，历史就以三统依次嬗递的方式周而复始；朝代更迭，典章制度方面也要有相应的改变，即所谓“改正朔，易服色”，以顺天意。对此，王夫之指出：“历虽精，而行之数百年则必差；……若夫服色，则世益降、物益备，期于协民瞻视，天下安之而止矣”（卷19），比如自隋文帝定黄色为帝服之色，以后各代相沿不改，无非是因为黄色“明而不炫，韫而不幽”罢了，与所谓“天志”毫不相干，也不包含什么神秘的暗示。王夫之还力斥所谓“正统”论，否认“统”及“正统”的存在，他说：“天下之势，一离一合、一治一乱而已。离而合之，合者不继离也；乱而治之，治者不继乱也。明于治乱合离之各有时，则奚有于五德之相禅、则必取于一统之相承哉？”“有离，有绝，固无统也，而又何正不正邪？”（卷16）同时，王夫之认识到，人类社会发展的规律与自然界一样，也是“新故相资而新其故”（《周易外传》卷5《系辞上》）的，所以历史发展的总趋势是今胜于古，有力地批判了邵雍、朱熹的复古论调。
王夫之还建立了“势、理、天合一”的历史哲学体系。“势”即历史发展的趋势，“理”指这种趋势中蕴含的规律性，“天”就是物质世界的客观规律。在这一体系的规范下，夫之力图从人的精神动力背后去探求追索历史发展的深层次动因，然而，由于时代的局限，夫之没有、也不可能得到正确的答案，最终仍然陷入不可知论与神秘主义，把“造命”的希望寄托于“贤而秀”的后来者身上。
此外，王夫之的《永历实录》，可以说是永历王朝的“当代史”；《莲峰志》则是一部地方史，都有其不可多得的价值。
王夫之对中国古代的文艺理论也颇多建树。夫之自16岁时开始学习“韵学韵语，阅古今人所作诗不下万首”（《年谱》），一生从奔走国事到隐居著述，其间所感所怀发而为诗、词、文赋，留下了大量文学作品；尤其诗歌，大都出自肺腑胸臆，继承骚、雅传统，饱含浓厚的时代气息和现实精神，在清初的诗坛上有重要的地位。因之，夫之的诗歌理论是建立在丰富的创作实践和深刻的鉴赏体验的坚实基础上的。他认为，诗歌应以抒发�