且他还非常关心新中国的文化建设，多次致函毛泽东、周恩来、董必武等中央领导人，为新中国的文化建设出谋划策。1954年，因各种原因，熊十力渐感孤独，同时亦难耐北方冬天寒冷干燥的气候，遂于是年底移居上海。熊十力定居上海后，仍笔耕不辍，1956年完成了《原儒》一书的下卷，并将上下卷同时印刷出版。全书共33万余字，重点发掘了儒学中有价值的部分，并按照自己的理解，以“六经注我”的精神，重新阐释了儒学经典和儒学史。这一巨著是熊十力作为新儒家学者的又一重要成果，继此书之后，熊十力又以超凡的毅力和速度完成了《体用论》、《明心篇》、《乾坤衍》等著作的撰写，前后共8种，凡130万言，真可谓老骥伏枥、壮心不已！
然而，在狂飚数起的中国当代社会中，和绝大多数中国知识分子一样，熊十力亦不可能完全置身世外，埋头书斋。他的著作被当作“反动复古主义”而遭到批评，先前的老友和学生也多数被打倒、批判，其余的也发发自危。在左倾之风愈刮愈紧的日子里，熊十力愈来愈感到孤独和迷茫。他明显地衰老了，目光不再如以前那般炯炯有神，谈吐不再像以前那般潇洒自如，情绪也不再像以前那么热烈激昂了，他常独自一人端坐桌边，面前放上一叠白纸，手中握枝秃笔，神情专注，似有万千心事诉诸笔端，却又无从下笔，良久呆坐。唯与古圣先贤如孔子、王阳明、王船山等心仪神交，稍可慰藉。他对“左”的一套极为反感，却又无可奈何。在万般悲苦中，他曾作一联寄友人：“衰年心事如雪窖，姜斋千载是同参。”足可表达其晚年心境之凄谅！
左倾之风愈演愈烈，批斗运动亦步步升级，随之而来的就是那场旷古绝后的人间浩劫。1966年夏，当熊十力在《人民日报》上看到《横扫一切牛鬼蛇神》一文时，伤感至极，他痛彻地感到：不但他的书无法再写下去，更悲惨的是，连同他所承继的国学亦将濒于绝灭，国家民族将陷入苦难的深渊。家被抄了，人被批斗，人妖颠倒，是非不分，天昏地暗，万物萧杀。处此艰厄之境，他的精神再也无法承受而渐至错乱。他不断地给中央领导人写信，硬让家人寄出去，还经常写很多小纸条，甚至在裤子上，袜子上都写着对“文革”的抗议。他常常穿着一件褪了色的友布长衫，扣子全无，腰间胡乱地扎一根麻绳，独自一人到街上去或公园里，跌跌撞撞，双泪长流，口中念念有词“中国文化亡了！”“中国文化亡了！”然而，街市熙攘，人皆自危，没有人来理会他，也没有人对他口中所念有丝毫的惊异。于是，这位旷世奇哲和千千万万的文化人一样，被残酷地淹没在一个残忍地践踏文化的所谓“文化大革命”的浊流之中。
1968年5月23日，熊十力因患肺炎而心力衰竭，在上海虹口医院病逝，享年84岁。
二、自唯识历有空 悟大易返儒本
熊十力在其晚年所著《作用论》一书中，曾对自己一生的思想历程作过这样的概括：“余平生所学，本从大乘入手。清季，义和团事变后，中国文化崩溃之先兆已至，余深有感。少时参加革命，自度非事功才，遂欲专研中国哲学思想。汉学、宋学两途，余皆不契。求之‘六经’，则当时不能辨窜乱，屏传注，竟妄低‘六经’为拥护帝制之书。余乃趋向佛法一路，直从大乘有宗唯识论入手，未几舍有宗，深研空宗，投契甚深。久之，又不敢以观空之学为归宿，后乃近求诸己，忽悟于《大易》。”这段话大致勾勒出了熊氏自己一生思想的演进轨迹。
如果以20年代初初创“新唯识论”至60年代初出版《乾坤衍》为标志，熊十力的哲学思想大致经历了三个时期：一是改造佛学时期。约1923年至1937年，其思想特征是：在对佛家唯识论进行批判的过程中，试图通过改造唯识学来建构自己的佛教哲学体系。二是会通儒佛期，约1938年至1944年，其理论特征是：出入于佛儒之间，强调“儒佛同证”，主张“会通儒佛”，致力于通过融会儒佛来建构新学。三是归宗儒学时期，以1945年至去世前，其思想特征是：因“佛玄而诞，儒大而正”而弃佛归儒，以宏扬儒学为己任。主要致力于传统儒学的整理研究，并依自己的理解对传统儒学作全新的阐释，从而最终完成由佛向儒的转变。
熊十力早年为学，明显受到辛亥革命先驱章太炎的佛教哲学理论的影响。面对辛亥革命失败的沉痛教训，他同章太炎一样，幻想从以烦琐著称的唯识学中提炼出一套适合资产阶级需要的哲学。1918年，他曾自辑手札成《熊子真心书》，内中崇佛贬儒，认为佛学不仅哲理精微，而且可以使人摆脱小我之见和利欲之私，“儒者虽讳言利，而为利者易托焉。”但当时熊氏对佛学并无深入研究。1920年入南京支那内学院后，在欧阳大师的指导下，“追寻玄类窥基宣扬之业，从护法诸师上崇无著、世亲，悉其渊源，通其脉络”（《新唯识论》语体本序），开始系统研读唯识典籍。唯识宗烦琐的思辨，使他深得理论思维的训练；但佛教的出世思想却使他难以接受。于是，他对唯识宗由信而疑，并很快对护法等人的理论产生歧见，遂意欲另创新论，重树旨义。
1932年，熊十力改造佛家唯识理论著重要的成果《新唯识论》（文言文本）正式出版，这本屡易其稿，积熊氏十年之功的煌煌巨著，在学术界引起了极大反响，聚讼纷坛，毁誉参半，蔡元培称誉此书为二千年来研究佛学之第一著作，马一孚先生在序言中更是极尽赞誉之辞，称此书“将以昭宣本迹，统贯天人，囊括古今，平章华梵。……尔乃尽廓枝辞，独标悬解，破集聚名心之说，立翕辟成变之义，足使生；肇敛手而咨嗟，奘、基桥香而不下。拟诸往哲，其犹辅嗣之幽赞易道，龙树之弘阐中观。自吾所遇，世之谈者，未能或之先也。”而毁之者则说他“灭弃圣言，”“于唯识学全无知晓”，指责他在书中“杂引《易》、老庄、宋明儒之语，虽未显标为宗，迹其义趣，于彼尤近……盖杂取中土儒道两家之义，又旁采印度外道之谈，悬揣佛法，臆当亦尔，遂摭取唯识师义，用庄严其说，自如凿枘之不相人。”（刘衡如《破新唯识论》）综观熊氏这一时期的思想，一方面是对唯识旧义加以批判，另一方面则试图通过援儒入佛，吸收儒道的思想来改造、阐扬唯识要义，这与他40年代明确批判佛家的宗教出世思想，主张儒佛互补的理论有很大的区别。
就熊氏这一时期的思想而言，它与唯识宗的关系是既继承又改造的关系。就继承一面而言，在本体论方面，他接受了唯识宗的“万法唯识”的主观唯心主义思想，认为“识”或“本心”乃宇宙之本体、万化之根源。他在解释为何以《新唯识论》名书时说：“识者，心之异名。唯者，显其殊特。即万化之源，而名以本心，是最殊特。……新论究万殊而归一本，要在反之此心，是故以唯识彰名。”（《新唯识论》）这与窥基所论“识性识相，皆不离心。心所心王，以识为主。归心泯相，总言唯识”的思想是一脉相承的。在认识论上，他沿用了唯识宗“缘起性空”、“破执”、“二谛义”等论证方法，他在建构自己的认识论时，别性、量，分净、染的认识方法即源于此。就改造一面而言，他着力对唯识宗的本体论进行了破解。他从破斥佛教具有神秘主义色彩的理论基础“生死轮回说”入手，否定了佛教唯识论的理论核心——阿赖耶识。他认为“阿赖耶识”不过是唯识宗所反对的“外道”所说的“神我”之别称。他说：“佛家虽斥破外道之神我，但有宗所立赖耶，实有神我的意义。持说虽有不同，其以为吾人自有法尔因具的个体的生命，超脱形骸，无始无终者，则一也。或谓之神我，或谓之神识（耶识一名神识），奚有异哉？”他以为，“阿赖耶识”无非是对个体意识的夸张和神化，同“神我”论一样，不可避免地陷入变相的灵魂不灭论。因此，他对唯识宗的“种子说”大加批判，认为种子说的最大错误在于“划成种现二界”，是“陷于巨谬而不悟也。”这种“种”（本体界）、“现”（现象界）的二元对立，是割裂了二者的统一性，从而错误地把本体理解为隐藏在现象背后的抽象的精神实体，他认为唯识宗“把体和用截成两片。则所谓体者，已不成为用之体，它只是超脱于用之外而独有空洞的东西”，这是“根本不了解体和用的意义”，“不知道用之外是没有所谓体的”。
正是在对唯识宗的阿赖耶识和种子说的层层破斥基础上，熊氏建立了自己“体用不二”的本体论。他认为，本体与现象、本体与功用是不可能割裂成两片的，他常借用佛教中的“海水与波”、“海水与众沉”的比喻来说明体用之关系。在他看来，本体乃是生化流衍、周行不殆的，它无方无相、真常无待，如同大海水；就用而言，则如同生灭不定的“众汇”（水泡），大海水显现为众沤，不可于众沤外别觅大海水。而众沤又以大海水为本体，是大海水之显现，非众沤离开大海水而自成一体。在他的哲学体系中，本体即功用，亦即现象，那种“误计本体是超脱于现象界之上，或隐于现象界之背后而为现象作根源”的体用论，无异于“头上安头”，是根本错误的。
由“体用不二”论出发，熊氏建构了他的独具创意的“翕辟成变”的宇宙论。“翕辟”之说源于《周易》，但又不同于原义。“翕”是收敛、凝聚之意；“辟”是申张、发散之意。在熊氏哲学中，“翕”是指本体收敛、凝聚而成物质世界的趋势和功用；“辟”是指本体发散、刚健自胜而不肯物化的趋势和功用。翕辟二极没有先后之分，它们同时存在于实体之中，相反相成，浑一不二。实体正是依赖于一翕一辟之相反相成而流行不息的。“翕辟”即是“心物”，“翕即凝敛而成物，故于翕，直名为物；辟恒开发而不失其本体之健，故于辟，直名为心”（《体用论》）。“心”与“物”虽是本体的相互联系的两个方面，但却不是乎列的。辟包含着翕，而翕则从属于辟。翕是物，辟是心，此心既是“宇宙之心”，亦是“个体之心”，它犹如种子，深藏于万物之中，导引宇宙实体生化不已，周流不息，其由隐而显的过程即是宇宙发展不已的过程。
基于“体用不二”的本体论，“翕辟成变”的宇宙论，熊十力建构了他的“性量分殊”的认识论。在熊氏看来，人的认知能力可以概要地分为两种：一是性智，它是一种发自本心的认识能力，是本体的认识论根据。他说：“本心亦云性智，是吾人与万物所同具之本性。所谓真净圆觉，虚彻灵通，卓然而独存者也。”在他看来，“本心”既是宇宙的本体，又是认识的主体、性智就是本心自己对自己的认识，即“反求自识”，而没有主客之分，他说：“性智者。即是真的自己的觉悟，此中真的自己一词，即谓本体，……申言之，这个觉悟就是真的自己。离了这个觉悟，更无所谓真的自己，此具足圆满的明净的觉悟的真的自己，本来是独立无匹的。”他又说：“因为我人的生命，与宇宙的大生命原来不二。所以，我们凭着性智的自明自识才能实证本体，才自信真理不待外求，才自觉生活有无穷无尽的宝藏”。这里，性智表现为一种超越感性经验乃至理性思维的当下即是的顿悟和飞跃，是一种“心物浑融，能所不分，主客冥会，内外统一”的直觉境界，他认为，由性智获得的不是科学知识，而是哲学的体悟，这种哲学的体悟，破除了任何语言思辨、概念和推理的执着，而表现为在日常生活中，以一种动态的直接的透视体悟生动活泼的人的生命，这与儒家“反求诸己”、“内向自省”的思想是一致的。
二是量智。他说：“习心亦云量智。……量智，是思量和推度，或明辨事物之理则，及于所行所历、简择得失等等的作用故，故说名量智，亦名理智。”（《新论》）他认为，量智是从性智中异化出来的而又与性智相对立的一种认识能力，它以日常经验为基础，“缘一切日常经验而发展”，它以划分主客为前提，以客观事物为认识对象。通过量智获得的绝非真理性的认识，而是“妄见”。而之所以“妄”，原因就在于量智确以认识对象的客观实在性而背离了“本心”本体，他说：“极虚妄分别之能事，外驰而不反，是则谓之量智。故量智者，虽原本性智，而终自成为一种势用，迥异其本