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二子及门人被杀，使刘歆受到很大的震动，更重要的是，新朝建立以来社会危机的加深，使刘歆对曾经寄予厚望并为之奋斗的改制失去了信心二王莽的那些改制，不仅没有达到抑制土地兼并减轻百姓负担挽救地主阶级统治危机的目的，反而导致了更多的人民破产，造成了社会的混乱，尤其是其沉重的赋役、残酷的刑法以及对周围各族频频发动的战争，使人民处于水深火热之中，从而加剧了社会矛盾。从始建国三年（公元11年）起，各地农民起义就彼伏此起连续不断，到天风四年、五年（公元17、18年）终于形成以绿林、赤眉为主力的农民战争。刘歆利用王莽改制以安定社会的愿望成为泡影，加之王莽的不信任，于是思想消极，闭门自守，未再参与重大政治活动，也不见在此期间有什么学术著述。
对刘歆的第二次沉重打击在地皇二年（公元21年）。刘歆的女婿王临曾被王莽立为太子。王莽与妻之侍者原碧有奸，王临亦与之通，恐事情泄露，于是王临与原碧密谋杀死王莽。其妻刘忄音受家学，能观天象，对王临说，宫中将有白衣会，此为王莽败乱之兆。王临暗喜，以为阴谋将要成功。但不久，王临被贬为统义阳王，心中忧惧，就给病中的母亲写信，言“不知死命所在”。王莽探侯妻子的疾病，发现此信，在妻病死后，就抓了原碧等拷问，知王临有杀父之意，迫令王临自杀，赐谥谬王。进而牵连于刘囗，下诏责备说：“临本不知星，事从忄音起。”＇注＇刘忄音自杀，刘歆更加惶惶不可终日，且加深了对莽的仇恨。而朝野也皆知刘歆已不受信用，所以当王莽召问群臣擒“贼”方略时，公孙禄竟在朝廷上攻击“国师嘉信公颠倒《五经》，毁师法，令学士疑惑。…宜诛此数子以慰天下！”＇注＇
到地皇三年，人们普遍认识到王莽的垮台已势不可免，于是图谶又起。宛人李通以图谶说刘秀言：“刘氏复起，李氏为辅。”＇注＇穰人蔡少公也言图谶曰“刘秀当为天子。”＇注＇道士西门君惠根据天文谶记也向卫将军王涉说：“星李扫宫室，刘氏当复国，国师公姓名是也。”＇注＇就是说，当时在图谶家中普遍流传着“刘秀当为天子”的谶语。后来建了东汉的刘秀认为这是他将为王者受命的徵验。而与刘歆亲近的一些人则认为是刘歆将恢复汉室为天子的兆验，因为刘歆早在建平元年（公元前6年）为了避新继位的哀帝刘欣的名讳而改名刘秀，字颖叔。
这个谶言以复汉为号召，以刘秀为天子，极有号召力。于是两个刘秀就成了人们注视的目标。卫将军王涉和大司马董忠，都深信其谶，几次向刘歆讲天文星宿情况，刘歆没有表态。后来王涉哭着对刘歆说：“我实在是为了和你一起设法保全王氏之族，你为什么就不相信我王涉呢！”刘歆看王涉是真心诚意，于是将他引为知己，向他讲述天文人事，东方必成。刘歆、王涉、董忠于是共谋劫持王莽，投奔新市、平林起义军所立汉宗室更始皇帝刘玄。当时，董忠统领中军精兵，王涉负责宫廷守卫，刘歆之子伊休侯刘叠为侍中五官中郎将担任殿中警卫，如果三人同心协力，大事可成。可惜，刘歆过于迷信天意，非要等到太白星出现才肯动手。结果在地皇四年（公元23年）七月，被孙极、陈邯告发，董忠被中黄门格杀，刘歆、王涉皆自杀。刘歆等人精心策划的兵变竟毁于一旦，自己也终于丧失生命。刘歆、王涉等人的反叛对王莽的精神打击很大。王涉为王莽叔父王根之子，刘歆为其有几十年情谊的旧臣，这真是所谓“军师外破，大臣内叛，左右无所信”，从此王莽“忧懑不能食，亶饮酒，啖鳆鱼，读军书倦，因凭几寝，不复就枕矣。”＇注＇行动也更为乖辟。到十月，更始兵入长安，王莽就被分裂身体，支节肌骨脔分，其新朝政权也就在农民起义的凯歌声中宣告灭亡。
四、博学淹通 倡立古学
刘歆在经学史上的贡献首先是发现了一批晚出先秦经书，使之免于佚失。秦始皇焚书，使许多先秦古籍被禁毁。汉初，才陆续从民间传出。汉武帝独尊儒术，把一批用通行隶书写成的经（今文经）颁为官书，立博士。加上以前文帝、景帝和以后宣帝所立，《易》有施、孟、梁丘，《书》有欧阳、大小夏侯，《诗》有齐、鲁、韩，《礼》有大小戴、庆氏，《春秋》有公羊、谷梁，以至“百有余年，传业者寝盛，支叶蕃滋，一经说至百余万言，大师众至千余人，盖禄利之路然也。”＇注＇与今文经传授的兴盛相比，用先秦篆文写成的经书——古文经的流传却极为冷落，只在民间由经师传授，或者由发现者献上以后，一直藏于中秘府而无人问津。是刘向和刘歆父子在校理中秘藏书时发现了这些经书，使之得以为世人所知，从而为经学的研究增添了新的材料。这些经书中，有的文字与今文经有增有异，如《古文易经》比施、孟、梁丘之经增“无咎”“悔亡”等。有的篇章比今文经增多，如《古文尚书》为鲁恭王坏孔子宅于壁中得之，孔安国所献，共58篇46卷，比今文经多16篇，即使与今文同者，亦有比其全者，欧阳、大小夏侯之经文的《酒诰》有脱简一，《召诰》有脱简二，字异者七百有余，脱字数十。再如《逸礼》，亦为鲁恭王坏孔子宅时发现，总计56卷，其中与今文经同者17篇，其它39篇皆为逸篇，是关于仪礼的古文篇章。还有的全经为今文博士所未见，如《周官经》（即《周礼》），此书在文帝、武帝时陆续发现，仍缺《冬官》一篇，河间献王用千金求购，仍不得，遂取《考工记》以补其处，合成六篇，奏上。因为是讲周代官制的，故称《周官》，刘歆改称之为《周礼》。《春秋左氏传》，汉初为张苍所献，司马迁曾据之写《史记》中的有关篇章，河间献王曾在其封国立《左氏春秋》博士，但因为当时该书经、传别行，又由于武帝崇《公羊》之学，故《左传》不仅不能立于学官，且不为博士官所知。又有的虽与今文经无多异，但因传授师说不同而与今文经有别，如《毛诗》。《毛诗》出自赵人毛亨，其释诗兼诂、训、传三体，自谓系子夏所传，河间献王颇好之，以毛公传人毛苌为博士，但却不得立于学官。
这些经书的价值是很高的，但因不立学官，又无人表彰，故传授者极少，据《让太常博士书》所说，当时调查，民间只“有鲁国桓公、赵国贯公、胶东庸生之遗学与此同，抑而未施。”况且古文经都是用先秦篆文写成，一般学者阅读存在困难，即使读通了也无利禄可言，长期以往，将会日渐失传，“此乃有识者之所惜阂，士君子之所嗟痛也”。只是由于刘歆的倡导宣扬，才使这批古文经书为社会和士人广泛得知，遂转相传习不辍。尤其是《周礼》、《左传》、《毛诗》等终于传流至今，成为经学的重要文献，刘歆当初的发现和提倡之功是不可低估的。
这里有必要叙述古文《尚书》《周礼》《左传》的真伪问题。唐代中期以前，对这三部书尚毫无怀疑，汉代今文家只说刘歆“改乱旧章，非毁先帝所立”，并没有说这三部书不是真书，只是反对将其立于学官。唐初修《五经正义》，仍用以上三书。唐人啖助、赵匡始以为《左传》非左丘明所作＇注＇。宋人苏辙则认为《周礼》中“秦汉诸儒以意损益之者众矣。”＇注＇到了明代，梅囗则则揭发《古文尚书》及孔传为伪品＇注＇。清代学者在对古籍进行全面考辨的时候，更把注意力颇多集中于经书上。阎着璩的《古文尚书疏证》最终揭发出《古文尚书》为伪书。其后，丁晏作《尚书余论》，认为伪古文和伪孔传为三国王肃所伪造。这些意见，大体为学界所认同。但是必须指出，这里所谓的伪《古文尚书》并非刘歆所表彰者，而是魏末晋初才出现的，由王肃伪造的。刘歆所立的《古文尚书》并不伪，其中与今文相同的33篇，至今学者认定为先秦古籍，至于不同的那些篇章，也是真书，魏三体石经残石尚存《古文尚书》残字110多字可证。只是东晋南朝时因士人尚玄学而不重视经书，尤其不重视朴素的《尚书》，以至该书逐渐亡佚了。至于《周礼》，毛奇龄说：“《周礼》自非圣经，不特非周公所作，且并非孔孟以前之书。此与《仪礼》、《礼记》皆同时杂出于周、秦之间。”＇注＇方苞则历指《载师职》等某章句为刘歆所篡入＇注＇。但多为清儒所驳。还有《左传》，顾炎武、姚鼐均言非出一人之作，但为先秦作品。刘逢禄作《左氏春秋考证》倡言刘歆改《左氏春秋》为《春秋左氏传》。即将一部一般史书改编为解经之书，其中凡例、书法及比年依经缘饰之语为刘歆所增窜。到清末，康有为从廖平的《古学考》得到启发，著《新学伪经考》，说《周礼》、《逸礼》、《左传》、《毛诗》等皆刘歆窜乱伪撰，且言：《易》学为歆伪乱有三；《书》伏生壁中古文之事，其伪几十；《诗》、《毛诗》之伪凡十五；《周官经》六篇盖刘歆伪撰；《乐记》出于欲无疑；《国语》被刘歆一分为二，而成今之《国语》和《左氏传》＇注＇后来亦有学者如古史辨派及当代之徐仁甫先生继承其说。但是如果认真阅读康氏之书就会发现，他当时之所以写此书并不是真正为了辨伪，而是为了利用今文经学的旧形式来为其变法维新的政治主张制造舆论，事实上其中错谬百出，是说不上任何学术性的。现在看来，不仅《周官》不伪，《左传》更不伪，都是非常有价值的先秦古籍。难怪连当年力主刘歆遍伪群经的古史辨派首领顾颌刚先生晚年也说：“古史传说和西周史事的较原始史料仍以见于《左传》者为多，运用《左传》等记载才有可能把古史传说和西周史事考证清楚。”＇注＇怎么能说《左传》、《周礼》是伪书呢！
刘歆在经学史上的第二个贡献是开辟了以文字和历史解经的新方法。以董仲舒为代表的今文经学家是宗孔子的，他们以为六经皆为孔子所作，孔子是政治家，六经是孔子求天下治理的学说，所以他们解说经传偏重于微言大义，推阐发挥，其特色是功利的，往往容易因现实政治的需要而以己意附会经义，而不重视经文的本解。为此，他们传经的主要方式是口说师传，解经繁密驳杂，各有师说。这种方式解经时见精义，却不免沦入主观臆见之案。他们在六经中最为注重公羊学，就是因为《春秋》极为简略，他们尽可以随意发挥。他们解《尚书》《尧典》“曰若稽古”数字，竟用数万言来阐发。古文经是用先秦古文古言写成的，不通小学，就无法研读古文经。为了发扬古文经，刘歆等人重视训诂，不仅凭此以读经，且据古文的字体笔意以解经，所谓“《左氏传》多古字古言，学者传训故而已，”刘向、刘歆“父子俱好古，博见强志，过绝于人”，“博物洽闻，通达古今”。由于文字训诂的需要，刘歆重视作为经书辞典的《尔雅》，曾撰有《尔雅注》三卷。而所倡《毛诗》与齐、鲁、韩三家《诗》之根本不同也在于毛公释诗兼诂、训、传三体，其书故名《诂训传》，如《关睢》中“窈窕，幽闲也。淑，善。逑，匹也”之类，“关关，和声也”等等。这样解释《诗》使读者能明了诗之本义，比海阔天空的微言大义更易为学者接受，所以后来，三家《诗》亡而《毛诗》独存。以刘歆为代表的古文家是宗周公的，