作《乐经》立于学官＇注＇。元帝后、成帝母、王莽姑母王政君死，王莽诏扬雄作诔＇注＇以悼之。等等。但他的主要精力仍是学术研究。
这时扬雄的学术著作主要有《续史记》和《方言》。《论衡·须颂》：“司马子长记黄帝以至孝武，扬子云录宣帝以至哀平。”《史通·史官建置》亦载：“司马迁既没，后之续《史记》者，若褚先生、刘向、冯商、扬雄之徒，并以别职来知史务。”又见《古今正史篇》。雄著《法言》时，即对司马迁《史记》是非颇谬于圣人、六经表示不满，他续史记的工作当在作《法言》之后。王充又说扬雄《续史记》“录宣帝以至哀平”，其著作时间自然不能早于衷平。当在王莽之时。
《方言》全称是《囗轩使者绝代语释别国方言》，盖系因循周秦派遣囗轩使者调察各地风俗语言的掌故，如前所说，扬雄《方言》书稿，最初得力于蜀人严君平和林闾翁孺。扬雄至京师后，又坚持数十年亲自访求各地方言俗语，随时加以整理。其《答刘歆书》说：“故天下上计孝廉及内郡卫卒会者，雄常把三寸弱翰，资油素四尺，以问其异语，归即以铅摘次之于椠，27岁于今矣。”三寸弱翰即毛笔，四尺油素即油漆过的白绢记录本。扬雄常带着记录工具采访上计使者，记录各地方言，回家后再摘录下来。如此持续了27年，增增补补，一直没有定稿，也没有向外界公布。至王莽天凤三年（公元16年）刘歆编《七略》，向他牵取《方言》稿本，扬雄才在《答书》中才将搜集撰著此书的甘甘苦苦，曲曲折折，原原本本地披露出来＇注＇。《方言》是一部记录当时全国范围内各地语言资料的工具书，是当时活生生的语言资料。对促进语言语音的统一，消除当时社会交往中的语言障碍，为巩固祖国统一奠定语言基础，都具有重大意义。但是宋洪迈《容斋三笔》因《汉书·艺文志》没有著录，怀疑扬对本书的著作权。后来也有不少人争相附和。细审各项记录，这种怀疑是没有必要的。一则扬雄《答刘歆书》明确记录了本书的撰著经过，而且明确告诉我们在刘歆编录时尚未定搞，扬雄拒绝借阅，刘氏《七略》不曾著录。后来根据《七略》删削的《汉书·艺文志》不载此书，是十分可能的。况且东汉博学淹通的著名学者应劭已在《风俗通义序》曰：“周秦常以八月遣囗轩之使，求异代方言，还奏籍之，藏于秘室……扬雄好之，天下孝廉卫卒交会周章质问以次注续，二十七年尔乃治正，凡九千字。其所发明，犹未若《尔雅》之闳丽也。”与扬雄《答书》所载相合。东晋常璩《华阳国志》亦说扬雄认为“典莫正于《尔雅》，故作《方言》。”（卷十上）可见《方言》为扬雄之书，汉晋之间并无异说。何况《汉志》未录的西汉著作不在少数，我们正可借汉晋时期的其他材料加以补充，不能因不见于汉志就断为赝作。
此外旧史还载扬雄著《蜀王本记》，是关于古代蜀国的地方史。有人因《华阳国志·序志》称：司马相如、严君平、扬子云、阳城子玄与谯周等人“各集传记以作《本记》”，认为《蜀王本记》乃严君平、阳城子玄、谯周等人所作，司马、扬雄只因文名极盛而被人假托，二人并未作《蜀王本记》。不过，也许各家都曾作《蜀王本纪》，正如《方言》，严君平“才有数千言”，林闾翁孺“颇有其书”，至扬雄乃集其大成。诸家之书，前后相承，而书名相同。只是扬雄的《蜀王本记》，不知作于何时了。
扬雄晚年，本欲远离政治，却偏偏遇上一次政治危机，害得他差点丢了老命。王莽始建国三年（公元11年）刘歆之子刘囗制造符命，犯了王莽忌讳，被杀。审训时，凡涉及者，一概收斩，不用请示。因此牵连死者数百人。当时扬雄正校书天禄阁上，办案人员欲收捕扬雄。雄恐不免死于囹圄，从天禄阁上投下，几乎摔死。其原因只因刘囗“尝从雄学作奇字”，故受株连。多亏王莽发话，才饶了这个当年同僚的老命。刻薄的文士作歌曰：“惟寂寞，自投阁；爱清静，作符命。”袭用雄《解嘲》中语句，嘲讽他主观上希望远离政治、追求逍遥，客观上却难以摆脱现实的矛盾。
投阁事件发生时，扬雄已67岁，这无疑使这个垂暮老人深受创伤。事变后。扬雄曾“因病免”。不久“复召为大夫”，这可能是为了解决家境的极度贫困。传称雄“家素贫，嗜酒，人稀至其门，时有好事者载酒肴从学”。家道窘贫，晚年犹甚，门庭冷落，嗜酒无钱，只有靠向人传授古文字学，来换取几斗白酒。这就是一个正直知识分子不与统治者合作，不愿同流合污的下场。在一个没有是非公道的社会里，要保持清高的人格真是谈何容易！
雄晚年是在丧子、失意、贫窘中度过的，好在他收了一个好学生，即钜鹿侯芭。他在扬雄最困难的时候追随他，从他研习当时人们并不理解的《太玄》和《法言》，这是非常难能可贵的。王充《论衡·案书》称赞说：“当今未显，使在百世之后，则子政、子云之党也。韩非著书，李斯采以言事；扬子云作《太玄》，侯铺子随而宣之。非斯共世，云辅同朝，睹奇见益，不为古今变心易意。实事贪善，不为并肩以迹相轻，好奇无已，故奇名无穷。”侯铺子，即侯芭。天风五年扬雄在凄凉失意中死去，还是这位关门弟子负土作坟，并心丧三年，就像当年孔门弟子一样，尽了弟子之礼。扬雄的生前好友桓谭给他起祠茔，“平陵如子礼”。公卿们也派遣长子与郎吏一道送葬，凭悼这位一生老于郎吏的寂寞之人。＇注＇终年71岁。
六、博学通六艺 卓尔参圣人
扬雄继承了古代巴蜀文化中天文历法、艺文辞赋、阴阳占筮和黄老道术等传统文化，他既是天文学家、辞赋大家，又是精研易学的大师和清静无为的道学家。不过从思想体系上说，扬雄更是一位博学的儒者，与董仲舒、刘向一样。班固说：“董生下帷，发藻儒林；刘向司籍，辩章旧闻；扬雄覃思，《法言》《太玄》。皆及时君之门闺，究先圣之壶奥，婆娑乎艺术之场，休息乎篇籍之困，以全其质而发其文，用纳乎圣德，列炳于后人，斯非其亚？”（《汉书·叙传》）说他在理论上深究圣人之困奥，同时又有艺术修养，游戏于文字之间，是多才多艺的杰出人物。司马光更推尊说：“扬子直大儒邪！孔子既没，知圣人之道者，非扬子而谁？孟与荀殆不足拟，况其余乎？”（《说它》）认为他是孔子之后第一人，孟子、荀子都无法比拟。那么，他是怎样的一位大儒呢？
一是鄙薄诸子。独崇孔圣。汉代，虽然董仲舒已提出”罢黜百家，独尊儒术”，汉武帝举贤良，亦罢黜治申韩苏张之术者，但是终汉之世，本“霸王道杂之”，儒术虽行，但申韩不废；而黄老之术，尤其盛行。司马迁著《史记》，“是非颇谬于圣人”；汉武帝行聚敛，桑弘羊实为申商之学；更有自汉文之君、汉景之臣以来相传的黄老之言，长期流行，淮南、衡山所治即其大者，至扬雄之师严君平亦黄老之人。虽然在汉代诸子争鸣、毁弃大道的局面没有出现，但奇说异行，“是非”谬于圣人与六经者，亦时有发生。扬雄少年虽从君平研习黄老道学，但他更多地继承了自文翁在蜀郡立学弘扬儒术以来的传统，对孔子之学、圣人之书，十分倾心，“非圣哲之书不好也”。及其立说，亦以排斥诸子，发明圣道为职志。他说：“古者扬墨塞路，孟子辞而辟之，廓如也。后之塞路者有矣，窃自比于孟子。”（《法言·吾子》。下引此书只注篇名。）从前孟子辟扬墨，卫孔道，今天他也要效法孟子廓清异说，捍卫圣学。他的《法言》一书就是辟异说、阐孔学的专门著作。他说孔子是先秦诸子中最伟大的圣人，他的智慧“和同天人之际”（《问道》），他的著作、言行与天地齐一：“圣人之书、言、行，天也。”（《君子》）如果研习圣人之言就可远知万事，否则将于室内之治亦有所不知：“大哉！圣人言之至也，开之廓四海；闭之囗然不睹墙之里。”（《问道》）孔圣与诸子比较，那简直就像太阳月亮与列星繁宿一样：
视日月而知众星之蔑也，仰圣人而知众说之小也。
（《学行》）
自然，人欲学道就会孔圣莫属了：
委大圣而好诸子者，恶睹其识道也？山囗之蹊，不可胜由矣；向墙之户，不可胜入矣。曰：“恶由入？”曰：“孔氏。”（《吾子》）
不学大圣，而习诸子，那是不能认识大道的。必须循由孔氏，方可适于至道。那么怎才能循由孔氏呢？扬雄说，人在从其人，人死由其书：
或曰：“人各是其所是而非其所非，将谁使正之？”曰：“万物纷错则悬诸天，众言淆乱则折诸圣。”或曰：“恶睹乎圣而折诸？”曰：“在则人，亡则书。其统一也。”（同上）
孔子在世时，七十子就取则于夫子，现在孔子已没，就取则于他留下的书。此即五经。扬雄说孔子的五经是天下绝对真理的载体，是至道的渊薮：
惟五经为辩，说天者莫辩乎《易》，说事者莫辩乎《书》，说体（人伦准则）者莫辩乎《礼》，说志者莫辩乎《诗》，说理者莫辩乎《春秋》。舍斯，辩亦小矣。（《寡见》）
讲说天道、政事、人伦、情感、礼义诸道理的，没有比儒学五经更辩博的了，学者欲求至道，固舍此而莫由。
在尊经崇孔的同时，扬雄又对包括黄老在内的诸子展开了全面的批评：“庄扬荡而不法，墨晏俭而废礼，申韩险而无化，邹衍迂而不信。”（《五百》）不法、废礼、无化、不信，都各隅于一偏，不足以宣教治世。即或是曾被文景皇帝奉行和其师君平贵守的黄老也不无弊病：
老子之言道德，吾有取焉耳；及捶提仁义，绝灭礼
学，吾无取焉耳。（《问道》）
又说：
或曰：“庄周有取乎？”曰：“少欲。”“邹衍有取乎？”曰：“自持。至周罔君臣之义，行无知于天地之间，虽邻不觌也。”（同上）
老子言道德，庄子讲寡欲，都是其卓绝可取之处，但是他们鄙薄仁义、绝灭礼法、抛弃君臣大义，要超脱人世现实的一切义务和羁绊，就不是世间法了，是治世所不可取则的。桓谭说：“昔老聃著虚无之言两篇，薄仁义，非礼学，然后世好之者尚以为过于五经，自汉文景之君及司马迁皆有是言。”崇尚黄老，一直是西汉的传统，扬雄公开在著作中批评黄老之学，这在汉代著作中尚不多见。
另一方面扬雄对那种只追求世治，而忽略人性的残酷政治，也是深恶痛绝的。这主要表现在他对申韩之术的谴责上。
申韩之术，不仁之至矣！若何牛羊之用人也？若牛羊用人，则狐狸蝼囗不囗腊也与！（《问道》）
申韩之学片面追求社会的秩序，把人当成仅会说话的牲口（“牛羊用人”），而忽略了人的本性，真是不仁不义之至！如果为政者像使用牛羊一样用人，那必然死人太多，狐狸蝼囗就会过上饱吃人肉的盛宴了。此外，韩非死于说秦，其行不由礼义（《问明》）；公孙龙“诡辞数万”，其言虽辩，但不合”先王之道”（《吾子》）。诸子百家之所以不可取，主要在乎不由仁义、不率王道而巳。
二是摒弃迷信，纯洁儒学。雄既辟诸子、崇孔教，又对汉以来俗儒之学进行了批评。汉世之儒，董仲舒引阴阳五行入儒学，喜谈灾异，后来俗儒，溺于迷信，多谈机样。至西汉末年，遂行为谶记图纬之学。他们托言孔圣，假造逸经，整个学术界一派巫风鬼气。扬雄继承孔子“不语怪力乱神”的求实风格，对于汉世迷信化的儒学进行了批评：
或曰：“赵世多神，何也？”曰：“神怪茫茫，若存若亡，圣人曼云。”（《重黎》）
公开表示对鬼神的不相信。针对董仲舒以来的灾异之学，扬雄也持怀疑态度，认为：“圣人德之为事，异、（灾异）亚之。故常修德者本也，见异而修德者末也。”（孝圣）大力提倡儒学重德教，轻灾异的优良传统。这实际上也是对当时大儒刘向、谷永等人侈言灾异的一种规劝。
秦皇汉武虽皆英明一世，但却未能超脱生死，求仙事不死、劳民伤财。针对有人问长生之事，扬雄说长生“非人力所及”，求仙亦无益也：“吾闻伏羲神农没，黄帝尧舜殂落而死，文王毕，孔子鲁城之北，独子爱其死乎？非人力所及也。仙亦无益子之汇（类）矣！”（《君子》）�