曰：“变化运行在阴阳二气，故圣人初画八卦，设刚柔两画象二气也；布以三位象三才也；谓之为易，取变化之义。”其三，孔颖达指出《易》经的特征是抽象性和象征性：“易者象也；爻者效也。”象即像，即仿照；交即效，即效法。作《易》之圣人，“仰观俯察，象天地而育群品；云行而施，效四时以生万物。”简言之即效法天地及自然规律以生育众生，长养万物。其四，主“易兼三义”说。易的基本意义是运动变化。但这只是易义的一个方面。孔颖达从《易纬乾凿度》说，曰：“易一名而含三义，所谓易（简）也，交易也，不易也。”简易是说：天地无言，日月星辰布满天空，光明灿烂，并不繁冗，但在此“不烦不扰，淡泊不失”的背后，蕴藏着无限神机。此即自然规律的客观性和必然性。变易，指阴阳二气运行，阴阳作为无所不在而又对立统一的两种力量，实际是事物的矛盾性。天地变化，五行迭代，四时更替，乃至人世之进退荣辱，成败利钝，无一不是这一矛盾规律的具体表现。不易，指尊卑之位。天上地下，君南臣北，父坐子伏等等皆是。其实，这些对等的地位关系终究是有变化的，不变是暂时的，所谓不易实际是运动过程中一定时期内的相对稳定性。“易兼三义”实际包含了矛盾运动的规律性（易简）和运动形式（绝对的运动和相对的静止），这是合乎辩证运动观的。其五，易包有无。针对儒家崇有、老庄贵无的分歧，孔颖达采纳王弼的方法，援道入儒，提出“易兼有无”的命题。他说易之三义都是就“有”来说的，易简、交易、不易，都是有形事物的运动形式。“然有生于无”，易理中兼有“无”。因此《乾凿度》说：“有形生于无形，则乾坤安从而生？故有太易，有太初，有太始，有太素。”太易是看不见的气；太初是气体的开始；太始是形体的开始；太素是品质的开始。气、形、质未分之时即“浑沌”，浑沌的特征是“视之不见，听之不闻，循之不得”，这就是玄妙无比不可捉摸的“太易”，这就是道家之“无”。可见易理中蕴含有“无”的意义。为何《易经》不讲“无”，专就有形而言呢？孔颖达认为那是因为圣人作《易》意在垂教，垂教当以具体为法，不然人们就无所适从。这就是《系辞》所谓：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”道即无，器即有。其六，易道广大，理备三才。孔颖达为了神化《易经》，认为易道广大，无所不包。《易》乃圣人法天则地而作，故有天地之理；作《易》是为了垂教，故有人伦之理和王道之理：“《易》者所以继天地，理人伦，而明王道。”不仅有修齐治平（诸如“正君臣、父子、夫妇之义”）的大经大法，以存纲纪；而且还有“度时制宜，作为网罟，以佃以渔”等具体利民措施，“以赡民用”。只要遵循易理，就能使阴阳有序，百物和顺，社会安定，群生和洽，国祚就能传之无穷。其七，易历三古，人更三圣。在《周易》作者这个聚讼颇多的问题上，孔颖达综合诸家，作了总结性结论。他采用《汉书》“人更三圣，世历三古”的说法，认为“伏羲制卦，文王系辞，孔子作十翼。”《系辞》说：“河出图，洛出书，圣人则之。”“圣人”即伏羲。伏羲得河图，仰观天文，俯察地理，画为八卦，“万物之象皆在其中”，故《系辞》曰：“八卦成列，象在其中矣。”八卦虽具万物之象，但未尽万物变通之理，故圣人再“因而重之”，将八卦重为六十四卦，于是变化之理仙然明备。《系辞》说：“因而重之，爻（变）在其中矣。”《系辞》又说：“易之兴也，其于中古乎？作易者其有忧患乎？”谁有忧患呢？《史记》说了：“文王因而演易”，这就是“作易者有忧患”者也。具体说即是文工作卦辞。有人说交辞也是文王所作，但是历考其中许多文王身后之事，孔颖达认为交辞为周公所作。《左传》载，韩宣子观书太史，“见《易象》与《鲁春秋》，曰：‘周礼尽在鲁矣！吾乃今知周公之德与周之所以王。’”观《易》象而知周公之德，是必《周易》与周公有关，故定爻辞为周公所作。至于“十翼”，则为孔子所作。作《易》者，实有四位，而称“三圣”者，因周公为文王之子，兼于父子，故曰三圣。孔颖达一言论定，遂成千古公论。
其论《尚书》也颇为典实。首先，认为《书》是先王史料，并不神秘：“《书》者，人君辞诰之典，右史记言之策。”全是些往古帝王的诰命和史官的记录，无非历史文献资料。认为尚书就是以先王言行来垂教后世。他说，《尚书》之中，内容多样，涉及面广，有的是帝王设为教令来统驭群下；有的是臣下敷陈礼乐以规谏君王。有时又宣明威令以严肃政纪，有时则布列和顺来调和风雨……其间不乏垂范作用。运用得当就百事大吉，倘若失之毫厘就会差之千里。真象枢机关键，不可等闲视之。他还论述了《书》的文体，认为书有典、谟、训、诰、誓五体，皆各有源起：典漠起于尧舜，誓诰始自汤武：“勋华揖让而典漠起，汤武革命而誓诰兴。”嘉言懿行，其来远矣！至于《书》的编者，孔颖达承袭司马迁之说，定为孔子。他说孔子生于衰周，有崇高的德行却无适当的地位，道之不行，遂讲求圣人之道以教化人心，取档案资料，删繁就简，去粗取精，编为《书经》。时限上“上断尧舜，下终秦鲁，时历五代，书总百篇”；内容上，都是先王“前言往行足以垂法将来”者。但是，在《尚书》问题上，孔颖达却犯了采用伪孔传的错误，历来颇受非议。《尚书》的流传，最多纠葛。相传孔子删书百篇，秦焚书，《尚书》散佚。汉兴，济南伏生凭记忆传授，仅得29篇。当时以汉隶写录，史称《今文尚书》。西汉流行欧阳、大小夏侯之学，都是今文。景武之时，鲁恭王坏孔子宅，得孔氏壁藏古经，其中有《尚书》，用战国古文写成。孔安国以今文校读，多出16篇，是为《古文尚书》。当时只藏于禁中，民间并无传授，孔安国是否给它作传也很难说。由于知之者稀，汉成帝时，张霸竟伪造《古文尚书》102篇，号称“百两篇”。王莽兴古文，立有《古文尚书》博士。东汉颇有传人，但都只传其中与今文相同的29篇。马融、郑玄所作《书注》，也限于此。其余16篇称《逸书》，因无传授，渐渐失传。直到东晋，梅赜献出号称孔安国作传的《古文尚书》，共59篇。经后人考定，其经文有33篇系分析今文29篇而成；另外25篇系摭拾旧文，杂糅而成。又搜罗古训，配以传注，托为孔安国所作。只要考察一下《尚书》流传情况，其作伪之迹就不难发现。特别是传文有很多作伪的蛛丝马迹，出现很多孔安国身后的地名，有些注解甚至与孔注《论语》相左，如此之类，只要稍加考订便可立知其伪。可是孔颖达根本没怀疑过它，反而称赞“其辞富而备，其义弘而雅，复而不厌，久而愈亮（《尚书正义序》），有跨郑愈马，独步天下之优势！将自己素所研习的郑玄注《尚书》束之高阁，尽弃前学而学焉。舍真从赝，实在难辞“朱紫不别”之责！但是，这不是孔颖达一人的过错，当时整个时代风气即是如此。西晋末年以来，神州板荡，文雅无存。永嘉之乱，书缺简脱，先师旧说，更是荡然无存。今文三家《书》亡，学者唯传郑注《尚书》，马融、王肃之学，存而不传。梅赜趁典籍极衰之时，献《古文尚书》，其篇章多于现行各《书》，注解又托于安国，于时最古；加之释义亦是精心撰就，不乏精义，且多与马、王之说相合。比于郑氏书注，真是别开生面，十分喜人。而当时南朝诸儒，多尚玄谈而少实学，无异骗子遇上愚人，自然赝品得售，其货大行了。北朝土人素慕江南衣冠文物，南人所举，北人斯趋，即使博学如“二刘”、深湛若陆德明的人，也莫不歙然趋风，毫不怀疑。“二刘”是北朝最早研习伪《古文尚书》的人，是受南学影响；陆德明自隋入隋，所撰《经典释文》，《书经》即以伪古文为本，本为南学。孔颖达先学郑氏《尚书》，后从刘悼治孔氏古文，就是受这种时代风尚的毒害。在整个社会都崇信伪古文的情况下，孔颖达受其影响就十分自然了。不仅孔颖达相信伪古文，他的《五经正义》编撰班子也相信；不仅《正义》班子相信，自孔颖达至北宋，也无人敢怀疑伪孔传。直到南宋朱熹，才因古文诸篇文字反比今文文从字顺而怀疑它。至明人梅囗、清人阎若璩详加考定，伪古文作伪之迹才最终大白于天下。因此，孔颖达用伪古文不仅仅是他一人的固陋，而是整个时代风气使然，不可厚非。但是他采用伪古文作为官颁经典，今天伪孔《尚书》仍以十三经之一的形式保存于《十三经注疏》之中，使赝品披上合法的外衣欺愚众人，起了很坏的作用。
其论《诗经》，曰：“诗者，论功颂德之歌，止僻防邪之训。”（《毛诗正义序》，下同）不外乎歌功颂德、劝人从善之行吟。这些长吟短唱，作之者虽然是自我感情流露，但却有益于生灵教化。对于统治者来说，《诗》还可以观为政之得失：“若政遇醇和，则欢娱被于朝野；时当惨黩，亦怨刺形于咏歌。作之者所以畅怀舒愤，闻之者足以塞违从正。”诗歌是作者情感的流露，是社会的风标，是政治的雨晴表，观乎诗即知其喜怒哀乐，治乱兴衰。所以诗歌不仅仅是一种艺术，一种小技，诗歌一样可以用于教化，眼务于政治，故圣人于六艺之中，要设诗教。关于诗歌的起源，孔颖达提出性情说。古语有“诗言志”，孔颖达认为诗歌起原于性情，情有所动，声发乎外，其韵律合乎一定的节奏韵律，这就是诗。由于诗是有感于天地万物之情而生，诗出之自然，一经产生，诗就有强烈的反作用，故能“感天地、动鬼神”，更能讽励人伦，敦厚风俗。他认为诗理产生很古，因为性情古已有之，甚至远至人类之前。如燕雀啁噍，有烦碎忧苦之情；鸾凤展翅，有翩翩起舞之容。可见《诗》理是在开天辟地之初，动植分化之始就已具备了的。不过有形的诗歌却有其诞生的历史过程。他于是又提出世运产生诗歌之说。认为上古帝王政务质实，一切从简，无须讽谕；中古政务繁剧，有失有成，于是有沤歌的迫切需要。唐虞之时，有诗的萌芽，而黄帝之世，却不见诗迹。其后时运每降，凡经三代，故诗逾三千。诗之根本在性情，而诗之产生则在时政。今本《诗经》就是孔子从三千古诗之中，“厘正遗文，得其精华”，选编而成的。
关于礼，他说：“礼者，经天纬地，本之则大一之初，原始要终，体之乃人情之欲。”（《礼记正义序》，下同）认为礼的终极根源是宇宙精神（太一），其直接依据则是人的情欲，具有宇宙法则的必然性和人情需要的必要性，既神圣又重要。他说：人有喜怒哀乐之志，动静好恶之心，修养好的可以克服欲望的冲动有所不为，而修养差的就会受贪欲的驱使而无所不为了。因此“古先圣人鉴其若此，欲保之以正直，纳之德义……故乃上法国象（天），下参方载（地），导之以德，齐之以礼”。可见礼的设置完全是善意的，意欲克服人性粗野的一面，发扬其良善的一面，是维持社会安定、人群和谐的设施。礼之于人，犹堤防之于洪水，缰绳之于烈马，是一种防范和驯化措施。孔颖达还进一步从自然界的秩序性和动物的嗜欲现象中，找到了礼义精神的客观依据，论证礼的产生渊源悠远。他说：“物生则自然而有尊卑，若羊羔跪乳，鸿雁飞有行列，岂由教之者哉！”尊卑秩序是生物的本性，而事物生来就有秩序，“三才既判，尊卑自然而有”。可见，礼有其客观必然性。那么儒家所研习的礼又产生于何时呢？他说礼的产生有一个发展过程：“播黍则大享（礼）之滥觞，土鼓（乐）乃云门（舞）之拳石（基础），冠冕饰于轩（黄帝）初，玉帛朝于虞（舜）始；夏商革命，损益可知；文武重光，典章斯备。泪乎旦姬（周公），负囗临朝，述曲礼以节威仪，制周礼而经邦国。”据《礼记》所载，燔黍、土鼓都是神农时代的礼乐。神农与黄帝、尧舜都是上古军事民主制时期首领，属于氏族社会。孔颖达把中国传统礼乐远溯于原始社会，这是合乎民俗学研究结果的。他考察了五礼产生过程，说尊卑之礼起于遂皇，嫁娶嘉礼始于伏羲，祭礼吉礼起于神农，至黄帝，吉凶军宾嘉五礼备，然而形成制度，定为典则，则在周公辅成之时矣。虽然一鳞半爪未免牵强，但说礼制�