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嘉靖四十年四月，倭寇数千人大举焚掠台州的桃渚、圻头。戚继光闻讯率部急趋宁海，扼住桃渚之敌，在龙山大败倭寇，追击至雁门岭。倭寇狼狈逃走，途中侦知戚家军大多开往前方，台州空虚，遂偷袭台州。戚继光回军与战，手斩其魁，将敌残余追至瓜陵江全部歼灭。进犯桃渚的倭寇刚被消灭，圻头之倭又来进犯台州。戚继光乘敌未至，率领精兵1500人迎头痛击。倭寇败退大田，坚壁不出，乘大雨逃往仙居。戚继光率军先行抵达仙居，设伏截击。倭寇大败，死伤甚众，少部分逃奔白水洋，匿百姓家。居民痛恨至极，纵火攻倭，全被歼灭。戚继光先后九战九捷，俘敌一千有余，焚溺死者无数。此后，总兵官卢镗、参将牛天锡又在宁波、温州一带大败倭寇，浙东的倭寇遂告平定。
台州大捷后，戚继光以军功升都指挥使，肩负起更加重大的海防责任。他又增募义乌民兵2000人，使戚家军精锐部队达到6000余人。嘉靖四十一年，福建成为倭患的中心，自温州而来的倭寇，会合福宁、连江之倭，攻陷寿宁、政和、宁德；自广东南澳转来的倭寇，与福清、长乐之倭相会，攻陷玄钟所，延及龙岩、大田、古田、莆田。倭寇还在横屿岛扎下大营。福建的明军面对日益猖獗的倭寇束手无策，连连向朝廷告急。明廷决定以浙援闽，胡宗宪檄调戚继光入闽剿倭。同年七月，戚继光率所部精卒6000人由温州航行至平阳，斩荆棘，冒毒雾，陆行300里间道入闽。针对倭寇扎营于横屿、牛田、兴化三地，互为声援的特点，戚继光决定先破倭寇大本营横屿，乘胜攻牛田，最后灭兴化。横屿四面临海，离岸10里，潮来成海，潮退成泥，陆军跋涉进攻，极感困难。若调海船来攻，又时有搁浅之患。戚继光令军士负草填泥，匍匐前进。倭寇未料到戚家军涉海作战，仓促应战，一败涂地。戚家军连克要隘，捣破寇巢，斩倭首2600余级，乘胜南进至福清，人民夹道欢迎。戚继光扬言我兵远来，须养锐待时而动，非朝暮可计。倭寇侦知，遂不防备。哪知戚继光当夜便亲自率军奇袭牛田倭巢，倭寇被焚杀殆尽，剩下的逃窜到兴化。戚家军稍事休整，即连夜追歼兴化的倭寇，夜四鼓抵贼栅，连克60营，斩倭1000余人，焚溺死者数千。第二天黎明，兴化人方知倭寇已被彻底消灭。居民扶老携幼，备彩帐郊迎十余里，道路充塞，杀牛载酒犒迎戚家军入城。福建倭寇基本肃清，戚继光班师回浙。但不久，又有大批新倭来到福建。嘉靖四十一年十一月，倭寇又陷兴化，占据莆田县东90里的平海卫为巢穴。明廷为了解决福建的倭患，调抗倭名将俞大猷为福建总兵官，升戚继光为副总兵，驰赴福建救援。嘉靖四十二年四月，戚继光率军赶到。福建巡抚谭纶调各路援军攻平海卫，戚继光担任中军，俞大猷任左翼，广东总兵刘显为右翼。在战斗中，戚家军奋勇冲杀，首登敌垒，阵斩倭寇2200余人，救还所掳男女3000余口。戚继光因功升都督同知，世荫千户，并代俞大猷为总兵官。平海卫既克，兴化随即收复。盘踞闽北府和寿宁诸县的倭寇，本想南下与平海卫之倭会合，至此只好逃窜。戚继光率军北上追击，在连江的马鼻、宁德的肖石岭围歼倭寇，斩杀1600余，倭寇焚溺死者万余。明廷大喜。这年冬，倭寇余党又纠合新倭1万多人围攻仙游。第二年春，戚继光率军相继败倭于仙游城下、同安王仓坪、漳浦蔡丕岭等地，斩获甚多，余倭掠渔船出海逃去。至此，福建倭寇亦被戚家军全部肃清。
葡萄牙侵占澳门
公元15、16世纪之际，随着新航路的发现，欧洲一些处在资本原始积累时期的资本主义国家，纷纷进行海外掠夺和殖民扩张。葡萄牙、西班牙、荷兰等早期殖民国家相继来到东方，抢占殖民地，并把矛头对准了中国。明武宗正德六年（公元1511年），葡萄牙殖民者侵入满剌加（马六甲），逐走了国王，阻断了中国与南洋各国的交往与贸易。接着，葡萄牙殖民者以满剌加为基地，进一步侵略中国。
正德十一年（公元1516年）葡萄牙马六甲总督佐治派裴来斯特罗来到中国。次年，葡萄牙又派皮来资以国王名义充任大使和安特拉德率舰队来中国屯门岛，想进入广东，遭到中国地方政府的拒绝。葡萄牙舰队就强行驶入内河，开向广州，沿途鸣铳放炮，声震城野，气焰十分嚣张。皮来资到达广州后，即要求到京师去见明朝皇帝。广东的地方官员，以其国素不列于王会，留其使报闻明廷。明政府命令广东地方官赐方物遣归。但葡萄牙殖民者却赖着不走，后来买通镇守太监，始允许进京。
当皮来资及其翻译火者亚三前往北京时，留在广东的葡萄牙殖民者就开始进行抢掠活动。他们强占广东东莞县的屯门岛，所到之处剽劫行旅，掠夺子女玉帛，筑室立寨，无恶不作，完全暴露出一副海盗嘴脸。不久，满剌加的求援信送到北京，明朝政府才知道满剌加已为葡萄牙侵占，再看他们在广东的强盗行径，认为听其往来贸易，势必争斗杀伤，加剧南方之祸，决定拒绝来往。其时明武宗朱厚煦已死，明世宗朱厚即位。明朝政府遂于嘉靖元年（1552年）杀了火者亚三，并把在广东的葡萄牙殖民者驱逐出境。
葡萄牙殖民者妄图用武力夺回侵略据点屯门岛，又在第二年寇掠广东新会县，结果被明朝指挥柯荣、百户王应恩打得大败，明军夺获其战船两艘及大量火炮军械，并把火炮称为佛郎机。葡萄牙殖民者在广东被爱国军民驱走后，还不甘心失败，又转向浙江、福建沿海地区。嘉靖十九年前后，他们又乘倭寇抢掠沿海之机，勾结中国海盗李光头、许栋及倭寇，在宁波的双屿建立据点，进行武装走私和抢掠活动。嘉靖二十七年，明副都御史朱纨派都指挥卢镗、副使魏一恭率兵攻打双屿，把殖民者全部驱逐出境，并烧毁他们所建的营房，用木石筑塞港口。被赶跑的葡萄牙殖民者又窜到福建泉州府的浯屿（金门岛），会合原来在那里的倭寇，继续进行走私贸易和海盗活动，不断地骚扰漳、泉等地，给福建沿海地区人民的生命和财产带来巨大的损失。
嘉靖二十八年，朱纨和福建巡海道副使柯乔合兵进攻浯屿，葡萄牙侵略者乘战船逃向诏安，朱纨和柯乔率领明军在走马溪堵截。广大爱国军民奋勇冲杀，使得葡萄牙殖民者的精良武器发挥不了作用，大铳不及点火，就或死或俘。这次战役沉重打击了外国殖民者的气焰，长期勾结葡萄牙殖民者的中国奸商、海盗头目李光头等96人，也在战斗中被擒获处死。殖民者在广东、浙江、福建沿海岛屿建立的侵略据点，先后都被拔除。但是，葡萄牙殖民者仍不罢休。他们在武装强占中国沿海领土的阴谋无法得逞的情况下，又采用卑鄙的贿赂手段来实现其侵占澳门的目的。原先，明朝政府为管理对外贸易，在广州设有市舶司，管辖东南亚地区暹罗、占城、爪哇、琉球、浡泥诸国的互市。正德时，市舶司曾移到高州的电白县。嘉靖十四年，葡萄牙侵略者买通明朝指挥黄庆，把市舶司迁移到壕境（澳门），乘机混入，准备阴谋占据澳门。到嘉靖三十二年，葡萄牙殖民者谎称商船遇到风暴，愿借澳门曝晒货物，并向明朝海运副使汪柏行贿，出租金，进而上岸定居。
嘉靖三十六年，葡萄牙殖民者得寸进尺，竟在澳门私自扩充居地，建筑炮台，设官管理，强行租占。这样，由于明朝政府吏治腐败，个别官吏的受贿卖国行为，使中国的神圣领土澳门被葡萄牙殖民者长期租占窃据。但澳门的领土主权永远属于中国。万历时，明朝政府一直行使主权，派官吏管理澳门，每年向葡萄牙殖民者征收地租税金。到20世纪末，我国政府在1997年收回香港之后，于1999年12月20日收回澳门。
清官海瑞
海瑞（1514—1587年），字汝贤，号刚峰，广东琼山（今属海南）县人。4岁丧父，28岁成秀才，37岁中举人，此后两试春官不第，遂出仕做了福建延平府南平县（今南平市）教谕。
他教导生员，谨守礼法，身体力行。但在实际生活中，礼法早已成为一纸空文，人们屈从的是长官意志。有一回，延平府的府官到南平县学视察，海瑞领两名训导到明伦堂谒见。两名训导见了府官，立即左右跪下叩拜，惟独海瑞当中挺立，只是拱手施礼问候。府官见左右低中间高的样子，就像一个山字笔架，很不愉快，作脸变色说：“哪来的山字笔架竖在这里！”海瑞冷静地说：“府官大人应该懂得，这里是为国家培养士人的地方，应该保持师长的尊严。您难道忘记了会典中的有关规定！若是到贵府求见，当另有礼节。请大人不必生气，还是善自尊重为好。”府官听了，只得忍气吞声。从此，海瑞便得了一个“笔架博士”的雅号。
海瑞做了四年教谕，嘉靖三十七年（1558年）45岁时，升任浙江严州府淳安县知县。
海瑞到任后，微服私访，目睹了人民的疾苦，感叹说：“天下事都被秀才官作坏了。岂只是不才，而且贪残刻削，充饱私囊。即使是自爱者也不免做八面玲珑的乡愿，穷竭民脂民膏，博交延誉。”他决心以自己的行动矫正这种风气。
当时的浙江总督胡宗宪，兼负防御倭寇的职责，居官风厉，境内官民无不凛然畏惧。一次，他的儿子道经淳安，随带大批从员和行李，作威作福，对驿站的款待横加挑剔，并凌辱驿丞。海瑞将胡公子逮捕起来，并且没收他携带的大量现银，然后押送总督衙门，禀告说：“这个胡公子必系假冒，因为总督大人节望清高，不可能有这样的不肖之子，也不可能有这么多的金银财物。”
胡宗宪毕竟识大体，没与海瑞计较。
公元1559年初，海瑞被任命为江南巡抚。这里是明朝经济最为发达的地区，是朝廷的财赋重地，当然也是地方豪强势力最为猖獗的地方，素来号称难治。而任命一位举人出身的文官来担任此地的巡抚，从明中叶以来，实属罕见的事情。以海瑞的性格、修养与声望而论，在此显要位置上必有惊世骇俗之举。
海瑞一到任，那些贪污受贿的官吏，便自动解职而去。横行乡里的豪强，也都收敛起来，有的甚至逃往外省躲避。缙绅之家连夜把朱红大门改漆黑色，以免炫人眼目而求韬光养晦。驻在苏州的监造宦官，把他的轿夫由8人减为4人。举凡这些琐事，都说明了新任巡抚令人震慑的威势。
海瑞为人清廉刚正，满怀忠君爱民的热忱，希望在二三个月内就将素称难治之地转变为人人乐生的太平世界。他下车伊始，即颁行督抚条允36款，布告施政方案。条约充分表明了新任巡抚的清廉，而属下也必须以他们的上司为榜样。有些规定则不免失之理想化与繁琐苛细。例如，他规定境内成年男子一律从速结婚成家，不愿守节的寡妇应立即改嫁；境内的公文，今后一律使用廉价纸张，过去公文的后面留有的空白，今后也一律废止；自条约公布之日起，境内的若干奢侈品要停止制造，包括特殊的纺织品、头饰、纸张