当�10万之众的西军拒不服从调停，坚持要立足利义政的弟弟足利义持为大将军。天朝大怒，当即发起攻击，铁炮和国崩横扫西军，后者全军崩溃，11位守护大名有8位被俘。历时五年的应仁之乱宣告一段落（后世持续了近10年）。
见识到天朝强大的军事威力后，日本举国咸服，双方很快签属了天日京都条约。条约正式规定日本成为天朝的附属国，天皇被册封为日本国王代表国体，足利义政被册封为征夷大将军摄政军政大权。日本国的外交、海关和对外商贸全部接受天朝的指导和监督。日本正式割让天朝占领的离海各岛，将其领土限定在本州、九州和四国及其内海。作为交换，天朝在南洋向日本提供一块“适耕作”的殖民地（菲律宾米沙鄢群岛中的保和岛）用于流放被俘的足利义视和8位西军大名。天朝租用横须贺港、佐世保港和石见银山（日本当时还没掌握灰吹法技术，采银产出极低），并负责清剿海盗，保卫日本领海安全，租金以向幕府提供铁炮、军械和训练军队相抵。日本向天朝开放五个通商口岸，双方实行关税互惠，天朝在通商口岸可设立租界，并享有领事裁判权。日本允许天朝商人在通岸口岸及其周边进行投资，允许天朝招聘日本人到海外进行“劳务输出”等。
天朝六十八年，大将军足利义政统率由天朝训练出的铁炮大军讨伐幕府三管领之中已经坐大的细川家，企图恢复幕府的权威。出人意料的是，幕府的铁炮军居然被打得大败，足利义政只好灰溜溜地宣布让位给12岁的儿子足利义尚。大获全胜的细川家主细川胜元在此战结束后不久就意外去世，年仅11岁的儿子细川政元继承了家督之位。击败足利后，实际控制了京都近畿和整个四国岛的细川家，拥有了河内，和泉，丹波，若狭、摄津、阿波，赞歧，摄津，土佐，伊予，备中和备后诸国，实力达到顶峰，大有一统天下替代足利的趋势。
此时，西南一隅的九州萨摩、大隅、日向三国守护大名岛津氏突然强势崛起，他们靠积极向天朝提供“劳务输出”，在南洋赚到了第一桶金，随后向天朝大举采购军备，在完成了内部整合。趁着幕府无力他顾，岛津家的铁炮大军迅速横扫了九州六国（肥前、肥后、筑前、筑后、丰前和丰后），统一了整个九州。雄心勃勃的岛津家主岛津忠昌打着拥护大将军的旗号，挥军渡海上洛，宣布讨伐“背主不忠”的细川政元。室町幕府三管领中的斯波氏和畠山氏加上播磨、备前的赤松氏起而响应，与岛津家一起合力击破了势头正劲的细川家，拥立年幼的大将军足利义尚重掌幕府大权。
随后，老牌权贵斯波氏、畠山氏和赤松氏在瓜分战利品时，排挤西南乡下来的土豪岛津忠昌，只承认了岛津家对九州的所有权，拒绝了其染指京畿的野心。大为不满的岛津忠昌掉头就与逃回了四国的细川政元联手，再度挥军上洛，与斯波、畠山和赤松三家展开会战，一举攻克京都，把足利义尚抢到了手中。斯波、畠山和赤松家则裹胁了天皇逃往关东。
就在岛津大军二次上洛之际，流放南洋的足利义视突然率领一支海外雇佣军在鹿儿岛登陆，抄击了岛津家的老巢，一时搅得日本举国大哗。闻讯后乱了阵脚的岛津军，又遭到斯波义敏和畠山政长的联手偷袭，别有用心的细川政元却束手旁观，迟迟不肯救援。一番乱战后，岛津忠昌被迫以大将军足利义尚的名义向天朝救援。向天朝讨救的还有日本后土御门天皇成仁，因为连年战乱，京都几成平地，天皇的日子过得穷困不堪，他已经几度想让位给儿子。
天朝黄太祖派使者痛斥了交战双方，安慰了泣不成声的成仁天皇，并盛情邀请他前往天朝做客，直到幕府重新建好京都城。天朝大军再度登陆，杀气腾腾地开赴到已成一片废墟的京都，强制双方停战，以进行调停。
作为此次战乱的罪魁祸首，细川家首先受到严惩，其封国被大削，只留下了和泉及四国岛。失去了九州老巢的岛津家则获得了丹波、摄津、若狭和陆奥。大将军足利义尚以幕府名义收回了河内、大和、山城、石见、相模和武藏作为天领（直辖地）。大将军海外归来的叔叔足利义视则被封为讨夷大将军，在九州开府分节，居于幕府之下。为了偿还组建海外雇佣军的欠下的高利贷，讨夷大将军足利义视把包含佐世保港在内的整个肥前都租给了天朝。此举引发了轩然大波，对天朝前后两次军事调停结果均深感不满的斯波家和畠山家跳了出来，表示不能接受天朝的公然干涉日本内政。他们联合细川家一起阻止后土御门天皇前往天朝进行“友好访问”，准备一起动手除掉乡下来的暴发户岛津家。
不料，细川政元转身就卖掉了两位队友。征夷大将军足利义尚授权天朝大军进行讨逆，天朝大军率领幕府、岛津、细川和赤松联军毫不犹豫地发起攻击，彻底歼灭了不知好歹的斯波和畠山联军。墙倒众人推，战败的斯波家被尾张织田家取而代之，众叛亲离的畠山家也被人瓜分，从此彻底退出了日本舞台。讨夷大将军足利义视也知趣地宣布出家，把讨夷大将军的位子让给了11岁的儿子足利义材。一轮重新洗牌结束后，岛津忠昌、细川政元、伊势贞亲和赤松政则当选为新一届的幕府四管领。
对此和平结果满表满意的天朝黄太祖宣布，把三位皇女下嫁给胜仁皇子、足利义尚和足利义材，日本方面则以肥前、相模（横须贺）和石见为聘礼，将三国封为三位天朝皇女的食邑，允许天朝驻军，并允许三位皇女在食邑内改制，引进天朝的先进政治制度和文化，在政治和经济上享受执“特区待遇”。作为对等补偿，天朝三位皇子迎娶一位日本公主和两位幕府千金，在以陕西省的三个县作为食邑下聘礼，之所以选择陕西的三个县，是为了纪念秦朝时徐福东渡日本。后来，随着这三位皇子选择海外就藩，这三个县也就改成了所在藩国的三个殖民城镇（对日本人民开放移民，但要全部归化天朝）。
此外，天朝主动提出，为庆贺胜仁皇子与天朝皇女大婚，由天朝提供一笔优惠贷款（主要以建材、粮食、机械和技工充抵），日本各位大名出人出力（特别是提供金银铜矿料，卖给天朝造币）在江户兴建一座新的皇都，改名为东京都。好让未来的天皇和皇后在碰上战乱时，能够有地方狡兔三窟。
精明的细川政元后来采用各种渠道，迎娶到了一位天朝群王之女。他直接押上了整个四国作为王女食邑下聘，主动要求学习和引进天朝各项先进的政治文化政度，象当年的大化革新一样，在自己地盘上搞起了全盘天化，毫不留情地打压削平家臣和亲属的反弹与不满。
天朝九十七年，天朝太宗皇帝厉兵秣马，打算西取河中，进军中亚。恰在此时，日本国内再度发生动乱，征夷大将军足利义尚病故，天朝皇女所出儿子居吃河豚中毒而死。幕府内外，日本的保守派和事在派（亲中派）矛盾爆发，双方剑拔弩张，一触即发。首先跳出来的是细川家臣三好长秀，他玩了一把下克上，在一众保派的支持下干掉了细川政元，夺占了和泉，但是他很聪明地没有去招惹天朝王女的食邑四国。随后，九州讨夷大将军足利义材以交还九州为条件，换取岛津家的支持，联合亲朝的事大派，争夺幕府征夷大将军之位。伊势和赤松两家则联合三好长秀，作为保守派一方，支持足利义澄。双方很快兵戎相见。
正愁西征军费开支巨大的天朝朝廷大喜过望，便决定出兵日本，抢夺日本的金银矿。恰巧石见银山采矿场的一位天朝蒸汽机维护技术员酒后“失踪”了——为提高银矿产能，天朝特许向日本出口了蒸汽机。天朝一口咬定日本人动机不纯，灌醉并绑架了这位天朝技术员，以偷取蒸汽机的技术。不由分说就派出了舰队，满载3万大军前往日本。
随后，日本人各种赔理道歉，还找出了几个“主谋”剖腹向天朝谢罪。满脑子都是帝国主义和扩张思想的天朝不仅不听，反而继续增兵。这时，那位“失踪”的蒸汽机技术员已经被人找了了回来（他是酒后掉进了矿坑），太宗皇帝就借口被三好长秀所害的细川政元是自己堂姐夫，居然被家臣杀害，有违礼法，强行勒令日本人交出三好长秀。在天朝强大的压力下，三好长秀被迫剖腹自尽。
拿到了三好长秀首级的太宗皇帝，又提出足利交尚的儿子、他的侄儿死得不明不白，要求日本给出解释，几位幕府管领一起到天朝接受讯问。天朝的这副嘴脸彻底激怒了日本人，几位管领表示此事证据确凿、早已结案，并已报备给了天朝，拒绝再去天朝接受这种有辱尊严的讯问。天朝便以此为籍，对日宣战。东院为了争功，准备动员二十万大军，跨海进击彻底征服日本。
不料，这种强词夺理悍然入侵的打法，却让日本举国上下团结起来，亲中的事大派也站到了卫国统一战线上，准备抵抗天朝的全面侵略。没等天朝大军主力登陆，日本人就率先发起了攻击。石见银矿上所有日本矿工都逃走一空，并悄悄破坏了矿井。大批日本武士翻山越岭，进入石见、肥前和相模三国，他们四出袭击中国人，到处放风点火搞破坏，裹胁百姓逃走一空，弄得处处烽烟、焦土遍野。本来三位天朝皇女的食邑封国一直在不动声色地进行人口换血（把日本人劳务输出到南洋，从国内置换来“匠兵”和“农兵”）和全盘中化，现在成了日本人全面攻击的目标，告急声此起彼伏，搞得守军顾此失彼、焦头烂额。对日出口贸易的商人们也叫苦连天，他们因为来不及作出反应，被这场突如其来的战争弄得损失惨重，大批仓库物资被焚烧一空，弄得随后到达的天朝东征军的每一粒粮食每一张纸都要从海上运来。虽然在正面战场上天朝大军成功击退了日本军队的猛烈攻击，但是日本人的抵抗也在不断升级。日本天皇宣布，严禁任何人向入侵者投降，所有人都必须做好举国玉碎的觉悟。匆忙登陆的天朝大军旋即遭遇了的殊死抵抗，四出渗透的日本武士和忍者们还玩起了游击战，让战争看上去要变得漫长无期。更糟的是，随着对日贸易的中断，朝廷的商税大减，石见银矿的破坏停产更是严重打击了天朝财政。最后，那些在海外为天朝当佣兵和苦力的日本人，听说天朝正在入侵他们的母国时，也纷纷骚动起来，搞得各个殖民地异常紧张，骂声一片。
就在这个关头，西征河中的天朝大军意外地撞上了万里来援的天方联军，导致战局突变，差点崩盘。要求增兵求援的急报如雪片般飞来。鉴于陆军抽调主力西援河中已成定局，攻打日本又开销甚大，所得甚少，成了添油战和治安战；更恶劣的是，如果日本人象在石见银山那样执行焦土政策，破坏掉他们所有的矿山，那战后还得投入大量人力物力进行恢复，继续打下去很可能会得不偿失。于是，头脑清醒过来的朝廷在重新计算了得利害失后，果断放弃了征服日本的计划。作为替罪羊，力主发动这场战争的东院王被迫提前退位让贤。
与此同时，日本幕府的日子很也不好过，这场战争让依赖天朝的幕府威信彻底动摇，其财政更是捉襟见衬。心怀叵测的地方大名们更是想方设法让幕府的嫡系部队顶在前面与天朝东征军血拼，自己却躲在后头保存实力。幕府方面多次派人与天朝私下接触，主动表示希望能尽快停战。但各地的大名们上窜下跳了，义正严辞表示绝不向中国人屈服，并叫嚣着要把所有天朝侵略者都赶出日本才善罢干休。
在做出了要收手的决定后，天朝悄悄和幕府方面进行了沟兑。幕府军借口伤亡太大，要撤下去休整两天。天朝东征军趁机集中兵力狠狠收拾了几个不老实的大名，在主战最坚决的尼子和毛利两军被天朝痛殴之后（这两家是盯着石见银山眼红好久了），反对停战的声音立马就消停了。
一直躲在后头出工不出力的岛津家玩得更大，趁着别人都在天朝东征军拼命，悄摸摸地派出一支精兵杀回了九州，想来个混水摸鱼。不料足利义材早有防备，他也留了一手，九州军的主力其实一直雪藏在家，准备借道四国玩个上洛。结果岛津军的精兵登上九州不久，就被闻讯而来的九州大军堵上了，足利义材甚至还派人与天朝私下联系，要求天朝舰队掐断岛津军的后路，来个关门打狗。这支只有几千人的岛津军见势不妙，很光棍地弃械投降了。
在压服了地方大名后，天朝和日本幕府举行了一轮漫长的和谈。经过来回讨论还价和