院校的“文化大革命”完全按地方的做法搞，于10月5日发布了《关于军队院校无产阶级文化大革命紧急指示》。这个“指示”写道：“根据林彪同志的建议，军队院校的文化大革命运动，必须把那束缚群众运动的条条框框取消”。明令取消军委、总政关于“军队院校文化大革命运动在撤出工作组后由院校党委领导”的规定，以及不在军种、兵种院校范围外的地方院校串连等其他许多规定，要求军队院校完全按照“十六条”的规定办，开展“四大”。同一天，中共中央向全国转发了这一文件，指示：“这个文件很重要，对于全国县以上大中学校都适用”，要求全国大中学校坚决贯彻执行。10月6日，中央文革小组在工人体育场召开“全国在校师生向资产阶级反动路线猛烈开火誓师大会”。会上。陈伯达、江青、张春桥宣读了这个紧急指示。中央文革小组成员在各种场合的讲话中，说“紧急指示”适用一切单位。由此，军队院校和某些机关中的“造反派”得到了“令箭”，掀起了“踢开党委闹革命”的浪潮，到处乱冲乱闯。各级党委基本上陷于瘫痪状态。
叶剑英目睹“造反派”自毁长城的破坏活动，又无力制止，十分焦虑。他在西山住所同军委、总政的领导同志个别接触，商量对策。随后，即以总政治部名义，起草了《关于各总部、国防科委、军种、兵种机关必须经常保持战备状态的通知》，要求“我军必须经常保持高度的警惕和战备状态，随时准备对付敌人的突然袭击。各总部、国防科委、各军种的主要领导同志，在完成上述任务中担负着重要的责任。必须保证他们对部队实施经常的指挥，不能中断。未经军委许可，他们不能离开指挥岗位。在文化大革命期间，院校的革命师生，向他们反映情况，要求他们解答问题，对他们提批评意见等，应该和接待机关商量，根据领导同志的工作情况，安排接待时间、地点，每次谈话或开会的时间不要太长；对于机关的办公室、通信设施、保密设备要妥为保护，以免影响他们对部队的指挥和日常工作的进行。”这个通知，林彪看后转送给“中央文革”，被陈迫达以“借战备压革命”的罪名加以扣压。为了控制由于林彪下令炮制的“紧急指示”所造成的日益混乱的局面，刘志坚根据叶剑英的指示精神，曾先后起草过5份电报，但都被陈伯达扣压了。
10月9日至28日，在毛泽东主持的中央工作会议上，陈伯达作了题为《文化大革命中的两条路线斗争》报告，点名攻击刘少奇和邓小平，大肆批判所谓“资产阶级反动路线”。林彪亲自讲话，抛出了所谓“群众运动天然合理”的谬论，说：一个是群众路线，一个是反群众路线，这就是我们党内两条路线的尖锐的对立。“并把斗争矛头对准刘少奇、邓小平，说刘、邓搞了另外一条路线，对抗毛主席的路线。”
反调越唱越高，会议气焰十分嚣张，但是并未压倒叶剑英。他得到毛泽东同意，在会议期间连续作了7次发言，针对林彪、陈伯达的谬论，提出一系列质疑：军队怎么搞？农村搞不搞？小学如何搞？哪些可办，哪些一时不好办？……他在发言中极力坚持军队师以下单位不搞“四大”，进行正面教育；要抓组织纪律抓思想，抓政策，主张对干部的缺点错误，要靠后期自己整风纠正，总结经验教训。他坚决反对“造反派”随便揪人和抄家。他强调指出，不论是社会上抄家，还是对机关干部抄家，都要提到政策上考虑。他的发言得到周恩来等的赞同。
【利用两个十万人大会的讲坛公开对抗，实行“反冲击”，争取教育广大师生】
林彪、陈伯达无视周恩来、叶剑英等的正确意见，利用手中的权力和工具，向全国印发他们的“报告”和“讲话”，流毒甚广。自从他们提出了批判所谓“资产阶级反动路线”之后，林彪、江青一伙的追随者们到处煽风点火，迅速在全国各地掀起批判所谓“资反路线”的浪潮。军队的形势急转直下，院校师生和部分机关“造反派”纷纷外出串连，参与造反夺权活动。总部和各军区机关不断被冲击，许多负责干部被揪斗。到11月，进入北京的军队院校师生达10万人。林彪、江青一伙唆使并纠合一些不明真相的人带头冲击国防部，冲击中南海。
全国混乱局面如何收场，如何稳定得住？叶剑英感到，事态的发展越来越严重，如果听任年轻学生盲目的行动，可能酿成更大祸害，使军事首脑机关完全陷入瘫痪状态。因此，当务之急，必须迅速采取措施，扭转这种局面。他同军委、总政的领导同志紧急磋商，决定动员军队院校师生员工离京回校复课闹革命。经报毛泽东批准，11月13日，以总政治部名义在北京工人体育场召开军队院校和文体单位来京人员大会（即“第一次10万人大会”），周恩来、陶铸、贺龙、徐向前、陈毅、叶剑英、萧华、杨成武以及各总部负责人同时出席。大会由总政主任萧华主持。周恩来和陶铸提前退场。几位军委副主席作了重要讲话，强调稳定军队，军队不能乱，对“文化大革命”中出现的许多错误做法提出了严肃批评，动员大家离京返校。
叶剑英在讲话中，向大家反复说明军队院校在“文化大革命”中的任务和方针、政策。他说，同志们要掌握党的政策，使运动沿着正确的方向发展。你们顶得住，坚决斗争，我们不仅同情，还支持。但是真理是有限度的。列宁说过，真理跨过一步就成了谬误。越过了一定的量就发生了质变。叶剑英指出一些单位揪斗领导干部，外出串连，搞打砸抢，败坏军队的名声等错误行为以后，继续说，我们睁着一个眼睛，闭着一个眼睛。闭着一个眼睛放手，睁着一个眼睛看情况。
他引证毛主席的话说，鲁迅的《阿Q正传》中有个人，是不准别人改正错误的，不准人家革命。毛主席讲过，要允许人家犯错误，允许人家改正错误，允许人家革命。毛主席说，过去旧戏是《三娘教子》，文化大革命是“子教三娘”。我们要向青年学习。但是我们奉劝青年同志们，不要把毛主席著作当圣经念，不要再犯教条主义错误。
叶剑英劝大家要有阶级感情。他对有些“造反派”不顾老干部心脏病发作，不管人家死活，硬把人家抓去批斗的做法，表示十分愤慨！他批评这些人没有无产阶级的感情，不是无产阶级的军人！要大家警惕少数别有用心的人，不要受坏分子利用……
正当叶剑英讲话时，解放军某大学“红色造反团”的一名“战士”（学员）递条子给会议主持人萧华，责问这个大会“林副主席批准没有？”、“你们四位副主席的讲话是不是林副主席批准的？”叶剑英在主席台上当众宣读了这张条子，气愤地问大家：“同志们，他怀疑我们大会是偷偷开的，同学们相信不相信我们？”台下回答：“相信军委。”叶剑英接着说：“我代表军委的全体同志感谢同志们信任我们，请同志们信任我们。”他告诉大家，四个人的讲话是军委集体讨论过的。他重复说，现在“文化大革命”是“子教三娘，儿子教育老子、教爷爷”。他希望递条子的那个学员也要接受教育帮助。
这次大会在全国范围内，尤其在北京引起巨大反响，陈、叶等元帅的讲话迅速传播四方。受迫害的老同志和一切正直的人们，无不表示赞同，而林彪、江青一伙及其追随者们，则认为陈、叶的讲话违背了“十六条和紧急指示”，是“镇压群众”，“资产阶级反动路线的猖狂反攻”。有几个院校成立“批资筹备处”，准备批斗几个元帅。“陈毅、叶剑英讲话必须批判”的大标语出现在街头。
事情没有完结。11月29日，在工人体育场再次召开了军队院校师生大会（即“第二次10万人大会”）。这次大会比上次大会气氛更为紧张。“造反派”在林彪、江青一伙指使下，决定利用这次大会，进行“反击”。他们在会场贴满了大字标语，声言陈、叶上次讲话有“严重错误”，必须“彻底批判”。周恩来得知这一情况后，对大会非常关心，亲自到会场看望大家，绕场一周。陈毅第一个讲话。他在讲话中说，满腔热忱地鼓励和教育青年军人，要他们学会正确对待路线斗争，“应该弄清思想，团结同志，共同对敌”。
在陈毅讲话之后，叶剑英挺身而出，再次作长篇发言。他首先念了几张台下递来的条子，回答了所提的问题。对有人提出要为上次递条子的学生恢复名誉问题，叶剑英耐心地讲明道理，明确表示了否定的态度。
接着，叶剑英着重阐述了毛泽东对青年一代的亲切关怀和殷切希望，以及军队院校培养学生的重要意义。他肯定绝大多数师生是革命的，是好的，同时对少数人不守纪律，“住大房子”、“坐小汽车”，讲排场、摆阔气等破坏解放军优良传统等不良倾向提出了严厉批评。他说，有一些人煽动一部分群众到毛主席办公的地方猛冲、猛打，这行吗？这些人如果不改，就是废品，将来不能用的。有人说我又挑动群众斗群众，不是！我不敢挑动群众斗群众。这样的人不是群众，是废品，要洗涮！有人冲我们的国防部是个大错误，严格讲是反革命！最后，他苦口婆心地劝说同学们返校闹革命，搞好本单位的斗、批、改。
就在这次大会的同一天，叶剑英针对一些“造反派”提出怀疑中共中央某些领导同志的问题，明确指示军事博物馆要保留刘少奇和邓小平在各个革命历史时期的照片。
叶剑英和军委其他几位领导同志两次出席“十万人大会”并发表讲话，是对“文化大革命”左倾错误的第一次公开抵制，也是对解放军院校师生进行的一次深刻教育。叶剑英和其他几位元帅理直气壮的讲话，使党内外的广大干部和群众受到了鼓舞，也促使一些发狂的青年学生听到了不同的声音，开始重新思考问题。有相当一部分院校师生接受了叶剑英等的劝说，离京返校，甚至宣布退出“造反”队伍。这对林彪、江青一伙是一次“反冲击”，正因为这样，他们掀起了疯狂的反扑浪潮，诬蔑叶剑英是挑动群众斗群众的“罪魁祸首”，是“军内资反路线的代表”，为刘少奇、邓小平“树碑立传”等等，挑拨不明真相的学生和群众对叶剑英进行“火烧”、“油炸”、“炮轰”。江青和康生等秘密策划，煽动“造反派”再开一个“10万人大会”批斗叶剑英和陈毅。
【稳坐西山，攻读马列，“全心全意一为公”】
叶剑英顷刻之间陷入了更大更深的逆境。眼前看到的是满地满墙的“大字报”，耳旁听到的是“造反派”指责“老机”、“老右”的一片叫嚣声。但他稳坐西山住所，保持着冷静的头脑，继续坚持不屈不挠的斗争。他公开说：“大字报尽管贴，该讲的我还是要讲。”不是说，对“文化大革命”不理解吗？好，这位著名“儒将”，排除一切纠缠和干扰，埋头攻读马列经典著作，希望从“老祖宗”那里得到新的启示。面对当时社会上无政府主义思潮泛滥，他特意从书架上取下列宁的《共产主义运动中的“左派”幼稚病》重新研读，并要秘书帮助摘编有关论述，温故知新。他联想俄国当年革命的情形，越来越感到当前这场运动确像列宁说的那样：“否认党性、否认党的纪律”，“无政府主义往往是对工人运动中机会主义罪过的一种惩罚”，“无产阶级政党的内部需要实行极严格的集中制和极严格的纪律，才能抵制这种恶劣影响……”他从马列著作中吸取了力量，增加了斗争的智慧和勇气。陈毅元帅来到西山叶剑英住处，看到他和办公室同志认真研讨列宁的《共产主义运动中的“左派”幼稚病》的情景，连声叫好，表示了极大兴趣和钦佩。
但是，叶剑英并不是“两耳不闻天下事，一心只读圣贤书”。他人在西山，心在山外。
1966年12月8日，他冒着挨批斗的风险，照常出席军委召开的13所军队院校师生代表座谈会。他针对有人攻击他和陈毅在“10万人大会”的讲话，严正地提出“反批评”说：“有人不是要搞大民主吗？他们有讲话的自由，我也有讲话的自由！”他驳斥一些别有用心的人攻击军事首脑机关的流言蜚语，斩钉截铁地说：“军委、总政没有反动路线问题”，“军队自上而下不存在一条黑线，不但没有反动路线，而且经常是同错误路线作斗争的。”
迎着漫天风雪，叶剑英和聂荣臻在西山常和陈毅、徐向前、刘志坚等会晤，谈论形势，商议稳定军队的大计。陈毅气愤地说，把老干部都打倒了，军队和国家能�