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根据邓小平历次谈话精神，起草小组在9月10日再次改写出了完整的决议稿，即《关于建国以来党的若干历史问题的决议（1980年9月10日未定稿）》。未定稿大约6万字，基本上是按照邓小平的设计写出的。这个稿子曾发给各省、市、自治区第一书记座谈会讨论，胡乔木在会上对未定稿给予较高评价。他说：“这个稿子，我也说不上是第几次的稿子了，一些主要的骨架，大概就像现在这个样子了。要作很大的变化，实在说，我也变不出来了。经过大家交换意见，现在的写法跟原来的想法确实有了很多的变化。”可是，胡乔木没有想到，此后对决议稿又进行了不止一次的热烈讨论，不止一次的重大修改。这充分体现了中共中央对历史负责的精神和起草组人员的强烈的责任感和使命感。
【“毛泽东思想这个旗子丢不得。丢掉了这个旗子。实际上就否定了我们党的光辉历史。”】
1980年10月12日中共中央发出通知，要求把《历史决议（1980年10月供党内高级干部讨论稿）》发到各省、市、自治区讨论。由于预定参加讨论人数是4000人，所以称作“四千人大讨论”。参加讨论的人员来自中央国家机关、中央直属机关、军队、地方，以及在中央党校学习的学员，中央书记处研究室的人员和起草小组成员分别参加了中央党政机关的讨论。这是一次规模空前的大讨论，是一次广泛深入地发扬党内民主的过程。这次讨论从10月中旬开始，到11月下旬结束，前后持续了一个多月时间。讨论情况不断用简报、快报等形式迅速、及时地反馈给起草小组和党中央，而一些重大的问题则写成综合报告、意见汇编等上报中央政治局。据统计，讨论期间共发快报88期、简报938期，这充分说明了“四千人大讨论”之热烈和党中央对此重视的程度。
对毛泽东和毛泽东思想的评价问题，仍然是讨论中争论的焦点。大多数同志对历史地科学地评价毛泽东与“文化大革命”，对于肯定毛泽东思想，表示了赞同的意见。其中有些意见是相当好的，如压缩篇幅，去掉可以不说的内容等。此外，大家还普遍要求把粉碎“四人帮”以后这段写进去。但也有一些偏颇甚至相当极端的意见，对确立毛泽东和毛泽东思想的历史地位的重要性不大理解。
在这期间，邓小平曾找中央警卫局的同志交谈过（中央警卫局已把邓小平同法拉奇的谈话向战士们进行了宣读，并组织大家讨论），干部、战士都觉得这样好、能接受。邓小平还看了讨论的部分简报，密切关注讨论的进展，这样就可心中有底。10月25日，邓小平找胡乔木、邓力群谈话。一方面，他肯定大家畅所欲言，提出了一些很好的意见，要求把这些好的意见都吸收进来。另一方面，他也针对讨论中存在的思想混乱，着重讲了对毛泽东功过的评价和毛泽东思想的指导作用，重申了起草决议的指导原则。他语重心长地说，关于毛泽东同志功过的评价和毛泽东思想，写不写、怎么写，的确是个非常重要的问题。不提毛泽东思想，对毛泽东同志的功过评价不恰当，老工人通不过，土改时候的贫下中农通不过，同他们相联系的一大批干部也通不过。他尖锐指出：“毛泽东思想这个旗帜丢不得。丢掉了这个旗帜，实际上就否定了我们党的光辉历史。总的来说，我们党的历史还是光辉的历史。虽然我们党在历史上，包括建国以后的30年中，犯过一些大错误，甚至犯过搞‘文化大革命’这样的大错误，但是我们党终究把革命搞成功了。中国在世界上的地位，是在中华人民共和国成立以后才大大提高的……所以，对毛泽东同志的评价，对毛泽东思想的阐述，不是仅仅涉及毛泽东个人的问题，这同我们党、我们国家的整个历史是分不开的……这不只是个理论问题，尤其是个政治问题。如果不写或写不好这个部分，整个决议都不如不做。”他以政治家特有的敏锐性严肃指出，实事求是地评价毛泽东同志的功过，肯定并且继续坚持毛泽东思想，在这个问题上丝毫不能让步。
邓小平还对如何评价毛泽东和毛泽东思想提出具体意见。他说，三中全会以后，我们就是恢复毛泽东同志的那些正确的东西嘛，就是准确地、完整地学习和运用毛泽东思想嘛。从许多方面来说，现在我们还是把毛泽东同志已经提出但是没有做的事情做起来，把他反对错了的改正过来，把他没有做好的事情做好。我们讲拨乱反正，就是拨林彪、“四人帮”破坏之乱，批评毛泽东同志晚年的错误，回到毛泽东思想的正确轨道上来。
他接着说，我们党用毛泽东思想教育了整整一代人，使我们赢得了革命战争的胜利，建立了中华人民共和国。“文化大革命”的确是一个大错误。但是我们党还是粉碎了林彪、“四人帮”两个反革命集团，结束了“文化大革命”，一直发展到今天。这些事情，还不是毛泽东思想教育的一代人干的？总之，不把毛泽东思想，即经过实践检验证明是正确的、应该作为我们今后工作指南的东西，写到决议里去，我们进行的革命、建设的分量，它的历史意义，都要削弱。不写或不坚持毛泽东思想，我们要犯历史性的大错误。
对于如何对待毛泽东的错误问题，他指出，对于错误，包括毛泽东同志的错误，一定要毫不含糊地进行批评；但是一定要实事求是，不能把所有的问题都归结到个人品质上。毛泽东同志不是孤立的个人，他直到去世，一直是我们党的领袖。对于毛泽东同志的错误写过头，给毛泽东同志抹黑，也就是给我们党、我们国家抹黑。这是违背历史事实的！
这是决议起草期间一次很重要的谈话。邓小平说理透彻精辟，尊重历史而又充满感情。在决议起草的最关键问题上，他直面“非毛化”的不和谐音符，“任凭风浪起，稳坐钓鱼台”，为决议起草工作指出和坚持了正确的方向。
在如何对待和总结历史的关键问题上，中纪委领导黄克诚也不计较个人恩怨，挺身而出。1980年11月，他在中纪委的会议上谈了如何对待毛泽东的态度问题。在回顾了毛泽东对于中国革命的重大贡献后，他说道：“如果把建国以来我们党所犯的错误都算在毛泽东身上，让他一个人承担责任，这样做不符合历史事实。过去解放新中国，建设新中国，我们这些老共产党员都尽了一份责任，功劳大家有份。现在如果把错误都算在一个人身上，好像我们没有份，这是不公平的。我们应当来分担应当分担的责任，那才符合历史事实，符合唯物主义。”黄克诚在1959年庐山会议上曾受到错误批判和处理，21年后，他能够以坦诚、公正的态度评价毛泽东，使许多人深为感动，也说出了老一辈无产阶级革命家的心声。
关于粉碎“四人帮”以后的历史，事情刚刚发生，如何写，争议比较大。胡乔木根据中央的意见，亲自执笔，反复修改，写出了对这四年的基本总结，送给各政治局常委审阅。各常委除李先念因为出国访问未看到文稿无法表态外，其他先后通过书面批示或电话答复表示了肯定态度，仅华国锋打电话说没有经过常委正式讨论，不赞成加上此段。邓小平、胡耀邦认为，既然有人不赞成，就先不加，等到“四千人大讨论”之后，如果大家觉得需要加，再加也不迟。因此，供4000人讨论的稿子，关于这4年的内容只有6行，100多字。果然，在讨论中许多同志提出不同意见，大多数同志主张，一定要对粉碎“四人帮”后的历史包括华国锋同志的错误，进行认真、全面、科学的总结，并写进决议。全国政协副主席屈武提出，要把最近4年写一段，并以三中全会为界，之前继承文革路线，之后走上正确道路。中共中央党史资料征集委员会副主任童小鹏提出，粉碎“四人帮”后的4年，非写不可，有人不同意写，毫无道理。全国政协副主席刘澜涛也主张写近4年的一节。许多同志指出，华国锋在粉碎“四人帮”和此后揭批“四人帮”中有功劳，但是在他主持中央工作期间仍然承袭了“文化大革命”的一套左倾理论、方针和口号，犯了不少错误。
“四千人大讨论”过后，胡乔木综合、研究各种意见，提出一个《对于修改历史决议草稿的初步意见》，一共12条，并且吸收大家的建议，对决议稿进行了较大幅度的修改和补充。
就在这一讨论进行前后，对林彪、江青这两个反革命集团案的审理也在加紧进行。由于这两大集团是在“文化大革命”中形成的，他们利用毛泽东晚年的错误，兴风作浪，作恶多端，因此两案审判也就与历史决议的起草，与对“文化大革命”和毛泽东的评价有着割不断的联系。在两案审理中，审判人员根据中央起草决议的精神，把握住一条根本原则，即只审判10名主犯的刑事犯罪，不审判其政治错误，这就避免了审判江青等人时牵涉到毛泽东晚年的错误，把林彪、江青等人的罪行与毛泽东的错误严格区分开来。1981年1月25日，最高人民法院特别法庭开庭宣判，林彪、江青反革命集团主犯分别被处以不同的刑罚。这是一个大快人心的时刻，人们以鄙夷的目光看着这帮曾经不可一世的反革命主犯，终于以被告的身份被押上了历史的审判台。而前述重大政治问题正确、恰当的处理，使评价毛泽东的感情问题得到合理解决，为决议尽快起草出定稿乃至以后通过决议扫清了障碍。
【陈云建议专门加一篇话，讲讲解放前的历史，写党的六十年。这样，确立毛泽东的历史地位，坚持和发展毛泽东思想，就有了全面的根据。邓小平说，这个意见很好，请转告起草小组。】
转眼之间，起草《关于建国以来党的若干历史问题的决议》的工作已经进行了一年多。1981年3月18日，邓小平就此项工作当面向邓力群、吴冷西指示说，决议稿的轮廓可以定下来了。接着，他又对建国以后的历史作了简要评论，说：“建国头七年的成绩是大家一直公认的。我们的社会主义改造是搞得成功的，很了不起。‘文化大革命’前的十年，应当肯定，总的是好的，基本是在健康的道路上发展的。这中间有过曲折，犯过错误，但成绩是主要的。”关于“文化大革命”这部分，他表示赞成胡乔木的意见，认为“要写得概括”，“文化大革命”同以前十七年中的错误相比，是严重的、全局性的错误。在谈话中，邓小平还首肯胡耀邦的主张，即决议稿写出后多听听老一辈革命家、政治家和老干部，包括黄克诚、李维汉等人的意见。
3月24日，邓小平身体力行，乘到中南海陈云住处探望之机，专门征求了陈云对决议起草工作的意见。陈云则对决议稿提出了两点修改意见：一是要专门加一篇话，讲讲解放前党的历史，写党的六十年。这样写，毛泽东的功绩、贡献就会概括得更全面，确立毛泽东的历史地位，坚持和发展毛泽东思想，也就有了全面的根据。二是建议中央提倡学习，主要是学习马克思主义哲学，重点是学习毛泽东的哲学著作。邓小平对陈云的建议非常重视，仅仅过了两天，即把起草小组负责人找来叮嘱道，陈云同志的第一条意见很好，请转告起草小组。历史决议中关于毛泽东同志对马克思主义哲学的贡献，要写得更丰富，更充实。结束语中也要加上提倡学习的意思。他还要求：“这些意见，请你报告胡耀邦同志。”
陈云对决议起草工作的关注，集中体现在他于这一年3月同邓力群的四次重要的谈话中。第一次谈话，陈云在谈到如何评价建国以后三十二年中间的错误时，明确要求：一定要写得很准确，论断要合乎实际，要把它“敲定”下来（“敲定”是上海话，就是说反复推敲，反复斟酌，使它能够站得住）。他表示同意邓小平确定的起草决议宜粗不宜细的原则，要求是成绩就写成绩，是错误就写错误；是大错误就写大错误，是小错误就�