先生”的头衔，这在受洗名单上一般是不会出现的（培根家的其他几个儿子就没有此头衔）。为什么要加给培根呢？会不会是对这个很特别的小家伙有一种特别的尊重？更令人费解的是，后来好像有人曾试图把名单上的这个头衔给涂抹掉，然而，原笔迹仍依稀可辨。于是，就有很多现代评论家重拾这些古怪之事，编出一些小培根出生前后的神秘故事。
或许，小培根的父母究竟是谁，通过孩子的长相来说明是最为有力的。在培根家里，小弗朗西斯·培根长得谁都不像。他的头发很黑，有羊毛卷，眼睛呈深棕色，几近黑色——比他的所谓父母要漂亮得多。此外，培根家族的脸型为圆形，色彩暗淡，而小弗朗西斯的脸则很光滑，呈椭圆形，下巴很尖。培根家族的人眼睛是灰色或蓝色，而他是深棕色，而且炯炯有神。（后来有些作家曾说，他看你的时候，仿佛能把你的内心世界看穿）培根家族的人头发很少，而且长得都很直，小弗朗西斯则又厚又黑，还带羊毛卷。富勒女士在写作培根的传记故事时，专门就培根夫妇能否生出这种孩子的可能性，请教过好几位遗传学专家。她了解到，根据蒙代尔法则，蓝眼睛的培根父母，几乎不可能生出深棕色眼睛的小弗朗西斯。（富勒女士《弗朗西斯·培根传》，27…32页）
如果弗朗西斯不是培根家的后代，那么，他又是谁呢？仔细研究一下伊丽莎白·都铎和她的情人罗伯特·莱斯特贵族的画像，就会有非常惊人的发现。培根家的这个“儿子”，和伊丽莎白女王有非常明显的相像之处，只是头发颜色略有不同而已。她的头发红里透金，或叫茶色，而弗朗西斯则偏黑色。再观察一下弗朗西斯的脸型，从解剖学的角度看，处处体现出贵族特色——看看那昂扬的长得非常有型的脑袋，还有那高昂的前额，再仔细观察一下富于表现力的眉毛和眉毛下深邃的眼眸。至于头发颜色和其他一些特征，看一下莱斯特贵族那张清癯而又很显气质的脸颊，与小弗朗西斯是多么相似，简直太有趣了。
我们现在知道了年轻的弗朗西斯·培根长得什么样。他18岁时，留下了一张画像。给他画像的尼古拉·西拉特，是女王伊丽莎白最得意的御用画师。西拉特给伊丽莎白和莱斯特画过很多张画像，但是，除弗朗西斯外，他没给培根家族的任何人画过像。把弗朗西斯·培根和莱斯特的两幅小像拿来一比，人们一定以为画的是同一个人，只是年龄稍有差别罢了。画家被年轻人的超凡气质所震撼，不禁在画布下面留下了一行字。他是用拉丁文写的，大意是：“哦，我居然将他的思想刻画到这幅画上。”
如果说，伊丽莎白女王真的选了安妮·培根为自己孩子养母的话，那她是找对人了。安妮很能干，又聪明，性情温和，又很谨慎。当然，要与专横、性情乖戾的女王保持一致，实属不易。她们俩从小就是好朋友。那时，安妮的父亲，老安东尼爵士，是伊丽莎白的哥哥爱德华王子的家庭教师。只可惜，哥哥英年早逝。小爱德华上课时，伊丽莎白公主和小安妮也常常陪着一起听课。长着一头红发的伊丽莎白小公主，那时候性情很孤僻，心中总没有安全感，她父亲几乎天天都在考虑是不是让她成为合法的王位继承人。而安妮为人实实在在，她的家庭生活又非常稳定，对于孤独、性情乖戾的小公主来说，这颇具吸引力。
尼古拉爵士和安妮夫人的处境，有时也不容易。虽然受到女王的恩泽，会有很多特权和财富随之而来，但为使女王在方方面面都满意，也是颇费银两的。为了方便女王和大印守护者（也包括她的孩子）居住，培根夫妇着手在古汗堡的美丽乡间，建一处漂亮的庄园。所选地段与圣奥尔本斯大隐修院的废墟毗邻。女王第一次参观此地，她悻悻地说：“我的天哪，你这房子也太小了！”听了这话，尼古拉爵士心里很不是滋味。这位大印守护者为了掩饰自己的惊恐，巧妙地说：“夫人哪，我住这样的房子就很好啦，因为你使我变得重要，所以房子才显得太小了。”这种酸酸的话语，正是伊丽莎白女王所喜欢的。不管怎样，这个庄园又
建了好几年，才在女王所有的要求都得到满足后竣工。
安妮有个妹妹叫米尔德，嫁给了国务大臣威廉·塞西尔，他后来成为贵族，改名伯利。这位国务大臣在伊丽莎白女王在位时是女王的主心骨。与培根夫妇一样，塞西尔夫妇也是个事事都要让女王高兴开心的角色。他们也要大兴土木，为女王量身打造一座庄园。有个地方叫西泊池，离古汗堡不太远，塞西尔夫妇就把庄园建在那儿了，而且建得非常漂亮。这两家人彼此经常走动。
塞西尔夫妇同样不能使女王完全满意。女王抱怨说，他们没有给她的宠臣莱斯特伯爵专门留出房间，这个房间应该设计在她所居住的三楼的旁边。而这种安排，出于不便声张的考虑，又不能显山露水。威廉·塞西尔一直喜欢细心地做笔记，他记录下关于女王的所有事情的进展情况，记录下皇室的每次到访，尤其留心记录了来去的具体时间。但女王造访古汗堡的记录，廉·塞西尔则用了另一种策略。他按步就班地记录下到访的时间，却没有记录离开时间。历史学家约翰·尼可对这种反常现象非常好奇，他曾于1823年出版过一本书《伊丽莎白女王进出宫大记事》，仔细研究了这些现象，他发现，伊丽莎白女王在古汗堡所签署的一些文件，并没有被公开过。你可以对这种反常现象做出无数解释，但很显然，她在古汗堡还有一些特殊的她所感兴趣的事情，而这是她不想公开的。
在《伊丽莎白女王进出宫大记事》一书中，我们注意到，尼可先生对女王隐私世界中一些遭人怀疑的行为，并非不知。尼可说，1572年，女王陛下从沃里克去附近的凯尼尔沃思城堡，有个名叫费舍尔的先生一路陪同。凯尼尔沃思是伊丽莎白女王赐给宠臣罗伯特·莱斯特的封地。根据尼可所写，费舍尔一路上了解到“一些最好别说出去的事情，这种事情并不是每个人都应该知道的”。
1575年，莱斯特贵族在凯尼尔沃思城堡为女王举办了盛大的庆典活动，弗朗西斯·培根一定参加过。他曾很高兴地记录下他在凯尼尔沃思城堡的所见所闻。
这个盛大的庆典活动刚结束不久，就有一篇文笔优美的小文章以书信形式发表了，署名是“黑色王子”。文章描述了凯尼尔沃思城堡里持续三周的美好故事。作者以相当细腻的笔触，描绘了他所见到的美妙的一切：在可爱的大花园中，呼吸着花蕊散发的芬芳，在香气扑鼻的花草中舒展着身躯。各种各样的茶点，让人眼花缭乱。四处望去，女人们珠光宝气。优美的音乐与林中的鸟鸣声交织在一起。整个城堡闪烁着艳丽的光芒，“白日里，从城堡的玻璃上反射出耀眼的阳光，到了夜晚，到处都是不断闪耀着的烛火”。用来迎接女王的帐篷巨大无比，相当七辆大马车重的插栓，才把帐篷固定住。园子里还举行了多场假面舞会。有个美人鱼，坐在海豚背上。这场面肯定是《仲夏夜之梦》中某个片段灵感的来源，剧中人物奥布朗是个仙王，他就曾作为“一条美人鱼，坐在海豚的背上”。
这篇充满活力的书信是被“莱恩海姆”这个不为人知的人发表出来的。不管这个“莱恩海姆”是谁，从宫内负责出版申请的官员记录下来的情况看，这篇文章发表三周后，便被皇宫的一纸命令封杀了。记录中说，有6份落在一个叫威尔逊的先生手中，两份被威廉·塞西尔要走，还有两份到了尼古拉·培根爵士手里，其余全部被一个叫希克森的女士收藏。
现在很多人都相信，在凯尼尔沃思城堡举行的这次活动，给《仲夏夜之梦》提供了灵感与素材。从剧中，也能看出弗朗西斯孩提时代的一些蛛丝马迹。希克森女士认为，剧中的提泰妮娅仙后，就是伊丽莎白女王。奥布朗仙王则指莱斯特贵族。而那个被秘密换掉的孩子，当然就是弗朗西斯本人。也许希克森女士的猜测是正确的，因为密码里说，在孩子小时候，伊丽莎白女王丝毫没有掩饰对亲生儿子的情感。从《仲夏夜之梦》的台词中，也许可以看出莱斯特的困难处境，女王不许他承认这个孩子：奥布朗的脾气可不是顶好，为着王后的固执十分着恼；她偷到了一个印度小王子，就像心肝一样怜爱和珍视；奥布朗看见了有些儿眼红，想要把他充作自己的侍童；可是她哪里便肯把他割爱，满头花朵她为他亲手插戴。
第二幕，第一场在弗朗西斯的孩提时代，他当然不晓得所发生的这一切。他只知道女王对他的关心，超乎寻常。罗雷牧师曾这样说道，女王非常喜欢把孩子叫到她的跟前，并询问一些非常严肃的问题，听到他非常机智的回答，她会高兴得哈哈大笑。
谁都能看出来，女王对这个孩子疼爱有加。莱斯特贵族，这位女王“可爱的小罗伯特”，眼看着母子两个嬉戏玩闹，心里受到嫉妒和骄傲的双重折磨。或许正是这孩子的缘故，才让他永远沐浴在女王的宠爱之中。从另一方面来看，他也有野心，希望与女王“奉子成婚”，或更进一步，以自己的名字当上国王。不过，这孩子也可以使这一切都不能发生。莱斯特身处一种奇怪的情形之中，与别人一样，他也对女王迟迟不对他们之间的关系给出明确说法深感郁闷。
现代培根传记作家伊丽莎白·鲍温，就把小培根的童年环境称为“伊丽莎白时期的伊甸园”。诚然，16世纪时的英国教育环境，很容易使人想到“极为适当的孩提环境”。当他们全家搬到古汗堡乡下新建的大庄园时，那里已有历史文化的印迹可寻。罗马人入侵时，那里曾沦为一座废墟，罗马人统治时期叫做维鲁拉米翁镇，距伦敦西北约30公里，其中还保留着全英格兰惟一的罗马大剧院——对于一个将要成长为全英国最伟大的剧作家而言，它真是一座最富于代表性的建筑了！
再说古汗堡的夏天，对于培根家的孩子们来说，是自由的时间。那里是一片视野开阔的地方，空气永远清新。冬天来临，全家人回到伦敦的约克大院，整个气氛都发生了巨大的变化。他们回到拥挤不堪的城市中，回到做作的有时也令人兴奋的不列颠宫廷的氛围中。“我可以说是在皇宫中长大的。”弗朗西斯后来这样说道。
无论在城里，抑或在乡下，他们身后都跟随着一大批家庭教师侍从。就是在古汗堡，男孩子们也未能逃过一次课。无论在什么地方，他们都随时有书可读。尼古拉爵士在自家图书馆里藏有一套最新发现的希腊古典名作的手抄本，这相当不得了。另外还有刚刚发明的印刷机印制的新作。这些新印出来的书当时已遍布欧洲，但在英格兰，却只有区区几本。弗朗西斯·培根很快就学会了用法文、拉丁文、希腊文、西班牙文、意大利文、希伯来文甚至荷兰文进行阅读。他还被允许使用塞西尔西泊池庄园的大图书馆，同时也被允许使用安妮夫人的父亲安东尼·库克放在附近基甸大厅里的大量藏书。12岁进入剑桥大学之前，弗朗西斯已能轻松地使用多种语言阅读了。后来，他宣称，对西方世界的全部语言，他都很熟悉。
安东尼与弗朗西斯·培根都是按照当时最特殊阶层的方式接受教育的，这一点现在已经是不争的事实。也只有在这惟一一点上，全部历史学家是没有异议的。 在英国，没有谁家的孩子比尼古拉·培根家那个最小的孩子受到更好的教育了。
其实，在弗朗西斯的教育问题上，我们也并非偏听偏信。我们手上还有他在密码中说过的话。当时，他对女王这么关心自己的学习，表现出疑惑不解的态度：“就如经常发生的那样（虽然一切都在我的记忆之中），女王，我们的皇家母亲，有时就在她的车厢中，与尼古拉爵士小声地耳语：‘让他好好接受知识的传授，未来的日子里用得着。’我们的耳朵很尖，一下子就听到了这些话……于是，这事就这么定了下来，并被认真考虑与安排了。”（巴塞·格林《我，都铎王朝的王储，莎士比亚如是写》，67页）过了很多年，弗朗西斯才懂得这番话的真正含义。
伊丽莎白女王有个家庭教师，是著名的罗杰·阿什凯姆，他讲了一个听起来非常离奇的故事，从而给女王的处女之身又增添了新的疑点，也更增强了密码故事的真实性。阿什凯姆作为一个人格完美并自尊自爱的人物，曾被伊丽莎白约去进行过一次面试，那时弗朗西斯才两岁，阿什凯姆对此次面试一直很感困惑。