，贾托伊在补缺选举中当选为国民议会议长。齐亚·哈克总统遇难后，在1988年11月举行的大选中，贾托伊竞选国民议会议员失利，后在补缺选举中才重新当选国会议员。1989年6月，全国人民党与伊斯兰民主联盟等组成联合反对党，反对贝·布托的人民党政府，贾托伊被推举为联合反对党主席。1989年11月，贾托伊曾与伊斯兰民主联盟主席纳瓦兹·谢里夫共同策划在国民议会提出对贝·布托总理的不信任提案，但遭到失败。此后，贾托伊作为联合反对党主席一直反对贝·布托的人民党政府。
贾托伊就任总理后立即下令对贝·布托政府的“腐败行为”进行调查，限制包括贝·布托及其丈夫阿希夫·扎尔达利在内的33名政治家和企业家出境。这些人被怀疑涉嫌“贪污、索贿受贿和策动暴力犯罪”。但贾托伊一再向报界表示现有的内外政策不变，要求人们保持平静。
这次贝·布托内阁被总统宣布解散显得十分突然，但实际上这是贝·布托执政Z0个月来与各方面矛盾激化的必然结果，其中的原因是多方面的。首先，贝·布托自1988年12月执政后，与总统和军队逐渐产生了矛盾。由于矛盾难以解决，日益激化。
1988年8月17日齐亚·哈克总统遇难后，军队表示赞成国家的民主化进程，不干预政治，遂使1988年11月的大选得以如期顺利进行。贝·布托上台前曾与伊沙克·汗总统达成协议，表示在处理内政、外交等重大问题上与总统相互配合，从而取得伊沙克·汗总统对她组阁的支持，被任命为政府总理。同时，贝·布托与军方也达成了5点协议，包括不干涉军内事务和不削减军费，执行既定的阿富汗政策，在处理印巴关系上与军队协调一致，雅各布·汗继续留任外长等。因此，大选结果揭晓后，陆军参谋长阿斯拉姆·贝格将军表示军方在向贝·布托“移交权力的看法上无任何分歧”。
贝·布托执政之初，形成了她与总统、军队三方相互制约的格局。
但是，贝·布托在政权稳定以后，试图修改齐亚·哈克政府的宪法修正案中有关总统有权解散议会和政府，有权任命三军最高将领的条款，这导致她与总统伊沙克·汗产生了矛盾。虽然自1989年年底以来，贝·布托主动要求改善与总统的关系，但双方在内外政策上的许多分歧依然存在。
进入1990年，贝·布托总理与伊沙克·汗总统在对待“伊斯兰法”和处理信德省的局势上又产生新的分歧。
“伊斯兰法”又称沙里亚法。该法案旨在实现国家的全面伊斯兰化，一旦通过，伊斯兰法庭将具有干涉国家所有事务的权威。伊沙克·汗总统认为应立即实施“伊斯兰法”。同时，在穆斯林占总人口
96％的巴基斯坦，人民要求通过“伊斯兰法”的呼声也很高。而贝·布托总理认为“伊斯兰法”与“现代国家”和“民主进程”是水火不容的，至少应对“伊斯兰法”中歧视妇女等条款予以取消或修正。由于“伊斯兰法”在参议院已获得通过，在国民议会是否辩论该法成为总理和总统双方争论的焦点。
1989年10月下旬全国移民运动退出贝·布托的联合政府后，在信德省组织发起反人民党运动，而且愈演愈烈。由于卡拉奇和海德拉巴等大城市的治安形势失控，Z0个月以来，已有3000多人在种族冲突中丧生。各种刑事犯罪有增无减，正常的生活秩序遭到破坏。总统伊沙克·汗指责贝·布托政府采取的行动是“不怀好意的，计划不当，导致无辜市民遭受无法估量的损失”。陆军参谋长贝格将军公开声称，如果政府按宪法第254条授予军队司法权，信德省的治安很快就会恢复正常。贝·布托总理对此提出异议，认为一旦军队拥有行政权和司法权，将会导致军法统治。
另外，在与军方的关系上，贝·布托执政后，于1989年2月命令40多名陆军高级军官退役，并限制主要情报机构的权力；她还计划将陆军参谋长贝格将军提升为有职无权的参谋长联席会议主席，引起了贝格将军和其它高级军官的强烈不满。贝·布托与军方矛盾开始激化。而在巴基斯坦，没有军方的支持，任何政府都无法维持统治。
其次，反对党联合起来，加紧进行反对贝·布托总理领导的人民党政府的活动。
在1988年11月举行的国民议会选举中，人民党在237个席位中只获得93席，联合其他小党才构成微弱多数，而在参议院中则只占少数。所以人民党政府上台伊始就面临强大的反对党的挑战，执政以来一直步履维艰。
根据巴基斯坦宪法规定，国民议会必须有2／3多数票才能通过重要法案。而反对党联合起来，在议会内外处处发难，使人民党政府疲于应付，无法通过立法手段实现其经济发展和社会改革目标。
由于人民党在1988年大选后举行的省议会选举中，在两个重要省份失利，使它对国家的有效领导受到限制．在四个省议会的选举中，人民党只在信德省取得胜利，另外在西北边境省人民党则与其它小党联合执政。但在全国最重要的旁遮合省和另一个省份俾路支省，人民党都处于弱势，政权落入了反对党手中。旁遮普省的人口和工农业产值都占全国的60％以上，俾路支省矿产资源丰富，但人民党对这两个省的事务却无权过问，这使贝·布托的人民党政府对国家的有效领导受到严重限制，根基不牢。
在巴基斯坦政界历来流行一种说法：任何政治家如果不能控制旁遮普省，最终难免倒台。所以贝·布托在1988年大选时的主要竞争对手、最大反对党伊斯兰民主联盟主席纳瓦兹·谢里夫在谋求组阁无望后，毅然放弃了他所赢得的国会议席，而选择了继续担任旁遮普省首席部长职务。因为根据巴基斯坦宪法的规定，他只能在两者之间选择其一。
1989年6月，各反对党组成反政府的“联合反对党”，由原人民党元老、现任全国人民党主席的穆斯塔法·贾托伊出任主席。11月1日，联合反对党在议会上又发动广一场倒贝·布托运动，对她提出不信任案。经过激烈较量，贝·布托政府勉强以12票的微弱多数险胜，保住了政权。1990年5月，联合民对党又发起要求贝·布托辞职的运动。12个月来不断集会，组织游行示威，要求尽快实施“伊斯兰法”，要求在骚乱严重的信德省实行军管．并指责人民党官员贪污腐化。
第三，有些人民党官员执政后贪污腐化，营私舞弊。同时人民党的内部矛盾增加，动摇了贝·布托的执政基础。
贝·布托在竞选中许诺要努力发展经济，消灭贫困和社会不公正，铲除腐败，维护社会安定等。但她执政后，由于安排了一些亲属和亲信居于高位，引起党内外的不满。
1989年，人民党元老、前旁遮普省首席部长穆斯塔法·卡尔脱党后重返人民党，期望得到重用，但遭冷遇，因而与贝·布托决裂。贝·布托被总统解职后，他被看守政府总理贾托伊任命为内阁部长。人民党总书记古拉姆·侯赛因因不满党的并列主席贝·布托的一些作法而移居国外。由于党内矛盾激化，有些人民党领导成员也公开指责贝·布托政府。
另外，贝·布托政府上台时许诺的一些提高人民生活水平的福利项目，因无法兑现也引起人民和人民党基层群众的不满。
第四，社会治安和经济形势日益恶化。
1990年以来，巴基斯坦各省连续发生暴力事件和恶性案件。特别是在人民党的基地信德省，本地人和印巴分治时流入巴基斯坦的移民之间冲突连绵不断。
移民的政治组织“全国移民运动”在1988年大选前曾是人民党的盟友，并在1988年12月与人民党组成联合政府。后因与人民党在一些政策上产生分歧，于1989年10月退出贝·布托的联合政府。全国移民运动倒向反对党后，攻击人民党违背结盟协定，与人民党的矛盾激化，从而导致双方的基层群众不断发生冲突，卡拉奇和海德拉巴等城市连续发生骚乱。人民党政府在平息这一动乱时，又偏袒信德本地人，致使事态日益严重，最后只得动用军队平息骚乱。
1988年人民党政府上台时就面临财政拮据等经济困难，上台后又被迫忙于应付反对党的挑战，无法集中精力搞建设。由于中央财政预算的45％以上用于军费支出，国债的利息支付又占30％左右，政府财政除了支付雇员的工资外，所剩无几。近年来，巴基斯坦的经济发展速度下降，由原来的7％降至4％，通货膨胀率从4．8％上升至11％。1989财政年度的外债已达到140亿美元，内债达到3280亿卢比，经济形势非但没有好转，反而进一步恶化了。
对此，贝·布托也坦率地承认政府有失误。但她辩解说：“也许我们没有一个有经验的领导集体，否则我们可以把事情办得更好些。我们不是天使……我们的成就大大超过了我们的失误。这些缺点和失误不能成为解散我的政府的根据。”
被解职后的贝·布托并未因此而沉沦。她一面抨击伊沙克·汗总统的决定是“不合乎法律的专断行为”；一面号召人民党党员保持镇静，坚持斗争，并称总统宣布的大选如能按期举行，人民党一定能重返政坛。
穆斯塔法·贾托伊任看守政府总理后，一再保证10月24日大选将如期举行。并说已下令给选举委员会，“为自由、公正的选举进行充分的准备”。
1990年10月的巴基斯坦大选，候选人将竞争国民议会217个席位，其中207个是普通席位，10个是少数民族议席。并为妇女保留了20个议席。
贾托伊的看守政府为了获得证据以剥夺贝·布托参加竞选的权利，8月7日就通知移民局禁止贝·布托、她的丈夫阿希夫·扎尔达利及她的公公哈金·阿里·扎尔达利等33人在看守政府对他们进行调查过程中出国。贝·布托在卡拉奇住所的私人秘书法希姆·英古尔，巴基斯坦毒品管制委员会地区主任阿迪·西昆德，商人阿里·卡兹米和祖尔菲·米尔扎，前信德省首席部长的特别助理穆斯塔法·库扎伊等5人首批被捕，罪名是贪污或走私军火。
8月12日，总统伊沙克·汗、看守政府总理贾托伊和军队高级将领三方磋商后，宣布只要贝·布托和她的一家离开巴基斯坦并退出政界，政府将不对她提出贪污指控。意即要贝·布托从此后告别政坛。因为他们认为，一旦贝·布托告别政坛，移居国外，人民党便会群龙无首，成不了气候，从而消除他们在政治上面临的威胁。
由于贝·布托没有像看守政府希望的那样离开巴基斯坦，8月下旬，受伊沙克·汁总统之命，看守政府在全国建立了11个特别法庭，准备审讯贝·布托以及100名前国民议会议员和贝·布托内阁的部长。
9月22日，看守政府向拉合尔高级法院起诉，指控贝·布托曾下令窃听其内阁部长和反对党议员的电话。此外还指控她贪污受贿和搞裙带风以及在1989年11月议会就不信任案投票中动用情报机构的经费收买议员。另一方面，伊沙克·汗总统又声称，如果贝·布托在预定于10月举行的大选中获胜，他依然准备同她分享权力。如果群众要她重新掌权，他将第一个欢迎她回来执政。但是总统又说他将就贝·布托发表反对武装部队的讲话对她提出诉讼。
贝·布托对来自伊斯兰民主联盟和看守政府方面的指责—一加以反驳，决不屈服。另一方面，她整肃人民党内部，积蓄力量，制定新的斗争策略，力争使人民党东山再起，重新上台执政。8月10日，在卡拉奇举行的人民党中央执行委员会会议上，成立了宪法专家季员会，准备起草对总统解散贝·布托政府和国民议会的行政诉讼状，然后递交给党的中央委员会讨论。该专家委员会有权决定是否向高级或最高法院提出诉讼。
8月18日，贝·布托回到伊斯兰堡后对聚集在哈哈尔广场上的群众说，指责她的政府贪污腐化是没有根据的。她发誓说要与她的政治对手作斗争。贝·布托指责看守政府设立特别法庭是针对其丈夫和一些朋友，并宣布他们将拒不到任何特别法庭去对质，但将到任何普通法庭对质。她表示自己与贪污腐化无任何牵连，自己也决不会离开巴基斯坦。1990年10月24日，对于贝·布托来说，是她政治生涯中最沉重的一天。素日端庄秀美的脸庞消瘦了许多，她的心也处在痛苦、郁闷中。
10月24日，巴基斯坦举行了建国43年来的第5次选举。全国共1330竞选人参如国民议会217个席位的角逐。
10月25日，选举结�