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倭寇占据兴化城后，日夜杀人奸掠，荼毒两个月后，放一把大火把兴化城烧成白地，突出合兵，攻陷平海卫。如此凶狂，八闽皆震。
嘉靖帝大惊，立命俞大猷为福建总兵，戚继光为副总兵，让他们汇合福建当地的刘显一部明军合力灭倭，并派右佥都御史谭纶巡抚福建。
刘显所部明军数量不多，在平海卫只得坚壁不出。俞大猷率兵抵达后，出于持重，只指挥手下部队与刘显部合围倭寇，仍旧没敢进攻。
嘉靖四十二年五月，戚继光率生力军浙军抵达。于是，巡抚谭纶自领中军，俞大猷将右军，戚继光将左军，并力齐攻平海卫的倭寇。毕竟训练有方，戚继光率部先登，诸军继之，一举破敌。此战下来，斩倭寇两千多人，夺还被掳民众三千多。更可称的是，如此大捷，明军本身仅阵亡16人。
谭纶上功，以戚继光为首，他得以接任俞大猷为总兵官。
转年，戚继光率明军在仙游城下击溃万余倭寇，斩首数百，倭寇堕山崖下摔死几千人。幸存的倭寇，苍惶之余奔据漳浦县的蔡王岭。戚继光把手下士兵分为五哨人马，皆身持短刀缘崖攀上，突现于狼狈不堪的残倭面前，大战一场，俘斩数百人，余贼奔溃，入海掠渔舟逃去。
至此，入闽倭贼基本被肃清。
再后，戚继光与俞大猷合作，在广东南澳攻败倭寇贼头吴平，广东倭寇几无遗类。
“（戚）继光为将，号令严，赏罚信，（故）士无敢不用命。（他）与（俞）大猷均为名将，操行不如（俞），而果毅过之。（俞）大猷老将，务持重，（戚）继光飚发电举，屡摧大寇，（其）名更出（俞）大猷（之）上。”
当然，戚继光后世之所以大名越于前辈俞大猷，还在于他隆庆、万历年间督师蓟北的功勋。特别是张居正掌权时代，极其信用戚继光，使得他奇才得展。在蓟北任上，他广修长城，发明了诸多先进的攻守武器，极大提升了明军的战斗力，降服了时时进犯的蒙古长秃和狐狸（两人名字真怪）两大寇，并因功被明廷加为“太子少保”的荣衔。
力战歼倭的俞大猷、戚继光（3）
自嘉靖中期蒙古俺答汗犯京师，蓟北乃边防重镇，十七年间易大将十人，总督王忬（此人在抗倭早期立功）和杨选皆因失律战败被诛。而戚继光在镇十六年，“边备修饬，蓟门宴然。继之者，踵其成法，数十年得无事。”
戚继光军事专著《纪效新书》、《练兵纪实》等，实为博大精深的系统性军事专著，当时日后，广受尊崇。
可叹的是，张居正死后，其政敌死打穷追，认定戚继光乃张居正死党，把他调换广东。郁郁不得志之下，戚继光不久谢病离职。但张居正政敌仍不放过他，纷纷上奏弹劾，戚继光被罢官遣返老家。
三年后，既贫且病的戚继光由于没钱抓药，病势转沉，郁郁而亡。一代大英雄，竟落得如此不堪结局。
值得一讲的是，张居正所犯的痔疮，实为吃了戚继光所献的海狗鞭壮阳药所至。张相国割痔感染，竟至要命。他这一死，戚继光在朝中倒了后台，自己也开始了倒霉的历程。人性就如此复杂，一般人可能会大惊小叫：戚大英雄这样人，也会做出给长官送壮阳药的事情吗？当然，人情所在，英雄不免。有时候，历史的细节，充满了黑色幽默般的玩笑！
嘉靖后期近十年的倭寇之害，自浙江开始，继而流窜淮扬吴越。闽中两广，无不惨遭荼毒，“（倭寇）掠子女财物数百万，官军吏民战及俘死者不下十余万。虽时有胜负，而转漕军食，天下骚动。”所以讲，倭寇之害，流蔓甚广，绝不是一些浅识陋见所讲什么倭寇给中国带来了“资本主义萌芽”。
自倭寇乱炽，浙闽等地富殷繁华城镇，半为丘墟，人民被杀无数，沿海奸民与倭人、佛朗机人勾打连环，惟一的目的就是杀人劫物。他们的劫掠，严重破坏了明朝沿海一带的工农业生产以及手工业发展，真不知有什么“萌芽”会蕴于血火刀剑之中。
当然，明朝沿海倭患渐息，除了俞大猷，戚继光等人的因素外，日本国内的因素也不容忽略。因为，那时的日本，已经处于战国末期。在1585年（万历十三年），日本的羽柴秀吉平定四国，最终完成日本的统一，被“天皇”任命为“关白”，赐姓“丰臣”。
丰臣秀吉乃大志倭人，稍后征服了九州的岛津氏和关东的北条氏，成为日本烈岛的真正主人。而日本的统一，使得丰臣秀吉在上台初期下大力气整治国内政治、经济，他严令打击海盗，巩固他本人为主的“中央集权”。这些，皆在客观上从源头阻遇了日本列岛“倭寇”的生成。