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就在埃利斯发表他的第一篇论述 RET的文章时，艾伦·贝克也在类似的一条路上迈开了他最初的几步。他是宾夕法尼亚大学精神病学系的教师，是一位精神病学者。当时，他还是朝气蓬勃、中等个子的年轻人，一头浓密的直发，满脸堆笑，正忙着弄心理分析。可是，在他自己的生活中，他以前曾在他自己身上试过行为疗法和理性技巧法，以克服两种严重的恐惧。还是个孩子的时候，他经过一系列的手术，从那时起他一见血就晕。到十几岁的时候，他决定战胜这种恐惧了。“我之所以要学医，其中一部分原因就是要面对我的恐惧心理，”他说。上医学院的第一年，他逼自己站在远处看手术，第二年他主动要求当外科助手。他逼迫自己把血当作一种自然现象来体验，因此排斥了害怕心理。后来，在生活当中，他还以同样方法克服了害怕涵洞的毛病，以前一看到涵洞，他会不自觉地呼吸急促，头晕（他认为自己对涵洞的害怕来自儿童时代的一次哮喘病发作，因而害怕自己会窒息而亡）。他不断地对自己说，这些症状甚至在他进入涵洞以前就已经开始了，这样就治好了这个毛病。他向自己证明，这些都是不现实的，因此也就慢慢地凭理智克服掉了这些毛病。
贝克直到三十多岁才相信并利用心理分析法治疗病人。他对压抑特别有兴趣，按照心理动力学的理论——他自己的解释——这是人们自己封闭在自己身上的敌意的结果，并被解释成“受苦的需要”。受压抑的人通过一些挑起人们来反对或者不同意自己的办法来满足自己的需要。
许多精神病医生和心理学家都不接受他的理论，这使他甚为苦恼，因此决定从他自己的临床经验中收集证据来证明自己的理论。开始，这些证据好像能够支持自己的理论，可是，过一阵子后，他注意到了一些互相矛盾和反常的地方。特别是，他研究的一些受压抑的病人好像没有故意去没趣，反而是在寻求接受和同意。贝克经历了一阵信仰的缺失感。“实验发现与临床理论之间这种明显的差别，”他在一份回顾性的文章里写道，“使我只好在自己的信仰系统里经历一次‘令人痛苦的重新评估。’”（贝克的失望有一部分可能是因为他对心理动力学针对压抑的解释的片面理解造成的。现代心理动力学理论将压抑归因于一系列因素的广泛组合：源自早年的失望和缺失的软弱，视自己为没有人爱和受惩罚的人，自信心很差等等。）
为了寻找新的信仰，贝克重新捡起了他对一位受压抑病人的梦幻的研究，并找到了一套新的理论。在这个病人的一些梦中，总是有失败、不能达到某些目标、丢失贵重物品或者看自己好像生了病，有毛病，或者很丑。贝克以前把这些梦解释为受苦的愿望，现在，他有了新感觉：
当我更加集中精力于病人的自我描述和他的体验时，我注意到，他连续不断地构架自己的负面形象，只看自己生活经历中不好的一面。这些构架——与他梦中的形象一致——好像是现实的扭曲。
通过一系列的测试，贝克发现，病人“对自己、对外部世界、对未来，总体上持消极的看法，这很明显地表现在广泛的消极认知扭曲当中”。
既是如此，他想，应该有可能“通过逻辑和证据规则的应用来纠正他的扭曲，并调整他对现实的信息处理过程”。也许，通过这种疗法，不仅这位病人，而且大部分病人都可以治好。如贝克引用人文主义心理学家亚伯拉罕·马斯洛的话所说的：“神经症不是情绪上的疾病——他是在认知上有错误。”
这个概念是贝克发展出来的对压抑的认知疗法的基础，他在 1963年和1964年写的专业论文以及1967年出版的一本书《压抑：临床、实验和理论探微》中表达了这些思想。后来，通过数年的每周会议和与精神病学系的同事进行的个案讨论，他把认知疗法的用途延伸到了其它一些神经症状中，最近还对它进行了调整，使其能够处理配偶关系中的问题。
贝克的思想在许多年里被埋没了，他本人在这个行业中也一直像是个贱民。可是，到 70年代，当认知理论弥漫于心理学界，而且在某种程度上也弥慢至精神病学界时，他的思想也被吸引到人格及行为的主要理论里面去了。越来越多的临床医生开始依靠他的理论行医，特别是处理压抑病人的时候，而且在几年时间内，他们当中的一些人还修改或者丰富了贝克的理论公式，并编制了他们自己的版本。贝克本人不是一个善于宣传自我的人，他在懂一些心理学的大众之中仍然不太出名，可是，在心理学及精神病学界，他慢慢得到了广泛的承认，并被确认为认知疗法的创始人。在他的版本和其他一些人的版本中，认知疗法已经成为美国使用得最多的疗法。约有七分之一的精神病医师在治疗方向上主要是属于认知疗法的，约有三分之一是认知－行为疗法的，其他的许多人在一部分时间里使用认知－行为疗法。
认知疗法并非从贝克的大脑里突然羽翼丰满地一下子跳出来的。他本人也说，其中一部分归因于心理学界进行的认知革命，也得益于行为主义疗法运动，因为行为主义疗法需要病人思考要获取变化的心理步骤，因此，从一部分来说，它也是认知型的。贝克最早想到认知疗法的时候，并不知道埃利斯的 RET疗法，可他的确说过，埃利斯的工作在认知－行为疗法的形成中起了很大的作用。
尽管贝克的方法与埃利斯的系统有很多相似之处，可是，贝克在个人风格上更端庄得体，而且提供了有关神经症疾病更为详尽的认知理论。比如，在讨论压抑时，他分辨并标出了三种起因：
——“认知三联症”：压抑者对自己、对世界和对未来的扭曲的看法（“我不行。”“我的生活让人失望……”“将来也好不到哪里去。”）；
——“不出声的假定”：没有表达出来的想法，这些观点会对这人的情绪和认知反应产生负面影响（“如果别人很生气，那可能是我的错。”“如果不是每个人都喜欢我，我就一点价值也没有。”）；
——“逻辑谬误”：概括过度（将一个例子误认为全部），选择注意（注意一些细节而忽略另外一些细节），随意推论（得出的结论没有逻辑或者可利用证据的支持）及其它毛病。
他还提出了另外一些类似的分析，可以解释引起其它一系列神经症和甚至精神疾病的认知扭曲。
贝克的认知疗法涉及到的东西远不止仅仅指出病人的认知扭曲而已。让病人认识到认知扭曲的重要的一步是建立一种治疗师与病人的关系。贝克极重视给病人以温暖、同情和诚心的意义。他运用了很多认知及行为疗法技巧，其中有角色扮演、果断训练和行为预演。他还利用了“认知预演”。他会请一位不能完成甚至一种很熟悉，很过时，早就学会了的任务的压抑病人来想象，并与他一起讨论整个过程的每一步。这会排除掉病人的思想产生疑虑的倾向，并使他的能力不足感产生偏移。病人经常报告说，他们在完成了一个想象中的任务时会感觉好多了。
贝克还分配“家庭作业”。病人在每个疗程之间要观察自己的思想和行为，努力改变这些想法和行为，并执行具体的任务。这不仅仅克服了病人的惯性和动机缺乏，而且还会得出实际的成就感，这些成就感会纠正病人认为自己什么也干不成的不正确想法。为了达到同一个目的，贝克还经常请病人每周写一份报告，把他或者她一周的活动记下来，并把每种活动带来的满足感的程度描述下来。
然而，这种疗法的关键工作，却在于在办公室进行诊疗的过程中检查病人的思想，并纠正他的认知扭曲。贝克的办法与埃利斯的方式有极大的不同。一位极度压抑的妇女对贝克说：“我的家人不喜欢我。”“没有人喜欢我，他们认为我就是这样的。”“说我一点用处也没有。”她的证据是，她已经成龄的小孩子们不再喜欢跟她一起做事了。这里是贝克如何引导她检查现实与她的想法之间的差别的：
病人：我儿子再也不喜欢跟我一起去戏院或者去看电影了。
治疗师：你怎么知道他不想跟你一起去的？
病人：十几岁的小孩实际上不喜欢与父母一起去。
治疗师：你真的请他们与你一起去过吗？
病人：没有。实际上，他倒是问过我几次，说需不需要他带我去……可我觉得他不是真的想带我去。
治疗师：试一试让他直接回答你的问题怎么样？
病人：我猜不错。
治疗师：重要的在于，不是他跟不跟你去，而是你是否在替他作决定，而不是让他自己直接告诉你。
病人：我想你是对的，可他看上去的确不太体贴人的。比如，他总不按时回家吃饭。
治疗师：总是这样的吗？
病人：呃，有一两次……我想这也算不上总是迟到。
治疗师：他很晚回家吃饭是因为他不太体贴人吗？
病人：真要说起来，他的确说过那两天他工作得很晚。还有，他在其它一些方面还是很会疼人的。
这位病人后来发现，她儿子事实上是很愿意跟她一起去看电影的。
如本例所示，贝克风格的认知疗法的关键是他的苏格拉底式的启发，通过提问让病人说出一些与他的假设或者结论相反的情况，因此就纠正了这些认知错误。这个技巧的作用可以在他的另一份报告中看得更明显。下面这个段落是他与一位 25岁的妇女进行的治疗谈话，她想去自杀，因为她丈夫对她不忠，因而她也认为自己的一生也就“结束”了：
治疗师：你为什么想要结束自己的生命？
病人：没有雷蒙，我就一钱不值了……没有雷蒙我就快活不起来。可是，我无法挽救这个婚姻。
治疗师：你们的婚姻一向如何？
病人：一开始就糟透了。雷蒙一直就不忠。过去 5年来我一直就很少见到他的人。
治疗师：你说没有雷蒙你就快活不起来。你跟雷蒙在一起的时候感到快活过吗？
病人：没有，我们总在打架，我会感觉更差。
治疗师：那么，你为什么觉得雷蒙对你不可缺少呢？
病人：我猜可能是因为，没有雷蒙我就一钱不值。
治疗师：在你遇到雷蒙之前，你曾感觉到你“一钱不值”吗？
病人：没有。我觉得自己还不错。
治疗师：如果你认识雷蒙之前感觉不错，为什么你现在需要他才感觉到不错呢？
病人：（感到迷惑）呃……
治疗师：你结婚后有没有人对你感到过兴趣？
病人：有好多人给我丢眼色，可我没理睬他们。
治疗师：你觉得除了雷蒙之外，还有没有跟他一样好的人？
病人：我觉得有很多人都比雷蒙好些，因为雷蒙不爱我。
治疗师：你有没有机会跟他重归于好？
病人：没有……他另有个女人。他不需要我。
治疗师：那么，如果你离婚，你实际上会失去什么呢？
病人：我不知道（哭起来）。我猜只有彻底断开了。
治疗师：你觉得只有彻底断开才能与另一个男人相好吗？
病人：以前我也曾爱过别的男人的。
经过这次诊疗之后，这位病人再也没觉得非死不可了。她开始对自己“除非有人爱我，否则我就一钱不值”这个想法产生怀疑了。把贝克提出的一些问题想过几遍之后，她决定正式离婚了。最后，她离了婚，并开始过正常的生活了。
尽管许多治疗师都曾修补过贝克的详细方案，认知疗法最终还是实现了标准化。它一般需要 15－20次诊疗（贝克倾向于把这些诊疗叫做“面谈”）。每次诊疗中，治疗师和病人都要回顾病人对上次诊疗及其结果的反应，计划下次的诊疗，就下次的任务和家庭作业达成一致，然后将逻辑、调查和现实检测应用到病人对目前发生在他或她身边的事件的感觉和想法。
到 80年代，认知心理疗法已经成为主流的一部分。今天，除开三分之一主要是认知－行为疗法的所有心理疗法医师以外，另有三分之一是杂用的，其中大