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希特勒不仅决心摧毁苏联和布尔什维克制度，而且决心使俄罗斯国家解体，将俄罗斯人贬为奴隶。在3月30日对将军们的训话中，元首意在使他的司令官们为这场新型的激烈的意识形态的战争做好思想准备。打这场战争，双方将毫无怜悯之心和廉耻之感。作为实例，他列举了被他误称为政治委员的那些人对波罗的海国家居民犯下的骇人听闻的暴行。
战争初期的做法是消灭政治委员、共产党知识分子、吉普赛人、犹太人和平民人质。接着又颁布了“元首命令”禁止接受列宁格勒和莫斯科投降，下令用炮击与轰炸把这些被包围的城市夷为平地。斯大林格勒的女性居民将被运走，男性居民将被消灭掉。当然，苏军最高统帅部和红军部队同样犯有类似暴行。在现代，战争从来没有打得这么残酷无情。
1941年的苏德边界，恰好从梅默尔以北的波罗的海之滨开始，大致沿旧东普鲁士…立陶宛边界延伸，接着向西进入波兰，形成一个人们称作比亚威斯托克突出部的弧形地，然后向西绵延到布勒斯特…里托夫斯克，接着继续向南伸展，直到匈牙利边境为止。这条苏德边界线全长约七百英里。乌克兰…罗马尼亚边界沿普鲁特河至黑海，长约四百五十英里。因为匈牙利的态度尚不清楚，所以在德国东方战线与盟国罗马尼亚战线之间，有一条二百英里宽的间隙地带。
在俄罗斯欧洲部分西部的中央，就在布勒斯特…里托夫斯克边界东南，有一片南北宽约一百五十英里，纵深三百多英里的辽阔沼泽地区。这个地区名为普里皮亚特沼泽地，缓缓的河流纵横交错，不计其数，汇入普里皮亚特河、第聂伯河和别列津纳河。除了堤道上修了一两条公路以外，该区的通道寥寥无几，有些地方林木茂盛。因此，沼泽成为防坦克和摩托车辆的有效障碍，把整个前线分为南、北两个战场。南部战场包括加利西亚的半林木地区、沃林…波多尔台地和乌克兰。乌克兰是一片没有树木的黑土大平原，从比萨拉比亚伸展到顿涅次以东。该地区尽管公路很不发达，但却特别适合坦克作战，只是有一些河川障碍，诸如普鲁特河、德涅斯特河、布格河、第聂伯河，它们的流向全是由北向南。乌克兰首都基辅与苏德边界的直线距离不到三百五十英里。
就在普里皮亚特沼泽地以北的白俄罗斯地区，有通往明斯克、奥尔沙、斯摩棱斯克与莫斯科的直达交通线。在奥尔沙与莫斯科之间，道路两侧地形开阔又无河川障碍，素有奥尔沙陆桥之称，因为它处于北流注入波罗的海与南流注入黑海的两股河流的分水岭。奥尔沙陆桥是通向莫斯科的大门，形成西德维纳河和第聂伯河两道主要水障之间的通路。德军先要通过公路，穿越五十五英里多深的茂密林带，才能到达奥尔沙陆桥。这些林间公路将使部队象通过漏斗孔似地把队形拉得很长。莫斯科与边境线的直线距离约为七百英里。
在波罗的海地区，有几条质量很差的公路由东普鲁士经波罗的海国家通往列宁格勒。重要的河流只有涅曼河、西德维纳河和大纳尔瓦河，此外，还有许多沼泽地和茂密的森林带等令人望而生畏的障碍。列宁格勒与莫斯科之间的瓦尔代丘陵周围地区，林木茂密，沼泽遍布，不宜使用装甲部队。列宁格勒距离东普鲁士五百多英里。
因而，地形和政治地理条件将战役发起的正面限制在三个主要地区。第一个地区是从北部越过波罗的海至布勒斯特…里托夫斯克的边界，从这里既能穿过波罗的海国家进军列宁格勒，又能进入白俄罗斯和俄罗斯欧洲部分的中部直取莫斯科。第二个地区位于普里皮亚特沼泽地与匈牙利边境之间的更加有限的地区，从这里可以通过加利西亚进入乌克兰。第三个地区是从罗马尼亚领土渡过普鲁特河，进入比萨拉比亚和乌克兰。
陆军总部奉命研究进攻苏联的问题之后不几天，它的作战部拟就了第一个计划方案，将德国的主攻方向选在普里皮亚特沼泽地以南。哈尔德否定了这个方案，他认为应选在北部指向莫斯科。马尔克斯计划设想的是从普里皮亚特以北向奥尔沙陆桥和莫斯科发起主攻，同时向波罗的海国家和列宁格勒发动辅助攻势，作为主攻的翼侧。马尔克斯建议，还要在南部向基辅和第聂伯河发起辅助攻势，然后使之扩展到高加索地区的巴库。
勃劳希契和哈尔德对约德尔是冷漠的，不让他插手他们认为与他无关的计划。但是，约德尔是排斥不了的。他责成他的主要参谋瓦利蒙特搞了个最高统帅部作战计划，以便他可以对勃劳希契和哈尔德制订的计划品头评足。毫无疑问，最高统帅部的这个计划对希特勒的思想有很大影响，并与当年年底发出的主要指令有直接关系。1940年9月拟就的约德尔草案，设想这次进攻将动用三个集团军群。普里皮亚特沼泽地以北用两个，以南用一个，但是约德尔有个主要规定（后来希特勒一再重申这个规定），即在越过奥尔沙陆桥…斯摩棱斯克地区以后，能否继续向莫斯科进攻将取决于肃清波罗的海敌军的进展情况。10月99日，新任陆军总部（作战）助理参谋长保卢斯向哈尔德呈报了他自己对这场拟议中的战争的战略问题的看法。这份报告大概很合哈尔德的口味，因为这跟他早先的想法是一致的。在普里皮亚特沼泽地以北使用德军两个集团军群（称为北方集团军群和中央集团军群），在普里皮亚特沼泽地以南使用一个集团军群。这个计划更加强调德军通过歼灭敌人夺取军事胜利这个直接利益，而不是获得经济利益，并且强调必须防止苏军向内地撤退。计划把波罗的海国家的部队放到次要地位，这些部队据估计只有三十个师，而相比之下白俄罗斯有六十个师，乌克兰有七十个师。据此推论，直接进攻莫斯科的成功把握最大。报告的其余部分谈到人们十分熟悉但又不甚理解的进入苏联的时间和距离问题、苏军指挥官之平庸、苏军士兵战斗素质之难以估价以及苏联那么多民族相互之间的不团结。报告还第一次提出了苏联的人力优势这个问题。哈尔德虽然在日记中未做什么评论，但是看来他接受了保卢斯报告的意见，他后来重复了报告中所提出的某些疑问。
11月28日至12月3日，进行了一系列的军事演习主要是保卢斯指导下的军事表演和图上作业，以便完成对主要问题的审查。然后，于12月5日，与希特勒举行了正式讨论。将要进行这次战役的三个集团军群的参谋长，各自单独地研究了战略问题，他们突出地感到了空间与人力上的困难。他们指出，苏联腹地是个漏斗形，突破得越深，正面就越宽，开始时的一千三百英里将迅速扩展到二千甚至二千五百英里。除非苏军在贝帕斯湖…明斯克…基辅一线以西的边界附近被歼灭，不然德军就没有足够的力量扼守深入腹地时不断加宽的正面。还讨论了其它问题，其中包括在一片辽阔地区向一支三百万人、五十万匹马的部队进行补给的种种困难。在这个地区，公路寥寥无几，铁路不能直达，因为路轨比德国和中欧使用的要宽。后备军总司令弗罗姆已强调指出，现有的增援部队不足五十万，只够补充夏季战役的损失。摩托车辆奇缺，虽然或许可望通过购买法国的民用产品加以弥补。车辆燃料情况的确非常吃紧，德国只有不超过三个月的汽油储备和一个月的柴油储备。由于缺乏天然橡胶与合成橡胶，轮胎也成问题，因此在考虑给轻型车辆装配钢箍轮。1941年初，德国坦克与装甲强击炮的月产量不到二百五十辆（门）。德国工业还能大大发展，但当时的基础不够厚，还依赖从苏联和其他国家进口的原料。
到这时，勃劳希契和哈尔德对于元首的全球战略目标都有些怀疑。如果向苏联开战真是必要的话，他们认为消灭苏军是压倒一切的目标，经济方面的考虑不能占优势地位。进攻莫斯科将吸引敌主要兵力；夺取莫斯科地区不仅将使苏联失去控制，交通联络断绝，而且．将在苏军的战线上打开一个巨大缺口。
在12月5日的会议上，勃劳希契向希特勒表露了他的想法，他对德国空军是否有力量对英、苏两面作战，表示怀疑。当希特勒尖刻地告诉他，如果对苏战争不拖长，德国空军能够在两条战线上作战时，勃劳希契就闭口不谈这个问题了。哈尔德继而强调中央集团军群主要突击方向应为莫斯科的重要性，还强调两翼要有强大的装甲部队，一旦需要就能应付来自波罗的海或乌克兰的翼侧攻击。可是，希特勒对此充耳不闻，他以截然相反的观点加以反驳，这些观点有的是他自己的，有的来自他跟戈林、约德尔的谈话。他又一次重申了保卫帝国领土不受空中袭击的必要性；这就需要距离和纵深。经济目标也事关重大，不可等闲事之。他认为，克里姆林宫将死守波罗的海与乌克兰，因为那里有海港，在经济上有重要意义，他们在中部倒会慷慨退让。德军夺取莫斯科毕竟“不是那么很重要”。中央集团军群的强大两翼侧要准备向北进入波罗的海，或向南进入乌克兰；波罗的海国家尤其使他感兴趣。这时，勃劳希契站出来支持哈尔德，他强调了斯摩棱斯克…莫斯科这条历史上的交通要道在苏联人心目中的重要性，结果被一阵嘲笑压制下去。嘲笑者认为，只有老朽不堪的人才想得出这种陈腐见解！于是，最后定下的初期计划是，中央集团军群推进到斯摩棱斯克…奥尔沙陆桥，此后希特勒就不准备进一步采取行动了。这种功亏一篑的做法是造成1941年德军失败的原因之一。
德国陆军总部没有坚持澄清战争目标和执行作战计划的方法，这显然是他们的过错。不过，希特勒牢牢地控制着德国整个战争机器，他象他的先驱者“决定命运的人”一样，相信他自己的命运。因此，陆军总部只好把事情搁置起来，他们相信，船到桥头自会直，希特勒的非非之想要是无人提起，就会自行消失。同时，陆军总部加强了北方集团军群的力量，希望他们通过波罗的海国家的速度能象中央集团军群向斯摩棱斯克推进速度一样快，避免在攻打莫斯科之前使军事行动停顿下来。12月17日呈送希特勒签署的第21号指令没有足够重视希特勒的最新指示。这没有逃过他那锐利的眼睛和牢固的记忆，于是他修改了这个方案，明确规定：要优先保证肃清波罗的海的敌人，夺取列宁格勒与喀琅施塔得；为此目的，中央集团军群要向北抽调强大的装甲部队。只有达成上述目标，才能恢复对莫斯科的攻势。这次攻势原名“弗里茨”，后来奉希特勒之命改为“巴巴罗萨”，这是以12世纪死于东方的神圣罗马帝国霍亨斯陶芬王朝皇帝菲特烈一世的名字命名的，这个新名字给这场战争涂上了圣战的色彩。第21号指令（即“巴巴罗萨”行动）是希特勒以武装部队总司令的身份于1940年12月18日签署的。
第21号指令在目标、语言与形式上都杂乱无章，含糊不清。开头几行讲的目标是以一场快速的战争击溃苏俄。可是在“总目的”这个标题下，却又说这一行动的最后目标是沿阿尔汉格尔斯克…伏尔加全线建立一道屏障，以对付俄国的亚洲部分。从指令的正文部分可以找出希特勒的手迹，他头衔很多，时而出现是实业家与经济学家，时而出现是最高统帅，时而又是（下至军一级的）陆军部队指挥官（他讨论了在罗瓦涅米地区使用二、三个师的细节问题），时而甚至成了“飞行员希特勒”，因为他指示德国空军如何保障渡河的安全。指令提出德国空军应摧毁工业区，击溃（有时追击）苏军。顿涅次盆地因为军火工业集中，地位十分重要，应与莫斯科一样“作为追击作战目标的一部分”加以