切尔尼亚霍夫斯基的第3白俄罗斯方面军已经向正西方运动，进入了东普鲁士到达罗科索夫斯基的北面，他利用雾、低云和低空飞机的噪音来隐蔽为发动进攻而正在集结的部队，于1月13日进攻劳斯的第3装甲集团军。进攻是上午六时开始的，但是尽管支援火力十分猛烈，苏军进展还是很缓慢。施洛斯贝格和卡坦瑙在战斗中几经易手。提耳济特在1月18日被攻占。虽然遭到巨大的压力，第3装甲集团军继续扼守一条攻不破的战线。驻守马祖里湖前面暴露的突出部的霍斯巴赫的德军第4集团军还没遭到进攻，可是在罗科索夫斯基的第2白俄罗斯方面军正面的魏斯的德军第2集团军有溃散的危险。虽有水手、空军地勤人员和人民冲锋队的增援，还是有许多士兵逃跑或者投降。有些坚固支撑点一被包围就停止战斗，守军中的一些指挥官因失职而被就地枪决。1月23日傍晚，沃尔斯基的第5近卫坦克集团军的第29坦克军的一支特遣队抵达了波罗的海沿岸的埃尔平。当坦克开着前灯沿大街驶过时，商店仍在营业，工厂仍在开工。托龙尼和马利英堡也被攻占，至1月26日第3装甲集团军、第4集团军和德军第2集团军的一部分已被包围在东普鲁士。罗科索夫斯基的部队在十二天内挺进了一百二十五英里。德国作战日记的笔者当时就注意到，苏军善于使用地图并绕过了所有的抵抗中心，他对苏军指挥的灵活性留下了特别深刻的印象。
赖因哈特曾敦促及早把马祖里湖以西的霍斯巴赫的第4集团军撤走，可是一直到1月21日希特勒才同意撤退。那时正需要在位于沃尔姆迪特附近的第3装甲集团军的后方面朝西建立一条新防线，来掩护由于突破了第2集团军的防御所造成的缺口。1月22日，元首进而同意撤离梅默尔，但是，第二天他又坚持要不惜一切代价坚守马祖里湖区内的列特岑防线，这一阵地已经由于苏军的推进而被从侧翼包围起来了。赖因哈特深信他应该带上大批东普鲁士居民撤退，希望能进入德军在维斯拉河和但泽以西的诺加特阵地。德军第4集团军司令霍斯巴赫与他持同样观点，并且退守马祖里湖以西的海耳斯贝克准备在西面发动一场进攻。1月26日，多疑的希特勒对赖因哈特和霍斯巴赫大发雷霆，下令把他们撤职。赖因哈特由北方集团军群的伦杜利克替换，霍斯巴赫则由米勒取代。希特勒特别命令伦杜利克死守东普鲁士首府柯尼斯堡，直到最后一兵一卒。就在当天，希特勒又对部队重行改组和重编番号。北方集团军群改为库尔兰集团军群，中央集团军群改为新的北方集团军群，而A集团军群则改为中央集团军群。新组建了维斯拉集团军群来保卫但泽和波美拉尼亚。它下辖魏斯的第2集团军和大多由残余的部队和分遣队组成的布赛的第9集团军。指挥权交给了希姆莱（同时兼任后备军司令、警察和党卫军头子），因为希特勒抱有这样的信条：一个人忠诚可靠、狂热盲目要胜过他在军事上的才干和经验。这后两条特长希姆莱根本沾不上边。由于库尔兰和北方集团军群与帝国之间的联系被割断了，东部防御完全仰仗维斯拉集团军群，它负责守卫通向北部德国的通道。而中央集团军群则保卫萨克森、苏台德以及捷克斯洛伐克全境。南方集团军群仍在匈牙利，德军继续扼守南斯拉夫和意大利北部的大部分领土。希特勒仍认为对德国生存至关重要的战略地区是匈牙利的产油区、维也纳盆地以及但泽湾内的德国潜艇深水训练场。二十六个师在库尔兰，二十七个师被孤立在东普鲁士。
东普鲁士的战事已近尾声，尽管伦杜利克在柯尼斯堡、萨姆兰以及弗里舍湾南岸的部分地域坚守了好几个月。其间争夺波美拉尼亚的战幕即将拉开。苏军部队在弹药和车用燃料供应上遇到了困难，因为铁路的敷设和维修远远跟不上部队的推进。但是，它们有充足的良好机场和食物供应。原计划用罗科索夫斯基的第2白俄罗斯方面军去消灭维斯拉集团军群所辖的魏斯的第2集团军以及新组建的由施泰纳指挥的第11集团军。可是，2月10日向新什切青发动的进攻，不料却在十天后受阻。许多苏军师拖得疲惫不堪，每师的兵员减少到只剩四千人。此时，第2白俄罗斯方面军的作战实力约为三百辆坦克和四十五个步兵师。已经逼近奥得河的朱可夫的第1白俄罗斯方面军，为了保障其翼侧的安全，向北插入波美拉尼亚西部，向前推进三十多英里，沿途遇到稀疏的抵抗，消灭了在德意志…克隆和阿恩斯瓦尔德的敌集群。于是苏军拟订了一项攻入波美拉尼亚的新计划，计划规定由第1和第2白俄罗斯方面军实施。罗科索夫斯基的第2白俄罗斯方面军将继续向北攻入波美拉尼亚的中部和东部，主要突击点最初选在科夏林。朱可夫的第1白俄罗斯方面军将于一个星期后再开始进攻，从阿恩斯瓦尔德向北攻入波美拉尼亚西部，主轴线从阿恩斯瓦尔德到波罗的海沿岸的科沃布热克。
德军第3装甲集团军司令劳斯那时已从东普鲁士返回波美拉尼亚，因为计划让他的司令部在本月晚些时候接管新组建的第11集团军司令部。劳斯看到用于防御的某些部队的情况，他怀疑能否守住波美拉尼亚，特别是那个所谓的波美拉尼亚师是一支成分纷杂的工兵、空军地勤、海军测绘队、人民冲锋队组成的部队。它们没有火炮、反坦克炮、通信器材或后勤供应，有时甚至没有团、营指挥官。按照元首的命令，希姆莱即将发动连古德里安也寄予巨大希望的施塔加尔特反攻。希姆莱告诉劳斯，他和元首都深信施塔加尔特攻势将会以对德国有利的方式决定战争的结局。接着就开始选拔军官填补团级和营级指挥官职位的空缺，这些人员仅仅是希姆莱从一份假期已满即将返回库尔兰集团军群的军官名单中选定的。这些军官中许多人是在战斗真正打响以后才由希姆莱派车匆匆送往各自的岗位的。2月15日开始的施塔加尔特反攻失败了，几乎是即刻便被阻止住了。
2月20日，除了元首和他身边小圈子里的人以外，所有的德国人都已看到形势异常严重。施佩尔一再断言，战争已经输了，但是元首早已拒绝接见他。古德里安已通知里宾特洛甫必须至少在一条战线上寻求停战。比较开明和比较持批评态度的人认为德国的处境已经毫无希望。在奥得河中段，柏林受到第1乌克兰方面军和第1白俄罗斯方面军的直接威胁，在维斯拉河下游埃尔平和马利英堡周围的苏军部队正奋力突破但泽和格丁尼亚。2月21日，元首发布了一系列不切实际的命令。在上西里西亚的第17集团军准备攻打第1乌克兰方面军的左翼。按照希特勒的命令，奥得河…尼斯河一线要守住，而对德国在波罗的海的海军十分重要的什切青…但泽铁路则要不惜一切代价死守。真实的情况却如参谋总长和第2集团军司令所主张的，要求从库尔兰、东普鲁士和整个波美拉尼亚撤退。2月15日，第11集团军从施塔加尔特向阿恩斯瓦尔德进攻，所获甚微，再次被敌人逼得退了下来。一星期以后，当罗科索夫斯基从但泽和比德哥什之间的地域开始进攻时，波美拉尼亚德军的命运已成定局。
起初苏军进展缓慢，可是新什切青在2月28日被攻占。3月1日，朱可夫的第1白俄罗斯方面军的部分部队从阿恩斯瓦尔德加入了这场攻势，为此朱可夫使用了四个步兵集团军、两个坦克集团军和其他的军从阿恩斯瓦尔德发起突击，只留下三个集团军扼守奥得河。德军最高统帅部未曾预料到会有大批部队集结在北部。科兹洛夫的第19集团军于3月5日抵达波罗的海沿岸的科斯林，德军第2集团军被包围。然后苏军部队向西朝科尔贝格，向东朝格丁尼亚成扇形展开。
元首的反应是可以预料得到的。科尔贝格成了一座要塞。他发出了收复波美拉尼亚的响亮号召。五个装甲师和装甲护卫师奉命从中央集团军群北上赶往什切青。可是车用燃料不足，只够用于作战，部队调动只能依靠铁路。待到部队赶到什切青，桥头堡很快就遭到别洛夫的第61集团军和波格丹诺夫的第2近卫坦克集团军从奥得河以东和什切青湾发动的进攻。所有的德军增援部队都卷入了这场战斗。其间，从波罗的海国家、东普鲁士和波美拉尼亚来的成群结队的难民（主要是妇女和儿童，年纪很小的少年和很老的老人）为了逃避苏联人和波兰人的暴行，乘着农用马车或徒步冒着严寒向西行进，他们把大路和小道全阻塞了。其中许多人穿过库里舍河和弗里舍河流域，离乡背井逃离波罗的海国家和东普鲁士。这是两条长逾五十英里、宽不到一、两英里的狭长地带，分别把梅默尔和柯尼斯堡以及柯尼斯堡和但泽连结起来。难民们由于长期在野外奔波，又经常遭受空袭而不断死亡，他们尾随被押解西行的俘虏和劳工长途跋涉。有时他们受到炮火的轰击，至少有一次，一队苏军坦克故意把一批沿路逃亡的难民辗压在坦克履带之下。德军第2集团军和第3装甲集团军被分割成孤立的部队和支队，这些部队在以后的几周内继续进行战斗。第10党卫军军和特陶军级集群被围困在巴特波尔金附近。施塔加尔特在3月5日被攻占，被围困在格鲁琼次的守卫部队第二天也被歼。
德军反坦克防御主要依赖反坦克手榴弹和短程空心装药火箭弹。在战斗中被击毁的五百八十辆坦克中有三分之二是被勇敢的士兵和青年在近战中击毁的。反坦克连是由乘坐摩托车和自行车的后勤兵组成，随时准备机动。在巴尔登堡，有十五辆坦克出其不意地突破阵地，一小批五十岁以上的德军临危不惧，虽有牺牲却击退了坦克的进攻。这些德军中的每一个人都是生平第一次看到敌军坦克。当天中午，一个森林观察站（该站也是警报系统的一部分）打电话说苏军坦克正在附近集结，一个自行车连立即从巴尔登堡出发蹬上自行车，拼命追赶。结果那天下午击毁了六辆敌军坦克。尽管这些英勇的非正规部队可能对野战部队作出有价值的支援，可是没有野战部队作为骨干，德军的抵抗是不可能持久的。拉脱维亚党卫军师和法兰西党卫军师在敌军突破后与第2集团军失去了联系，他们就象洪水般地退了下来。许多人如惊弓之鸟，仓惶逃命。他们的行为危及到当时仍然英勇顽强的人民冲锋队的士气。敌军士兵化装成波罗的海难民或波兰难民，将武器藏在马车里，加入了车队，在进入后方后便进行突然袭击，占领交通中心。被占领地区发生了屠杀和奸淫的惨剧。
2月25日下午，当第3装甲集团军接到元首命令要把科尔贝格变成一座要塞时，劳斯表示反对。劳斯的理由是城里到处是医院和伤兵，难民更是人满为患，他又缺乏守城的武器或组织城防的指挥人员。陆军总部告诉他，一名上校将坐飞机赶来接任要塞司令官，十二门新式反坦克炮将从施潘道调来。这些决定都没有考虑到已知的消息，即通往科尔贝格的所有铁路交通都已被医疗列车和难民列车挤得水泄不通。在两天之内，难民和居民筑起了层层土木工事和堡垒，城里城外都组织了突击队，强征人员和器材作防御之用。要塞司令在他的辖区内操生杀大权，没有人对他的命令表示过反对。在科尔贝格，人民冲锋队拼命战斗到3月18日，掩护伤员和难民从海上撤退。3月20日希姆莱被解除维斯拉集团军群司令的职务，由前第1装甲集团军司令海因里希接替。可是至此波美拉尼亚战役已快要告终了。格丁尼亚于3月28日失陷，两天后，但泽被攻占。第2白俄罗斯方面军声称在那里俘获一万人，一百四十辆坦克和四十五艘潜艇。守卫格丁尼亚和但泽的德军，带领缠住他们要求保护的难民，不顾最高统帅部的相反的命令，奋起反抗，向东运动，进入维斯拉三角洲。他们在维斯拉河和诺加特之间一直坚持到战争结束。
在2月10日到4月4日之间，据说第2白俄罗斯方面军俘虏了六万三千名战俘，而第1白俄罗斯方面军声称俘虏二万八千名。这次短促的战役消除了德军从北翼发动进攻的危险，虽然当时训练不足和已被打乱的德军自阿登攻势以来由于缺少飞机和车用燃料已无力在任何地方再发动强大的密切配合的攻势。在波美拉尼亚的这场短促的战役使得苏联空军能够威胁到通向库尔兰和东普鲁土的海上交通，并使苏军进攻柏林又增加了十个集团军。
苏军对德国平民所犯下的奸淫枪杀等暴行，与德国党卫军特别行动队在俄国犯下的罪行在某些方面相差无几。苏军的罪行可能还要更令人生畏，因为不仅是内务人民委员部，而且苏军的军