伦杜利克的北方集团军群的编成内，有驻扎在柯尼斯堡以东的劳斯的第3装甲集团军（当北方集团军群司令部于2月间撤往波美拉尼亚组织防御之后，第3装甲集团军已不属该集团军群），以及柯尼斯堡西南和南面的米勒的第4集团军。原来亦属赖因哈特指挥的魏斯的第2集团军当苏军抵达弗里舍湾的时候，已被赶向西面并被置于维斯拉集团军群的指挥之下。第3装甲集团军的司令部后撤以后，第4集团军以二十三个师的部队据守弗里舍湾以南的一片纵深只有十二英里，宽约四十英里的地域，包括在这一地域北端的柯尼斯堡城。戈尔尼克的萨姆兰集群被柯尼斯堡以西苏军占领的一块八英里地带所隔开，这一集群由约九个师的特遣队和其他部队组成。
此时，罗科索夫斯基的第2白俄罗斯方面军已投入波美拉尼亚的攻势，因此，歼灭柯尼斯堡和萨姆兰敌军的任务赋予了巴格拉米扬的第1波罗的海方面军，而切尔尼亚霍夫斯基的第3白俄罗斯方面军则要消灭弗里舍湾南岸的德军第4集团军。第2波罗的海方面军从第1波罗的海方面军手中接过了牵制更北部的库尔兰集团军群的任务，并在切尔尼亚霍夫斯基和巴格拉米扬指挥的部队之间作了某些调整。可是，在2月的第三个星期，苏军遇到了更大的挫折与不幸，拖延了最后攻势。2月19日，即第1波罗的海方面军原定进攻柯尼斯堡的前一天，德国人从柯尼斯堡和萨姆兰发动进攻以重新建立一条通往该城的陆上走廊。在德国海军舰炮的支援下，德军进攻得胜，三天以后建立了一条牢固的陆上走廊，使柯尼斯堡的寿命又维持了两个月。2月18日，离预定发动的攻势仅两天了，第3白俄罗斯方面军司令员切尔尼亚霍夫斯基在麦赫塞克附近被击毙，因此有必要延迟作战时间和重新改编苏军部队。作为最高统帅部的代表并控制着这两个方面军的华西列夫斯基，2月21日接过了第3白俄罗斯方面军的指挥权。由于未能阻止敌军援救柯尼斯堡而暂时失宠的巴格拉米扬被降了级，第1波罗的海方面军的番号改为第3白俄罗斯方面军的萨姆兰集群，巴格拉米扬隶属于华西列夫斯基。攻势则推迟到3月13日发起。
希持勒于3月11日命令北方集团军群司令伦杜利克重新指挥库尔兰集团军群，预计苏军将在库尔兰发动一场新的攻势。接替伦杜利克的是前第2集团军司令魏斯。
到那时，德军通过重新打开的走廊在柯尼斯堡集结了补给物资。虽然华西列夫斯基估计在该桥头堡以南有十九个德军师，而在柯尼斯堡和萨姆兰仅有十一个师，但他得到斯大林的同意，决定改变进攻重点，在开始向柯尼斯堡和萨姆兰发动攻势以前，先攻打南部的敌军。进攻开始时，天气恶劣，飞行条件很差，进攻的目标是中部的海利根拜尔。德军防御工事构筑坚固，抽水站业已毁坏，大片地区已被海水淹没。第4集团军拼死抵抗，寸土必争。到3月19日，这个桥头堡已被压缩成一个二十英里长、六英里宽的地域，由于它仍在继续缩小，第4集团军被迫退缩到向弗里舍湾的皮拉乌突出的狭窄的巴尔加半岛。士兵开小差和临阵脱逃的事件屡有发生。3月18日，天气放晴，敌人加强了对这个岬角的轰炸。德军第6军派一名代表去见元首，要求批准从海滩上撤走，遭到拒绝。可是在3月26日，希特勒同意“在所有的火炮、坦克和车辆全用船运走以后”可以撤退。那时要援救部队和他们随身携带的武器都已为时过晚。许多士兵的确渡过弗里舍湾逃往弗里舍河和皮拉乌，但华西列夫斯基却声称俘虏四万六千人，缴获六百辆坦克和强击火炮，另外还歼敌九万三千名。
接着，华西列夫斯基把注意力转向柯尼斯堡和萨姆兰。巴格拉米扬的萨姆兰集群司令部被解散了，它的参谋人员和计划全并入了第3白俄罗斯方面军司令部，巴格拉米扬的部队归方面军直接指挥。据苏方估计，柯尼斯堡有四个步兵师、萨姆兰有十一个步兵师，德国空军的战术支援飞机减少到大约一百七十架，这些飞机是从萨姆兰的机场或柯尼斯堡的主要大街上起落的。普雷格尔河的水闸都已打开，周围的地区成了泽国。
对柯尼斯堡的最后进攻要作详尽的准备。据苏联历史学家说，苏军把柯尼斯堡地图下发至排长，图上标明了编号的每一街区、街道和控制点。为了对高级指挥员介绍情况，又制作1：3000比例尺的柯尼斯堡市沙盘。空军调集起来提供空中支援，计有：第18远程航空集团军、列宁格勒方面军和第2白俄罗斯方面军的空军部队，以及增派给第3白俄罗斯方面军、有两个建制航空集团军的波罗的海舰队的飞机，总数达两千四百架，由空军司令诺维科夫负责协调和控制。内河炮艇由陆路从芬兰湾内的奥腊尼恩巴乌姆运到普雷格尔河，铁道火炮连同203毫米和305毫米重炮从列宁格勒地域拉了过来。拥有总数为十三万七千人，五百三十辆坦克和自行火炮的四个集团军被派去攻打柯尼斯堡。
此时，柯尼斯堡城内的形势看来岌岌可危。北方集团军群司令部已从东普鲁士撤离，萨姆兰集群和柯尼斯堡要塞的指挥权移交给米勒和第4集团军司令部。这位战后被希腊行刑队处决的军官，4月2日到柯尼斯堡作了一天访问，他与柯尼斯堡要塞司令拉施进行了针锋相对的激烈的争吵，接着又威胁着说，他要向元首报告拉施的悲观情绪。然后米勒在一所大学建筑物的地下室里对部队全体指挥官和纳粹党领导人讲话，他用轻快活泼的语气向他们保证，柯尼斯堡不仅能守得住，而且他，米勒本人，还要把敌人赶出东普鲁士。可是这时候，萨姆兰集群从拉施手下调走了一个步兵师和他剩下的装甲师。这样拉施就只剩下四个步兵师和八个人民冲锋队营，总共才三万五千人。德国空军的支援已经名存实亡。这时苏军正充分利用自由德国委员会组织中的追随者，在城里窃听电话谈话，还把扮作士兵和平民的无数德国间谍派进城去。3月底，一伙穿军服手持自动步枪的德国人袭击了第561人民步兵师。他们自称是掉队的士兵，掠走二十名俘虏，尔后消失在苏军防线那边。搞得德军内部到处怀疑有人背叛变节。在十万之众的居民中有一种极度恐慌的情绪，有这么多的平民存在只能削弱战斗力和降低守军的士气。东普鲁士行政长官科赫忠诚地执行了元首的指令，不许任何人撤离。这些城市居民连农村的交通工具都没有，也根本无法抗拒他的命令。
在航空兵和炮兵进行猛烈的火力准备之后，苏军4月6日中午开始发起突击，到傍晚步兵已经打进了城。要塞司令拉施要求米勒准许他撤往萨姆兰，但遭到拒绝。可是到了第二天，柯尼斯堡和萨姆兰集群之间的联系被切断了，米勒却命令拉施突围，这已为时过晚。4月9日傍晚，负了伤的拉施要求授权停止抵抗，未获同意，接着便投降了。4月10日战斗停止了，只有一些被孤立的包围圈内的战斗仍在进行。4月12日，狂怒的元首在拉施缺席情况下不经审判就把他判处死刑，他的家属被党卫军逮捕，作为人质。米勒也被解职，由被围困在维斯拉河三角洲的第2集团军残部的司令官绍肯接任。大约就在行政长官科赫乘坐一艘破冰船逃往丹麦的时候，苏军进入了柯尼斯堡城，该城成为可怖的洗劫和肆虐的场地。
4月13日上午，向德军萨姆兰集群发动进攻的最后阶段开始了。估计德军的兵力是八个步兵师和一个装甲师，拥有兵员约六万五千名；第二天，为防止苏军突破，德军开始退却到菲斯豪森皮拉乌半岛，大约有两万兵员设法抵达皮拉乌并在该地仓促组织防御。他们疯狂抵抗，六天后才被粉碎。这时，从港口通过海路撤走了司令部和部队特遣队，以及大批平民。苏军的波罗的海舰队没有企图阻止这一行动。在4月13日至4月26日之间，第3白俄罗斯方面军声称俘虏了三万人。东普鲁士战役延续了一百零五天。北方集团军群、德国海军和德国空军有异乎寻常的耐力。苏方伤亡亦重，在2月10日以前的四个星期中，第3白俄罗斯方面军损失了百分之二十二的兵员，第2白俄罗斯方面军损失了百分之十五。苏联历史学家认为德军能把这次战役拖延如此之久，关键在于敌人能够很好地利用海上交通。
这时在东线有一百三十五个虚弱的德军师，在莱茵河有七十七个散乱的德军师。
此时，希特勒不顾苏军在奥得河集结准备攻打柏林，竟然下令在其遥远的南翼匈牙利发动攻势。元首的企图是包围位于多瑙河和德拉瓦河之间的第3乌克兰方面军的一部分，在多瑙河上建立新的桥头堡，他还企图重新拿下布达佩斯和东匈牙利。他的目标（他是这样说服自己的）主要是经济上的，因为匈牙利和奥地利的油田生产德国需用的石油的百分之八十。古德里安说，谁也别想说服他把部队调往奥得河。为此，希特勒计划把刚从阿登撤下来的泽普·迪特里希的第6党卫军装甲集团军投入匈牙利。
新的攻势将由韦勒的南方集团军群实施，勒尔在南斯拉夫的E集团军群从南部实施辅助性进攻。巴尔克的第6集团军和匈牙利第8军以及迪特里希的第6党卫军装甲集团军，总共十个装甲师、五个步兵师将向巴拉顿湖和韦伦采湖之间的地域发动进攻，并把托尔布欣的第3乌克兰方面军分割成两部分。由安吉利斯指挥的第2装甲集团军以四个步兵师从巴拉顿湖南部向东进攻，而E集团军群的三个师则从南部渡过了德拉瓦河。托尔布欣指挥的方面军由五个集团军组成，共有三十七个苏联步兵师、六个保加利亚步兵师、两个坦克军、一个机械化军、一个骑兵军，总兵力超过四十万，坦克和自行火炮达四百辆，飞机一千架。苏军部队正在准备进攻，为达到此目的，部队进行了大纵深配置。托尔布欣知道德军在布达佩斯西南的进攻已迫在眉睫，这一情况在3月初从匈牙利逃兵那里也得到了证实。苏军最高统帅部的意图是推迟发动苏军攻势，坐待德军攻势的锐气消耗殆尽。为此苏军部队奉命只能据守，不得反攻。
第3乌克兰方面军由于地处低洼地区，前方后方都是一片河网水道，所以处境有些困难。此外，多瑙河构成了一道横贯苏军交通线上的巨大障碍。在前方地域这些水障有利于防御，而在后方，则使部队运动和补给问题复杂化了；多瑙河里还布满了浮冰，对在布达佩斯以南使用着的八座浮桥（有些浮桥的最大载重量仅六十吨）和渡口构成威胁。为了克服这一困难，建造了一道高架缆车道，每天能向河对岸运送一千两百吨物资，同时苏军前方地域内首次使用了输油管输送燃料。
3月5日夜晚，勒尔的E集团军群渡过德拉瓦河进攻保加利亚第1集团军和南斯拉夫第3集团军，而安吉利斯的第2装甲集团军进攻巴拉顿湖南部的沙罗欣的苏军第57集团军。可是这些进攻仅是辅助性的。主要攻势于第二天在巴拉顿湖和韦伦采湖之间的地域展开，第6党卫军装甲集团军为右翼，第6集团军为左翼，进攻对象是加根的第26集团军和扎赫瓦塔耶夫的第4近卫集团军。德军发动攻势之前进行了三十分钟短时间的炮火准备，由于飞机数量有限，飞行气象条件恶劣，空中支援受到限制。突击的速度开始慢下来，起初两天，仅前进四英里。四天后推进十六英里，党卫军向第26集团军的进攻比较顺利。德军攻势减慢和停止的原因是第3乌克兰方面军炮兵司令涅杰林展开了预备炮兵，加以特罗费缅科的第27集团军的部队被调来堵住突破口。双方伤亡都很严重。3月10日，局势使托尔布欣担忧不已，因为苏军大部分预备队已投入了战斗，为此他要求把眼下仍在多瑙河以东留作最高统帅部预备队的一支部队格拉戈列夫的第9近卫集团军调给他。这一要求被拒绝了，因为到3月4日，德军的攻势看来正在失去势头。可是，3月14日韦勒把他的以第6装甲师为骨干的剩余的装甲预备队投入战斗。这支由二百辆坦克和强击炮组成的混合部队在以后的几天内，继续与特罗费缅科的第27集团军作战。第2装甲师对巴拉顿湖以南的进攻虽几经改变突击方向，但在沙罗欣的第57集团军炮火的压制下陷于停顿。在德拉瓦河的南斯拉夫部队和保加利亚部队在苏联军队的支援下成功地牵制了德军的桥头堡。
当苏军最高统帅部看清了韦勒已智穷力竭，便下令开始反攻。马利诺夫斯基的第2乌克兰方面军还未曾参战，第9近卫集团军作为预备队也未投入战斗。反攻由第2乌克兰方面军和第3乌克兰方面军实施，铁木辛哥以最高统帅部代表身份�