波罗探题。不料东窗事发，资朝、俊基和应召进京相谈的美浓土豪土歧赖兼、多治见国长被幕府捕获，不久即斩首。后醍醐又是赌神发咒，又是写誓书，才混过了这一关。由于这件事发生在正中元年（1324年），所以史称“正中之变”。
被人骂为“日本最大的天狗”的后醍醐，着实老实了一阵。
在第二年的正中二年（1325年），根据持明院统和大觉寺统签署“两统迭立”方案所拥立的大觉寺统皇太子邦良亲王病死，后醍醐和幕府由于立太子的问题再次产生矛盾。愤怒之下，后醍醐借为皇后安产还愿的机会，在圆观、文观祈祷神灵消灭北条，并密令在叡山大塔居住的皇子护良亲王（大塔宫）联络叡山延历寺的僧兵，准备在自己行幸叡山时起事。不料在元弘元年（1331年）八月二十四日，计划再次败露，后醍醐及重臣大纳言藤原师资、中纳言万小路藤房、北畠（读作はた，是畑字的异体）具行连夜化装潜出京都，奔赴叡山。二十七日，在大塔宫的接应下，又转移到木津川上游地势比较险要的置笠山驻扎，召集近国勤王兵马倒幕（元弘之变）。
九月五日，得知消息的北条氏大惊失色，六波罗探题的北条仲时立命大佛贞时、金泽贞东、足利高氏诸将率领兵马二十余万离开镰仓，前去进剿。置笠山一边，召集起来的武士和僧兵布下防御带，做好了作战的准备。但是，后醍醐的倒幕诏书在发出后却如同石沉大海，除了一个叫楠木正成（河内恶党首领，据考证为源、平、藤、橘四大姓中的橘氏后代，除橘右京和漫画家橘皆无、橘裕外橘氏一族中的超级名人！！）的小豪族起兵勤王外，诸国守护惧怕幕府势大，都采取了观望态度，竟无一人响应。但是，后醍醐还是非常欣喜的，因为在会见楠木正成之前，他曾经作过一个异梦，梦见自己坐在紫宸殿面南的御座上向两边恭敬的群臣发号施令，背后有一棵枝叶繁茂的大树，大树向南的部分枝叶长得最好，树荫笼罩了整个大殿。接着又有两个童子跪拜，然后向南方而行。后醍醐在见到楠木正成后，认为这个梦正是应在了他的身上，于是对他倍加器重。正成虽然出身卑微，却熟读兵法，非常具有战略眼光，在同后醍醐会面指出天下形势后，立即返回金刚山，建筑赤坂城和千早城准备抗战。
就在楠木正成走后的九月六日，攻下叡山的幕府军前锋部队三千人和置笠山防御部队在木津川开始交战。不久，幕府军主力到达，并对置笠山发动攻击。置笠山部队在凭借木墙坚守近二十天后，终于在二十五日战败。幕府军于二十七日发动三方总攻，后醍醐被捕，流放隐歧岛，光严天皇被拥立为新天皇。
【军神楠公】
置笠山政权在热闹了几天后便被镇压了下去，全国的倒幕派诸侯都庆幸着自己的明智而沉寂了，只有楠木正成还在赤坂城坚持着战斗。为了向天下【yixia】，幕府攻打这样一座只有两町大小，五百人防御的小城，竟派遣了足利高氏诸将率领的三十万大军。本以为可以一蹴而破的小小赤坂城在正成的出色布置之下固若金汤，城里布下了疑兵，城外又有游兵骚扰，三十万人马围攻二十余日，办法用尽，竟不能攻陷。最后还是由于城中兵粮不足，正成假装集体自焚，率领部队混出敌围，在群众基础良好的金刚山打起了游击战。幕府军在山林中到处挨打，耽搁了许多时日也找不到楠木军的踪迹，只好留下汤浅定佛的部分部队长时间驻扎赤坂城进行围剿，剩下的部队灰溜溜地返回了六波罗。
幕府军主力刚一撤，正成便率领他的五百亲兵走出山林，化装成民夫利用奇计再次夺回了赤坂城。然后，又在京都附近摄津住吉地方的天王寺打败了五千幕府部队，作出进京的架势。被搞得晕头转向的六波罗探题只好再次召集数万关东军进行讨伐。正成且战且退，将其引至赤坂城，然后自动放弃城池。幕府军大喜，立即向六波罗探题报捷。不料正成的部队却绕到后方切断了他们的粮食供给，幕府军不得不再次撤退。正成在迫退幕府军后再次夺回了赤坂城，除留下一将守御外，主力转移到了更加险要的千早城。元弘三年（1333年）正月，因为接连几次挫败而大为愤怒的北条高时再次调集数十万大军攻打赤坂、千早和在大塔宫控制下的吉野城。
这次，幕军采用了分而击之的方法，将兵力分成三队，阿曾时治八万人马攻打赤坂城；二阶堂道蕴六万人马攻打吉野城；剩下的数十万人马由大佛高直率领攻打千早城。十余日后，赤坂城、吉野城被攻落，驻守赤坂城的正成部将平野将监被俘，吉野城的大塔宫突围逃到了吉野山。只有千早城由于地势良好，三面悬崖，狭窄的山道每次只能容纳不过千人的队伍行走，正成又频施奇计，围困三个月之后依然完好地屹立在金刚山上。
由于楠木正成的努力作战，牵制了幕府的几乎全部军队，使各地的守护看到了幕府的无能，于是在正成和大塔宫的努力下，播磨的赤松则村、则佑父子在要隘苔绳城起兵，断绝了关西幕府军和六波罗的联系，并在船坂山收编了镇西探题派往京都支援六波罗探题的部队；伊予的河野一族大破长门探题的三百水军舰队；肥后的菊池武时、阿苏大宫司率领岛津、大友等豪族攻破了九州探题，倒幕的风潮如同瘟疫一样蔓延开来，全国性的倒幕形势开始形成了。
【倒幕风潮和新田义贞】
元弘三年（1333年）闰二月二十四日，在备后的名和长年等人营救下，后醍醐天皇躲藏在接应船只的干鱼堆中逃离隐歧岛，并在船上山建立了行在。幕府大将佐佐木清高率三千人马来攻，被四方前来的近国勤王部队全部歼灭，清高只身一人逃归。天皇逃离隐歧岛的消息很快便传遍全国，各国的守护纷纷派遣使者前来表示愿意接受节制，于是各国的作战势力趋于统一的指挥，避免了可能发生的军阀割据情况。
三月初，后醍醐命令宫方武将六条忠显领兵三万于十五日前出山阴道进攻六波罗探题。赤松则村得知消息后自愿率部担任先锋，一路上顺利地击破了幕府军，甚至在三月十二日攻入京都。但是由于兵力单薄，终于在巷战中落败，退往山崎、八幡地方屯扎，等待六条忠显的大部队。
虽然则村对京都的攻击最后失败，已经使北条高时惊恐万状。但这时围攻千早城的部队还未撤回，六波罗探题极为空虚，于是高时急命名越高家与足利高氏各率领七千六百人和三千人进攻船上山。足利高氏此时方临父丧，又患病未愈，正请假在家中休养，突然，一道接一道的命令传来，被逼无奈，不得不带病和弟弟直义及细川、今川、吉良等源氏同族一起于二十七日上路。高氏刚到丹波的篠村，就听说名越高家为赤松则村击败。他本来就因在父丧和患病时被高时提勒到前线而憋了一肚子的火，现在见进退无路，索性在四月二十七日于八幡神宫前宣布起义，并向全国的源氏发出檄文，要求联合倒幕。
五月七日，六条忠显、赤松则村、足利高氏率兵近十万，从三个方向对京都发动攻击。六波罗探题分兵六万迎击，全军覆没。六波罗府的首将北条仲时、益时挟光严天皇及皇族向镰仓方向逃跑。在到达近江时被追兵赶上，仲时、益时切腹，光严天皇及皇族被捕获。正在围攻千早城的幕府军队在得知六波罗探题陷落的消息后，解围退走，楠木正成的部队也终于开始转入反攻。
五月八日，足利高氏的同族表亲新田义贞、肋屋义助兄弟在上野生品名神神社前举兵。由于义贞奉高氏之子，四岁的千寿王（后来的义诠）为首领，甲斐、信浓、上野、下野、上总、常陆、武藏的源氏陆续引兵来合，部队从最初的一百五十人猛增到二十万七千人。义贞率领这支大兵，向镰仓挺进。十日，镰仓方面急忙调集十一万人马，在大将金泽贞将、樱田贞国统带下，于武藏的入间川迎击义贞的部队。由于全国形势对北条越加不利，幕府军士气涣散，义贞轻易就将之击溃了。
十五日，镰仓方面再派北条泰时率兵十万在武藏的分倍河原同义贞军决战，再次全军覆没。幕府军至此损失殆尽，义贞放心大胆地将部队分成三个集团：右翼大馆氏明向极乐寺方向进发、左翼堀口贞满向洲崎与巨福坂方向进发、自己和义助为中央军向化妆坂方向进发，合围镰仓。十八日早晨辰时，同北条氏的最后决战开始了。
北条的武士在最后关头打得非常英勇。在这一日一夜的苦战中，洲崎方向的战斗最为惨烈，由于守军的拼死抵抗，堀口贞满进行了六十五次艰苦的突击战，最后守将北条守时在大势已去的情况下与全体士兵集体自杀，洲崎才宣告攻克。极乐寺方向的大馆氏明甚至被敌将大佛贞直杀伤，右翼军几乎被击败，义贞在得知消息后亲率两万部队向大佛贞直军及幕府残余部队后退的片濑、腰越方向杀去。
二十一日半夜，当义贞到达稻村崎时，大佛贞直的数万部队已经在这个险要的高地筑起了由木城和木盾组成的防御工事，稻村崎的海面上也排列了大量的战船，箭矢象蝗虫一样向着义贞军所处的狭窄山道射来，许多武士因为躲闪不及而受了伤。在前进无路的情况下，义贞跳下战马，卸下头盔，解下腰间的黄金太刀，迎着已露出曙光的海面暗暗祈祷：“义贞今天为了尽臣下之道，起义兵杀贼。如果上天怜惜义贞的忠义，就请退潮，开出一条道路。”说完，他将太刀丢进了海中。不知是运气太好还是祈祷真的生了效，海水竟然真的退了去，露出一大片沙滩，敌人的战船也被冲到了很远的地方。义贞和武士们在欢呼声中绕过工事，消灭了敌人的最后力量。
幕府方的有生力量已经被全部消灭，北条高时在四面楚歌的绝望中烧毁了幕府，然后带领着北条一族八百七十人在东胜寺集体自杀，许多深受北条氏恩典的武士也纷纷自杀殉主。据说，在这最后的时刻，北条一族的每个人都露出了平和的神色，男人和女人都身着白衣，默默地走向了死亡。北条一族自此从日本历史上消失了（注意，战国时候的小田原北条只是冒名的西贝货），高时这一年只有三十一岁。
新田义贞的关东大军在北条一族灭亡的当天，也就是二十二日进入了镰仓。末代将军皇族守邦亲王被废，自赖朝开幕以来经历了一百四十二年的镰仓幕府至此结束。二十五日和二十六日，各地尚在抵抗的幕府部队全部投降，全国宣告平定。
【建武中兴？】
元弘三年（1333年）五月二十二日，六条、赤松、足利等将领联名奏请后醍醐天皇御驾回归京都主持政务。二十三日，后醍醐在名和长年等武士的保护下，率领身着甲胄的公卿浩浩荡荡地向京都挺进。二十五日，后醍醐在途中下诏宣布废除光严天皇。三十日，赤松则村父子带领宗族武士五百在摄津的兵库迎接了御驾，在当地休整了两天后，队伍继续出发。六月二日，在摄津地区活动的楠木正成带着胜利的喜悦同部下的七千武士共同在路上迎接了天皇。后醍醐将正成召到身边，感慨万分地说：“今日之成功，全是赖你忠诚能战的荫庇呀！”然后命他和他的同志们在凤辇之前，为队伍开道。御驾在到达西宫时，从镰仓赶来的新田军的使者向天皇报告了镰仓幕府灭亡、北条一族自杀的消息，君臣上下尽皆大喜。四日，御驾到达京都，在东寺休息，在京的武士和摄政关白以下公卿百官集体前来迎接。五日，京中举行了盛大的入城仪式。六条忠显带领五百名带刀武士分成两列徒步警戒街道，足利高氏、直义率领骑兵五千人为前驱，楠木正成、赤松则村、名和长年及百官穿戴甲胄环饶着凤辇，旗幡飞舞，缓慢地进入了二条皇宫，前来观看的百姓和各地勤王军队塞满了沿途街道。
后醍醐天皇在复位之后，于第二年（1334年）改年号为建武，废摄政关白之职，将行政权力集中到了自己手中，然后开始按照自己的理想进行改革。
刚从河内志贵山回归的大塔宫被任命为征夷大将军（这时已经成为荣誉职位，不再拥有兵权），辅助改革。足利高氏被宣布为功勋第一（真没天理！），赐与御名“尊治”的“尊”字，更名足利尊氏，正三位参议职，封地武藏、常陆、下总三国；新田义贞从四位上职，封地越后、上野、播磨三国；楠木正成从五位下职（简直是忘恩负义，欺负乡下人），封地摄津、河内二国；名和长年、六条忠显以下诸人根据功劳大小赏赐不等。值得一提的是，在大塔宫很有远见的建议下，特封北畠显家�