考虑到法国舰队的状况，遭到惨败也不奇怪。法国人战死或溺水者共计1；700人，受伤1；500人，被擒获者3；000人。18；000人的法国舰队，只有1；800人死里逃生。除布吕埃斯英勇阵亡外，法国舰队共伤亡9名舰长，包括卡扎比昂卡和他9岁的儿子。尽管拿破仑在事后对布吕埃斯颇有微词，但这位45岁的海军中将在海战一开始就将生死置之度外了。开战不久，他的头部和身上就多处受伤，半小时后，他的左腿被英国人的加农炮弹炸飞，他仍然不肯离开后甲板的指挥台；但没过多久，他就断气了。
法国舰队被纳尔逊的舰队打得几乎全军覆没的消息对拿破仑无异于晴天霹雳，但他控制住了自己。在他一生的军旅生涯中，他从来不愿意承担任何错误的责任，不论是陆战还是海战，拿破仑很快会将责任推到别人头上，这次自然也不例外。在给巴黎的报告中，他指责这是布吕埃斯的过错。如果布吕埃斯“服从命令”，按照他的旨意在“24小时内”驶入亚历山大港，这场惨祸就不会发生。当然，布吕埃斯中将并没有看到这样的命令。“如果说在这场重大的事件中他犯了错误的话，”拿破仑下结论道，“他的英勇阵亡已经补偿了他的错误。”
根据拿破仑的命令，布吕埃斯曾经对亚历山大港的水深进行过勘测；勘测结果表明水深不够，拿破仑后来也曾经向巴黎如此报告过。但在海战后4个月，拿破仑命令接替布吕埃斯的海军少将冈托姆告诉巴黎，舰队可以驶入亚历山大港！这一次，软弱的冈托姆没有从命，公然对抗他的上司。“我只有在最紧急的情况下才会接受如此重大的责任，我的意见是：驶入这样一个港口对于任何吃水超过20英尺的船只来说都是十分危险的。”法国舰队中最小的舰只的吃水也接近22英尺。
拿破仑的确提出过让舰队驶往科孚海峡的方案，但这也是不可行的，因为舰队尚未完全卸载，并且没有食物和淡水可供补给。再说，拿破仑所谓的驶往科孚海峡的指令不够明确，有些模棱两可；况且他说过，如果无法驶入亚历山大，也可以在阿布基尔湾停泊。即使布吕埃斯希望出海，如同在发现英国舰队的时候他曾经想到的那样，也是无法实行的，因为当时还有3；000人在岸上。船上的淡水桶已近告罄，储备的食物也仅够在海上航行数天之用，没有哪一个有责任心的舰队司令会命令他的舰队在这样的情况下出海航行的。
尽管如此，在后来给督政府的报告中，拿破仑继续指责布吕埃斯违抗了他的命令，没有将舰队开进亚历山大的旧港，而他的舰队是可以驶进这个港口的。这当然是无稽之谈。他指责布吕埃斯将舰队停泊在阿布基尔湾而不加任何防范措施，这一指责还有一些道理。阿布基尔湾没有进行适当的防御，海滩上也没有，布吕埃斯也没有派出护卫舰在海湾地区巡逻以便及时发现前来袭击的英国舰队（虽然拿破仑自己也以为英国舰队是在封锁马耳他）。最后，拿破仑又向督政府重复了他过去的论调：“7月5日，我离开亚历山大时曾经命令海军司令在24小时内驶入那座城市的港口，或者，如果他发现无法驶入港口的话就将舰上的大炮和货物卸下，然后驶向科孚海峡。”拿破仑还认为，他离开亚历山大时以为他的（并不存在的）命令已经执行了。正如布列纳所说的那样：
在拿破仑给政府的战报中从来没有将整个事件的真实情况全面报告过，即使是对他稍有不利的事实，他也会掩饰真相。在可能的时候对事实进行伪装、篡改和隐瞒，他是很内行的。当别人的观点和他不同时，他常常更改别人写的战报，或是加进一些毁谤别人的内容，然后将其付印。为了自己的荣誉他不惜隐瞒事实——他认为不这样做是很愚蠢的。
因此，拿破仑当然没有告诉督政府，布吕埃斯以及其他海军军官曾经无数次地向他请求给舰队补充军粮；他也没有向他们报告，在海战发生前不久，舰队官兵是在靠很少的定量食物和淡水维持生活，因而大家的身体都十分虚弱；他更没有报告，布吕埃斯几乎死于疟疾、在海战爆发前仍然十分虚弱。拿破仑自然不会向巴黎承认他是在战前没有为自己的海军司令提供充分的海军情报资料的情况下，就将这支舰队送到一个连是否能够驶入这个国家惟一一个港口的安全水域都不清楚的境地了。
法国舰队失败的影响，他们很快就感觉到了。失去了海军、失去了重要的高级将领（布吕埃斯阵亡、维尔纳夫和德克里斯已从海上逃离），拿破仑和他的远征军队陷入了孤立无援的境地。海上的退路已被断绝，在他们的周围是一望无际的荒漠。剩下的惟一离开埃及的通路是在东北方叙利亚的土耳其海岸，但是大量的土耳其守军封锁了通往阿克、大马士革和阿勒波的通道。拿破仑在7月就告诉过他的哥哥约瑟夫，一旦攻下开罗，他希望“回法国去过几个月”。现在，随着法国地中海舰队的覆灭，已经不可能了。英国皇家海军牢牢地掌握着海上的控制权，他们可以在海上随心所欲；而且，东地中海上的另外两支舰队，俄国和土耳其舰队也开始与法国作对了。这意味着英国海军成功地封锁了埃及海岸，不仅阻止拿破仑从海上逃脱，而且封锁了法国从海上送来的眼下极其需要的增援、弹药和其他供应物。到达埃及后一个月，拿破仑和他的远征军成了埃及的囚徒。
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第八章深渊（5）
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9月4日，拿破仑给布吕埃斯的父亲写了一封信：
阁下的儿子在后甲板指挥海战时不幸被炮弹击中。我现在怀着悲哀的心情通知将军（布吕埃斯的父亲也是海军中将）阁下您的儿子阵亡的消息。但是，他死得没有痛苦而且死得光荣——这是惟一能够使悲痛的父亲得到安慰的。我们远征军全体将士都有可能遭到同样的命运。战死疆场者是幸运的，他们将永远活在后代人的记忆中。
这是拿破仑难得的充满哀思的时刻，但很快就烟消云散了，因为还有更加棘手的事情要应付——他必须从他自己一手造成的埃及大灾难中解脱出来。
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第九章失败的阴影（1）
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法国远征军在埃及陷入了完全孤立无援的境地。英国巡洋舰大摇大摆地在埃及水域巡逻，封锁了亚历山大港，仿佛在随时提醒法国人：他们在埃及的处境已发生了极大的变化。法国再派一支舰队前来援救的可能性也愈来愈小。这种情况可能没有谁比亚历山大港的卫戍军司令克莱贝尔将军更清楚的了。
“我们必须放弃任何从海上与法国取得联系的进一步努力，将军阁下，”他于8月15日告诉驻守罗塞塔的梅努将军，“除非英国舰队撤离……因此，将你们的港口关闭，耐心等待形势朝有利于我们的方向变化……我们这里随时可能遭到炮轰。”罗塞塔是尼罗河的两个入海口之一，也是海军和陆军的重要补给地。失去了法国舰队的保护，仅有600名守军，“既没有大炮、弹药，也没有钱”，这个要地显然是朝不保夕的。处于这种境地的梅努将军可以说是如坐针毡、焦虑万分，他恳求让自己回到“他的师团，离开这个使他发狂的鬼地方”。但是，即便如此，后来信奉伊斯兰教改名阿布杜拉的梅努仍然不顾自身难保，却为身在亚历山大港、直接面对英国舰队威胁、处境更为艰难的克莱贝尔打气。他在8月4日的信中写道：“你必须振奋精神，不要被问题所压倒。”
阿布基尔海战前在舰队流行的那股不服从命令的风气现在已蔓延到了陆军。8月18日，贝尔蒂埃命令梅努将他指挥的炮舰和战船交给新提升的海军少将佩雷指挥时，梅努大声反驳他的上司道：“我在这里已经是一无所有了，现在你又要我交出我惟一的能用于自卫的炮舰和战船……我正式表示拒绝。”
拿破仑在开罗的司令部尽可能将远征军面临的严峻形势和遭到的破坏程度秘而不宣。在得知布吕埃斯的舰队被击溃的消息后不久，拿破仑给法国驻科孚海峡总督沙博将军写信，命令他协助海军少将维尔纳夫（拿破仑相信他已经顺利逃往科孚海峡）“着手组建一支新的舰队”，以解救埃及远征军。同时，他却若无其事地告诉总督：“这里一切安好无事。”
拿破仑7月22日胜利夺取开罗后，便立即着手组建埃及新政府和行政机构，包括在新近攻克的省份任命军人总督。拿破仑住在厄尔费的宫廷里，指挥着埃及新政府的组建工作。宫廷里有热带植物的花园、马赛克的喷泉水池和精致的土耳其游廊。宫廷的高墙坚如城堡，其后院一直延伸到尼罗河畔。宫廷所处的地势易守难攻，占据开罗地区最险要的战略位置。在宫廷周围有许多建筑物，贝尔蒂埃和拿破仑的精锐卫队就驻扎在宫廷周围。
作为占领军的首领，拿破仑决定用3种手段统治这个国家：用军事手段“安抚”尚未攻占的地区，然后靠军人总督加以巩固；通过宗教和穆斯林首领管理地方和宗教事务；直接由拿破仑控制的法国人的行政机构进行管理。
这其中最难的是降伏穆斯林教徒，拿破仑一手建立了由9名伊斯兰长老组成的埃及国务会议，又称行政会议，处理首都开罗日常行政事务和30万人口的公共秩序、税收、公共卫生和粮食供应问题——这使开罗人感到他们是在自己处理自己的事情。
开罗行政会议于7月25日即法军开进开罗城的第三天下午3点举行“宣誓效忠”法国人的仪式，保证“不做任何有损军队利益的事”。拿破仑再三强调要尊重埃及宗教信仰和建立良好的公共关系。行政会议立即开始运作，此后每天下午举行日常工作会议。开罗的新卫戍司令迪皮将军由土耳其人协助负责城市街道和市场的治安。埃及治安机构在该国新近征服的省份逐渐建立起来，不同的是，事实上是任命埃及基督教徒的监督官协助军人总督对埃及人进行管理和开展征收税费等工作，然后又由一名法国籍的替补人做他的助手，以便有朝一日可以顶替军人总督。一共有16名这样的省监督官在开罗总监督官的领导之下工作，总监督官直接受法国人的控制。
除了对国家的军事管制之外，拿破仑在开罗建立了强有力的三人行政委员会，由蒙日、贝托莱和夏尔·马嘉隆组成。他们负责查封马穆鲁克的财产并征收国民税收。与此同时，拿破仑授予他们任命各级官员和委员会分会包括指定监督官的权力。他们三人都因这项耗时的工作而获得了特殊的丰厚报酬，蒙日除了这项工作外还要负责筹建科学院和兼任科学院院长的工作。该委员会十分有效地执行了组织和财产管理以及监督官的任免工作。
法国占领军没收了马穆鲁克的财产，包括他们的成千上万的奴隶，一概作为“国家财产”处理。拿破仑使埃及人民相信：他的政策是尊重埃及的宗教和历史，包括其传统的民事法庭体系；他还保证他们的私人地产将受到尊重，但是要进行一些必要的改良。
法国人目前迫切需要的是现金。蒙日的管理委员会接受了这项压力巨大的工作，对所有政府仓库进行查封，将其中的货物出售换成现金，如果是有用的物品如食物或服装，则充公后在法国军队中发放使用。此外，拿破仑加强征收税费，并大力铸造新币。
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第九章失败的阴影（2）
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但是，由于易卜拉欣贝伊和穆拉德贝伊已经在7月31日携带着大部分城市的财产逃出，拿破仑发布了一系列的命令，要求首先从这个国家的首富那里征集300万法郎的现金。这些钱还不包括从马穆鲁克手上没收以及从开罗富商（开罗肥皂、白糖和服装市场的垄断商）那里勒索的大量钱财以及日常税收的收入。
拿破仑也没有忘记给法国驻军修建新的兵营，更重要的是，在开罗地区修建4所新的医院，总共有600张病床。随军工程师设计建造了大型的面包烤炉以解决军队的燃眉之急。拿破仑坚持要为军队烤制“质量上乘”的面包。他认为，只要军队能够吃好，就不会再有那么大的牢骚了，也不会在外面欺骗和盗窃了。军中的盗窃之风十分猖獗，最头疼的是他们甚至偷盗马匹，法国骑兵仍然急需大量的战马。有些高级将领的坐骑也被偷走，无处可寻。
拿破仑将德塞的师团部署在吉萨南方的尼罗河上游扎营，准备进攻穆拉德贝伊军；邦将军的师团则镇守开罗，梅努和迪盖的师团在“老开罗”和尼罗河港口布拉克保护开罗；雷尼尔的师团越过荒漠向东面的苏伊士跋涉。其他军团则分散在四面八方。贝尔蒂埃则正在尼罗河边的吉萨建立庞大的中央军营，包