坦丁堡与“我们的公使一道……释放一切被关押在叙利亚的法国人”。同时，“你们要通知土耳其政府，我们愿和他们成为朋友，我们埃及远征的目的是惩罚马穆鲁克和英国人，是为了阻止奥斯曼帝国”被奥地利和俄国“瓜分”。他限令苏丹释放关押在君士坦丁堡的法国公民，“如果不这样，便将视为对法国的宣战”。但拿破仑真正需要的还是妥协。此时，土耳其政府已经对法宣战，法国公使也已被捕。这些博尚完全不知。
不幸的是，博尚直到1799年2月13日才得以成行，而且他的帆船在富德（Phodes）被拦截，博尚被关进监狱。拿破仑的信直到4月14日才被送到君士坦丁堡。
事实上，当奥斯曼苏丹在1798年9月得知法军入侵埃及的消息之后，他就将法国公使和君士坦丁堡的大部分法国侨民逮捕。拿破仑是在10月9日从一艘开往达米亚塔的希腊船上得知土耳其政府的这一举动和他们已经对法宣战的。连塔列朗也认为是法国入侵埃及使得与土耳其的谈判陷入了僵局。
拿破仑7月在埃及成功登陆的消息直到9月10日才传到巴黎，人群为此欢呼，巴黎军校鸣礼炮以示庆贺。当天晚些时候，当礼炮还在法国首都回响，信使飞马来到海军部长布律克斯的房间，通报布吕埃斯的舰队在阿布基尔湾遭到纳尔逊重创。
法国海军在阿布基尔的惨败很快就波及地中海：同一个月，驻科孚岛守军遭到英国皇家海军的袭击（该岛1799年3月3日向英国投降），沃比翁将军亲自下令马耳他向英国投降，且待1800年9月4日再在马耳他向英国人报仇雪耻不迟。如此一来，法国先后失去了两个具有重要战略意义的岛屿。此时，拿破仑对此还一无所知，他也不知道从阿布基尔海战死里逃生的维尔纳夫和德克里斯在企图逃离马耳他时也被英国人俘获。随着阿布基尔海战的失败，法国人在地中海地区无论是外交还是军事上都满盘皆输。因此，拿破仑企图与叙利亚的土耳其人或是君士坦丁堡和谈的努力纯属徒劳。
曾经向拿破仑表示要全力支持埃及远征的塔列朗给督政府的特雷亚尔（Treilhard）写信，后者将该信于1798年11月4日转寄给了拿破仑并批写道：“你可以想像督政府是多么后悔，以及他们是多么难以理解你远征的详情。”他继续写道，“由于海战的失败，法国在地中海处于腹背受敌的窘境。一切国际问题皆应归咎于这个可怕的事件。”这次“舰队的灾难”削弱了法国各种外交政策的基础。马耳他遭到封锁、意大利出现麻烦、英国和奥地利联合俄国和普鲁士正在形成新的反法同盟。此外，督政府不得不紧急征募20万新兵，由儒贝尔将军前去担任意大利军司令，儒尔当将军整编莱茵军。特雷亚尔强调，如果战争爆发，肯定是爆发在意大利无疑。尽管如此，“外部之敌终将被征服……通过政府所有成员团结一致，坚强无比的、不朽的共和国将战胜一切敌人……因此，你必须准备完全依靠你自己的力量，至少在一段时间内是如此。”最后特雷亚尔督政指出拿破仑有3种选择：他可以留在埃及等待时机；他可以进军印度；或者，他可以进军君士坦丁堡。最后，他对几个月前曾在他面前出言不逊的拿破仑挖苦道：“无论你做何决策，我们期待靠你的天才和运气；你最后能力挽千钧，取得辉煌胜利。”特雷亚尔（以及明显参与起草此信的塔列朗）终于（也许不是最后）看到了拿破仑的笑话。收信人拿破仑直到1799年3月25日在阿克再次遭到军事挫折时才收到这封信。
从军事观点看，拿破仑攻占开罗有几个目的，这些目的他希望同时达到：他要巩固亚历山大沿海一线的安全；占领和巩固尼罗河支流上的两座城市罗塞塔和达米亚塔在开罗沿线的安全；平定从开罗到阿斯旺和瓦迪哈勒法的尼罗河上游地区。此外他还要追歼穆拉德贝伊军和易卜拉欣贝伊军。
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第十章蒂沃利花园和其他（5）
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尽管拿破仑的战线很长，而且军队减员严重，他仍然决定进军叙利亚。这要求不仅巩固尼罗河三角洲地带，而且要巩固开罗东部连接开罗和叙利亚的贸易通道的大片沙漠。令拿破仑吃惊的是，他发现在达米亚塔东部沙漠上的人充满野性和敌意，需要大力加强兵力和驻守设施才行。只有巩固了这片大后方，他才能发动入侵叙利亚的战争并长驱直入攻占阿克、大马士革和博斯普鲁斯。
8月25日，德塞将军带着4个营，约3；000多人从吉萨溯尼罗河而上，找寻穆拉德贝伊军的残余人马并平定尼罗河上游地区。10月7日，德塞首先在萨迪曼遇到了穆拉德贝伊军的9；000马穆鲁克，将其击溃并驱逐到大漠之中。但马穆鲁克仅损失了420人，而德塞则损失了110人。10月底，德塞的部队由于眼炎②和疟疾，人员大量减少。身材高大而不屈不挠的德塞仍然继续在荒漠追击马穆鲁克，直到4月份，共歼敌2；000多人。神出鬼没的马穆鲁克从此销声匿迹。
同时，埃及北部的战役仍在继续。11月28日，梅努将军接替了亚历山大的芒斯库特，将亚历山大地区和罗塞塔地区全部纳入他的责任范围。10月中旬，迪盖将军率4，000多人马到达米亚塔，执行拿破仑“追击阿拉伯人，严厉惩罚他们”的命令。安德列奥西被派往曼扎拉湖执行打通进军叙利亚通道的特殊使命，而迪马将军、缪拉和声名狼藉的拉尼斯则征服了埃及的东北部。
早在9月份，拿破仑就在认真考虑入侵叙利亚的问题了，当时他要求雷尼尔将军探明进攻的路径并命令毫不留情的骑兵军官缪拉对那个地区的阿拉伯人进行“一切可能的打击”。“我的意图是，”他说，“毁灭他们。”拿破仑命令迪盖将他的整个师团向前推进，通过“杀头、抓人……焚烧村庄，给他们一个下马威”的手段，树立法军的威名。
12月3日，拿破仑命令邦将军向苏伊士进军，攻占海港，控制红海的海上商业通道，同时与红海对岸杨布和吉大的阿拉伯人建立友好的联系，防止他们暗中帮助马穆鲁克。12月7日，到达苏伊士后，邦将军迅速完成了使命。
同时，在埃及最远的东北部，拿破仑得到了雷尼尔的报告，称约有2；300人的易卜拉欣贝伊军挡住了他们向大马士革进军的道路。与此同时，邦和卡弗雷里的部队继续在佩鲁斯和开牙修筑要塞，以巩固向北推进的道路。拿破仑命令冈托姆准备海上运输船只、火炮和军需，以备远征叙利亚之用。
一切准备就绪，埃及被牢牢控制之后，开罗又一次平静下来，拿破仑向开罗市民发布了告别书，告诉他们自己已经宽恕了他们的血腥起义和骚乱。“真主要我以宽大仁慈为怀。有朝一日，人人都会证明我现在所遵循的是更高的使命，为此，无人能够阻挡我！”然后，他对穆斯林发表了一通模棱两可的言论，这是他以后希望从历史上抹掉的言论。他宣称在伊斯兰的敌人被击溃之后，“当伊斯兰击败十字架后，我将从遥远的西方前来完成真主交给我的使命”，即他将成为伊斯兰教的领袖。
宣言结束后，拿破仑在贝尔蒂埃、多马丁、卡弗雷里、冈托姆、蒙日、贝托莱及其他人的陪同下，带着300多人的队伍离开了开罗，越过东部的沙漠，于12月27日到达苏伊士。经过3天的匆匆考察，他又出发了，顺路到苏伊士古运河做了一次旅行，他希望有朝一日能够修复古运河。然后，在1799年1月6日回到了开罗。现在，他已经下定决心，要尽快地进军叙利亚。
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第十一章通往大马士革之路（1）
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征战叙利亚将是拿破仑在中东的最后一次大规模远征，而且从一开始就注定要失败。最后得到拿破仑的许可，可以回到欧洲投入意大利情妇怀抱的贝尔蒂埃，现在却改变了主意，要留在拿破仑的身边再次试一下运气。此外，就没有什么值得高兴的消息了。士气继续下降；成千上万的士兵感染了几乎无法治愈的眼炎，住在医院里；此外，从开罗到亚历山大全国蔓延鼠疫（仅此一项就又夺去了2；000法国远征军的生命）。恐惧、困乏和冷漠席卷了全军。1798年9月9日，奥斯曼苏丹对法兰西共和国宣战，是对法国的最后一击，有效地困死了在埃及的法军。但是，拿破仑手中虽然没有可以和英国人在埃及海湾抗衡的海军，他至少还有陆军。现在，他手上的人马不足2万，而且1。3万人正在准备对杰扎尔的军队发起进攻，对方的兵力超过了4万人，正在北方凭借着巨大的堡垒和强大的骑兵严阵以待。拿破仑在这种情况下发起进攻虽说鲁莽却显得大胆而有魄力。
1799年1月31日，第一批4个军团从开罗出发由陆路向叙利亚进军。克莱贝尔指挥他自己的军团以及雷尼尔的军团。基本的粮食储备和弹药已经备齐，雷尼尔率领队伍在沙漠上顶着埃及的骄阳于2月4日到达卡提亚，16日离开卡提亚向沙漠上的绿洲阿里什堡进发。2月11日，拿破仑和拉纳（拉纳取代维亚尔）的师团离开开罗向北挺进。
11日，拿破仑坐在他的轻便旅行马车里，口袋里装着英国人在2月3日炮轰亚历山大的报告，驶向大马士革，投入一场可能使他成功也可能使他失败的战争。敌人就在他的周围，这是他最后的机会。拿破仑打算在阿克将奥斯曼苏丹派出的、由英国海军协助从水陆两路前来收复埃及的杰扎尔军击败。
雷尼尔将军到达阿里什堡时发现法国谍报人员又一次搞错了情况。他在这里看到的是由武器精良、供应充足的2；300名马穆鲁克和阿尔巴尼亚人坚守的巨大石头城堡。城堡的包围战一直持续到2月16日拿破仑到来，3天后，城堡中的900名幸存的守军缴械投降。22日，法军继续沿着海边的荒漠向加沙进发，并在两天后占领了加沙。3月1日，法军攻占阿尔拉姆勒（al…Ramleh），3月3日，向雅法挺进。
3月7日黎明，贝尔蒂埃将军派了一位军官去见雅法的司令官阿巴德·阿拉·阿加：“真主是善良和仁慈的。”他的信以传统的伊斯兰方式开头，告诉对方——拿破仑已经包围了这座海港城市，随时可以发起进攻；如果守军投降，则可以保全身家性命。土耳其军官不但没有投降，反而将这个不幸的法国军官斩首示众，贝尔蒂埃得到的回信是挑在长矛上的血淋淋的人头。法军立即开火，后来拿破仑向督政府报告道，在当天下午5点，“我们控制了这座城市，我们对这座城市进行了24小时的洗劫，它经受了战争中最隐蔽的恐怖方式”。
投降时，4；000人的守军被解除武装，在拿破仑的两名副官博阿尔内和克鲁塞的押送下走出城来，法国人向战俘承诺将保证他们的生命安全，他们被带到拿破仑的帐前。拿破仑走出帐来，只见战俘黑压压一片，他转头质问博阿尔内和克鲁塞：“你们要我拿他们怎么办？”由于粮食匮乏，法军的给养还不够自己吃，而且也没有足够的水，甚至没有足够的人力押解战俘回埃及。拿破仑召开了军事会议讨论这个问题，会上意见分歧，僵持不下。3月10日，拿破仑将他的最后决定通知了贝尔蒂埃：“命令已经下达，将这批战俘就地枪决。”战俘被押到海边，枪毙或是用刺刀刺死（为了节省弹药）。“海面上漂浮着死尸……我还是不去详细描述我亲眼所见的那种恐怖场面为好……至今想起这残暴的一幕仍然令我发抖……那是浴血的一天。”布列纳几年后这样回忆道。与此同时，法军也遭到了他们无法控制的灾难的折磨，鼠疫迅速在法军中蔓延开来。
离开雅法后他们向海法进军，3月1日，克莱贝尔轻而易举地攻克了海法。但是海法只是控制这个小小海湾的两个要塞之一，海湾另一端的要塞是阿克。
还是由于谍报的错误，次日到达阿克城下时，法军发现阿克城墙十分坚固，并有250门火炮严阵以待，迎接从海上或陆上来犯的敌人。尽管守军只有5；000人，但是法军缺乏海上的支援和攻城的重炮，而且驻守城堡的杰扎尔，这个波西尼亚奴隶出身的军人虽然已经有70多岁了，却是个十分难以对付的、无所畏惧的老头。此外，两天前赶来的西德尼·史密斯部队更增加了守军的炮火威力并截断了拿破仑从亚历山大运往海法港的辎重后援。事实上，史密斯为守军提供了上千训练有素的炮手和数十门火炮。同时，拿破仑在布里埃纳军校的同学，现在是史密斯舰队的一名军官的菲利波，也帮助土耳其人和法国人为敌。由佩雷少将从达米塔运来的大炮还需要数周甚至一个月才能到达，太晚了，也太少了。更糟的是，史密斯护送奥斯曼帝国的运兵船前来增援