海瑞在忧郁的精神状态中孤零零地耕耘祖传的四十亩土地。退隐在荒凉瘴疠之地，如果有一个美好幸福的家庭，也许多少还能排遣一些寂寞和空虚，然而海瑞在这方面却没能得到任何慰藉。他曾三次结婚，又有两个小妾，他的三位夫人先后为他生过三个儿子，但都不幸天折。他的两个妻子都在性格乖僻的母亲的吵闹中，先后离他而去，刚娶的小妾也在太夫人的威逼下不明不白地死去。他已没有任何亲人可以倾吐愤懑，只是把心中的积愤与痛苦连同他从政以来的文件信函加以整理印发，聊补生活的缺憾。
1585年，已退职15载的海瑞被万历皇帝重新起用，任命他为南京右佥都御史，后改为南京吏部右侍郎。这时的海瑞已是72岁的高龄了。
海瑞风尘仆仆地从海南来到南京，一路上的劳顿还没恢复，便立即给皇帝上了一篇疏文，大意说：“陛下励精图治，而吏治却很不理想，原因就是对贪官的刑罚太轻。诸臣找不到这个原因，反而说只要侍官们以‘礼’，他们自会廉直，这其实是文过饰非。这样的‘待士以礼’，老百姓又怎么办？太祖洪武三十年明订刑律，凡贪污枉法八十贯的，便处绞刑。贪污再多的，依太祖的规定是剥下皮来装上稻草，公开示众。现在也应该这么做。”
海瑞此议一出，舆论鼎沸，反对的居多数，认为这不符合本朝提倡的“仁政”。但也受到青年学子和下级官员的拥护，结果不但在朝廷上，也在社会上掀起了一场大辩论。那时海瑞已改任南京都御史。他的一个部下，提学御史房寰竟破例参劾了自己的顶头上司。说他到任后“无一善状”，只知道“诈伪荒诞，夸耀自己，贬低别人。”又玩弄造谣诽谤的故伎，无中生有地捏造说他“以圣人自许，奚落孔孟，蔑视天子。”这种抓住片言只语便想绳人以罪的手法博得一些人的喝采，但也遭到一些人的愤怒驳斥。
两京的官员为这件事纷纷扰扰争吵不休。万历便叫吏部考虑个妥善办法。吏部的官员们商讨之后，提出处理意见，认为海瑞那剥皮实草的主张过于偏执，“不协于公论”，建议不任命他以重要实职，但仍保留他都御史的正二品的官阶待遇。万历同意了这个意见，批示说：
“海瑞屡经荐举，故特旨简用。近日条陈重刑之说，有乖政体，指责朕躬，过于迂戆。朕并不怪罪而加以优容。不过海瑞虽然当局任事，恐非所长，而用以镇雅俗、励颓风，未为无补，合令本官照旧供职。”
这份诏令由给事中六科衙门抄发公布，由各地的《邸报》传遍天下，海瑞还能有什么作为呢？连皇帝都说他“迂戆”，说他“任事非所长”，而他的“照旧供职”，也仅仅起个“镇雅俗、励颓风”的作用，他这个堂堂的二品大员，还有什么理由再干下去？海瑞愤而上疏辞请，一连上了七次辞呈，但每次的御批都是照例的四个字：“所请不准”。这样，海瑞整日在欲干不能，欲罢不休的处境中艰难度日。
万历十五年（1587年），74岁的海瑞，终于在极度的忧郁愤懑中走完了他的人生途程，在南京都察院的住所里逝世。
办理丧事的南京佥都御史王用汲，见这位骨瘦如柴、白发似雪的青天海大人躺在一张破旧的木床上，身边堆积着陈旧的粗布被褥和衣衫，不禁潸然泪下。海瑞惟一的积蓄只有十两纹银，还不够买一口棺材。王用汲在悲痛之余回到南京都察院，发动同乡捐款，才没有使海瑞暴尸荒野。
海瑞死后的情景催人泪下，恸彻肝肠。百姓万分悲痛，哀伤不已。街市停止营业，穿戴白色衣冠的送丧行列，夹着江岸悼祭哀哭的悲声，惊天动地，连成一片，百里不绝，无不显示了江南父老乡亲，对这位曾为他们造福的前南直隶巡抚的哀掉之情。
海瑞从政20多年，充满了各种各样的纠纷。他的信条和个性使他既被人尊重，又被人遗弃。正当万历皇帝和臣僚们集中精力和财力修筑定陵寿宫时，传来海瑞的死讯。他的谢世，无疑使万历皇帝本人和京都负责人事的官员又大大地松了一口气，他们再也用不着为这位大众心目中的清官去操心，为这位到处惹是生非的人物再做安排了。而为数不少的臣僚，却为自己面前少了一位对手而庆幸。
死尸复活
就在海瑞谢世三百年后的1959年4月，他的死尸复活，并登上了中国的政治舞台。这位海大人的出现，引起的社会震动要比他当年的骂嘉靖皇帝强烈得多。由此发生的整个国家民族的灾难，大概也是这位封建时代的正直官吏所无法预料的。
自1957年反右斗争扩大化后，不少干部怕招惹是非，开始对自己的言行细加斟酌了。在1958年的“大跃进”和人民公社化运动中，出现了以高指标、瞎指挥、浮夸风和“共产风”为主要标志的“左”倾错误，更使一些干部缄口无言，对许多问题报喜不报忧。毛泽东察觉了这个问题，并在1959年4月党中央召开的上海会议上，对这种不敢讲真话的作风提出了批评。一次，毛泽东正津津有味地看家乡的湘剧《生死牌》，戏到结尾时出现了海瑞。毛泽东主席精神为之一振，一个奇特的念头在心中滋生。戏散后，他把《明史·海瑞传》找来翻阅，那个念头也在心中渐渐地酝酿成熟了。
第二天，他向一位分管宣传的领导人讲了一段海瑞的故事。他说：“海瑞这个人对皇帝骂得很厉害，骂嘉靖是‘家家皆净’。他还把这话写在给皇帝的上疏里，以后被关进监狱。有一天，看狱的人忽然拿酒菜给他吃，他很奇怪，便问看监的老头，才知道嘉靖皇帝死了。他大哭，把吃的东西都吐了出来。尽管海瑞攻击皇帝很厉害，但对皇帝本人还是忠心耿耿的……”毛泽东讲完，指示这位领导要宣传海瑞刚正不阿的精神，找几个历史学家研究一下，从什么角度、用什么方法做宣传工作。
涉及到明史，就不能不想到作为专家的吴晗。这位领导把毛主席的指示给吴晗讲过之后，鼓励他来写有关海瑞的文章。于是，吴晗施展才华很快写成了一篇《海瑞骂皇帝》刊登在同年6月16日的（人民日报》上。这篇文章的内容，基本上就是毛泽东讲的那段海瑞的故事，也是明史《海瑞传》中的内容，中心思想突出一个“敢”字。之后，吴晗以极大的热情和驾轻就熟的技巧，又写了《海瑞》、《清官海瑞》、《海瑞的故事》等文章，其宗旨和主要内容，仍然是按照毛主席的意见，着重宣传海瑞敢说话、敢说真话的精神。
翻阅当年的报刊，我们不难发现，吴晗在所写的关于海瑞的一系列文章中，最重要的当是《论海瑞》一篇。此文写于1959年庐山会议之前，发表于庐山会议之后。文章比较系统地论述了海瑞一生的功绩，对海瑞作了充分的肯定。在“海瑞的历史地位”小标题下，作者谈了他研究海瑞的目的和意图：
我们肯定、歌颂他一生反对坏人坏事；肯定、歌颂他一生反对贪污，反对奢侈浪费，反对乡愿；我们肯定、歌颂他一生处处事事为百姓设想，为民谋利；我们肯定、歌颂他一生不向困难低头，百折不挠的斗争精神；我们肯定、歌颂他一生言行一致，里外如一的实践精神。这些品质都是我们今天所需学习和提倡的，而且只有社会主义时代，这些品质才能得到充分发扬，虽然我们今天需要的海瑞和封建时代的海瑞在社会内容上有原则的不同。
在今天，建设社会主义社会的今天，我们需要站在人民立场、工人阶级立场的海瑞，为建设社会主义而进行百折不挠斗争的海瑞，反对旧时代的乡愿和今天的官僚主义的海瑞，深入群众、领导群众、鼓足干劲、力争上游的海瑞。
这样，封建时代的海瑞还是值得我们学习的。
显然，吴晗这一系列文章，已远不是清华园时期为研究历史而研究历史了。他要按照毛主席提出的‘古为今用”的意图去描写历史、再现历史，使腐朽的历史人物又有了新的含义。据研究者透露，庐山会议之后，吴晗把这篇文章送给参加过这次会议的一位领导同志看时，这位领导把毛泽东说的是提倡真海瑞、不是假海瑞；是提倡左派海瑞，不是提倡右派海瑞的意思对吴晗讲了出来，因此，出于政治和形势的需要，在发表这篇文章之前，吴晗画蛇添足地加入了一段反对右倾机会主义分子假冒海瑞的文字。这段文字和全文毫不相干，而是根据当时的形势加上去的一段话。其用意及所指已很明显。
1959年9月，北京京剧团演员马连良约吴晗把海瑞的事迹改编成戏。尽管吴晗并不熟悉戏剧，但由于朋友的期望和海瑞精神的鼓舞及形势的需要，他还是答应下来，硬着头皮在京剧界知名人士的帮助下，于1960年3月写成五场京剧《海瑞》的剧本。为慎重起见，吴晗在征求了文化、戏剧界负责人及朋友的意见后，才于1960年底开始彩排并改名为《海瑞罢官》。
这时的吴晗和马连良没有想到，《海瑞罢官》一剧公演之后，得到的反应是“毛主席很高兴”。并在家里接见了主演海瑞的马连良，同他一起吃饭，还说：“戏好，海瑞是好人。”马连良回来告诉吴晗说：“毛主席真伟大，礼贤下士，接近群众。”吴晗听了自然是喜出望外。能得到主席的赞赏，可见这出戏的确是成功的。而对《海瑞罢官》喝彩最强烈的文艺界则认为一个历史学家居然能写出京剧剧本来，它打破了“史”和“戏”的界限，提供了一个新的良好开端。廖沫沙在《史和戏——贺吴晗的〈海瑞罢官〉演出》一文中说：“我认为你写（海瑞罢官》，总算开始打破‘史’和‘戏’这两家的门户，从姓史的一家踏进姓戏的一家去了。这就很难得，是个创造性的工作。”
《海瑞罢官》和其他剧本不同的是，由一位历史工作者而不是戏剧工作者写成的。这种史学家和戏剧家的协作，理所当然地在文化界，学术界人士中引起强烈的反响。另一方面，《海瑞罢官》在写海瑞同恶势力斗争中，表现出刚直不阿的精神，不但伸张了历史正气，而且对现实也有一定的教育意义。直到今天来看，这个剧本从创作意图到题材都是积极的，体现了毛泽东主席的文艺观点，按说不应有所异议。但是谁也没有料到，江青，张春桥、姚文元等人，早已在暗中磨刀霍霍了。一场史无前例的浩劫，将围绕着海瑞这具复活的僵尸开始。
吹皱一池清水
1965年11月11日，吴晗从外地开会回来，和往常一样来到寓所西屋的书桌旁，翻阅当天的报纸和有关历史资料。他做梦也没有想到，放在他书桌上那堆当天的报纸里，会有一篇文章竟是要把他置于死地的信号。
吴晗刚坐下，妻子袁震就从正房走过来。她脸色惨白，指着桌上那张头一天的《文汇报》，怔怔地站了一会儿，没说一句话就悄声走开了。吴晗顺手打开报纸，原来刊登着一篇姚文元《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》的文章。他粗粗地看了一遍，觉得过于牵强附会，所用史料也有不少是断章取义，大有蛮不讲理的势头。本想不去理会，但出于一种政治的敏感，他又不得不认真地看了一遍。当他读到文章最后一部分时，不禁大吃一惊。“《海瑞罢官》这张‘大字报’的‘现实意义’究竟是什么？对我们社会主义时期的中国人民究竟起了什么作用？要回答这个问题，就要研究一下作品产生的背景。大家知道，1961年，正是我国因为连续三年自然灾害而遇到暂时的经济困难的时候，在帝国主义、各国反动派和现代修正主义一再发动反华高潮的情况下，牛鬼蛇神们刮过一阵‘单干风’、‘翻案风’。他们鼓吹什么单干的优越性，要求恢复个体经济，要求‘退田’。这就是要拆人民公社的台，恢复地主富农的罪恶统治。那些在旧社会中为劳动人民制造了无数冤狱的帝国主义者和地富反坏右，他们失掉了制造冤狱的权利，他们觉得被打倒是‘冤枉’的，大肆叫嚣什么‘平冤狱’，他们希望有那么一个代表他们利益的人物出来，充当他们的政治代理人，同无产阶级专政对抗，为他们抱不平，为他们‘翻案’，使他们再上台执政。‘退田’、‘平冤狱’，这就是当时资产阶级反对无产阶级专政和社会主义革命的斗争焦点……《海瑞罢官》并不是芬芳的香花，而是一株毒草。它虽然是头几年发表和演出的，但是歌颂的文章连篇累牍，类似的作品和文章大量流传，影响很大，流毒很广，不加以澄清，对人民的事业是十分有害的。”吴晗读了这段话后，愤慨之余，静下心来细细琢磨一番，他觉得这不是一篇学术讨论的文章，也不太相信这�