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是年12月15日、17日、19日，庞德在杨兆龙陪同下，到中央大学、政治大学作学术演讲并任翻译。三次讲题分别为《比较法学与历史作为中国法律之基础》、《统一法律解释与适用》、《中国宪法之发展》。12月27日，杨兆龙又陪同庞德至南京孝陵卫法官训练班作学术演讲并任翻译。1948年2月4日，庞德在法律教育委员会会议上作演讲，《欧美各国法律教育之历史及新趋势》，杨兆龙担任翻译。
1948年5月，为了彻底改善法制，司法行政部专门设立了法制研究委员会，从事法制实际调查、法制改革方案研究、重要法学著作编纂等工作。委员会下分设“法学著作编纂委员会”及“司法调查团”。法学教科书的编纂工作由庞德与杨兆龙共同主持，司法调查团由庞德与杨兆龙分任正副团长。
司法调查工作分设五个组进行：第一组调查治安机关及刑事调查与侦察机关；第二组调查刑事追诉及裁判；第三组调查刑罚执行与刑事感化；第四组调查民诉及执行法规适用情形。全团人员配备共20至25人，其中8至10人由司法行政部延聘专家担任，其余人员则由部内人员及部属机关人员调充。当时，暂定调查期限为一年，主要调查京沪、沪杭、浙赣三路及其附近地区为限，以后调查区域，视实际情形逐渐扩充。
1948年6月7日调查正式开始。团长庞德及副团长杨兆龙率第一组赴南京，在南京监狱及南京高院、地院所属监狱看守所进行调查，并赴南京警察厅及所属机关。6月8日，庞德、杨兆龙率二、三、四、五组赴高等法院、地方法院对两院及监所进行调查；与此同时第一组赴南京警所，调查南京警务与司法之关系。司法调查团在南京调查一周后转至上海。6月17日，司法调查团在上海举行了分组司法座谈会，下午三时，庞德还在上海高等法院举行了一般综合性座谈会。在沪期间，杨兆龙还陪同庞德去东吴法学院作学术演讲。6月18日，庞德一行离沪抵杭。19日，司法调查团在杭州调查各司法机关，并出席杭州市律师公会举行的“律师及司法问题”座谈会。在杭州期间，庞德应浙大法学院和之江大学之邀作学术演讲，由杨兆龙担任翻译。7月26日司法调查团返回南京。8月1日司法调查团赴江苏省继续调查。结束调查后，即整理调查资料，准备制作成调查报告，呈送司法行政部作为法制改革的参考。据调查团成员何济翔回忆，该报告终未完成。司法调查最后因时局剧变而功亏一篑。1948年9月10日，律师公会全国联合会在华侨招待所礼堂举行成立大会。会末，庞德应邀作了《美国律师公会对司法之贡献》的演讲，由杨兆龙作翻译。
11月21日，国共内战白热化，美国驻华大使司徒雷登通知庞德离华，原定庞德赴
武汉大学和
北京大学作学术演讲的计划被取消，庞德夫妇离开中国。至此，杨兆龙协助庞德试图重建法制的努力功亏一篑。
陆锦璧先生指出，“随着杨兆龙在国内外声誉日隆，……荷兰海牙国际法学院在世界范围内评选出五十位杰出的法学家。中国有两人当选：一位是年近七旬的王庞惠博士，一位便是年仅44岁的杨兆龙博士。他还受聘为该院的比较法学专家。”
七 末任检察长
1948年底，南京国民政府最高法院检察署检察长郑烈辞职。司法行政部部长谢冠生先后遭到向哲浚、倪征日奥等婉言谢绝后，有意请杨兆龙出任此职。 杨兆龙对此亦婉言推辞。
杨兆龙的妻妹沙轶因系中共南京地下党成员。闻知杨兆龙婉拒出任最高法院检察署检察长之后，意识到机会难得，一面劝姊夫暂缓推辞，一面迅速向中共地下党领导请示。果然，沙轶因的上级指示，力劝杨兆龙接受此职，并明确要求，请其设法营救在押的中共党员。
事关重大，杨兆龙认为必须有中共组织的郑重委托与保证，将来能为其作证才行，决不能仅凭姨妹一个口信就贸然行事。故要求派代表与之面谈。随后，中共南京市地下党市委成员白沙来访，明确要求营救中大学生朱成学、华彬清、李飞三人，并欢迎杨兆龙留下来，还说像他这样精通法律的专家，在新社会必定大有可为。白沙代表组织，保证其以后身家性命之安全。杨兆龙表示“做一些伸张正义之事，本是我平生之所愿，” 遂答应设法营救。
在南京地下党做出这种承诺之后，杨兆龙接受中共地下党的要求，出任国民政府最高法院检察署检察长。
杨兆龙走马上任后，恰逢国共和谈在北平召开。何应钦组阁后，张知本接替谢冠生出任司法行政部长。此次张自沪抵南京莅任，杨率留京官员去火车站迎接。同车赴寓所途中，杨兆龙谈及，和谈之声甚嚣尘上，各方面要求释放政治犯者颇多，而所谓政治犯大都是些热血青年，思想“左”倾，并非罪犯，把他们长期关押在监所内，实属不当，建议将他们释放出去。张知本对此当即大力支持，但以此事阻力甚大为虑。双方就具体步骤达成共识。 最后，在杨兆龙等人努力下，成功释放包括大量中国共产党员在内的政治犯万余人。
1949年2月，杨兆龙还以司法应当统一为由，撤销了司法行政部的特刑司和中央及各地的特刑庭。在南京解放以前，总统府及行政院方面遇有特难法律问题时，常来征询杨兆龙的意见，包括最重要的一件事杨兆龙成功地营救许闻天。
由于许闻天事件的妥善处理，何应钦与行政院秘书长黄少谷对杨很重视，张知本对杨处理此事的方式也非常赏识。后来曾分别来电催杨赴广州。“杨此时已决定留下，故均未从命。” 杨兆龙晚年谈及促使其留下不走的原因时对女儿说：“关键是你妈妈思想非常“左”倾，她早盼着共产党了。他认为我们家如果跟蒋走，等于自取灭亡。如果去国外，实与当白俄无异。只有留下来才会有前途。此外，你姨妈的劝说和白沙代表组织的保证也起了作用。”
当时仍供职于司法行政部和中央大学的杨兆龙与孙晓楼教授合作，在上海创办《新法学》月刊。首期发表由他撰写的创刊词《“新法学”诞生的前夕——法学界的贫乏》，在法学界引起强烈反响。杨兆龙在这篇文章中，列举了已往法学界的“五大毛病”，如“法学内容的陈腐”、“研究范围的狭窄”、“法律技术的机械”、“法律见解的肤浅”、“适应及创造能力的薄弱”等。 对此种种问题，作者提出了对策，“必须从三方面努力，即（1）从法学者本身的修养努力；（2）从法律教育的改进充实；（3）从一般社会风气的转移努力”。 这篇文章发表后，著名法学家郭卫教授特撰文“转播”，称“《新法学》内容精湛，而杨兆龙君对于我国法学界之现象，论之尤为透彻，”使其“多具同感，且甚钦佩”，文风直言不讳，“正足以表见其耿介之性”。
《新法学》之后连续三期，又连载了杨兆龙的力作《大陆法系与英美法系的区别究竟在哪里？》。杨兆龙针对“国内一部分学法之士对于大陆法与英美法之区别所发生的误解”， 对“何谓大陆法与英美法”做出清晰的界定， 并详细叙述了大陆法与英美法的历史。 在此基础上，作者才提出“大陆法与英美法是否各成一个独立的体系？” 的问题，并给出了否定性的答案。 最后，对“大陆法与英美法的区别”做了详细的解释，并指出“从法律的内容讲，我们在大陆法与英美法中所发现的区别比从前少得多；实际上这种区别在近百年来是在不断的减少”， 认为将来“二者之区别，……一定会在短期减少到无足轻重的程度”。
八 遭遇“解放”
1949年5月27日上海解放后，杨兆龙将最高法院检察署的全部档案，移交给上海市军管会。不久之后，杨兆龙举家迁回南京，受聘为中央大学（后改名南京大学）法学院教授。在南京，杨兆龙还以特邀代表身份，参加了1950年南京市首届人民代表大会，并接受金陵女大校长吴贻芳的敦请，建议政府制定土改法。此举遭致南京市领导人批评，此后杨兆龙的教学受到挑剔，被指责其在课堂上散布“六法观点”。
在这前后，经倪征日奥推荐，东吴法学院拟聘杨兆龙为院长。 杨兆龙与鞠华出席全国首届司法会议返回南京后，即向南大法学院提出辞呈，并于8月赴上海，担任莅任东吴法学院院长兼教授，“此后，我们共同花了不少时间研究如何进行课程改革，以便适合新中国的要求，然后报请教育行政当局批准。” 杨兆龙同时在南大兼课，讲授国际私法、刑法、刑诉法。
1952年暑期，东吴法学院与全国高校一样开展思想改造运动，杨兆龙被号召“交心”，杨兆龙在无事可交代的情况下，说出了一点王孝和被杀一事，所幸过关。 院系调整后，杨兆龙赋闲在家一年多。1953年秋才被调至复旦大学外语系教俄语。1955年肃反运动中，杨兆龙被怀疑为“
国民党潜伏特务”，并成立专案组进行审查，最后作“内专对象”处理。
苏共二十大后，1956年杨兆龙“归队”任复旦法律系刑法教研室教授，并当选上海法学会理事，被聘为华政《法学》月刊编委。这年12月，在《华东政法学院学报》上发表了论文《法律的阶级性与继承性》。 1957年3月14日，上海市法学会召开第二次学术座谈会，专门围绕杨兆龙的《法律的阶级性与继承性》，讨论“法律的阶级性与继承性”问题，与会者有上海政法界的魏文翰、洪文澜、陈文藻、王造时、孙晓楼、叶克信，张汇文、向哲浚、王容海、何济翔、李国机、徐均、李树棠、杨兆龙等。
1957年四五月间，中央面向全国发出“百花齐放、百家争鸣”方针，鼓励“鸣放”。上海局书记魏文伯、中宣部长陆定一、上海市长柯庆施相继邀请杨兆龙座谈，鼓励他打消顾虑，积极向党建言，并对杨兆龙在肃反中所受的委屈表示遗憾、致歉。新闻界获悉此消息后，频频向杨兆龙约稿或提出采访。
1957年6月8日反右运动揭幕后，杨兆龙在“鸣放”期间发表的论文和言论，成为舆论媒体批判的焦点。 杨兆龙随即被打成“右派”。1958年2月，杨兆龙的三个子女均在反右“补课”中被错划成右派。是年4月，杨兆龙被取消教授职务及工资待遇，每月只发给生活费35元，并限其迁居，强迫劳动，以致咯血住院。1959年复旦法律系与华政合并成立上海社会科学院，杨兆龙改由该院管辖。
1960年那年，杨兆龙再次遭遇不测，命运陷入最低谷。陆锦璧缩编《杨兆龙先生年谱》详细讲述了其多舛遭际：
1960年56岁。杨兆龙被打成右派后，有关方面对他的关注有增无减，一个诱人以行入罪的阴谋抓紧付诸实施。特勤人员张某（原本市劳改释放人员），先结识其同事即杨的学生饶大笏，继而通过饶接近杨，伪装对杨既同情又仰慕，以骗取信任。接着先后多次说“有朋友在广州渔船上工作，经常夹带人出境，以赚点钱”，企图引诱杨偷渡出国，以便在实施过程中，将其当场抓获，绳之以法。无奈杨告以“我若想出国，1948年早已成行，何待今日？现在绝无此意”。此计才未得逞。但此时杨并未识破张包藏的祸心，而张仍在等待时机。
是年夏，已被打成右派的复旦法律系学生卜宗商接到通知，发配新疆。他想到前途莫测，且将远离家中老母，不愿逆来顺受。遂求助于杨先生。杨出于同情，谈及若想出国求学，现在倒有人可以相助。卜同意后，杨便介绍卜与张见面。张一口答应，但要求支付酬金两千元。卜称家贫无力支付。张说只要写一张欠条，由杨先生签字担保即可。张私下对卜说“你可以投奔台湾国民党”。卜当场拒绝，决定改变主意，返校服从分配，并向张要求收回欠条。张拒不归还。两天后，卜被秘密逮捕，而那张欠条成了“叛国投敌”的罪证。卜在狱中接受秘密审讯，要他交代何时加入杨兆龙的特务组织以及特务活动情况