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就在他回到自己的个人生活中去之前，笛卡儿还有一次值得记念的哲学幻觉经历。23岁那年冬天，他一整个上午把自己关在一只“火炉”里——这是他的话，实际可能是指一间有暖气的小屋子——中间出现了好几次幻遇，他意识到，自己可以不理会“古人”们彼此相左的一些看法，而用数学的严谨推理来到达哲学上的确定结论。这样一来，实验主义哲学就开始了。
从部队复员回到普通人的生活以后，笛卡儿花了一些时间四处周游，然后在巴黎住了一些日子，一边研究哲学和物理科学。32岁的时候，他搬到信奉新教的荷兰，部分是因为在巴黎，朋友们经常不期而来，干扰他安静的沉思，也因为他害怕对于真理的追求——首先是怀疑一切——会引起以异端邪说的罪名迫害。他很害怕这个，他希望与天主教保持友好关系，他甚至在一部著作中中断对灵肉问题的讨论，说出一些很有代表性的话：“我深知自己的卑微之处，因而什么也不肯定，我只是把这些意见放在天主教的权威之下，并交由更贤明的人去裁决。”
他在荷兰的生活大部分是在平静之中度过的，不过，有时候，他也受到新教极端分子们的攻击，说他持有危险的异端思想。为了保留自己安静和隐密的生活，他在20年内搬了24次家。可是，他并非苦行僧或者隐士，他喜欢接待饱学之士们造访，他有一个情妇和一个女儿（早年夭亡），住在环境优雅之处，还有扈从服务。
他最重要的著作《方法论》（1637）和《形而上学的沉思》（1641）是在荷兰生活期间写的。他的大部分心理学学说也就散见于这些著作之中。余下的部分可在1633年的《世间》里找到，可这本书是在他逝世后才发表的。在他准备将此书交出版人付印时，突然得知伽利略已因为坚持地球围绕太阳转动的理论而被裁判所处决，而他自己的著作也是讲这个观点的，因而，他压下了此书。
尽管他在这类事情上小心翼翼，可是，他还是很轻率地接受了瑞典女王克里斯蒂娜在1649年的邀请，去瑞典教她学哲学。他在斯德哥尔摩受到隆重欢迎，可很失望地发现，女王要他每天早晨5点开课。他以前习惯于在床上一直呆到中午才起床的，现在得每周三次天没亮就起床，在冬夜凛冽的寒风中挣扎着奔往她的读书室。1650年2月，他染上风寒，发展成肺炎，经过一些临终仪式后死去了，终年54岁。
笛卡儿的哲学虽然不在我们关心的范围内，可是，我们得看看它的启始处，因为这是他的心理学的基础。他是用他在“火炉”中得出的洞察力来进行他的哲学方法的建立的：
（我在想）应该把所有的观点都当作绝对错误的东西抛弃掉，这样的话，我就没有怀疑的余地了，因此也就可以确定，在这样做了之后，我的信仰当中还有没有什么确凿无疑的东西留下来。
因此，他就怀疑自己的感觉，因为感觉经常出错；怀疑他以前被说服的一切，因为人可能会在哪怕最简单的几何问题上出现推理谬误。而且，千真万确，他怀疑所有在他醒着的时候进入他思想的东西，因为在他睡着的时候进入的类似的想法，都是一些错觉。这使他得到了第二个，也是最为关键的一个洞察力：
我立即注意到，就算我希望认为所有这些东西都是错误的，我这个进行这种思考的人也非得是某种东西才行。我观察到，这个真理——我思，故我存在——是确凿无疑的，明白无误的，不管怀疑主义者如何大肆攻击，它是无法推翻的。我得出结论，只有毫不怀疑地接受它，把它当作自己一直在追求的哲学的第一原则。
接着，他问自己，这个一定存在的、进行着思考的“我”是什么。他说，他可以想象自己没有形体，也不在哪个具体的地方生活，可是，他不能够想象自己不存在，因为他的思想证明事情不是这样的。从这一点出发，他得出了一个戏剧性的推理：
我得出结论，即我是个东西或者物质，其本质或者本性就只有思想，而这个东西是不需要空间或者任何物质的东西或形体才能够存在的。因而，这个我因之而成为我的自我，这个思维，这个灵魂，是与形体完全不同的东西……尽管肉体不存在，这个灵魂也不会停止它现在所是的一切。
这样一来，他一方面怀疑古代贤能者所说过的一切，同时又通过他自己的推理再一次建立了灵魂与肉体的二元论。
可是，他是一个生活在17世纪的人，周围都是科学和科学在物质世纪里的知识爆炸，而且，与柏拉图主义者不一样，他认为有形体的世界不光是墓墙上的影子，而且跟思维一样真实，不是幻觉，而是它们所呈现的样子。他把这个观点建立在信仰之上：由于上帝使我们的思想有了形体和感觉，由于上帝不会欺骗我们，因而物质的东西一定存在，而且跟我们对它们的感知差不多。
到目前为止，这还是纯粹的理性主义。可是，在那个时代，笛卡儿有一种准经验主义的倾向。他很清楚当时的新生理学的一些发现，他自己也进行过动物的肢解活动，观察过神经系统与肌肉的联系。在他看来，这些都类似圣日尔曼伦拉依皇家御花园中的一些雕塑品一样，它们在通过管道导来的水力的作用下，弄出了一些逼真的动作和声响。
因此，他发展出了一套人类行为机械——水力学说。灌注进脑室或大脑里面的空腔的液体——我们今天知道这些是脑脊髓——他认为那是“活力”，是血液里面的一种纯度极高的元素，他认为这种极高元素中其较粗糙的部分，在它们到达大脑前已经被极细小的一些动脉过滤过。（这是他在希腊人的pneuma概念上发展修正得来的，它是指一种气体，是灵魂的基本物质，在神经系统中循环。）由于神经系统从大脑向身体的各个部分发散，活力也一定是从大脑向神经流动的（跟希腊人一样，笛卡儿也相信神经是空的，当时显微镜还不存在），并在到达肌肉时使其肿涨并运动。
他想象，活力的流动也一定给消化、血液循环、呼吸和一些心理功能提供了动力，如感觉印象、爱好和激情以及甚至记忆。后者尽管只是思维的一个功能，他也用机械术语来解释。如同在亚麻布上用针刺的一些洞，当针拿走后，洞还留在原来的地方一样，重复的经验也在大脑上留下一些小洞，因而也就对活力的流动产生更多的接纳可能。笛卡儿因此就把阿奎那（从亚里士多德那儿提取出来的）有关灵魂有一些“生长性”及“感知性”的功能的学说搁置一边了。在笛卡儿的系统里，这是纯粹理性的，而其它的一些功能则属于肉体。
他的机械－水力学说在细节上尽管是错误的，可是，它在一个重要的方面几近正确：它把肌肉的控制归因于从大脑经过输出神经传出的刺激。更令人印象深刻的是他的其它一些猜测。他问自己，是什么东西使活力向肌肉流动的呢？他又一次拿皇家花园里的自动装置打比方。行人踩到隐藏的踏板上时，就会打开水龙头，因而启动了这个装置。他说，在生物世界里，感觉刺激也起同样的作用，它们会给感觉器官提供压力。这个压力在通过神经转输进大脑以后，会打开一些特设的阀门，因而引起这种或那种肉体活动。笛卡儿因而成为第一个描述后来叫做“反射”现象的人，即某种特别的外部刺激会引起机体产生某种特别的反应。
然而，机械－水力学说没有解释意识、推理和意志。笛卡儿相信，那些较高级的大脑活动一定是灵魂（或者思想）的功能。这个会思考的灵魂是从哪里得到这些信息和思想的呢？他说，在它与肉体在有生命的时期共同存在时，它通过肉体的感觉、激情和记忆获取一些思想，而且它还会从所记住的感觉印象当中制造一些信息——想象的物体、梦幻及类似的东西。可是，它最为重要的思想不能够从这样一些来源得到，因为，当他意识到自己的思想因而知道他的灵魂存在时，他从没有以感觉的形式体会到自己的灵魂。灵魂这个概念一定是灵魂本身的一部分。相似地，像“完美”、“物质”、“质素”、“一体”、“无限”和几何公理对他来说都是超然感觉经验之上的，因而就必须是从灵魂本身得来的。它们是天生的。
想当然，他会补充说，这些一些与生俱来的思想不是在一出生的时候就以成熟的形式存在的，灵魂有一种针对经验产生反应而形成思想的倾向或者习性。“它们是由自然养殖的、原初的真理细菌。”感觉印象使我们在自身发现它们。例如，一个小孩子不知道“从等数中减去等数，余数还是等数”这个普遍真理，除非你给他一个例子。
他的肉体灵魂二元概念提出了一个极为棘手的问题——当肉体和灵魂在生命期间互相锁定的时候，它们是互相起作用的。肉体的经验会在灵魂中产生激情，而灵魂的思想和意志会引导活力的流动，产生情不自禁的行为，可是，这种相互作用是在什么地方以什么方式发生的呢？无形体的灵魂，它既没有固定的东西，也不占据什么空间，它是怎样与有形的肉体相连接，并接受它的感觉和经验或者对它施加任何影响的呢？
早期的二元论哲学家们忽略了这个问题，而有生理学意识的笛卡儿却不可能。从他和其他人的解剖学研究当中，他知道，大脑有两个同样的半球，可是，在它的深层，有一个很小的腺体（即松果体）；因为这是个单独的东西，就像灵魂本身一样，而且因为它在大脑里面的位置关系，在他看来，这是灵魂和肉体的显示的连接之处。他猜测，由于其在大脑中的位置，“其最为轻微的运动也会极大地影响活力的流动，反过来说，活力流动的最轻微的变化也会极大地影响腺体的运动。”尽管他从没有解释有形的松果体和无形的灵魂是如何发生接触的，但他确信，它们的确是有接触的，而且灵魂是通过这个腺体来影响肉体的，肉体亦是如此影响灵魂的。
思维的全部活动（即灵魂）是这样构成的，即它如果期望某种东西产生，它会通过与其紧密连接的小腺体来产生符合意愿的合适结果……（反过来）大脑里面被神经激发的（腺体的）活动会以相反的方式影响灵魂或者思想，而思想是按照运动本身的各种变化与大脑紧密联系在一起的。
因而，肉体就在灵魂里面产生诸如爱、恨、恐惧和欲望等的感情。灵魂有意识地思考每一种感情，并自由地对其产生反应，或者，如果它认为某种感情是己所不欲的，还可以忽视它。那么，为什么我们会犯错误呢？笛卡儿说，并不是因为灵魂选择要去犯错误，也不是因为灵魂出现了自我冲突，而是因为极度的感情也许会造成活力的“混乱”，因而覆盖掉了灵魂对松果体的控制，激起与灵魂的判断和意愿相反的反应。
可是，笛卡儿提出其心理学的主要目标之一，是要显示如何通过理智和意志来控制感情。他提出了许多有意义的忠告，如当强烈的感情被激发起来时，人应该有意地转移自己的注意力，直到这种感情消退下去，这时候再来作出一个决定，看怎么办。他就控制感情所说的很多话都在这个水平上，这是他的心理学当中最没有意思的部分。
他把感情分为几种，可没有对其起源提出任何有见解的理论。共有六种原初的感情——惊奇、爱、恨、渴望、喜悦和悲伤——其余的都是这些感情的合并或者组合。他对感情的讨论不像他对第一哲学原理的描述那般具有戏剧性，而是一些概念式的味同嚼蜡的一些东西：
爱是灵魂的一种情绪，由活力的运动引起，它会激起灵魂将自身情不自禁地与看起来易于接受的一些东西连接起来。而恨是由活力引起的一种情绪，它会激起思维产生从看起来会对自己造成伤害的一些物体中脱离出来的意愿。
尽管笛卡儿对肉体与灵魂之间的相互作用的解释错得厉害——在人类身上已经产生退化的松果体对输入和输出的神经冲动都没有影响——机械细节也是无关紧要的。重要的是他的灵魂和肉体学说，他认为灵魂和肉体是分开的实体、由不同的物质组成，在一个活人身上产生一时和谐、一时竞�