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燕军日日逼近京师，宫中的气氛更加紧张。靖江卫王府长史萧用道、衡王王府纪善 上书中论战守大计，对当政大臣颇有批评。建文帝将上书交给群臣讨论，想不到一位当政大臣 竟盛气诟骂二人。右副部御史练子宁对这位当政大臣的专横极为不满，起而说道：“国事至此，尚不能容言者耶？”这位骂人的当政大臣自知国事弄到这步田地，自己有推卸不了的责任，也感到了惭愧，停止了诟骂。但面对燕军的南下，举朝上下仍然计无所出。有的建议建文帝逃往浙江，有的建议逃往湖湘，莫衷一是。前线的恶噩一个接着一个，沿江海船都已投降了燕军，燕师渡江，镇江守将投降，一向不懂得着急的建文帝此时忧心如焚。他徘徊于殿庭之间，看着身边一群噤声不语的文武官员。他们平日里高声阔步，谈古论今，如今竟拿不出个安邦救国之策！建文帝忽然停住脚步，令内官传方孝孺进宫。
方孝孺此时正在家中养病，但宫内宫外的事，他一刻也未从心中放下。听到皇帝召见，他赶忙强起赴朝。照例文官要从东华门进宫入朝，他老远地在东华门外就下了马。他缓步走进东华门，进入文华殿。天气已经很热了，他本来身体就欠佳，此时又将朝服冠带裹得严严的，身上早就是大汗淋漓了。他想在文华殿略作喘息，落落身上的汗，等待皇帝接见，但刚一落座喘息未定，内臣便宣皇帝召见。他缓步走上奉天殿的台阶，一下就感到了宫中紧张的气氛。皇帝并没像以往一样端坐在御座上，而是在殿中走来走去。皇帝开始似乎并未注意他的到来，他看到本来就文弱的建文帝，此时更增加了几分疲惫和憔悴。在国家危机存亡之秋，正是需要为天子分忧的时候。方孝孺此时的心也如同火焚，他恨不得拼一腔热血拒敌于疆场，但他感到屯聚于城外的贼兵就如同这身被汗水湿透了的朝服一样，裹在身上解不掉，甩不开。建文帝觉察到他的到来，突然停下脚步，转过身来，也顾不得君臣礼仪，近头就问：“今事已急，请问先生计将何出？”方孝孺早在路上就想好了要说的话，略加思索，便答道：“今城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足，尽撤城外民舍，驱民入城，足以为守，城外积木悉运入城。”方孝孺提出的办法，正是坚壁清野的办法。他希望燕军在城外得不到物资支持，不能久驻，同时固守坚城以待援军。
建文帝听从了方孝孺的建议，于是下令调遣军民商贾及诸色人臣，赶赴城外，日以继夜，拆除屋宇，搬运物资，不给燕军留下任何可用的东西。拆下的砖瓦木料越积越多，家园毁坏后搬出的物资到处都是。当时天气炎热，拆物运物的人们又得不到休息，苦不堪言，时间长了不免嗟怨之声。形势日益紧张，督役的人限令尽快将物资运完，实在运不了的，便放火烧了，大火连日不息。与此同时，另一批军人民夫在日夜加固京师的城墙，夯土喊号之声不绝于耳。人多手杂，指挥不善，修筑又不得法，刚筑好的一段墙又被震塌了，只好再筑。
方孝孺仍希望能借和谈推迟燕兵的进攻。他又向建文帝建议说：“前遣郡主未能办事，今以诸王分守城门，再遣曹国公李景隆、茹尚书（茹瑺）、王都督（王佐）往督龙潭，仍以割地讲和为辞，用觇其虚实，且以待援兵至。那时，选精锐数万，内外夹击，决死一战，可以成功。万一不利，则车驾幸蜀，收集士马，以为后举。”于是建文帝下令谷王朱穗、安王朱楹分守都门，派李景隆等往见朱棣。
李景隆、茹瑺、王佐来到龙潭燕王帐下。按明朝礼制规定，亲王地位下天子一等，公侯以下都要向亲王匍匐行礼。李景隆虽位至曹国公，仍不能不跪倒，兵部尚书茹瑺、都督王佐更不在话下了。燕王的封号早已在建文元年被削除了，但此时他们又不能不对朱棣以燕王相称。燕王雄武自有一股威风煞气，一般人见了，都恨不能敬而远之，曹国公见了竟低头不敢仰视，伏在地上惶恐地流下汗来。这倒不是因为他在地位上低燕王一等，而因为他是朱棣手下的败将，而此次来是有求于朱棣。倒是朱棣先开了口，说道：“勤劳公等至此，雅意良厚。”话中不无讥讽，李景隆一时语塞，竟说不出话来，他再三叩头之后才说了要求割地请和的话。这下又惹出朱棣一大套话来。朱棣说：“公等今为说客耶？始吾未有过举，辄加大罪，削为庶人，以兵图逼，云‘大义灭亲’。吾今救死不暇，何用地为！且今割地何名？皇考混一天下，为天子、诸王裂土分封，各有定分，割地说，此又奸臣之计也。吾今之来，但欲得奸臣耳。公等归奏上，但奸臣至，吾即解甲免胄，谢罪阙下，退谒孝陵，归奉北藩，永祗臣节，天地神明在上，吾之此心，明如皎月，不敢渝也。”朱棣又借此机会宣传了一番。
李景隆空手而回，建文帝再问计：“不欲割地，计将安出？”李景隆说：“彼必欲得罪人，然后可以退师。”建文帝又命李景隆再出城，让他对朱棣说：“有罪者俱已窜逐于外。无在京师者，俟执来献。”但李景隆迟疑不肯出城，他请求建文帝命在京诸王与他一道去见朱棣。
李景隆与谷王朱穗、安王朱楹一道再次来到朱棣驻地。朱棣见了诸王态度自是不同，一则他们是亲兄弟，二则是在京诸王也遭到建文帝的不同处分，他们是同病相怜，正好借此互通声气。朱棣与朱穗等互道劳苦问候，朱棣说：“吾为奸臣所逼，危如累卵，今幸见骨肉！奸臣不轨，欲次第见倾，若落彀中，则覆诸弟如剿■耳。”朱棣说着，又流下了眼泪。诸王提到割地请和的事，朱棣说：“诸弟试谓斯言当乎否乎？诚乎伪乎？果出于君乎？抑奸臣之谋乎？”谷王朱穗等现在虽被建文帝派遣，但在建文即位之初，他们都曾是防范的对象，因此他们对朱棣的话很能听得入耳。他们纷纷说道：“大兄所洞见是矣。诸弟何言？诸弟之来，岂得已哉！”朱棣再次表白说：“吾此来但得奸臣而已，不知其他。”于是李景隆、谷王在一次宴请之后，再次空手而回。
六月十二，建文帝派人秘密前往各地催促援兵。到各地去的人都带有用蜡丸密封的建文帝的谕令。但这时燕军已逼近京师，严密防查从京师出来的人，他们大都被燕军抓获，极难离开京师。而此时王叔英募兵于广德，姚善起兵于苏州，练子宁募兵于杭州，黄观募兵于上游。为了取消朱棣的口实，被他指为奸臣的齐泰、黄子澄再次离开了京师，齐泰到广德从王叔英，黄子澄往苏州从姚善。但由于募兵行动得太晚，形势已对朝廷不利，王叔英在广德募兵竟无人响应，黄子澄想航海到外洋征兵也没有结果。 即使募到兵也来不及赶赴京师了。建文帝盼援兵不见，一筹莫展，与方孝孺执手而流涕，只好命徐辉祖等分道出御。
这时谷王朱橞、曹国公李景隆等把守金川门，以城中兵力而言，尚可抵挡一阵。但守城诸将并不齐心，甚至左都督徐增寿也被发现与朱棣勾结，心怀二志。一日在殿廷上，徐增寿徘徊不安，群臣从他心神不定的神态看出他要图谋不轨，打算做燕军的内应。御史魏冕、大理丞邹瑾忍无可忍，决心防患于未然，一步冲出朝班，抓住徐增寿便打，十七八人也一同拥上动手，并请求皇上立即将徐增寿处死 。可建文帝仁柔心肠，竟宽宥了他。
六月十三日，燕兵进至金川门下。金川门为京师北门，面对大江，最为冲要，把守此门的正是谷王朱橞和曹国公李景隆。因为朱棣了解南城中尚有实力，一时还摸不清底细，不敢冒然攻城。他还是先采取了攻心战术，他先命人请皇嫂来军中，皇嫂即其兄懿文太子妃常氏，常氏来到后，朱棣向她又述说了一遍建文帝的罪状和兴兵的原因 ，仍想把自己带兵前来说成是合法的。同时，他命人用箭向城中射入一封给弟妹的书信，想瓦解京师的防守，“不战而屈人之兵”。信中写道：
兄致书众兄弟亲王，众妹妹公主，相别数载，天伦之情，梦寐不忘。五月二十五日，有老姐姐公主到，说众兄弟妹妹每请老姐姐公主来相劝我，说这三四年动军马运粮的百姓、厮杀的军死的多了，事都是一家的事，军马不要过江回去，天下大平了却不好说。我与你众兄弟亲王众妹妹公主知道：我之兴兵别无他事，为报父皇之仇，诛讨奸恶，扶持宗社，以安天下军民，使父皇基业传子孙以永万世，我岂有他心哉，我自己卯年兴兵，今已四年，父皇之仇尚未能报，奸恶尚未诛灭。我想周王无罪，被奸臣诬枉，破其家，灭其国；随即罪代王，拘囚大同，出其宫人，悉配于军；至于湘王无罪，逼令阖宫焚死；齐王无罪，降为庶人，囚系在京；及乎岷王，奸臣以金帛赏其左右，使其诬告岷王，流于漳州烟瘴地面；至于二十五弟，死则焚其躯，拾其骨沉于江。此等奸恶小人，皆我父皇杀不尽之余党，害我父皇子孙，图我父皇天下，报其私仇，快其心志，父皇能有几多子孙，受彼之害，能消几日而尽，兴言至此，痛心如裂。累年以来，奸臣矫诏，大发天下军马来北平杀我，我为保性命，不得已，亲帅将兵与贼兵交战，仰荷天地祖宗神明有灵，怜我忠孝之心，冥加祜护，诸将士效力，故能累战而累胜，今大兵渡江，众兄弟妹妹却来劝我回北平，况孝陵尚未曾祭祀，父皇之仇尚未能报，奸恶尚未能获，以尔弟妹之心度之，孝子之心果安在哉？如朝廷知我忠孝之心，能行成王故事，我当如周公辅佐，以安天下苍生。如其不然，尔众兄弟亲王众妹妹公主及多亲戚，当速挈眷属移居守孝陵，城破之日，庶免惊恐。惟众兄弟亲王众妹妹公主审之详之。
周公辅成王是历史上的一段佳话。周公是周武王之弟，名旦，亦称叔旦。他曾帮助武王灭商，武王死后，其子成王即位，但年幼，便由周公摄政并带兵平定反叛。待成王成年，周公还政于成王，退居下位。朱棣以周公自居，是想表示自己不会伤害建文帝，让众弟妹吃个定心丸。当然，朱棣仍担心会遇到官军的激烈抵抗，担心京师城池完缮，勤王兵四集，便派遣先锋刘保、华聚等领骑兵千余，到朝阳门，探望虚实，得知城上无备，便下令整军前进。
金川门迎降
城中也在密切注意城外燕军的动静，当徐增寿得知燕军已进至金川门时，便欲举兵响应，但被人发现。建文帝大怒，下令将徐增寿带到宫中右顺门庑下，大声诘责，并亲手将其腰斩，尸体被抛出横于路旁 。
但一切都已来不及了。金川门上的谷王朱橞、曹国公李景隆，望见朱棣的麾盖，下令开门迎降。户科给中事龚泰此时也在城上督兵防守，拒不从命，从城上投下自杀而死 。门卒龚翊知大势已不可挽回，恸哭而去。兴高采烈的燕军欢呼鼓噪：一涌而入金川门。金川门内本用枪支顶住，垛满的枪支密无缝隙。门锁虽开而枪支未移，先冲进来的燕兵被后面的大队挤上前去，被枪扎死的不少 ；燕兵如潮水一般冲入京城，各处的官军都逃得差不多了。只有徐辉祖等还带兵与燕军展开了巷战。但很快就失败了。一些朝臣见大势已去，纷纷弃官逃跑，一夕缒城而去四十余人。 四年的战事已进入尾声，南京城里一片混乱。
朱棣除派兵占领皇宫和各要害之处，又分别派了一千余骑兵前往护卫周王、齐王。周王与燕王同母所生，与燕王最为亲近，因此他最担心在城破时他们遭害。周王见大兵来到，不知道是燕兵，以为死期临近，仓卒恐怖，等知道是燕军来护卫营救，顿时大喜，说：“我不死矣。”周王随燕兵来见朱棣。朱棣听说周王来到，迎出营外，二人相见大哭。周王说：“奸恶屠戮我兄弟，赖大兄救我，今日相见，真再生也。”说罢二人并辔来到金川门，下马，握手登上城楼。
懿文太子妃常氏在军中与朱棣说了一席话之后，便没人再理她了。燕军拔营攻城，她也悻悻返回了京城。但这时京师已是一派惨状，大街小巷满是燕军士兵，激战过的地方横尸流血，没打过仗的地方也是一片狼藉。更令她惊骇的是在她走近皇城时，就发现宫中火光冲天，浓烟滚滚，可叹往日一派繁盛而又肃穆的红墙黄瓦的宫殿已是一片火海 。
朱棣与周王在城楼上遥望宫中冲天大火，忙下令前往救人。宫中早已乱成一团。燕兵冲进金川门的消息一传来，太监宫女就躲的躲，逃的逃了。燕兵冲进宫来，高墙深院中竟看不见个人影。只见三个男孩子坐在宫门哭